Brainscape's Knowledge GenomeTM


Top Flashcards (Certified)
All Flashcards

molecular biology of the cell > mboc - week 2 > Flashcards

mboc - week 2 Flashcards

1
Q

Epigenetic regulation

A

Heritable change in gene expression or genome function, door mitose gene expression and expression states (vooral planten) veranderlijk. Door meerdere delingen doorgeefbaar maar omkeerbaar

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

If epigenetic regulation goes wrong consequences

A

disturbed development, diseases, transgene silencing, faster aging

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

In ratten epigenetische regulatie invloed –

A

likken geeft verwijdering methylatie en meer expressie glucocorticoid receptor (stress)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Epigenetische modificaties

A
  • Noncoding RNA
  • Histone variant (structure nucleosome)
  • Histone modifications
  • DNA methylations
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Bekende mutaties bij chromatinesoorten:

A

Heterochromatin: H3K9me
Euchromatin active: H3K4me3
Euchromatin inactive: H3K27me

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Genome always off modifications;

A

DNA methylation, H3K9methylation, transposons

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Genome active temporarily modifications;

A

RNAP2, activator, H3k4methylation, histonacetylation, genes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Genome inactive temporarily modifications;

A

H3K27, repressor proteins, genes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

euchromatine wanneer open en wanneer niet

A

H3ac, H3K4me, activator/trithorax protein open
repressor/polycombgroup (PcG) proteins, H3K27me dicht

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat nodig naast epigenetische modificatie -

A

sequence specific transcription factors en chromatin remodelling nodig omdat niet alles in een keer open moet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Transposable element

A

change position in genome, regulates gene expression, can multiply itself

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Saccharomyces cerevisiae voordelen en nadelen

A

deelt snel en aseksueel, makkelijk onderhouden, homologous recombinations, tiny genome

geen DNA methylation, H3K9methylation, geenH3K27 methylation, no RNAi, unicellar, few TE and distal CREs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Schizosaccharomyces pombe voordelen en nadelen

A

H3K9me, RNAi

geen DNA methylation, H3K9methylation, geen H3K27 methylation, unicellar, few TE and distal CREs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Caenorhabditis elegans voordelen en nadelen

A

H3K27me/polycomb silencing, multicellular

geen DNA methylation, few TE and distal CREs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Drosophila melanogaster voordelen en nadelen

A

betekenisvolle phenotypische veranderingen

geen DNA methylation, few TE and distal CREs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Arabidopsis thaliana voordelen en nadelen

A

DNA methylation, lots of variants

not as many TEs as organisms with large genome

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is DNA methylation, waar geplaatst

A

5-methylcytosine (5mc) in meeste eukaryoten, vooral cytosine in CG context.
* Transposable elements have DNA methylation, samen met H3K9
* CpG rich ‘islands’/Promoters are unmethylated
* Protein-coding regions have DNA methylation in gene body
Heel groot deel 5mc in transposons en repetitief DNA
trekt DNAmethyl binding proteins (MBPs) aan

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

5hydroxymethylcytosine

A

zorgt voor activaite enhancers, eerste stap in verwijderen 5mc
voorkomt MeCP2 binding en TET voorkomt DNMTs

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Methylated cytosines ways of repression

A

Inibition of TF die RNAP stimuleren

Methyl binding proteins (MBPs) bind 5mC & recruit repressor proteins (e.g. H3-K9 methyltransferase) to repress transcription

DNA methyltransferases (DNMTs) are bound to histone deacetylases (HDACs) and histone methyltransferases (HMTs), resulting in transcription inactivation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Methylation meten voor specifieke regios waarmee

A
  • DNA blot analyse
  • qCPR
  • bisulfite sequencing
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

genome wide methylatie meten waarmee

A
  • immunolabeling
  • IP met 5mc antilichaam samen met qPCR/microarray/sequencing (me-DIP)
  • Sequencing DNA methylation libraries
  • Genome wide bisulfite
  • Genome wide enzymatic methyl seq
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

MeDIP

A

gefragmenteert DNA, 5mc antilichaam er bij en groen fluor, ander deel rood (dit is niet gemethyleerd), magnetische beads om die er weer uit te halen, daarna sequencen om te kijken welke sequences zijn enriched

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Bisulfite sequencing

A

analysis of methylation of every cytosine in DNA. Bisulfite changes unmethylated cytosines into uracil. Gemethyleerd blijft C, niet omschrijven naar dochterstrand!! ACTA BLIJVT AUTA!! PCR en cloning voor klein fragment of sequencing voor heel genoom. Als je top en bottom strand vergelijkt bij dochtercel zie je dat code verandert.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Methylation 5mc afwijkende targets

A
  • Normaal 5’–CG–3’
  • In embyryo; 25% non CG, mainly CA
  • Mammalian brain 1.5% non CG, mainly CA
  • Planten; CG, CHG (H = A,T or C) which is symmetric or CHH which is asymmetric because one C methylation is missing
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

MeCP2

A

bindt specifiek aan CA gemethyleerde structuur en is nodig bij x inactivatie. niet werken van dit geeft misregulatie (Rett syndroom)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

TAD

A

blob van DNA. chromatine die gelijke epigenetische markers hebben, sequences daarin binden elkaar. Voorbeeld polycomb silenced, transposons en active genes. Phase separation speelt een rol, IDR (intrinsically disorganised regions) interact

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Compartment

A

TADs reageren weer met elkaar. Phase separation speelt een rol

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

brain-specific gene in brain and liver type of chromatin –

A

brain; active euchromatin, liver; factultative heterochromatin - not expressed in liver but not permanently silent.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Constitutive

A

altijd uit, transposable elements

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Facultative

A

niet altijd uit

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

accessible active chromatin marks

A

H3K4me, H3ac, H3K36me, trithorax (activator)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Inactief naar actief nodig

A

TF + chromatin remoddeling proteins

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Geeft methylatie/acetylatie etc op verschillende plekken zelfde effect?

A

nee, bv K4 en K9 modification geven compleet ander effect

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

ChIP seq

A

method to check histone modifications. Ab bij chromatine, beads toevoegen die alleen gekoppeld bindt, DNA isoleren, analyse met PCR (locus), high throughput (whole genome), microarray (niet echt meer gebruikt)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
34
Q

constitutive heterochromatin marks

A

H3k9me
dna methylation
transposons
hp1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
35
Q

Active euchromatin marks

A

h3ac
h4ac
trithorax (activator)
h3k4me
h3k36me
RNApol2
genes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
36
Q

Inactive chromatin

A

H3K27me
polycomb
genes

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
37
Q

Plaatsing methylatie histonen

A
  • H3K4me3 piekt in begin
  • H3K36me3 piekt na H3K4me3
  • H3ac/H4ac minder hoge piek maar houdt langer aan
  • H3K27me3 als blanket over hele gen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
38
Q

H3K4me3 kenmerken

A
  • H3K4me3 recruits histone acetyl transferases (HATs)
  • Level of H3K4me3 mark correlates with transcript levels
  • H3K4 methylation prevents DNA methylation
    komt vooral op promotors voor
    voorkomt methylatie maar kan er niet af halen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
39
Q

Welke histonmodificaties zijn belangrijk voor genactivatie en transcriptie–

A

H3ac, H3K4me en H3K36me

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
40
Q

How does H3K4me results in active chromatin?

A

Recruits acetyltransferases, prevents DNA methylation
DNMT3 – de novo DNA methyltransferase
DNMT3L – DNMT3 binding partner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
41
Q

H3k36 rol

A

voorkomt cryptic initiation of transcription
* acetylation is added co-transcriptionally by HAT: facilitates disruption nucleosomes by RNA Pol II
* H3K36me added behind RNA PolI complex: recruits Histone deacetylase (HDAC) -> removal Histone acetylation
* H3K36me recruits DNMT3 -> de novo DNA methylation (5mC)
* Kortom; Verwijderd acetyl, minder acceccible, meer stabiel. Methylation voorkomt initiatie
komt vooral voor in gene body

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
42
Q

H3k27me3 rol

A

speelt blenagrijke rol in silencing developmentally/tissuespecifically regulated genes
mutatie lysine naar methionine voorkomt vorming polycomb - glioma

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
43
Q

H3K9me rol

A

is associated with silencing of transposable/repeated elements vooral samen met HP1
verwijderen van h3k9 methyltransferase geeft minder genome stability, deletions, translocations

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
44
Q

hoe worden on en off state behouden

A

Polycomb maintains off state (h3k27me), trithorax on state (h3k4me, h3k36me)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
45
Q

Bivalent/poised

A

aan en uit signalen op zelfde moment. Vooral stem cell
komt door combinatie h3k27me en h3k4me

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
46
Q

Acetyolation writer =

A

HAT/KAT on lysine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
47
Q

Acetylation eraser

A

HDAC on lysine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
48
Q

Methylation writer

A

HMT-KMT on lysine/arginine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
49
Q

Methylation eraser

A

HDM/KDM on lysine/arginine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
50
Q

Fosforylation writer

A

kinase on serine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
51
Q

Fosforylation eraser

A

PPTase on serine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
52
Q

Ubiquitine writer

A

ligase on lysine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
53
Q

Ubiquitine eraser

A

protease on lysine

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
54
Q

histone modifying enzymes recruitment –

A

sequence specific transcription factors such as GATA3, MyoD. Sequence specific TFs herkennen DNA sequences, determine how important that sequence is for those transcription factors.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
55
Q

Overexpression EZH2 in polycomb

A

silencing tumor supressor genes such as INK4A and CDKN1A. it mediates H3K27me2/3, removal acetyl

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
56
Q

Histone variant

A

proteins with different aminoacid composition than standard histones. Encoded by different genes than standard/canonical. Differ in amino acid. Differ in properties, expressed throughout celle cycle, desposited replication independent, encoded by individual genes, contain introns, polyadenylated transcript AANVULLEN

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
57
Q

canonical histone expression when

A

during s phase

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
58
Q

Verschil histone variants tov total pool voor H3 en H2A

A

in mammalian cells the contribution of histone variants to the total pool of histone proteins is bigger for H3 than H2A histones

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
59
Q

Functie H3.1

A

present in bulk of chromatin
tijdens replicatie door CAF1

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
60
Q

Functie H3.3

A

vervangt verloren histonen, mogelijke rol in transcriptie initiatie. Ook op telomeric repeats en pericentric consitutive hemochromatin
vooral dus in actief chromatine, replicatie onafhankelijk. door HIRA in genen/regulatoir en door h3k9me DAXX-ATRX in repetitief/hetero gezet.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
61
Q

cenH3 (CENP-A)

A

is heel anders dan H3.1 en H3.3, zit bij centromeer waar spindle connect chromosomen. Kinetochore structuur assembly

62
Q

How can the location of cenH3 be explained?

A

CenH3 and H3 incorporation at centromere alternates and chromatin forms helical turns

63
Q

With whick type of chromatin is H3.3 associated?

A

Actively transcribed genes. Te zien aan RNApol2 en H3K4me2

64
Q

CAF1

A

zet H3.1 neer tijdens replicatie

65
Q

HIRA

A

zet H3.3 op genen en regulatoire sequences

66
Q

DAXX

A

zet H3.3 op repetitief DNA

67
Q

Knock out HIRA effect

A

geeft minder dense, meer schade DNA, limiteert nieuwe methylatie en cryptic initiation of transcription

68
Q

Waarom H3.3 in pericentric consitutive heterochromatin

A

in repeated sequences histones can be lost

69
Q

Mutation in H3.1/H3.3

A

geeft hersentumoren. Lys27 > met27 veroorzaakt doordat enzymatic activity of PcG proteins is hamered, facilitating gene expression. Lys27met geeft minder polycomb voor trimethylatie h3k27, minder activiteit EZH2, minder tumorsupressoractiviteit.

70
Q

waarom kunnen H3.1 en 3.3 zomaar worden ingebouwd op elkaars plaats?

A

Minor amino acid differences between H3.1 en 3.3 allow replication independed incorporation of H3.3

71
Q

incorporation of H3.3/H4 door welk protein

A

ATRX-mediated binding to H3K9me3. DAXX incorporates H3.3-H4 dimers

72
Q

macroH2A functie

A

X inactivation door coaten met xist RNA wat silencing geeft
verdere silencing door h3k27me en polycomb group proteins (pcg)
modificatie h3/4 naar macroh2a
5mc aan 5 einde genen geeft irreversibele inactivatie

heeft een groot c terminal domain dat uitsteekt wat remoddeling voorkomt
geassocieerd met HDAC
werkt als tumorsupressor

73
Q

H2A.B functie

A

Boundary sequence – prevents heterochromatin from spreading, prevents enhancer from activating gene.
rol in mRNA splicing

short c terminal, geen amino acid targets for modification.
less stable -> increase in chromatin accessability.
Excluded from inactive x chromosone, enriched at active. Vooral in testis, ook andere organen. vooral in tss. co localizes met h3

74
Q

H2A.Z functie

A

conserved in eukaryote development. Extended acidic pathch domain wat deel is van docking domain dat interactie met andere histonen beinvloedt.
Regulates gene transcription door RNApol recruit. SWR-C zet H2A-Z-H2B in NDR/NFR zoals TSS
boundary/insulation - voorkomt enhancer activatie, voorkomt heterochromatine spreiding
chromosome segregation

75
Q

Relatie tussen H2A.Z en DNA methylatie

A

reversed, anticorrelation. Is bij transcription start site te zien

76
Q

De novo methylatie waardoor

A

DNMT3 – methyleert de novo n terminal lysine 4, DNMT3L = DNMT3 binding partner

77
Q

Active demethylation waardoor

78
Q

In welke cellen wordt methyl verwijderd -

A

Progenetor cells en zyoogote

79
Q

Methylatie in verschillende species soorten

A

Only CG in mammals, CG, CHG and CHH in plants, no C methylation in Drosophila

80
Q

Which histone modifications and sequences are generally correlated with the absence of DNA methylation?

A

H3K4 methylation, transcription start sites and active regulatory sequences

81
Q

Hoe vindt methylatie tegen cryptic initiation of transcription plaats

A
  • RNA pol2 bindt, Setd2 zit hier aan vast
  • SETD2 zet H3K26me achter RNAP2
  • DNTM3b (de novo) herkent en methyleert
82
Q

unmethylation nodig waar

A

transcription start site CpG islands (beschermd tegen methylation, ookal gaat dat tegen intuitie in). TF is pioneer

83
Q

how are CpG islands protected? -

A

H3K4 methylation & binding transcription factors, en enzymen voor DNA demethylatie (TET)

84
Q

How can transposable elements (TEs) threaten genome stability?

A

Insertional mutagenesis
spreading DNA methylation from TEs
Promoter inactivation
Homologous recombination between TEs
trnascription interference(RNAi)

85
Q

waar vindt je vooral unmethylated en low methylated regions

A

Unmethylated vaak om gene, gaat om CpG eiland. Daaromheen is low methylated, cell type specific.

86
Q

Rol methylatie

A

TE onder controle (tegen mutagenesis door in intron, of homologe recom door deletie, minder DNA methylatie)
geen homogolous recombination
Genomic inprinting
x inactivatie
gentranscriptie
genome stability

87
Q

Genomic inprinting

A
  • The DNA of imprinted sequences is methylated
  • Genes are expressed in a parent-of-origin manner
  • The imprints are reset during gametogenesis
  • Genes show monoallelic expression dependent of their parental origin – need to be reset during gametogenesis
88
Q

Van minst naar meest permanent metylatie plekken-

A

Xist RNA coating, silencing, macroH2A, DNA methylation

89
Q

5mc for daignosis

A

Bloedsample sept9 is gtp binding protein, methylering CpG van SEPT9 is grote kans colonkanker
5mc beinvloedt site at which polyadenylation occurs

90
Q

sept9 biomarker

A

Bloedsample sept9 is gtp binding protein, methylering CpG van SEPT9 is grote kans colonkanker

91
Q

What is the role of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC)?

A

5hmC is an intermediate in the DNA demethylation pathway

92
Q

How can DNA methylation be lost upon cell division?

A
  • By replication in the absence of DNA methyltransferases (passive demethylation)
  • Through removal by TET enzymes (active demethylation
93
Q

DNMT1 functie

A

for maintanence methylation, target CG en CHG

94
Q

DNMT3A/B/C functie

A

de novo methylation, targets CG/CA/CT/CC

95
Q

Hemimethylated site

A

aan andere kant is het nog maintanance. Mocht beide kanten geen C gemethyleerd hebben is het de novo

96
Q

DNMT1 hoe verzameld

A

kan komen door op replication form te gaan zitten of door zinc finger

97
Q

piRNA

A

in germ cells de novo methylattie van TE -> recruit DNMT

98
Q

passive DNA demethylation

A

door replicatie heeft helft geen methyl
active DNA demethylatioin – TAT, kan ook zonder replicatie

99
Q

waarom altijd meteen mannelijk DNA ge unmethylated na bevruchting

A

beide kopieen aanwezig, beide expressed zou growth problems geven, daarom DMRs moeten gemethyleerd blijven in zygote

100
Q

IncRNA function

A

gene regulation, x inactivation, genomic imprinting,

101
Q

microRNA funciton

A

fine tuning gene expression
coderen voor longRNA die weer coderen voor miRNA
perfect match - degradation, mismatch - translation inhibition
kan mirtrons maken - moeten gespliced ipv drosha

102
Q

long-non coding RNAs kenmerken

A

RNAs from intergenic regions that are at least 2kb long. Bevatten meestal wel ORFs voor microproteins, maar meestal niet translated. Door RNAp2 gelezen, gecapt en polyA. Tot expressie cel/weefsel/ziekte specifiek. Kunnen gemaakt worden uit intron, coding, cis regulatoire regios.

103
Q

circRNA kenmerken

A

closed loop. Door back-splicing met downstream splice site joining upstream splice site, heel stabiel, niet exonuclease mogelijk. Sequestering microRNAs or proteins.

104
Q

enhancerRNA (eRNA) kenmerken

A

komt vn enhancer af, bidirectional, capped, unspliced, niet polyA, instabiel

105
Q

enhancer associated inRNA (elncRNA) kenmerk

A

meestal unidirectional

106
Q

long non coding RNA categorieen

A
  • niet-functioneel – transcriptional noise
  • non functional waarbij transcription process sufficient for function
  • functional die cis of trans werking kunnen hebben. Bijvoorbeeld Xist, Tsix, HOTAIR ONTHOUDEN
107
Q

wat gebeurt er bij transcriptie twee kanten tegelijk op

A

interference
gebeur tbij lncRNA

108
Q

wat gebeurd er bij binden aan polycomb proteins

A

transcriptional repression

109
Q

Decoy model

A

lncRNA bindt aan activator, protein complex laat los
voorbeeld gas5

110
Q

guide model -

A

Protein binds dna, makes it that protein can bind the targer. LncNRA bindt activator, conformational change, allowing binding protein

111
Q

Scaffold model:

A

lncRNAs can, by binding, bring multiple proteins together in a complex that together exert a particular function
voorbeeld HOTAIR bindt PRC2 en H3K4me2/3 demethylase, zorgt voor H3K27me3 en verwijderen H3K4me2/3 - repressie in trans
voorbeeld xist RNA coat x en recruit polycomb. tsix voorkomt opstapeling xist
voorbeeld ncRNA a7 voor trnscription factor
voorbeeld HOTTIP guides H3K4methyltransferase naar TSS

112
Q

Xist –

A

scaffold lncRNA, coats chromosome, dosage compensation; niet twee keer meer dosis door vergeten x uit te schakelen

113
Q

Functie lncRNA bepalen

A

knockdown door smallRNAs. Niet met crispr omdat je dan enhancerregio er uit zou halen, kan je niks meer zeggen over specifieke functie lnc RNA. Kan met bijvoorbeeld ncRNA-a7 of HOTTIP, geeft decreased expression

114
Q

RNAi general characteristics (small RNA pathway);

A

dsRNA wordt hetkend door dicer en geknipt in stukjes van 20-30bp tussen PAZ en catalytic residues, die stukjes op ARGONAUTE in RISC complex gezet en uit elkaar getrokken waarbij een strand overblijft (antisense), wordt geplakt aan mRNA, waardoor mRNA geknipt wordt. Geeft silencing, translation inhibition, heterochroma. Sequence specific

115
Q

IR transgenes

A

produce dsRNA
gevolg dat planten veel kleurcombi’s hebben. Kan een hairpin vormen

116
Q

Sources of dsRNA

A

inverted repeat transgene
endogenous microrNA
sense and antisense van zelfde sequence
externally
viral RNA
action of RNA dependent RNA polymerase
transposable element
sense en antisense van zerlde sequence

117
Q

miRNA functie

A

fine tuning expression

developmental regulation
biomarker

118
Q

piRNA functie

A

inhibition TEs transposons

genome stability
germline development

119
Q

transcriptional (TGS) silencing

A

transcription is hampered

120
Q

post-transcriptional gene silencing (PTGS)

A

RNA is degraded or translation blocked

121
Q

What are the components (nucleic acids and proteins) of the microRNA pathway?

A

Pre miRNA drosha, exportin 5

122
Q

PTGS welke soort RNA –

A

miRNA, piRNA, siRNA.

123
Q

Transcriptional of posttranscriptional RNA block testen

A
  • RT(Q)PCR of blotting – kijken of er RNA is. Geen RNA dan niet betekent dat het erniet is. Dan run on transcription assay
  • Wel RNA dan western blotting of immunolabeling
124
Q

microRNA pathway -

A

dsRNA pri-mi RNA gemaakt, Drosha knipt poly A en cap waardoor pre-miRNA ontstaat. Exportin 5 stuurt het uit de kern naar dicer, short double stranded geladen op RISC, enkele streng bindt daardoor aan mRNA. miRNA gecodeerd door endogenous genes.
miRNA kan gevonden worden in bloed, daarom gebruikt als biomarker

125
Q

piRNA pathway –

A

piRNA cluster gets trnscribed
processing
loading into PIWI
transport uit nucleus
piRNA bindt TE RNA (secondary piRNA)
knippen TE
TE kan weer TE/piRNA herkennen, ping pong cycle

126
Q

siRNA kenmerken

A

tegen virussen in plant, worm, insect. In mensen ook aanwezig; alleen in early development stage, IFNI later.
siRNA als behandeling – in nanoparticles tegen degradatie en om zeker te zijn van opname
repression viral expression and TE. RNA decay of translational silencing

127
Q

voornamelijkste reden dna methylatie in transposons

A

voorkomen van insertional mutagenesis. zo;n 45% bestaat uit transposable elements
threatens genome stability als dit niet wordt gedaan

128
Q

is een lethal mutation vaak niet lethal in een groot of klein genoom?

129
Q

waarom kan methylatie een biomarker zijn

A

meer methylatie bij kanker - repressie van kankerremmend gen

130
Q

op welke histonstaart vooral modificaties

A

n terminal histone tails

131
Q

cross talk set1

A

set1 methyleert h3k4
h3k4 faciliteert binding nuA3 HAT
H3k14 wordt geacetyleerd3h3k4

132
Q

H3K4me1 locatie

133
Q

effect acetylatie

A

tf bindt en neemt HAT mee

134
Q

expression of canonical and non canonical histones

A

canonical - during s phase
non canonical - replication independent

135
Q

welke histone variants komen overal voor, welke alleen bij vertebrates

A

overal; H3.3, cenH3, H2A.x, H2A.Z
alleen in vertebrates; macroH2A, H2A.B

136
Q

waar is replicatie coupled deposition van histonen van afhankelijk

A

aminozuren van n terminal

137
Q

H2A.X functie

A

is voor DNA reparatie, random ingebouwd In alle eukaryoten. Soms de vervanger voor H2A. Serine at c terminal extension; phosphorylated upon DNA damage.

138
Q

targets van dna methylatie

A

transposable/repeated
gene bodies
nucleosomal dna

139
Q

non targets van dna methylatie

A

h3k4me - voorkomt DNMT3, dus geen de novo methylatie
TSS en 3 end - dan stopt initiation
active promotors/regulatory
CpG island at promotor
enhanser/insulator

140
Q

waarop wijzen low methylated regions

A

distant enhancers, kan celspecifiek zijn

141
Q

waarop wijzen unmethylated regions

A

CpG island

142
Q

`reden van dna methylatie

A

genome stability
gene regulation
x inactivation
gene transcription regulation

143
Q

DNMT3a/b

A

komen vooral voor in ESC waar ze CHH methyleren, maar vooral CG (soms non CG) worden gemethyleerd

144
Q

lncRNA functie

A

generegulation
genomic imprinting
x chromosome inactivation

145
Q

lncRNA kenmerken

A

langer dan 200nt
non coding maar wel cryptic ORF
niet vertaald
transcribed, capped, spliced, polyadenylated
korter en minder expressed dan mRNA
cell tissue en developemntal stage/disease stage specific
active enhancers maken vaak lncRNA (eRNA)
promotor zelfde als coding

146
Q

run on transcription assay

A

nuclei isolated radioactively labeled
nucleotiden toegevoegd
rna isoleren en radioactiviteit meten

147
Q

siRNA pathway

A

zelfde als miRNA

148
Q

siRNA functie

A

beschermen pathogenen

genomic stability (silencing TE)
genome offence

149
Q

methylatie meten

A

DNA blot
bisulfite seq
meDIP

150
Q

histonmodificatie meten

151
Q

TGS door welke small RNA

152
Q

patirisan

A

eerste RNAi drug voor amyloidose bij neuropathie

molecular biology of the cell (3 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions