Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

molecular biology of the cell > mboc - week 1 > Flashcards

mboc - week 1 Flashcards

You may prefer our related Brainscape-certified flashcards:
AP® Biology flashcards Biology 101 flashcards
1
Q

semi conservatief

A

een nieuwe en een oude strand, zoals DNA synthese, met oud als template

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

DNA synthese stappen

A

splicen en vormen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

DNA synthese Splicing stappen

A

helicase verbruikt ATP. Supercoilen en topoisomerase maakt een knik in DNA om stress te verlagen. DNA beschermd door DNA binding protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

DNA synthese vorming stappen

A

5’naar 3’ gevormd, vormt door dubbelstrengs DNA als primer om te starten. 3’ OH einde is waar polymerase aan bindt. leading strand 3’ to 5’, dus directe transcriptie. Lagging strand kan loopt van 5’ naar 3’, polymerase vormt daarom ozaki fragmenten, gaps opgevold door RNA primer, daarna lygase plakt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Proofreading DNA polymerase verlaging van aantal fouten

A

van 1 per 10^5 nucleotiden zonder proofreading naar 1 per 10^7 met proofreading. Met strand directed mismatch repair 1 per 1^10

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

DNA repair na transcpriptie voltooid is waardoor

A

door MutS/MutL, vindt met scannen nick in DNA strand, verwijdert gesynthetiseerde helft zodat deze opnieuw gemaakt kan worden

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Chemische verandering in DNA bases zij heel veel voorkomend, 2 soorten:

A

depurinatie en deaminatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

depurination

A

depurination door ROS hele basis verwijderd – hele AT (of GC) verwijderd, of weer ingebouwd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

deamination

A

deamination haalt een NH2 er af, verandert cytosine naar uracil - C veranderd naar A, of hersteld

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

sangers dideoxy sequencing

A

nu niet meer gebruikt, nog wel weten. gebruik chain terminators (hebben 3’H ipv 3’OH einde, geen verlenging strand mogelijk). Met veel dNTP en weinig ddATP. 4 keer herhalen voor elke nucleotide. CCAT primer bepaalt begin van reactie. Radioactief gelabeld en met elecrophoresis gescheiden geeft volgorde.
lastiger voor grote fragmenten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Manuele sequencing methoden –

A

radioactief, fluorescent 4 lanes, fluorescent 1 lane, capillary (1-96 wells)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Genome sequencing

A

door middel van artificial chromosomes, die in stukjes clonen en dan proberen te binden aan genoom omdat het uiteindelijk wel plakt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Parallel sequencing

A

in een picoliter op mocroscopic beads - verschillende soorten, ook next generation sequencing genoemd

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Pyrosequencing

A

DNA sequence is fixed op een grid. incorporation van dNTP die een PPi afstaat wat omgezet kan worden in ATP mbv suylfurylase. Dit is verbruikt door luciferase, straalt zo licht uit. geeft een pyrogram – hogere amplitude laat zien waar base zit die je wilt meten (een per keer). apyrase vernielt unincorporated dNTPs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Ion torrent sequencing

A

nucleotide bindt waarbij PP vrijkomt en een H+, dit geeft een pH verandering die gemeten kan worden. Te veel nucleotiden dan verschil pH niet meer te meten is limitatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

minION

A

soort usb, in laptop te pluggen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

PCR

A

verhitten tot 95 denatureert, fragmentlengte bepaald door zelfgemaakte primers die hechten bij 50-55 graden, vervolgens DNA vermeerderd door toevoegen dATP, dGTP, dCTP, dTTP bij 72 graden. Pas na 3 cycles heb je goede lengte, de originele template zal ook altijd blijven bestaan. Sensitive en fast, maar fragment length is kort en homologous DNA sequences bestaan.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

RT PCR

A

reverse transcriptase erbij en dNTP erbij, ds mRNA-DNA gemaakt, tweede primer maakt ds cDNA er van. Ook kennis vereist over homoloog DNA en aminovolgorde. Is ook sensitive en fast, maar 5’end race for ful length en gene families

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

VNTR

A

variable number tandem repeat) is een reeks van 10 tot 100 opeenvolgende genetische herhalingen van een genetische sequentie zoals CAG

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

SNP

A

single-nucleotide polymorphism
substitution of a single nucleotide at a specific position in the genome that is present in a sufficiently large fraction of considered population

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hoeveel procent van menselijk DNA codeert voor eiwitten:

A

2 %

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Doel databanken:

A

*vergelijken onbekend
*Identificatie
*Chromosome structure / synteny
*Intron / exon boundaries
*Phylogeny

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

DNA regio’s van 5’naar 3’

A

Begint aan 5’ metupstream regulatory region, promotor (CAAT en TATA (enige promotor element voor TATA binding protein)). Untranslated region na transcription start ligt nog oor de initiator codon (AUG), stopt bij terminator codon (UGA, UAA, UAG), daarna nog signaal voor 3’end trimming en polyA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Intron opbouw -

A

meestal beginnend met GU en eindigend met AG, is een essentiele A in het middel

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

hoeveel procent van genen hebben alternatieve splicing

A

35%

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Homolog

A

descent from same ancestor DNA, separated by speciation (see ortholog) or genetic duplication (see paralog).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Ortholog

A

in different species from a common ancestral gene by speciation, still same function. givesreliable prediction of gene function in newly sequenced genomes.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Paralog

A

related by duplication within a genome. New function

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Orthologs vs paralogs

A

Orthologs retain the same function in the course of evolution, whereas
paralogs evolve new functions, even if these are related to the original one

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Synteny

A

the preserved order of genes between related organisms.
*rearrange is geen probleem, geen effect
* generally preserved between tightly related species.
Conservation of the order of a cluster of genes suggests a
functional relation.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

BLASTP

A

basic local alignment of sequences tool; finding similar proteins using databank analysis. Handig voor alignment trees

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Ka

A

non-synonymous substitution ratio (base change leads to different amino acid)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

Ks

A

synonymous substitution ratio (base change leads to same amino acid)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

Ka/Ks<1 meaning

A

no selection

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Ka/Ks>1 meaning

A

strong selection

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Microarray expression

A

aankleuren genen die tot expressie zijn mbv fluorophores (rood en groen) voor 2 specifieke condities en gewassen over microarray
mRNA bindt DNA, wassen, scannen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Mrcroarray vs RNA seq –

A

microarrays alleen te zien bij veel meer expressie en voorafkennis nodig van alternative splicing. Sommige dingen niet mogelijk met microarray bv; onderscheid mature RNA vna unspliced, strandedness, single cell analysis. Bij RNA seq fuzzy, wel minder error, geen cross hybridization.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

Proteomics vroeger

A

gesorteerd op grootte en zuurgraad.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

MS-

A

knippen na bepaald aminozuur, peptidemix geladen door ionen, delen van proteine gesorteerd naar mass to charge ratio, gebaseerd op time of flight

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

MS/MS –

A

zelfde als ms maar na mass filter is alleen precursor ion selection gemaakt. Dit gaat door inert gas, door tweede analyzer en komt op de detector. Ook mass to charge ratio gesorteerd, gebaseerd op time of flight

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

METABOLOMICS??

A

??

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

Differential gene expression

A

change in read counts or expression levels
door fosforylatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

mRNA

A

code protein

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

rRNA

A

ribosomaal voor catalyseren proteine synthese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

tRNA

A

transfer, adaptor tussen mRNA en aminozuur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

telomerase RNA

A

template voor telomerase aan einde chromosoom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

snRNA

A

in combinatie met protein voor splicing

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

snoRNA

A

nucleolar – to modify rRNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

hoeveel producten kunnen gemaakt worden van een RNA strand

A

RNA polymerase dupliceert maar een van twee strands, daarom kunnen twee verschhillende producten afgeschreve worden van een streng RNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

Soorten RNA polymerase

A
  • 1 – maakt rRNA
  • 2 – protein coding genes
  • 3 - maakt tRNA en snRNA NALEZEN
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

Verschil prokaryoot en eukaryoot mRNA –

A
  • prokaryoot codeert voor meerdere proteins (polycistronic)
  • Eukaryoot worden introns uitgehaald, RNA krijgt 5’GPPP cap en poly A tail
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

Splicing mechanisme –

A

herkenning splice site aan intron, folding secundaire structuur door fosfodiester binding (in exon?) waarbij OH gevormd wordt aan 5. Een 5’- 2’ ontstaat in intron, en een reactieve OH blijft over aan 5’ einde, reageren, exonen komen samen. snRNA betrokken omdat ze binden aan pre mRNA waardoor evenwicht verstoord is. NALEZEN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

RNA information flow

A

in prokaryoten in een compartiment, in eukaryoten in meerdere compartimenten zoals nucleus en cytosol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

Capping waarbij en waarom

A
  • In eukaryoot mRNA
  • 5’cap van 7 methyl guanosine triphosphate
  • Voorkomt dat RNA degradation
  • Nodig voor transport uit nucleus en guidance naar ribosoom
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

stappen capping

A

RNA triphosphatase
guanylyltransferase
methyltransferase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

Polyadenylation waar en waarom

A
  • Alleen bij eukaryoot mRNA
  • Voor nuclear export nodig
  • Voorkomt afbraak
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

Polyadenylation stappen

A
  • RNA polymerase, vaak AAUAAA, herkent
  • Knipt RNA
  • Poly A polymerase plakt de poly A staart. Geen template nodig!
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

Differential gene expression meten –

A

RNA blot maken door RNA extract, denatureren op elektroforese, blotten

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
59
Q

Quantative RT-PCR of single gene

A

Less cycles gives more RNA, more cycles gives less RNA DIT NALEZEN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
60
Q

prokaryoot transcriptiefactoren

A

prokaryoten hebben een sigma factor (activator protein) die moet binden om te starten, bindt direct aan promotor.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
61
Q

Eukaryoten transcriptionfactoren

A

tata box binding protein binds first en hieraan (initiator complex) bindt RNA polymerase, hieromheen zit een mediator. Een activator protein op enhancer kan hieraan binden.

62
Q

Gel shift essay

A

labelen DNA van interesse, gebonden zal trager door gel gaan

63
Q

DNA binding proteins aantonen

A

EERSTE MANIER TERUGLEZEN
Gel shift essay
Veranderen coderend deel door iets anders om te kijken welke functie het had

64
Q

Reporter genes

A

lacZ – blauw
uidA – blauw
gfp – groen
luc – licht

65
Q

chromatin looping

A

reguleert genexpressie vanaf afstand
shg en limb gene zijn bijvoorbeeld verbonden, mutatie in een geeft probleem in ander gebied

66
Q

op hoeveel plaatsen kunnen histonstaarten worden gemodificeerd

A

18 verschillende plekken. Phosphorylation, acetylation en methylation, ook meerderen op een aminozuur.

67
Q

microRNA

A

complementeren mRNA en kunnen hiermee transcriptie blokkeren

68
Q

siRNA -

A

Bescherming tegen transprosons (dsRNA), zelfde als microRNA

69
Q

welk aminozuur kan maar door een code gemaakt worden

A

M

70
Q

Translatie begin en einde -

A

40s rRNA en initiation complex start, eindig bij 60s. NALEZEN

71
Q

tRNA

A

draagt aminozuren; peptikeketen gevormd op ribosoom. RNA sequence matcht tRNA anticodon
normaal 1 tRNA per codon, maar eigenlijk 4 herkend met 2 tRNAs omdat GU paar samen wordt herkend (GU wobble) OPZOEKEN WAT I WOBBLE IS
stopcodon – binden van release factor, verplaatsen NALEZEN MET PLAATJE

72
Q

prokaryoot vs eukaryoot ribosoombinding

A

prokaryoot - ribosome binding site AUG bindt initiator tRNAwaar het kan dienen als startpunt voor binding ribosoom
eukaryoot – eerste AUG gezocht door complex, en tRNA dient als 5’ cap.

73
Q

hoe werkt exit side ribosoom

A
  • peptidyl aan c terminus vervangen door aminoacyl tRNA waarna reactie eindigt
74
Q

genetische variatie virus

A

Virus – willen genoom zo klein mogelijk houden, gebruiken daarom frameshift. Kan door secundaire structuur RNA en veel UUUUU aan begin, ander reading frame.

75
Q

Proofreading translation –

A

incorrect tRNA kan verwijderd, verbruikt GTP. Niet zelfde als bij polymerase, want daarbij is band al gemaakt, hierbij niet.
Prokaryoot maakt 1 fout per 10^4 aminozuren.
minder fouten in DNA replicatie, dit en transcriptie hebben echter ergere gevolgen

76
Q

f box protein

A

herkent afbreeksignaal op protein en zend naar UBI ligase complex.

77
Q

Effect hoeveelheid ubiquitine op uitkomst

A

Monoubiquitine – histonregulatie
Multi ubiquitine – endocytose
Poly – proteasoom of DNA repair
SUMO en RUB hebben zelfde functie (ubiquitin like)
ubiquitine ligase complex kan uit en aan worden gezet

78
Q

verschil introns en exons in vliegen/wormen en mensen

A

in vlieg/worm is exonlengte vrijwel niet veranderbaar, daardoor aannemelijk dat het behouden wordt en splicing niet gedaan

79
Q

three prevailing hypotheses to account for the evolution of ‘humanness traits’:

A
  • protein evolution
  • the ‘less-is-more’ hypothesis
  • changes in the regions of the genome that regulate gene activity
80
Q

Restriction enzyme Type 1

A

more subunits, specific recognition, maar knipt <1000 bp downstream

81
Q

restriction enzyme Type 2

A

een enzym herkent en knipt sequence, ander enzym methyleert. Herkent palindromen (zoals TA – AT naast elkaar). Voorbeeld EcoRI

82
Q

restriction enzyme Type 3

A

een enzym knipt en methyleert 24-26 bp daar vanaf

83
Q

Werking restriction enzymes

A

als dimeren en herkennen DNA sequence. RG/GNCCY. R purines (AG), Y pirimidines (CT) CHECKEN. Visualiseren door gelelectroferese.

84
Q

Isochizomeren

A

enzymen die zelfde sequence herkennen.

85
Q

DNA ligase werking

A

herstelt phosphodiesterbond door hydrolyse van ATP

86
Q

4 manieren van DNA eindes plakken

A
  • Blunt end plakken met ligase en ATP
  • 1x 5’ overhang kan je gewoon nucleotiden toevoegen
  • 2x 5’overhang kan je plakken met ligase en ATP
  • 3’ prime overhang kan niet worden aangevuld met nucleotiden, moet dus met nuclease geknipt en dan geplakt.
87
Q

Cloning vector stappen –

A

knippen met restrictie nuclease, DNA ligase en DNA fragment toevoegen. AB resistence toevoegen om te checken of het goed is ingebouw.

88
Q

waaraan moet cloning vector voldoen

A

regio die integratie faciliteert (biral backbone
* Origin of replication
* High copy number (>10 copies per cell)
* Selection marker (antibiotic resistance gene) want gen er in houden kost veel energie
* Unique restriction/recombination sites to insert DNA
* Simple method to establish recombinants
(blue / white screening)
promotor en terminator voor goed inzetten

89
Q

Waarop letten bij kiezen recognition sites plasmide voor restrictie enzymen

A
  • Unique sites – je wilt niet plasmide in 5 stukjes knippen
  • Reading frame intact laten
  • Checken op gel of je 2 bandjes ziet bij recombinant
90
Q

Genomic library

A

millions of genomic DNA fragments in bacterial vector geplakt. Mocht je hele menselijk genoom willen dan heb je 3 x 10^5 clones nodig
cDNA library kan ook gemaakt, maar niet omvang te berekenen omdat het gaat om al het RNA wat op dat moment gemaakt werd

91
Q

PCR cloning genomic fragments voor en nadelen

A

als je weet welk stuk en niet te groot, dan geen library nodig. Is snel en sensitief, maar alleen voor kleine stukjes en geeft homoloog DNA.

92
Q

cDNA synthese stappen

A

polyA tail mRNA gebruikt voor polyT primer. Reverse transcriptase toegevoegd en deoxy, alkali lost RNA op. tweede DNA strand gemaakt door polymerase. Geeft double strand cDNA. Is sensitief en snel, maar 5’ end RACE for full length, en gene families

93
Q

PCR fragment hoe in vector geplaatst

A

direct geplakt in vector met topoisomerase

94
Q

Gibson assembly van PCR fragment in vector

A

Plasmid knippen met restrictienuclease, dan exonuclease (5’ er af voor overhanging ends die overeen moeten komen met plasmide), zelfde bij cDNA doen. Dan DNA polymerase en ligase toevoegen

95
Q

DNA in vector

A

library, foreign gene in transgenic organism plaatsen, knock out, mutated form of gene, analyze activity of promoter by fusion to reporter gene

96
Q

Introduction of non permeable substances (DNA, RNA) in animal cells opties

A
  • Microinjection
  • Electroporation
  • Liposomes
  • Particle bombardment (met gouddeeltjes beschieten), niet meer gebruikt
97
Q

Transfectan

A

metaboliet, facilitates uptake op DNA

98
Q

DNA transfer to animal cell cultrures

A
  • Direct – microinjection, particle bombardment
  • Transfection – chemical, liposomes, electroporation
  • Transduction – viral
  • Transient expression up to 6 days, temporary episomal expression of DNA
99
Q

Integreren DNA in host probleem –

A

integreert niet waar je wilt, is compleet random

100
Q

Transgenic animal

A
  • Injection in pronucleus of zygote – niet effectief
  • Removing nucleus and bringing back another (with altered gene construction)
  • Kern plaatsen in eicel
101
Q

Changing gene activity in transgenic animals

A
  • Homologous strand, plek kiezen, gene of interest should fit. Neomycin (G418) en gancyclovir resistance toevoegen om te kijken of het goed is geintegreerd
  • Zinc finger nucleases
  • TALEN
  • CRISPR/Cas9
102
Q

CRISPR/Cas9

A

cas9 creeert dubbele break
transgene ingebouwd

103
Q

Gene silencing vs gene editing

A

Gene silencing – disruption, gene editing – template met nieuwe sequence. Gebeurt beide met guide RNA

104
Q

lncRNA

A

lang, niet coderend
geen functie of scaffold om bv x chromosoom te inactiveren

105
Q

miRNA

A

micro
blokkeren tranlatie mRNA en zorgen zo voor degradatie

106
Q

siRNA

A

interfering
genexpressie uit door mRNA afbraak

107
Q

piRNA

A

binden piwi eiwitten en beschermen germline tegen transposable elements

108
Q

wanneer heeft DNA polymerase moeite

A

repetitief of CG rijke gebieden

109
Q

hierarchical shotgun sequencing

A

vorm van whole genome sequencing;
DNA geamplificeerd en in BAC gezet
gesequenced
overlapping stukjes geplakt

voor klein genoom zonder repetitie
bij mensen restriction enzyme sites in clone vergelijken met whole genome

110
Q

contig

A

verzamelen van meerdere stukjes DNA tot een geheel

111
Q

verschillen pyrosequencing en dideoxy

A

pyro geeft smaller reads
pyro is met microscopie en camera, dideoxy is met gel/capillair electrophorese/laser based
pyro blijven geincorporeerd worden
pyro is in spheres ipv gels/tubes/capillaries

112
Q

illumina sequencing

A

dNTPs gelabeld met fluorescentie, 4 kleuren dus allemaal tegelijk

113
Q

ION TORRENT sequencing

A

bij vrijkomen van PPi komt ook een H vrij, verandering in pH

114
Q

minION/nanopore

A

DNA getrokken door nanopore door immobilized/fixed motor proteins
quick and dirty

115
Q

bioNano

A

alleen bepaalde delen van DNA gelabeld zoals repetitief of restriction sites
quick and dirty

116
Q

AFLP PCR

A

een of meerdere restrictieenzymen toegevoegd
adaptor geplakt
seletief sommige fragmenten vermeerderd
op gel gezet
handig om aan of afwezigheid van genen te vergelijken tussen soorten

117
Q

gen

A

alles betrokken bij expressie van exons

118
Q

synteny

A

behoud van volgorde van een cluster genen - wijst op functionele relatiep

119
Q

operon

A

cluster van genen gecontroleerd door een enkele promotor

120
Q

dotplot analyse

A

van homologous proteins
elk puntje staat voor een stuk van x aminozuren voor tenminste y gelijke aminozuren

121
Q

RNA seq

A

high throughput cDNA sequencing

122
Q

2d gelanalyse proteomics

A

scheidt op twee waarden zoals lading (pKa=pH), grootte, gewicht op SDS gel

123
Q

pdb

A

database for protein structures

124
Q

kegg

A

for modeling metabolic pathways

125
Q

verschil transcriptie prokaryoten en eukaryoten

A

prokaryoten - een mRNA codeert voor meerdere proteins, andere manier van transcriptie nodig. direct binden RNAP2 aan promoter, regulatoir bindt op of dichtbij
bij eukaryoten introns er uit, hebben 5 en 3 einde. RNAP2 bindt tata, regulatoir bindt ver weg

126
Q

northern blot

A

totaal RNA isoleren
rRNA verwijderen dmv gel
blot met DNA fragment probes

127
Q

QPCR

A

fluorescent aan RNA, kan in real time gemeten
boven treshold zegt iets over initial amount of transcript
less cycles = more RNA

128
Q

cis element

A

regulatoir element op zelfde chromosoom

129
Q

trans acting factor

A

werkt op andere chromosoom

130
Q

functie regulatoir element achterhalen

A

vervangen gen door reporter gene
of mutant door verwijderen

131
Q

in hoe veel reading frames kan dna getransleerd worden

A

6

132
Q

in heo veel reading frames kan rna getransleerd worden

A

3

133
Q

hoe wordt translatie beeindigt

A

`release factor met peptidyltransferase bindt A site, hydrolyse wardoor ketting loslaat van tRNA en ribosoom

134
Q

verlenging translatie hoe

A

EF-Tu katallyseert binding van aminoacyl-tRNA aan ribosoom
EF-Gu coordineert translocatie van A naar P en P naar E
vorming peptide bond tussen n terminus van amino aan tRNA en c terminus van nascent chain

135
Q

verschil translatie eukaryoot en prokaryoot

A

eukaryoot; heeft pre initiation complex en cap binding. scannen mRNA tot startcodon vanaf daar in kozak consensus sequence
prokaryoot; internal initiation of translation

136
Q

verschil co translational en post translational

A

co - tijdens translatie in ER
post - na
hier worden ze geglycoliseerd

137
Q

hoe wordt vouwing proteins gecorrigeerd

A

hsp70 helpt tijdens vouwen door hydrofobe interacties. binden van ATP en GroES laat protein vrij
hsp60 corrigeert
F box target naar E2E3 indien fout

138
Q

EcoRI werking

A

knipt zo dat sticky 5 overhang blijft

139
Q

HpaI werking

A

blunt end

140
Q

isochizomers

A

enzymen die zelfde sequence herkennen

141
Q

GATEWAY strategie

A

gebruikt recombinatie sites ipv restrictiesites
laat DNA tussen verschillende vectors springen terwijl reading frame behouden blijft mbv LR clonase:
entryclone heeft DNA dat je interessant vindt omringd door attL
destination vector heeft twee attR sites
LR clonase zorgt voor recombinatie tussen sites en creeert nieuwe AttB site in vector, en attP in donor
terug te draaien met BP clonase

142
Q

waaraan moet een general vector voldoen

A

voor introductie gen, daarom gene of interest en selection marker

143
Q

waaraan moet een knock out vector voldoen

A

homologous DNA sequence - zodat gen verwijderd wordt van genomic DNA door homologous recombination
een positieve selection marker tussen homologous- onderscheid ko en wt (zoals neomycin resistentie)
negatieve selectiemarker buiten homologous - expressed dan random geintegreerd (zoals tk1/2 die gedood kunnen worden door ganciclovir)

144
Q

genome editing mogelijkheden

A

zinc finger - restriction enzyme bindt DNA, cleavage
herkennen 3 base pair
talen nuclease - binden niet specifiek, herkennen een nucleotide
crispr cas9 - guide rna is complementair/homoloog, bindt cas9 wat silence/mutation ontstaat

145
Q

gene therapy SCID

A

retroviral gene construct in LMO gene, maar gaf leukemie

146
Q

AVV vector

A

integreren niet in host maar persisteren als episoom - langdurige expressie

147
Q

manieren om DNA sequentie te bepalen

A

dideoxy
hierarchical shotgun
pyroseq
illumina
ION torrent
minION
bioNano
PCR
RTPCR
AFLP PCR

148
Q

manieren om RNA expressie te meten

A

RNA seq
microarray
northern blot
QPCR
reporter gene vervangen/verwijderen

149
Q

manier om eiwitten te meten

A

2d gel
MS/MS
PDB

150
Q

waar metabole paden op te zoeken

A

kegg

151
Q

DNA gebonden eiwitten zichtbaar maken

A

chemical/enzymatic degradation
mobility shift assay

152
Q

genome editing mogelijkheden

A

zinc finger
talen
crispr cas9

molecular biology of the cell (3 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions