Marcadores Flashcards
Definir os vários marcadores e estabelecer relações entre si
Def. SNP
Single Nucleotide Polymorphism. Marcador DNA codominante bialélico (só tem 2 variações) espalhado por todo o genoma.
Dist. RFLP / AFLP
RFLP é um marcador codominante que necessita de grande quantidade de DNA puro para realizar a análise, por restrição, mas sem necessidade de informação prévia sobre a sequência nucleotídica.
AFLP é um marcador dominante que necessita de menor quantidade de DNA puro (em comparação com RFLP) para realizar a análise, mas com maior reprodutibilidade devido ao uso de PCR para amplificação dos fragmentos de interesse. Não necessita de informação prévia sobre a sequência.
Caraterísticas mtDNA
Alto polimorfismo em regiões não codificante; Héteroplasmia (variação intraespecífica); Sem recombinação com nucDNA (gera haplótipos, variantes herdadas em conjunto); Alto número de cópias por célula.
Def. AFLP
Amplified Fragment Length Polymorphism. Marcador DNA dominante que analisa regiões genómicas por PCR, delimitando a região de interesse com primers.
Aplicações DNA Barcode
Identificar animais a partir de partes dos seus corpos; Identificar a composição de alimentos comercializados; Identificar larvas com menos caracteres identificáveis que as suas formas adultas; Investigar a dieta de um animal com base no conteúdo estomacal, saliva ou fezes; Relacionar e distinguir espécies semelhantes em aparência; Identificar plantas através de folhas quando não há frutos ou flores; Identificar pólen coletado de polinizadores; Documentar a composição de comunidades; Identificar a composição de microbiotas.
Tipos de Marcadores DNA
RFLP, AFLP, RAPD, SSR/STR/microsat, SNP, RAD
Rel. STR + Alelle Stutter
Alelle Stutter ocorre devido à polimerização repetitiva de nucleótidos, característica em regiões de microssatélites, podendo gerar mutações, alterando a análise da região de interesse. O stutter pode levar à formação de alelos nulos, ou seja, que não amplificam.
Dist. SNP / SNV
SNP envolve uma substituição de um nucleótido numa posição específica do genoma. A variante mais comum é designada “Major” e a menos “Minor”.
SNV envolve substituições de um nucleótido numa posição específica do genoma sem limitação da frequência. São utilizados para considerar a ocorrência de SNPs quando a maioria da população estudada apresenta uma SNV.
Dist. Alozima / Isozima
Alozimas são variantes alélicas de uma dada proteína codificada no mesmo locus. Isozimas são proteínas homólogas codificadas em diferentes loci.
Regiões mtDNA + Aplicações
D-loop - Região altamente variável útil para genética populacional;
HV1/HV2 (Hyper Variable) - Enquadradas no D-loop, permitem fingerprinting forense;
Região Codificante - Genes expressos e menos variável, usada para a identificação de haplogrupos;
CO1 - Barcode de espécies animais.
Dist. Marcador Non-DNA / Marcador Dna
Marcadores Non-DNA baseiam-se na análise de características influenciadas pelo DNA (proteínas, fenótipos, etc…), não havendo observação direta do mesmo. Marcadores DNA baseiam-se na observação direta da sequência nucleotídica.
Def. RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism. Marcador DNA codominante que analisa regiões genómicas por locais de restrição delimitando a região de interesse com enzimas de restrição.
Desvantagens Alozimas
Necessita de amostras da zona a ser analisada;
Deteta apenas alterações não sinónimas em regiões codificantes (pouco polimórfico);
Não é possível inferir distâncias alélicas.
Def. Alozima
Marcador Non-DNA codominante baseado nas variantes alélicas de uma proteína, influenciando a sua taxa de migração quando submetida a eletroforese. É possível genotipar e inferir frequências alélicas.
Exemplos DNA Barcode
CO1 (Cythochrome C Oxidase) - Animais; RuBisCO - Plantas; ITS rRNA (Internal Transcribed Spacer rRNA) - Fungos; rRNA 16S - Bactérias.
Componentes DNA Barcode
Amostras (menor variação intraespecífica e maior interespecífica); Análise laboratorial (amplificação e sequenciação); Base de dados (consulta ou adição de novas sequências identificativas); Análise de dados (comparação e identificação por proximidade).
Aplicações STR
Diagnóstico de doenças; Testes de parentesco; Identificação forense; Mapeamento genético; Genómica populacional.
Tipos de Marcadores Non-DNA
Morfológicos e Alozimas
Dist. gDNA / cDNA
gDNA representa o genoma na sua totalidade (mtDNA+nucDNA), sendo possível observar regiões codificantes e não codificantes. Sequências de maior tamanho.
cDNA representa apenas a região codificante do genoma - transcriptoma. Obtém-se por transcrição reversa de RNA, tendo um produto de menor dimensão.
Def. Marcador Genético
Variantes na sequência de DNA que podem ser observadas e utilizadas para identificar e relacionar indivíduos, populações ou espécies.
Bónus: As alterações provêm de polimorfismos (SNPs, InDels) que provêm de mutações (substituição, inserção, deleção).
Def. Elemento Móvel/Transposão (Transposable Element/Transposon)
Sequências móveis de DNA capazes de se replicar independentemente do DNA da célula. Podem ser de 2 tipos mediante o intermediário utilizado para a sua translocação:
Classe 1 - Intermediário de RNA
Classe 2 - Intermediário de DNA
Tipos de DNA
gDNA (genómico); mtDNA (mitocondrial); nucDNA(nuclear); cDNA (complementar); eDNA (ambiental); aDNA (antigo)
Def. SSR/STR/microsat
Short Sequence Repeat/Short Tandem Repeat/Microssatélite. Marcador DNA codominante composto por várias repetições de um mesmo motivo nucleotídico, havendo vários alelos para uma mesma região. Necessária informação prévia sobre a sequência.
Def. DNA Barcode
Fragmento de sequência de DNA ou gene específico utilizado para identificar a espécie de um dado organismo.
Def. RAD
Restriction Site Associated DNA. Marcador DNA codominante baseado no uso de enzimas de restrição para isolar as regiões genómicas de interesse.
Def. mtDNA
DNA de origem mitocondrial, herdado de forma haploide por via materna. Contém uma visão limitada do genoma do organismo.
Dist. nível de polimorfismo SNP / SSR
SNPs são bialélicos, mas espalhados por todo o genoma. SSRs possuem várias combinações alélicas, mas em menor número que SNPs.
Vantagens DNA Barcode
Pode ser utilizado por qualquer pessoa com formação em métodos moleculares e não apenas taxonomistas; Análise pode ser realizada sem acesso físico ao organismo adulto.
