Marcadores Flashcards
Definir os vários marcadores e estabelecer relações entre si
Def. SNP
Single Nucleotide Polymorphism. Marcador DNA codominante bialélico (só tem 2 variações) espalhado por todo o genoma.
Dist. RFLP / AFLP
RFLP é um marcador codominante que necessita de grande quantidade de DNA puro para realizar a análise, por restrição, mas sem necessidade de informação prévia sobre a sequência nucleotídica.
AFLP é um marcador dominante que necessita de menor quantidade de DNA puro (em comparação com RFLP) para realizar a análise, mas com maior reprodutibilidade devido ao uso de PCR para amplificação dos fragmentos de interesse. Não necessita de informação prévia sobre a sequência.
Caraterísticas mtDNA
Alto polimorfismo em regiões não codificante; Héteroplasmia (variação intraespecífica); Sem recombinação com nucDNA (gera haplótipos, variantes herdadas em conjunto); Alto número de cópias por célula.
Def. AFLP
Amplified Fragment Length Polymorphism. Marcador DNA dominante que analisa regiões genómicas por PCR, delimitando a região de interesse com primers.
Aplicações DNA Barcode
Identificar animais a partir de partes dos seus corpos; Identificar a composição de alimentos comercializados; Identificar larvas com menos caracteres identificáveis que as suas formas adultas; Investigar a dieta de um animal com base no conteúdo estomacal, saliva ou fezes; Relacionar e distinguir espécies semelhantes em aparência; Identificar plantas através de folhas quando não há frutos ou flores; Identificar pólen coletado de polinizadores; Documentar a composição de comunidades; Identificar a composição de microbiotas.
Tipos de Marcadores DNA
RFLP, AFLP, RAPD, SSR/STR/microsat, SNP, RAD
Rel. STR + Alelle Stutter
Alelle Stutter ocorre devido à polimerização repetitiva de nucleótidos, característica em regiões de microssatélites, podendo gerar mutações, alterando a análise da região de interesse. O stutter pode levar à formação de alelos nulos, ou seja, que não amplificam.
Dist. SNP / SNV
SNP envolve uma substituição de um nucleótido numa posição específica do genoma. A variante mais comum é designada “Major” e a menos “Minor”.
SNV envolve substituições de um nucleótido numa posição específica do genoma sem limitação da frequência. São utilizados para considerar a ocorrência de SNPs quando a maioria da população estudada apresenta uma SNV.
Dist. Alozima / Isozima
Alozimas são variantes alélicas de uma dada proteína codificada no mesmo locus. Isozimas são proteínas homólogas codificadas em diferentes loci.
Regiões mtDNA + Aplicações
D-loop - Região altamente variável útil para genética populacional;
HV1/HV2 (Hyper Variable) - Enquadradas no D-loop, permitem fingerprinting forense;
Região Codificante - Genes expressos e menos variável, usada para a identificação de haplogrupos;
CO1 - Barcode de espécies animais.
Dist. Marcador Non-DNA / Marcador Dna
Marcadores Non-DNA baseiam-se na análise de características influenciadas pelo DNA (proteínas, fenótipos, etc…), não havendo observação direta do mesmo. Marcadores DNA baseiam-se na observação direta da sequência nucleotídica.
Def. RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism. Marcador DNA codominante que analisa regiões genómicas por locais de restrição delimitando a região de interesse com enzimas de restrição.
Desvantagens Alozimas
Necessita de amostras da zona a ser analisada;
Deteta apenas alterações não sinónimas em regiões codificantes (pouco polimórfico);
Não é possível inferir distâncias alélicas.
Def. Alozima
Marcador Non-DNA codominante baseado nas variantes alélicas de uma proteína, influenciando a sua taxa de migração quando submetida a eletroforese. É possível genotipar e inferir frequências alélicas.
Exemplos DNA Barcode
CO1 (Cythochrome C Oxidase) - Animais; RuBisCO - Plantas; ITS rRNA (Internal Transcribed Spacer rRNA) - Fungos; rRNA 16S - Bactérias.
Componentes DNA Barcode
Amostras (menor variação intraespecífica e maior interespecífica); Análise laboratorial (amplificação e sequenciação); Base de dados (consulta ou adição de novas sequências identificativas); Análise de dados (comparação e identificação por proximidade).
Aplicações STR
Diagnóstico de doenças; Testes de parentesco; Identificação forense; Mapeamento genético; Genómica populacional.
Tipos de Marcadores Non-DNA
Morfológicos e Alozimas
Dist. gDNA / cDNA
gDNA representa o genoma na sua totalidade (mtDNA+nucDNA), sendo possível observar regiões codificantes e não codificantes. Sequências de maior tamanho.
cDNA representa apenas a região codificante do genoma - transcriptoma. Obtém-se por transcrição reversa de RNA, tendo um produto de menor dimensão.
Def. Marcador Genético
Variantes na sequência de DNA que podem ser observadas e utilizadas para identificar e relacionar indivíduos, populações ou espécies.
Bónus: As alterações provêm de polimorfismos (SNPs, InDels) que provêm de mutações (substituição, inserção, deleção).
Def. Elemento Móvel/Transposão (Transposable Element/Transposon)
Sequências móveis de DNA capazes de se replicar independentemente do DNA da célula. Podem ser de 2 tipos mediante o intermediário utilizado para a sua translocação:
Classe 1 - Intermediário de RNA
Classe 2 - Intermediário de DNA
Tipos de DNA
gDNA (genómico); mtDNA (mitocondrial); nucDNA(nuclear); cDNA (complementar); eDNA (ambiental); aDNA (antigo)
Def. SSR/STR/microsat
Short Sequence Repeat/Short Tandem Repeat/Microssatélite. Marcador DNA codominante composto por várias repetições de um mesmo motivo nucleotídico, havendo vários alelos para uma mesma região. Necessária informação prévia sobre a sequência.
Def. DNA Barcode
Fragmento de sequência de DNA ou gene específico utilizado para identificar a espécie de um dado organismo.
