Materiel genetique Flashcards
Quels sont les criteres d’exploitabilite des marqueurs polymorphes?
-stabilite au cours de la vie d’un individu
-sensibilite de la technique d’analyse (traces)
-resistance (raisonnable) de la degradation
-cout d’analyse
-pouvoir discirminants
dans quel adn parle t’on ici?
adn nucleaire
Def ADN nucleaire
double brin en helice
code ecrit en 4 lettres : Adenine, Thynine, Guanine, Cytosine
A-T
C-G
quels sont les 2 types de polymorphisme? expliquer chacun
de sequence: on regarde vraiment la seq de lettre pour analyse de adn mitochondrial et phenotypage (adn nucleaire) lecture de code
de longueur: comparer a certain endroit de l’adn, la longeur de l’adn entre les individus (adn nucleaire (seq repetitive))
Quel etait la premiere analyse genetique?
Southern blotting/ DNA fingerprinting
-Alec Jefreys (1984)
-migration de fragment d’adn sur une plaquette de gel
-1er utilisation cas reel: affaire pitchfork
-actuellement obselete
que veut dire DNA fingerprinting?
diff de empreinte ADN -> faire attention
Que cible t’on lors de l’analyse ADN?
on analyse certaine partie d’ADN
–> STR (Short tandem repeat)
Def str
Morceaux d’ADN dans lequel l’ADN se repete et le nbr de rep varie d’un individu a un autre
–> elements de distinction = marqueur polymorphique d’interet
–> retouve majoritairement dans les parties non codantes de l’ADN
–> localisable (sur quel chromosome)
–> mesurables (PCR + Electrophorese capillaire)
–> variable entre individu (nbr de repetitions)
–> comparable
Combien de STR avons nous dans notre genome?
50’000 STR
Que veut dire qu’un individu est 4-5 d’un marqueur STR?
4 rep sur un brin et 5 rep sur lautre brin de chq des brins parentaux
Comment bien distinguer les individus entre eux avec les marqueurs STR?
En les cumulant (en avoir plusieurs)
a quoi sert un eclectrophoregramme? a quoi correspond les blocs vert?
a donner le profile gen d’un pdv analytique dune personne
bloc verts: marqueurs STR pour lesquels on a mesure les repetitions –> approche mutiplex (tout ces marqueurs ont ete analyse en mm temps)
un bloc rose : sexe genetique de la personne (x,y) –>amelogenine –> pas un STR –> gene qui code pour une prot qui se trouve dans l’emeil des dents et il se trouve sur les chromosomes sexuels
A quoi correspond alors un profil genetique?
combinaison des genotypes (allele presents) associe a l’ensemble des locis (=marqueur genetique, STR) consideres
–> suite alpha-numerique -> gestion information facilites
ex:
(12 15(str1)/14 16 (str 2)/ 09 10/…/X Y (amelogenine)
Plus un fragment STR est long, plus..
vous avez le risque de si la trace est degrade, que la degradation soit pile la ou il y’a le STR
Et si l’ADn est degrade la ou ya le STR = On peut pas mesurer la rep
–> interressant davoir un fragment court pour avoir un faible risque de degradation mais STR court en general anyways (4 lettres)
Comment bien choisir les STR? criteres de base
–> maximisation de la discrimination
on maximise le polymorphe
str pas correle entre eux –> pas la valeur de 1 influence un autre
–> resistance a la degradation
str = segment courts (5oo pdb, motif rep courts (4lettres) )
Combien de marqueur de type STR doivent avoir fait chaque pays qu’on a vu?
US: 20 loci obligatoire + amelogenine
Europe: 12 loci obligatoire + amelogenine
en gen on utilise plus, ici cest que le minimum
A cb de str peut on deja faire une bonne differenciation des individu ? pq fautil faire attention?
10 str -> 1/1’000milliars
15 str -> 1 sur 10^25
attention –> chiffre theorique car on est pas assez sur le nbr dhumain qui a vecu sur terre
1 str ? differenciation? 2 str?
1 str = 1/8 ou 1/25 –> pas assez
2 str = 1/200 –> pas assez
Si 10 str est suffisant, pq monte on au dessus en forensique?
traces qui a ete expose a plusieurs conditions = possible degradation des 10 str qui suffisent = il peut en rester 4 –> il faut analyser plus
Quels sont les 3 challenges qui s’opposent a la detection des STR par les traces
-profils partiels
-profils de melange
-erreurs humaines
Expliquer les profils partiels
-ADN degrade (soleil, humidie, nuclaire, faible quantite
-baisse de la valeur probante
-risque accru de correspondance fortuite
Expliquer les profils de melange
(trace de contact, delis sex)
-autant plus courant que sensibilite augmente
-interpretation plus complexe
-ADN minor pas tjr detecte
Expliquer erreur humaine
contamination, stockage innaproprie, inversion d’echantillon, erreur d’analyse/lecture
Expliquer erreur humaine
contamination, stockage innaproprie, inversion d’echantillon, erreur d’analyse/lecture
ou sont situe les STR les plus long dans un eletrogramme?
a droite du graphique
Comment sont stocker les profils genetiqeu?
en banque de donnes
Comment sont trie les profils gen dans les banques de donnes?
obtenu sur la base des STR:
–> traces non identifie
–> profils de ref d’individu condamnes
bases legales extremement strictes
–> criteres d’intro dans la BDD
–> duree de conservation
–> procedure d’effacement
Quels est le compromis que font face les banques de donnes des STR?
Compromis entre la lutte contre la criminalite et le soucis d’eviter des erreurs judiciaires ou les irruptions dans la vie prive des invidus en raison d’indices errones
Quels sont les banques de donnes en suisse? historique?
ADN CODIS (Combined DNA Index system)
car en:
-1999: besoin annconce dune BDD nationale
-2000-2004: mise en place et periode d’essai
-2005: entree en vigueur de la loi fed. sur les profils ADN
–> utilisation des profils d’ADN (procedure penale et non penale)
–> contenue et gestion de la BDD
Comment sont les banques de donnes en angleterre?
-1er BDD ADN nationale au monde
-1995: creation par le UK Home Office
-profils actuel: 5’500’000 (2020)
-Traces: environ 650’000 (2020)
-criteres d’intro tres large + conservation illimitee des profils
Comment sont les banques de donnes d’adn des US?
CODIS - Combined DNA index System
-1994: dna identification act
-1998: lancement de ndis
-2004: participation des 50 etats -> gestion par le CODIS
-profils: >15’000’000 (2021)
-traces: >1’000’000 (2021)
Comment sont les banques de donnes d’adn de la Chine? Quels sont les risques?
CN - Banque de donnes ADN nationale
-2005: creation de la BDD nationale ADN (autosomal)
-2012: creation d’une BDD nationale dediee au chromosome Y
-profils: 70’000’000 (2018)- plus grande BDD ADN au monde
-projet actuel d’alimenter les BDD avc les profils gen de la pop males (700’000’000personnes)
Risques:
-origines ethniques
-liens de parente
-correspondances fortuites
Comment sont les banques de donnes d’adn de la Suede? Quels sont les risques?
SE - Bio-Banque nationale
-prelevement de sang effectue sur ts les nouv. nes (1975+)
-detection maladies congenitales + stockage a des fins de recherches
-bio-banque = pas de profil gen stocke, mais sang (analysable)
-hautement sensible - confiance necessaire - acces tieres limites
-police (2003) - acces - assassinat du ministre des affaires etrangeres
-DVI (2004) - acces - identification de victime du tsunami
-2016: volonte du gouvernement de revoir les possibilites d’utilsiation du registre a des fins denquetes criminels
-police (2018) - acces refuse par la cour supreme (doit rester exceptionnel)
Quels sont les risques lies aux BDD ADN?
-correspondance fortuite (lien avec un individu qui n’est pas celui qui a laisse l’ADN) EX: Raymond Easton (1999)
-utilisation de traces non pertinente (contamination)
-negligence d’autre elements d’enquete (recrudescence (geneaologie genetique)
-manipulation de trace
-securite de la bdd
Quels sont les risques du phenotypage?
efficacite discutable
- traits physiques impliquant plusieurs genes
-apparence physique genetiqeu vs reelles
modeles predictifs perfectibles
-pas de certitudes
-a considerer comme element d’enquete
-mm risque que ceux lie a l’adn (traces non pertinente, negligeance d’autre elements d’enquetes)
exploitation de l’ADN codant
-chgt de paradigme concernant l’ADN
-contradiction avec les bases legales
-neccessite de modifier les lois en vigueur (suisse l’interdit)
