Les sciences omiques Flashcards
Quels sont les 4 niveaux d’analyse omique?
- Génomique
- Transcriptomique
- Protéomique
- Métabolomique
Qu’analyse la transcriptomique?
Les ARN
Par quelle méthode analyse-t-on la génomique et la transcriptomique?
Par séquencage
Par quelle méthode analyse-t-on la protéomique et la métabolomique?
Spectrométrie de masse
Quel est le concept général de la génomique?
On détecte chaque monomère d’ADN (A,T,G,C) à chaque position
Qu’est-ce que le séquencage de Sanger?
4 PCR en série, ensuite migration sur gel, on observe des bandes de différentes longueurs en raison des codons stop
Qu’est-ce qui diffère entre la méthode de Sanger et celle des nculéotides fluorescents?
Dans la méthode des nucléotides fluorescents, les réactions sont xombinées
Qu’est-ce que le séquençage en parallèle?
On extrait l’ADN génomique total d’une population de bactérie, et on fait un séquençage de type shotgun
À quoi ça sert de mesurer le génome?
Reséquençage de génome complet et détection des variations
À quoi ça sert de mesurer le métagénome?
Voir la diversité des microbes
À quoi ça sert de mesurer le transcriptome?
Voir les profils d’expression des ARNm
À quoi ça sert de mesurer l’épigénome?
Voir les interactions ADN-protéines et les sites actifs dans le transcription
Quelles sont les 2 approches en protéomique?
- Quantification sur gel 2D, digestion et spectromètre
- Digestion directement, séparation et spectromètre
Quel type de graphique donne la protéomique?
Des pics qu’on peut comparer avec des bases de données
Pourquoi les échantillons doivent être digérés avant d’aller dans le spectromètre?
Car les protéines sont trop grosses, elles doivent être digérées en peptides
À quoi sert la chromatographie liquide?
À séparer selon la masse et la charge
Qu’est-ce que le gene ontology?
Méthode de classification des gènes et protéines selon leurs fonctions
Vrai ou faux. La métabolomique est une donnée constante dans le temps.
Faux, très variable
Que mesure le spectromètre de masse?
Ration masse/charge, ce qui fait voyager les métabolites à différentes vitesses
Quelle est la différence entre la métabolomique ciblée et non-ciblée?
Métabolomique ciblée: on détecte et quantifie un métabolite en le comparant avec des standars
Métabolomique non ciblée: on regarde le profil d’un métabolite selon les conditions
À quoi sert la métabolomique en 3D?
À voir la distribution spatiale d’un métabolite dans un tissu
Qu’est-ce que le microbiote?
Ensemble des microorganismes vivant dans un environnement
Qu’est-ce que le microbiome?
Le microbiote et son environnement
Combien y a-t-il de bactéries par cellule humaine?
1.3
Combien y a-t-il d’espèces bactériennes dans un intestin?
1000
Qu’est-ce que l’abondance relative?
La distribution relative (en proportion de la population) des espèces dans le microbiome
Qu’est-ce que la richesse du microbiome?
Nombre d’espèces trouvées dans un microbiome
Qu’est-ce que l’équitabilité du microbiome?
Répartition des individus dans un microbiome
Quelles notions combine la diversité microbienne?
équitabilité et richesse
Qu’est-ce que l’approche 16S?
On compare cet ARN ribosomal par séquençage et on monte un arbre phylogénique selon les ressemblances
À quelle question peut-on répondre avec le séquençage 16S?
Qui est la? Quelles espèces sont présentes?
Que permet d’étudier la culture microbienne?
Le microbiome une bactérie à la fois
Pourquoi la culture microbienne ne donne pas toujours des résultats représentatifs?
Parce que E. Coli est très représenté en culture, mais peu abondant dans le microbiome
Que permet la métagénomique complète?
Savoir quelles espèces sont là et qu’est-ce qu’elles font (et comment)
Vrai ou faux. On peut comparer les microbiomes selon les rangs taxonomiques.
Vrai
Par quoi le microbiome intestinal à la naissance est-il dominé?
Par les bifidobactéries
Par quoi le microbiome intestinal adulte est-il dominé?
Bacteroidetes et Firmicutes
Le microbiote intestinal d’un bébé est similaire à quoi?
Celui de sa peau
Vrai ou faux. Chez les personnes âgées, la diversité du microbiome diminue avec l’âge.
Vrai
Vrai ou faux. Même si les bactéries changent dans le microbiome, les fonctions générales sont conservées.
Vrai.
Qu’est-ce qu’un disbiose?
Déséquilibre de l’écosystème bactérien
Qu’est-ce qu’un prébiotique?
Nutriment qui module la flore microbienne
Qu’est-ce qu’un probiotique?
Souche précise de bactérie considérée comme bénéfique utilisée pour la prévention ou comme médicament
Qu’est-ce qu’un postbiotique?
Métabolite produit par les bactéries qui ont une effet sur l’hôte
Quelles sont les fonctions du microbiome?
- Contribue à la nutrition
- Développement du système immunitaire
- Effet barrière
- Axe cerveau-intestin
Quelles sont les fonctions possibles des métabolites?
- Favoriser la communication entre les bactéries pour qu’elles collaborent (quorum sensing)
- Contrôler la composition du microbiote
- Complémenter les fonctions de l’hôte
Vrai ou faux. Des bactéries intestinales produisent des neurotransmetteurs.
Faux, il produisent des analogues
Comment les analogues de neurotransmetteurs produits dans l’intestin pourraient avoir un effet sur notre cerveau?
Bien qu’ils ne traversent pas la barrière hémato-encéphalique, ils pourraient agir sur le nerf vague ou produire des précurseurs qui traversent la barrière
Vrai ou faux. L’humain peut digérer tous les glycans.
Faux, les bactéries aident à la digestion
Quel est l’effet à long terme d’un apport d’un certain type de glycan?
Changements dans les populations du microbiome
Nommer des sources de glycans pour les bactéries.
- Bactéries
- Lait maternel
- Viande
- Plantes
- Mucus de l’intestin
Quelles bactéries sont impliquées dans la digestion du lait maternel?
Lactobacillus et Bifidobacterium
Est-ce que Bifidobacterium préfère les oligosaccharides ou monosaccharides?
Oligosaccharides
Est-ce que Lactobacillus préfère les oligosaccharides ou monosaccharides?
Monosaccharides
Vrai ou faux. Certains glycans sont concentrés à des endroits précis de l’intestin.
Vrai
Nommer un exemple où le microbiome peut modifier les médicaments.
La bactérie E. lenta peut rendre la digoxine inactive.
Quelles sont les 3 étapes qui relient le microbiome au cancer?
- Inflammation chronique
- Génotoxicité
- Cancer
Comment appelle-t-on un organisme sans microbiome?
Gnotobiotiques
Est-ce qu’une souris sans microbiomme a plus de risque d’être obèse?
Non, moins
Quels sont les mécanismes d’action du microbiote qui favorisent l’obésité?
- Augmente l’énergie générée par la diète.
- Reprogramme les gènes dans le colon.
- Modifie la production de molécules bioactives.
- Augmente la perméabilité intestinale.
- Induit une inflammation chronique.
Que produit un microbione intestinal en santé (lipides)?
Des acides gras à courte chaîne qui favorisent les bons processus
Que produit un microbiome intestinal du diabète de type 2?
Production de certaines molécules associées à la dysfonction métabolique et à l’inflammation (LPS, sulfate d’hydrogène)
