La Transcriptonique

Question 1

Qu’est-ce que la transcriptomique?

Answer 1

C’est la discipline qui s’intéresse aux ARN , à l’expression de gènes et à leur régulation

Question 2

Qu’est ce que le transcriptome( 2 définitions)

Answer 2

1) ensemble des transcrits dans une cellule

2) leur nombre pour un stade de développement ou des conditions physiologiques données

Question 3

Quelles sont les méthodes développées pour étudier l’expression des gènes?

Answer 3

1) méthode de séquençage

2) méthode par hybridation

Question 4

Quelles sont les méthodes de séquençage développées pour étudier l’expression des gènes?

Answer 4

1) séquençage Sanger d’ADNc ou de librairies d’ESTs
2) SAGE (serial analys of gene expression)
3) RNA-Seq: méthode pour quantifier et cartographier les transcriptomes

Question 5

Quelles sont les méthodes par hybridation développées pour étudier l’expression des gènes?

Answer 5

Biopuces (microarray)

Whole genome tiling( WGT)

Question 6

Qu’est ce qu’un pseudo gène ?

Answer 6

Un gène contenant une erreur de splicing.

Question 7

Quelle est la différence entre Bowtie2et TopHat2?

Answer 7

TopHat utilise Bow tie mais prend les reads laissés non utilisées par Bow tie et essaient de leur trouver une place dans le génome.

Question 8

Quels sont les differences entre les fichiers de format GTF et
GFF?

Answer 8

Le format GTF contient 2 champs de plus, soit gene-I’d,et transcript-I’d

Question 9

Quel logiciel est utilisé pour détecter les isoformes d’ARN par RNA-Seq

Answer 9

Cufflinks

Question 10

Comment obtient-on le RPK?

Answer 10

1 tag counts(nb reads sur le gène) /longueur en kB du gène(RPK)
2 somme de la valeur obtenue des RPK pour une étude/ 1 million (RPKM)
3 pour un gène donné,on divise le RPK/RPKM = nouveau facteur de normalisation