Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

molecular biology of the cell > mboc - week 3 > Flashcards

mboc - week 3 Flashcards

You may prefer our related Brainscape-certified flashcards:
AP® Biology flashcards Biology 101 flashcards
1
Q

Waarom DNA en RNA 5 naar 3 gevormd

A

energiesource is daar want zit al fosfaat op nucleotide. Bij verkeerde kan het ook makkelijk vervangen worden. 3 naar 5 zou reactie stoppen want de trifosfaat zou dan weg zijn

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

charged amino acids

A

dragons eat knights riding horses
d - aspartic acid
e - glutamic acid
k - lysine
r - arginine
h - histidine

KHR - positive
DE negative

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

nonpolar amino acids

A

vaak in membraan

grandma always visits london in may for westministers palace and cathedral
g - glycine
a - alanine
v - valine
l - leucine
i - isoleucine
m - methionine
f - fenylalanine
w - tryptofaan
p - proline
c - cysteine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

essentiele arminozuren

A

valine, methionine, tryptophan, leucine, phenylalanine, threonine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

proline waarom afwijkend

A

heeft als enige geen vrije aminogroep, maakt secondary structures move, zit aan randen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

vorming eiwitten volgorde terminals

A

van n naar c terminal
vouwen eiwitten soort bonds – hydrofobe interacties, ionische interacties, waterstofbruggen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

disulfide bond functie

A

zorgt dat eiwitten kunnen stretchen en weer relaxen. Enige covalente bond. Breekbaar met reducing environment (reductants, electrons opnemers). Redox

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

wat bepaalt interacties tussen eiwitten

A

secundaire vouwing.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

hoeveel proteincoderende genen, SNPs en splice variants

A

20.000 proteincoderende genen maar 75.000 SNPs, 200.000 splice variants, 10 million combinational variants

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Enzym werking

A

veranderen niet energieverbruik, maar versnellen wel. Voorbeeld; hydrogenbond rearrangements , soms cofactor nodig (vit a for rhodopsin, heme voor hemoglobine)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

deltaG

A

usable energy, waar we iets mee kunnen. G reaction = G product – G substrate

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Enzymreactie michaelis menten

A

Snelheid = max snelheid x substrate/(substraat +km)
E + S <->(k-1 en k1) ES <-> (k2) P
Km = k2+k1)/K1, waarbij Km affinity constant is. Lezen als afbraak ES/ opbouw ES geeft affiniteitsconstante
Lower Km -> quicker Vm (te zien aan ronde vorm grafiek begin heel snel)
V = (vmax x S) / (Km +S)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

relatie tussen Ki en I

A

Ki (binding affinity for inhibitor) is neg gecorreleerd met i (inhibiting factor van medicijn), lagere Ki geeft hogere I en dan hogere Km

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Ion exchange chromatography

A

negatief eiwit dan positieve ionen op column

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Gel filtration chromatography

A

grote eiwitten zijn sneller drijvend door column dan klein

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Affinity chromatography

A

iets met hoge affiniteit zoals Ab. Kan je ook inbrengen in vector (epitope tagged protein)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Protein identification

A

Waar actifity of interest is bepalen, allene focussen op dat deel van grafiek. Pool fractions and apply to next column

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

SDS

A
  • Saturating proteins with SDS gives equal charge to all proteins, beta mercaptoethanol serves to break down disulfide bridges
  • Onderkant dus positief van gel, want eiwitten bovenin geladen en zijn negatief
  • Maar een band op SDS en actifity of interest in grafiek dan succes
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

2d gel

A
  • niet denatureren, noncharged proteins
  • te ordenen op charge en size
  • stipjes kunnen geanalyseerd met MS
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

MS

A
  • Trypsine knipt tussen arginine en lysine (R/K)
  • Mass to charge ratio
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Afwijkende plaats maken eiwitten

A

Mitochondrium worden ook eiwitten gemaakt die daar thuishoren

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Eigenschappen tussen membraan

A

hydrofoob

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Eigenschappen Buitenlaag phospholipidenmembraan

A

hydrofiel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Eigenschappen binnenkant membraan

A

negatief geladen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

Dikte membraan

A

5nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Hydropathy index

A

meerdere keren onder en boven as dan gaat het meerdere keren door membraan (spanning membrane)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Kenmerken integraal proteins

A

lysine, isoleucine vaak abundant
vaak helical I, L, F
hydrofoob

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Ankeren van eiwitten waarmee

A

door fatty acid (-oyl/yl) of prenyl

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Energetically favorable shape membrane

A

bilayer spheres

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Effect van saturatie vetten op membraan –

A

membraan wordt dunner met unsaturated (want tails zijn niet recht door cis (niet trans!) double bonds

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Measuring membrane fluidity

A

laurdan – diep in membraan gevestigd. Fluid phase/gel phase geven andere emission wavelength, kunnen zo met elkaar vergeleken worden onder microscoop

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Phospholipid charateristics

A

head group (choline, phophate, glycerol) may give charge, fatty acid determines membrane fluidity

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Phosphatidylethanolamine hoofdgroep

A

neutraal

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Phosphatidylserine hoofdgroep

A

negatief en fosfaat negatief, amine pos – overall negative

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Phosphatidylcholine hoofdgroep

A

neutraal

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

sphingomyelin hoofdgroep

A

neutraal

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

sphingosine hoofdgroep

A

positief

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Lateral diffusion

A

gebeurt vaak kost geen energie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Flip flop

A

gebeurt bijna nooit, kost enerige

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

Lipid rafts/raft domain

A

verstijven van membraan door cholesterol in upper layer, ook meer fatty acids. Interacteren met elkaar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

FRAP

A

Recovery of fluorescence; how much movement takes place. Nooit terug naar origineel level want je hebt gebleekt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

Address label on proteins

A

signal sequenc aan amino (N) einde, of signal patch door sequences in midden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

Signaal voor protein naar kern

A

5 positief geladen amino acids KenR
eentje naar neutraal dan werkt het neit meer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

Export kern signaal

A

niet specifiek besproken, nakijken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

Import in mitochondria signaal

A

alfa helix like, hydrofoob

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

Import naar plastids signaal

A

niet geladen, hydrofiel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

Peroxisoom signaal

A

SKL C einde, blijft op mature eiwit
translocatie van gevouwen eiwitten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

Import naar ER singaal

A

N terminal sequence; hydrofoob gevolgd door polar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

Return naar ER signaal

A

lys-asp-glu-leu KDEL – herkent signal sequence en trekt terug

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

Prokaryote signal sequences

A

tijdens translatie trnaslocatie. SRP stopt ribosoom, gaat pas weer verder bij binden membraan. Proteins voor post-translocatie = sec, tat, com

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

SecA

A

protein voor post-translocatie van proteins naar ER in prokaryoten, kost ATP. (in baccilus subtidis)
lepB knipt en protein gaat zo naar periplasm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

TAT

A

twin arginine translocase verplaatst gevouwde eiwitten over inner membrane naar periplasm, niet met ATP maar met proton motive force

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

welke protein secretion van gram negatieve bacterien spant over inner, outer en host membrane?

A

type 3, 4 en 6

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

Type 1 protein secretion

A

gebruikt ATP binding casette (ABC) om energie te gebruiken voor export en gebruikt een beta channel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

Nucleus in eukaryotes as protein target waardoorheen vervoerd

A

proteins do not pass membrane but water channel (nuclear pore)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

Nuclear protein import receptor werking

A

heeft lading tegenovergesteld aan signaal
cargo bindt receptor en veranderen conformatie, kunnen daardoor fibril binden van pore. Ran-GTP zorgt dat het weer loslaat van fibril aan binnenkant pore

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

Proof of N-terminal positively charged amphipathic signal sequences on proteins

A

door protease toe te voegen wordt alelen wat aan buitenkant cel zit afgebroken, bij detergent + protease alles

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

Translocatie naar mitochondia vanuit cytosol;

A

positief geladen n terminal signaal bindt tom op buiter membraan – verplaastsing, protein gaat naar tim op inner membrane. Signaal er af geknipt. Energie nodig voor tom complex, komt van hsp70 chaperones met ATP. Energie voor tim complex komt van positieve n terminal eiwit, wordt gebonden door hsp70, ATP erbij.
Gekoppeld aan membraanpotentiaal

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
59
Q

Proteins to inner membrane space mitochondria pathway

A

OXA kan op inner membrane weer eiwit naar buiten brengen wanneer protein een tweede signal sequence heeft die zichtbaar wordt na knippen eerste signaal. Kan ook door lezen tweede sequence door TIM complex, blijft hangen in inner membrane

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
60
Q

Tim 22

A

internal signal sequence, via TOM naar tussenruimte membranen, vanaf daar door TIM22 in inner membrane gezet
zonder eerst naar matrix te gaan, direct vanaf cytosol via lumen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
61
Q

Protein to intermembrane mitochondria pathway (tussen membranen)

A

door cleaving na uitbrengen door OXA of TIM

62
Q

Waar halen mitochondria energie vandaan

A

voltage and pH

63
Q

Meten van activiteit van mitochondria

A
  • Hangt af van pH
  • FRAP
  • GFP – kleur hangt af van pH
64
Q

Pex5 + docking

A

geeft wss transient pore, nog niet goed genoeg onderzocht
ER heeft peroxisome gevormd. pH daarbinnen is onbekend, miss hoog

65
Q

Peroxisome oorsprong

A

komt uit ER

66
Q

Co translational ER protein import studie

A

isoleren ruw en glad ER, scheiden door centrifugeren

67
Q

Ribosomes worden hoe op ER gezet

A

SRP cycle helpt het op membraan zetten; recognition, targeting, release, recycling. Low km for SRP.

68
Q

Hoe te zien dat ribosoom translocator protein hermetisch is afgesloten

A

met fluorescence quenching with I

69
Q

Wat gebeurt bij translocatie eiwit naar ER met signaal sequences

A

signal sequence blijft achter in membraan. Indien het membrane protein is komt internal stop transfer sequence in ER membraan vast te zitten. Normaal COOH naar cytosol, kan ook andersom als signal sequence andersom zit. Signal sequence gaat altijd in membraan met – kant eerst. Double bond kan ook, beide terminals naar cytosol.

70
Q

Solluble protein hoe op juiste plek gebracht vanuit ER

A

N glycosilation op asparagine. alleen wanneer het gevolgd wordt door ander aminozuur (behalve proline) en daarna serine of threonine. In membraan zit anker met glucose die kan binden. Flippase brengt protein naar buiten door hydrofiele tunnel.

O glycosilation op OH van serine/threonine

71
Q

glycosilatie ER waarom en stappen

A

controle eiwitvouwing
dolichol wordt gefosforyleerd en daarna suiker geplakt mbv CTP, UDP,GTP
geflipt naar ER kantvoor verdere uitbreiding

72
Q

Als proteinfolding niet goed gaat in ER

A

meer chaperones. Eiwit met ribonuclease domain aan cytosol kant – maak tnieuw RNA, daardoor meer chaperones.

73
Q

Niet meer te herstellen eiwit ER stappen

A

suiker en ubiquitine er op gezet wanneer het net aangekomen is in cytosol – proteasoom

74
Q

COP2

A

Golgi
(forward signal)

75
Q

COP1

A

Golgi
(backward signal)

76
Q

clathrin

A

signaal vanaf extracellular space andere kant om dingen naar binnen te brengen

77
Q

Clathrin vessicle formation

A

carbo bindt receptor, adaptor protein bindt daar boenop, bud formation. Clatherin vormt rondom de vessicle. Daarna wordt vessicle uncoated. Cargo receptor proteins worden herkend door adaptor proteins met hogeaffiniteit

78
Q

Gtp hydrolisis in dynamin role

A

BAR domain adaptor dimerisation causes GTP hydrolysis in dynamin and drives conformational change, brings membranes in close proximity for fusion (clatherin vessicle en membraan)

79
Q

Binden van vessicle

A

rab GTP en v snare binden, rab effector bindt rab GTP. V snare op vessicle herkent t snare, verstrengelen., membraan versmelt. rabGDP laat los, neemt lipid group mee, geeft het weer aan GEF waardoor GDP weer GTP kan worden

80
Q

Targeting soluble proteins for ER

A

Moet in transport vessicle gaan zitten, dit gebeurt met KDEL sequence (soluble ER resident protein). Gaat op receptor zitten, vormt COPI coat.

81
Q

Glycosilatie N kant

A

begint altijd met core (GlcNAc and man. Complex oligosacharrides bevatten ook nog galactose en NANA. NIET PRECIEZE STRUCTUREN LEREN.

82
Q

Endo-H

A

knipt high mannose sugars. Sensitiviteit laat ER en golgi traficing volgen. Dik bandje (smear) kan wijzen op glycosilation, vaststellen door behandelen met Endo-H wat veel dunner moet worden. Na 60 min niet meer gegelycosileerd, al verder in ER, te zien aan feit dat alleen endo F nog knipt (knipt alle n linked sugars)

83
Q

Lysosome

A

enzymen voor break down of cells. Breken extracellulair materiaal af (bacterien) and damaged organelles
ook voor recyclen receptor zoals glut4

84
Q

LSD

A

lysosomal storage disease – bouwen zich op. Niet meer met leven verenigbaar.
Treatment LSD – infusie van enzym geven

85
Q

Hoe komen stoffen in de lysosoom

A

mannose 6 phosphate kan op oplosbare enzymen worden geplakt. Lysosoom enzyme met internal signal patch bindt GlcNAc phosphotransferase, maakt van mannose groep op enzym mannose 6 fosfaat. Waarschijnlijk afgebroken door gebrek aan lading icm hoge pH. Vormt vessicle en komt aan bij lysome, receptor gerecycled. Membrane bound enzymes gebruiken ander systeem.

86
Q

MAPK

A

werkt als molecular switch. Aan of uit door fosforylatie (mbv kinase) of defosforylatie (mbv phosphatase). Bij kinase kost het ATP

Mitogen (iets wat het iets doet met de cel) bindt receptor, activeert Ras, activeert MAPK, driestapsfosforylatie, activatie transcription factors. Myc protein geactiveerd, stimuleert genen die zorgen voor celgroei door G1-Cdk (cytoplasma groei). G1/S Cdk daardoor geactiveerd. Rb actief, activeert E2F. gesimplificeerd; input – gentranscriptie – myc – overgang G1 naar S. hoe snel en hoe veel geproduceerd is belangrijk.

  • Mitogen activeert
  • Ras GTP activeert
  • MAPKKK – Raf +ATP activeert
  • Mek+ATP activeert
  • Erk+ATP activeert
  • Gene expression or protein production door fosforylatie, daarom ATP nodig in vorige stap
  • Serine, threonine, tyrosine kunnen gefosforyleerd worden
87
Q

FORMULES PROMOTOR ZELF NALEZEN

A

JO

88
Q

Half life transcription factor

A

1/K is exact de Km.

89
Q

De-sensitization receptor signal

A
  • Geactiveerde GPCR (receptor) activeert GRK om de GPCR te fosforyleren
  • Arrestin kan de gefosforyleerde receptor binden
90
Q

RTK activatie

A
  • Signal protein bindt
  • Trans autophosphorylation activeert kinase domain
  • Trnas autophosphorylation maakt bindingsplaatsen voro signaalmoleculen
  • Signaal moleculen brengen signal downstream
  • Hebben allemaal een tyrosine kinase domain, eigenlijk altijd dimeer
91
Q

RTK for Platelet Derived Growth Factor (PDEF)

A

driestaps fosforylatie

92
Q

RTK pathway

A
  • Geactiveerde RTK kan adaptor protein Grb2 aciveren
  • Dit activeert Ras-GEF (SOS)
  • Ras activation using GTP
93
Q

Ras protein functie

A

relay signals from RTK

94
Q

Signalling complexes snelheid

A

kunnen snel en langzaam aan en uit worden gezet
* Hyperbolic – intenser in the beginning, flattens
* Sigmoidal – accumulate more activating input before effect occurs
* All or none

95
Q

Key phases met checkpoints celdeling:

A
  • Chromosoom replicatie en celgroei
  • Chromosoom segregatie
  • Celdeling
96
Q

Cdc checkpoint proteins onderzoek

A

Onderzoek gedaan door hoge restrictive temperatures (stopt bv g1 naar S overgang)

97
Q

Cdk proteins

A

allemaal gebonden aan cylcin, opbouw en afbraak geeft aan welke fase van de cel
* G1/S Cdk – wordt snel afgebroken bij begin S fase
* S-Cdk
* M-Cdk

98
Q

Activatie cdk

A

cdk bindt cyclin door T loop (gedeeltelijk actief), mbv ATP gefosforyleert (geheel actief). Dus meer signalen nodig om compleet te activeren. Echter, als je nog een P toevoegt door Wee1 kinase is het weer inactief, als Cdc25 deze weer verwijderd is het weer actief.
ubiquitine kan een cdk verwijderen en zo plaats maken vor andere cdk

99
Q

Cdk inhibitors

A

gecontroleerd door afbraak in proteasoom. Actief SCF complex en f box protein binden Cdk I met fosforylatie. Ub gestapeld en afgebroken

100
Q

Cdc6

A

wordt gecontroleerd door S-Cdk. Fosforylatie Cdc6 leidt tot degradatie en DNA recplicatie compleet. Gebeurt maar een keer per cell cycle want DNA moet maar een keer gerepliceerd. Is key to prevent progression wanener DNA replicatie is niet normaal. Toevoeging hydroxyurea stopt S fase, caffeine er nog bij zorgt voor suicidal mitosis.

101
Q

Check DNA integriteit niet goed door bv DNA schade, wat dan

A
  • Kinase stabiliseert P53 door fosforylatie
  • Stabiel P53 bindt p21 gene promotor, wordt gemaakt
  • 21 protein bindt G1/S cdk-cyclin complex en inactiveert
102
Q

Ontstaan cervix kanker

A
  • Rb bindt proliferatie factor, p 53 bindt verder downstream, zorgen voor remming proliferatie
  • Viral proteins binden Rb en p53, proliferatie gaat door
103
Q

Rol van Rb (retinoblastoma) protein in expressie s phase

A

rb inactief door e7 of fosfor door cdk4/6cyclin D.
wanneer inactief dan kan rb geen complex met e2f vormen
E2F is vrij en promoot expressie van s phase genes
cdk4/6cyclin D kan geremd worden door CKI p16

wanneer cdk14 wordt geremd door p16 is Rb inactief, kan E2F binden en zo samen promotor, leidt tot remmen S phase
wanneer p16 inactief is kunnen cdk14 en cyclin een complex vormen. dit activeert Rb, kan binden aan de promotor en de S cycle beginnen. verder creeert E2F een positieve feedback loop

104
Q

Myc en rb

A

mediaten receptor stimulere activatie voor celdeling
* Myc bindt cyclin D, SCF, E2F, zorgen allemaal voor voortgang naar S phase
overexpression myc - p53 mediated cell cylce arrest/apoptosis - p19 active - inactive mdm2 - p53 active

105
Q

Overproduction myc voorkomen

A
  • P19ARF stabiliseert p53
  • P53 mediated cell arrest/apoptose
106
Q

Apoptose

A

extrinsic - death receptor and ligand (fas) - caspase 8 - caspase 3

intrinsic - mitochondria damaged - cytochrome c - apaf 1 - caspase 9 - caspase 3

107
Q

Neural plasticity ontstaan

A

door apoptose, match number of cells to target

108
Q

uncharged amino acids

A

santa tests new quilts yearly
s - serine
t - threonine
n - asparagine
q - glutamine
y - tyrosine

109
Q

essential amino acids

A

K - lycine
H - histidine
T - threonine
V - valine
I - isoleucine
L - leucine
P - proline
M - methionine
W - tryptofaan
Kim houdt van terassen in warme lente maanden p

110
Q

which amino acid can be glycosylated

A

N - asparagine

111
Q

which amino acid can be phosphorylated

A

S - serine
T - threonine
Y - tyrosine

112
Q

what modifications can be made to K?

A

ubiquitinated
acetylated
methylated

113
Q

which amino acid can form disulfide bridges?

A

C - cysteine

114
Q

which amino acid is a helix breaker (often found in domain edges)

A

P - proline

115
Q

how can protein folding be reversed

A

with urea

116
Q

alfa helices

A

in het geval van pores:
hydrofobic aan kant van interior
hydrofiel aan kant solvent

117
Q

beta sheets

A

kunnen paralel of antiparallel zijn

118
Q

hoe worden SS bruggen gemaakt

A

H+ wordt van SH gehaald
kan intra of interchain

119
Q

hoe wordt geubiquitineerd

A

misfolded degradation signal op eiwit target protein naar E2/E3
1 Ub op eiwit geplakt
E1 plaatst herhaaldelijk Ub mbv ATP

120
Q

effect antibiotics op protein synthesis in bacterien waardoor

A

binden EPA sites op ribosoom

121
Q

cathalytic triad

A

D - aspartic acid
H - histidine
S - serine

D haalt een proton van S
S maakt covalente binding met enzymsubstraat, hydrolyse van peptide bond
hydrogen bond rearrangement

122
Q

vmax

A

kcat . Etot

123
Q

v

A

vmax . S/(Km+S)

124
Q

waarom is een double reciprocal plot handig om te kijken naar inhibitors

A

omdat de Km stijgt zonder dat de Vmax stijgt
slope gaat alleen vermeerderen en grafiek gaat meer naar rechts

125
Q

wat gebruiken als er geen antilichaam is tegne het eiwit

A

een epitoop
echter kan dit de vouwing beinvloeden

126
Q

logische volgorde om protein of interest te purificeren

A

eerst purificatie
mogelijk filteren op charge en size
daarna met antilichaam of direct MS na stap 1

127
Q

hydropathy plots

A

laat zien wat hydrofoob is en wat niet, handig voor transmembrane proteins
bepalen welke kant n terminus en c terminus zullen zijn

128
Q

helically shaped hydrophobic domains amino acids

A

I - isoleucine
L - leucine
F - phenylalanine
A - alanine

129
Q

how to measure lateral membrane protein diffusion rates

A

using fluorescently tagged marker proteins

130
Q

translocatie naar matrix vanuit mitochondria

A

cytoxolic hsp70 houdt eiwit ongevouwen,
TIM doorheen
gedreven door membrane potential

131
Q

oxidative phosphorylation

A

complex 1 accepteert elektronen uit tca en via NADH gaat het naar
ubiquinone
complex 3 brengt h+ naar intermembrane space
cytochrome c
complex 5 gebruikt elektronen en H+ om O naar water te maken, H+ is translocated naar itermembrane space
proton gradient, H+ kan alleen terug naar matrix via atp syntase

sommige complexen gemaakt door mitochondrial DNA, msis te hydrofoob voor cytosol
andere door DNA die moeten naar inner mitochondriaal membraan

132
Q

pHluorin GFP

A

used to measure the pH within certain organelles in vivo by making a fusion protein with the right signal sequence

133
Q

peroxisomen waar gemaakt en functie

A

in ER, nieuw door fission or de novo

beta oxidatie van long chain fatty acids. gebruiken H2O2. catalase voorkomt stapeling

134
Q

import naar ER stappen

A

signal peptide wordt herkend door SRP
translatie stopt
ribosoom-SRP-protein complex wordt herkend door SRP R op ruw ER
dit interacts with translocator
translatie herstart

135
Q

fluorescence quencing with I-

A

I- cannot access the fluorescent dye in the membrane bound ribosomes, but it can reach it in free ribosomes
shows that the translocaotr channel in the ER is hermetically sealed

136
Q

translocatie naar ER transmembraan in eukaryoten

A

ATP verbruikt en Hsp70 die eiwit naar lumen trekken
spliced start transfer en internal stop transfer
N terminus in ER, C terminus in cytosol, of beiden in cytosol
stopsignaal kan er af worden geknipt, in midden blijven hangen, of twee kunnen een double loop vormen

137
Q

foute vouwing eiwit herkenning ER

A

Suiker aan redoxomgeving blootgesteld, krijgt hoge affiniteit voor calnexin die helpt met vouwen en bindt glucosidase indien vouwing correct is, die splitst glucose. Als er nog meer hydrofiele plekken zijn en vouwing onjuist dan bindt glucosyl transferase en begint het opnieuw.

138
Q

wat gebeurt als veel eiwitten tegelijk verkeerd gevouwen zijn

A

ER signaal dat er meer chaperones moeten komen dmv binden trnasmembrane kinase
stimuleert endoribonuclease activity
splicen premRNA naar mRNA

139
Q

verschil in ER glycosilation en Golgi modification

A

ER glycosylation bevat alleen simpele oligosacchariden, en gevoelig voor EndoH
golgi zijn meer complexe oligos, alleen gevoelig voor EndoF

140
Q

gauchers disease

A

glucocerebrosidase deficient (voor glucosylceramide)
enzym geven kan oplossen (enzyme replacement therapy)

141
Q

g protein coupled receptors pathway

A

g protein geactiveerd
laat gdp vrij en bindt gtp
alfa dissociates van beta-gamma
phospholipase c geactiveerd
knipt pip2 in ip3 en dag
ip3 opent ca in er
dag en ca activeren protein kinase c

142
Q

welke aminozuren kunnen gefosforyleerd worden

A

serine
threonine
tyrosine
in prokaryoten ook histidine

143
Q

desensitization van gpcr

A

gpcr activeert ook grk
grk gefosforyleerd
arrestin bindt gpcr

144
Q

functie van scaffold

A

niet amplificeren
water oplosbaar dus kunnen wel meerdere proteins downstream activeren

145
Q

fases celcyclus

A

g1 - groeien cel na deling
s - DNA replicatie
G2 - groei en kijken of DNA replicatie heeft plaatsgevonden
M - celdeling

146
Q

wat is nodig om overte gaan naar een andere fase van de celdeling

A

afbreken van cyclin van een fase (zoals m cyclin APC/C in metaphase) mbv ubiquitine zodat andere kan opkomen

147
Q

p27

A

bindt cyclin cdk en inactifeert

148
Q

effect hydroxyurea en caffeine op cell cycle

A

hydroxyurea in combinatie met cdc6 dependent signalling zorgt er voor dat in de s fase wordt gestopt
caffeine induceert suicidal mitosis

149
Q

p53

A

actief na fosforylatie
na ubiquitine door mdm2 afgebroken
activeert p21activeert g1/s cdk en s cdk

150
Q

papilloma virus werking

A

produceren e6 en e7 die twee tumorsupressors remmen - p53 en rb

molecular biology of the cell (3 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions