Epigeno Ique Flashcards
Définir l’épigénomique?
Les changements héritables qui influencent l’expression de gènes qui ne peuvent pas être décrits par des changement au niveau de la séquence nucléotidique.
Définir l’epigenomique?
Étude des changements épigénétiques à l’échelle génomique.
Donner 3 conséquences concrètes de l’épigénétique
1) méthilation de l’ADN
2) modification des histones
3)positionnement des nucléosomes
Définir l’immunoprécipitation de la chromatine(ChIP)
Processus d’enrichissement par immunoprécipitation des protéines d’intérêt lié à l’ADN
l’immunoprécipitation de la chromatine(ChIP)a été mis à profit lors de l’introduction de _________
Biopuces
Quelles sont les 4 étapes de la procédure expérimentale - ChIP
1) traitement des cellules à la formaldéhyde
2) fragmentation de la chromatine (sonification ou digestion à la MNase)
3) utilisation d’un anticorps spécifique pour purifier la protéine
4) retirer les protéines de l’A D N
Quels logiciels utilisent t’on pour faire un alignement standard sur le génome de référence ( 2)
BWA ou Bow tie
Comment calcule t’on le niveau d’enrichissement par rapport aux bruits de fonds?
On divise l’enrichissement par le bruit de fond
Si le niveau d’enrichissement est élevé, qu’est ce que cela veut dire?
Que la chromatine est moins dense donc les niveaux de transcription sont normaux
Les formats de fichier peuvent être 0-based ou 1-based, qu’est ce que cela veut dire?
Cela veut dire que le 1er nucléotide a le numéro 0 ou 1
Quel est la signification de chacune des colonnes d’un fichier bed?
Le numero du chromosone
le numéro du premier nucléotide Le numéro du dernier nucléotide Le nom Le score Brin (+ou-)
Quels sont les 4 colonnes à ajouter au fichier bed pour obtenir des fichiers broadPeak et NarrowPeak?
Ligne: 7 . signal moyen 8. P-value 9. Q-value 10. peak (narrowPeak)
Quels sont les 2 types de motifs?
1) . Recherche de motifs connus
2) . Recherche de novo
Donnez les 3 définitions opérationnelles de l’épigénétique?
1) méthylation de l’ADN
2) modifications des histones
3) positionnement des nucléosomes
