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Maladies infectieuses > Les sciences omiques > Flashcards

Les sciences omiques Flashcards

1
Q

Quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?

A
  • Génomique
  • Transcriptomique
  • Protéomique
  • Métabolomique
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Q

Qu’analyse la transcriptomique?

A

Les ARN

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3
Q

Par quelle méthode analyse-t-on la génomique et la transcriptomique?

A

Par séquencage

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Q

Par quelle méthode analyse-t-on la protéomique et la métabolomique?

A

Spectrométrie de masse

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Q

Quel est le concept général de la génomique?

A

On détecte chaque monomère d’ADN (A,T,G,C) à chaque position

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6
Q

Qu’est-ce que le séquencage de Sanger?

A

4 PCR en série, ensuite migration sur gel, on observe des bandes de différentes longueurs en raison des codons stop

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7
Q

Qu’est-ce qui diffère entre la méthode de Sanger et celle des nculéotides fluorescents?

A

Dans la méthode des nucléotides fluorescents, les réactions sont xombinées

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8
Q

Qu’est-ce que le séquençage en parallèle?

A

On extrait l’ADN génomique total d’une population de bactérie, et on fait un séquençage de type shotgun

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9
Q

À quoi ça sert de mesurer le génome?

A

Reséquençage de génome complet et détection des variations

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10
Q

À quoi ça sert de mesurer le métagénome?

A

Voir la diversité des microbes

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11
Q

À quoi ça sert de mesurer le transcriptome?

A

Voir les profils d’expression des ARNm

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12
Q

À quoi ça sert de mesurer l’épigénome?

A

Voir les interactions ADN-protéines et les sites actifs dans le transcription

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13
Q

Quelles sont les 2 approches en protéomique?

A
  1. Quantification sur gel 2D, digestion et spectromètre
  2. Digestion directement, séparation et spectromètre
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14
Q

Quel type de graphique donne la protéomique?

A

Des pics qu’on peut comparer avec des bases de données

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15
Q

Pourquoi les échantillons doivent être digérés avant d’aller dans le spectromètre?

A

Car les protéines sont trop grosses, elles doivent être digérées en peptides

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16
Q

À quoi sert la chromatographie liquide?

A

À séparer selon la masse et la charge

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17
Q

Qu’est-ce que le gene ontology?

A

Méthode de classification des gènes et protéines selon leurs fonctions

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18
Q

Vrai ou faux. La métabolomique est une donnée constante dans le temps.

A

Faux, très variable

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19
Q

Que mesure le spectromètre de masse?

A

Ration masse/charge, ce qui fait voyager les métabolites à différentes vitesses

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20
Q

Quelle est la différence entre la métabolomique ciblée et non-ciblée?

A

Métabolomique ciblée: on détecte et quantifie un métabolite en le comparant avec des standars

Métabolomique non ciblée: on regarde le profil d’un métabolite selon les conditions

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21
Q

À quoi sert la métabolomique en 3D?

A

À voir la distribution spatiale d’un métabolite dans un tissu

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22
Q

Qu’est-ce que le microbiote?

A

Ensemble des microorganismes vivant dans un environnement

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23
Q

Qu’est-ce que le microbiome?

A

Le microbiote et son environnement

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24
Q

Combien y a-t-il de bactéries par cellule humaine?

A

1.3

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25
Q

Combien y a-t-il d’espèces bactériennes dans un intestin?

A

1000

26
Q

Qu’est-ce que l’abondance relative?

A

La distribution relative (en proportion de la population) des espèces dans le microbiome

27
Q

Qu’est-ce que la richesse du microbiome?

A

Nombre d’espèces trouvées dans un microbiome

28
Q

Qu’est-ce que l’équitabilité du microbiome?

A

Répartition des individus dans un microbiome

29
Q

Quelles notions combine la diversité microbienne?

A

équitabilité et richesse

30
Q

Qu’est-ce que l’approche 16S?

A

On compare cet ARN ribosomal par séquençage et on monte un arbre phylogénique selon les ressemblances

31
Q

À quelle question peut-on répondre avec le séquençage 16S?

A

Qui est la? Quelles espèces sont présentes?

32
Q

Que permet d’étudier la culture microbienne?

A

Le microbiome une bactérie à la fois

33
Q

Pourquoi la culture microbienne ne donne pas toujours des résultats représentatifs?

A

Parce que E. Coli est très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome

34
Q

Que permet la métagénomique complète?

A

Savoir quelles espèces sont là et qu’est-ce qu’elles font (et comment)

35
Q

Vrai ou faux. On peut comparer les microbiomes selon les rangs taxonomiques.

A

Vrai

36
Q

Par quoi le microbiome intestinal à la naissance est-il dominé?

A

Par les bifidobactéries

37
Q

Par quoi le microbiome intestinal adulte est-il dominé?

A

Bacteroidetes et Firmicutes

38
Q

Le microbiote intestinal d’un bébé est similaire à quoi?

A

Celui de sa peau

39
Q

Vrai ou faux. Chez les personnes âgées, la diversité du microbiome diminue avec l’âge.

A

Vrai

40
Q

Vrai ou faux. Même si les bactéries changent dans le microbiome, les fonctions générales sont conservées.

A

Vrai.

41
Q

Qu’est-ce qu’un disbiose?

A

Déséquilibre de l’écosystème bactérien

42
Q

Qu’est-ce qu’un prébiotique?

A

Nutriment qui module la flore microbienne

43
Q

Qu’est-ce qu’un probiotique?

A

Souche précise de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour la prévention ou comme médicament

44
Q

Qu’est-ce qu’un postbiotique?

A

Métabolite produit par les bactéries qui ont une effet sur l’hôte

45
Q

Quelles sont les fonctions du microbiome?

A
  • Contribue à la nutrition
  • Développement du système immunitaire
  • Effet barrière
  • Axe cerveau-intestin
46
Q

Quelles sont les fonctions possibles des métabolites?

A
  • Favoriser la communication entre les bactéries pour qu’elles collaborent (quorum sensing)
  • Contrôler la composition du microbiote
  • Complémenter les fonctions de l’hôte
47
Q

Vrai ou faux. Des bactéries intestinales produisent des neurotransmetteurs.

A

Faux, il produisent des analogues

48
Q

Comment les analogues de neurotransmetteurs produits dans l’intestin pourraient avoir un effet sur notre cerveau?

A

Bien qu’ils ne traversent pas la barrière hémato-encéphalique, ils pourraient agir sur le nerf vague ou produire des précurseurs qui traversent la barrière

49
Q

Vrai ou faux. L’humain peut digérer tous les glycans.

A

Faux, les bactéries aident à la digestion

50
Q

Quel est l’effet à long terme d’un apport d’un certain type de glycan?

A

Changements dans les populations du microbiome

51
Q

Nommer des sources de glycans pour les bactéries.

A
  • Bactéries
  • Lait maternel
  • Viande
  • Plantes
  • Mucus de l’intestin
52
Q

Quelles bactéries sont impliquées dans la digestion du lait maternel?

A

Lactobacillus et Bifidobacterium

53
Q

Est-ce que Bifidobacterium préfère les oligosaccharides ou monosaccharides?

A

Oligosaccharides

54
Q

Est-ce que Lactobacillus préfère les oligosaccharides ou monosaccharides?

A

Monosaccharides

55
Q

Vrai ou faux. Certains glycans sont concentrés à des endroits précis de l’intestin.

A

Vrai

56
Q

Nommer un exemple où le microbiome peut modifier les médicaments.

A

La bactérie E. lenta peut rendre la digoxine inactive.

57
Q

Quelles sont les 3 étapes qui relient le microbiome au cancer?

A
  1. Inflammation chronique
  2. Génotoxicité
  3. Cancer
58
Q

Comment appelle-t-on un organisme sans microbiome?

A

Gnotobiotiques

59
Q

Est-ce qu’une souris sans microbiomme a plus de risque d’être obèse?

A

Non, moins

60
Q

Quels sont les mécanismes d’action du microbiote qui favorisent l’obésité?

A
  • Augmente l’énergie générée par la diète.
  • Reprogramme les gènes dans le colon.
  • Modifie la production de molécules bioactives.
  • Augmente la perméabilité intestinale.
  • Induit une inflammation chronique.
61
Q

Que produit un microbione intestinal en santé (lipides)?

A

Des acides gras à courte chaîne qui favorisent les bons processus

62
Q

Que produit un microbiome intestinal du diabète de type 2?

A

Production de certaines molécules associées à la dysfonction métabolique et à l’inflammation (LPS, sulfate d’hydrogène)

Maladies infectieuses (7 decks)

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