Laboratoires Flashcards
VRAI OU FAUX? La très grande majorité des microorganismes sont offensifs
Faux. la très grande majorité sont inoffensifs.
Quel est l’endroit où renferme la plus grande variété de microorganismes
Le sol.
Ensemble de microorganismes présents dans un milieu donné et à un moment donné.
Une flore
VRAI OU FAUX? l’air ne renferme pas de flore naturelle.
Vrai. Les microorganismes ne peuvent pas croitre dans l’air.
Qu’est-ce qu’une flore commensale?
flore chez les animaux, présente naturellement sur la peau, les poils, voies respiratoires, digestives, génitales… Un lavage ne les enlève pas.
Qu’est-ce qu’une culture mixte?
Plusieurs espèces de microorganismes croissent sur le même milieu de culture.
Qu’est-ce qu’une colonie?
Le résultat visible à l’oeil de la multiplication d’une seule bactérie.
Le nombre de colonies est représentatif du ____________ de l’échantillon prélevé.
du nombres de bactéries.
Qu’est-ce que la technique du repiquage?
Isoler une espèce de bactérie en touchant un seule colonie avec un fil de platine stérile et en déposant le prélèvement sur un autre milieu de culture.
Qu’est-ce qu’une culture pure
Les caractéristiques de la colonie d’une espèce de bactérie sont constantes sur un milieu donné et peuvent aider à l’identification
Pourquoi est-il intéressant de travailler avec des gléloses de sang?
Certaines bactéries produisent des hémolysines, ce qui détruit les globules rouges. Ce phénomène s’appelle hémolyse. Sert à l’identification des pathogènes hémolytiques de type alpha et bêta.
Qu’est-ce qui démontre une hémolyse partielle de type alpha?
la zone autour des colonies devient verdâtre et translucide.
Qu’est-ce qui démontre une hémolyse totale de type bêta.
Zone transparente autour de la colonie.
Quelle gélose a-t-on utilisé pour l’ensemencement des microorganismes du sol?
gélose Sabouraud
Si nous voulons ensemencer un échantillon sec, quelle étape devons-nous faire?
Humidifier le frotti avec de l’eau stérile
Qu’est-ce qu’un milieu?
Le support de la croissance microbienne
Qu’est-ce qui limite la croissance des microorganismes?
- l’épuisement en ressources nutritives du milieu
- Accumulation de déchets métaboliques et de sous-produits toxiques
- Acidification du milieu
Quelles techniques peuvent être utilisé afin de séparer des microorganismes?
- technique d’épuisement
- technique de dilution
Sur quelle principe repose l’isolation de microorganismes?
Séparer les cellules de microorganismes les unes des autres lors de l’ensemencement de l’échantillon de façon à isoler des cellules individuelles sur ou dans un milieu solide
Quels types de caractéristiques permettent de distinguer un type particulier de colonie sur une gélose?
- plus ou moins élevée
- bordure plus ou moins découpée
- forme plus ou moins définie
Quels types de caractéristiques permettent de distinguer une croissance de microorganismes sur un bouillon de culture?
- turbidité
- formation de dépôt
Quand faut-il passer le tube du bouillon de culture à la flamme?
Avant et après chaque prélèvement.
Quand faut-il passer le fil de platine à la flamme?
Avant et après chaque prélèvement.
Pourquoi faut-il agiter le tube contenant le bouillon d’Escherichia coli
Car ceux-ci peuvent se déposer au fond
Afin de favoriser la croissance, pendant combien de temps et à quelle température devons-nous placer les tubes et les géloses?
À 37°C, pendant 24h à 48h
Comment savoir si les bactéries de nos tubes sont vivantes?
Il faut resemencer le bouillon dans un bouillon stérile. S’il y a croissance, les bactéries sont vivantes. Les incuber pendant 24h.
Dans la technique de l’épuisement, pourquoi faut-il éviter de recharger le fil de platine?
Afin d’avoir des colonies individuelles, il faut éviter de les recharger afin de mieux les visualiser. On veut passer de milliers de colonies, à une. Résultat désiré= colonie visible et épuisé.
Faites la différence entre culture pure et culture mixte:
Culture pure: Une espèce microbienne (une colonie)
Culture mixte: plusieurs espèces microbiennes (colonies différentes)
Lors du TP2, techniques d’ensemencement, quelles étaient les 2 espèces de bactéries?
Escherichia coli et Serratia marcescens
La technique de montage en milieu humide permet d’observer quoi exactement (TP3)?
Des microorganismes vivants en suspension dans leur milieu. On peut alors observer leur mobilité ou la division cellulaire
Pourquoi faut-il prêter attention à l’éclairage lors de l’examen à l’état fais?
Afin d’obtenir des microorganismes qui apparaîtront brillamment dans le champ plus sombre au microscope.
Quel est la distinction entre le mouvement brownien et le mouvement réel des bactéries?
Mouvement brownien: mouvement perpétuel des particules en suspension dans un liquide ce qui se traduit par des vibrations des microorganismes.
Mouvement réel: le microorganisme se déplace dans une direction donnée grâce à une quelconque structure comme des flagelles.
La coloration permet de mieux observer des _________ et de mettre en évidence certaines ____________.
- Des microorganismes
- Structures cellulaires
Quelles distinctions peut-on faire entre une coloration simple et une coloration différentielle?
Coloration simple: application d’un seul colorant sur le frottis. Ce procédé renseigne sur la forme, la taille et l’arrangement des microorganismes.
Coloration différentielle: applications de plusieurs colorants sur le frottis. Elle se base sur l’existence de différences chimiques entrevues cellules bactériennes.
Que permet la coloration de Gram?
Elle permet de séparer rapidement les bactéries en deux groupes, les Gram+ et les Gram-, selon leur teneur en lipides
Donne l’ordre de l’application des réactifs lors d’une coloration de Gram.
- Cristal violet (premier colorant)
- Iodine (Un mordant qui augmente l’affinité des bactéries pour le cristal violet)
- Alcool (décolorant)
- Safranine (un contre colorant)
Quel est l’effet du cristal violet sur Gram + et Gram -?
- +: Colorie les bactéries en violet
- -: Colorie les bactéries en violet
Quel est l’effet de l’iodine sur Gram + et Gram -?
- +: reste violet
- -: reste violet
Quel est l’effet de l’alcool sur Gram + et Gram -?
- +: déshydrate la paroi, le complexe Crystal violet ne peut pas sortir.
- -:Dissout les lipides, le complexe Crystal violet-iodine disparait
Quel est l’effet de la safranine sur Gram + et Gram -?
- +: Reste violet
- -: Colorie en rouge(rose)
Qu’est-ce qu’un frottis?
Un frottis est un étalement de microorganismes déposés sur une lame avec un fil bouclé ou une pipette Pasteur.
Qu’est-ce qui est important lorsqu’on fait un frottis?
Très important de bien étaler les bactéries afin de les séparer une des autres (ne pas créer d’amas)
Pourquoi utilise-t-on une plaque chauffante après la préparation des frottis?
Pour laisser sécher la mince couche de liquide
Quelle étape survient après la préparation du frottis et avant la coloration de Gram?
La fixation du frottis. Elle fait adhérer les microorganismes à la surface de la lame et tue les bactéries. On effectue cette fixation en passant rapidement le frottis directement sur la flamme du brûleur Bunsen.
Quelles sont les conditions de croissances afin de cultiver un milieu de croissance?
conditions de développement qui se rapprochent de celles de leur milieu naturel. Le milieu de culture idéal doit fournir aux microorganismes les substances nutritives nécessaires à leurs activités métaboliques et doit respecter les conditions environnementales dans lesquelles croissent habituellement les microorganismes : température d’incubation, pH, isotonicité, pression d’oxygène…
Qu’est-ce qu’une substance nutritive?
Matériaux nécessaires à la synthèse de constituants « Carburant » pour énergie (production ATP)
Qu’est-ce qu’un autotrophe?
Utilisent substances simples (H2O, CO2, sels minéraux) comme nutriments
Phototrophes
–Photosynthèse (utilisent les soleil)
–Cyanobatéries
Chimiotrophes
–Oxydent des substances inorganiques (hydrogène, ammoniac)
–Nitrosomonas, Nitrobacter
QU’est-ce qu’un hétérotrophe?
Utilisent des nutriments organiques (glucides, protéines, lipides)
Quels sont les besoins des bactéries hétérotrophes?
- Besoin en carbone organique (50% du poids sec)
- Besoin en azote organique (10% du poids sec)
- Besoin particuliers
Qu’est-ce qu’un milieu synthétique?
- Composition chimique est déterminée avec précision
- Contient qu’un mélange de composé inorganique ou un mélange de composé inorganique et organique
- Utilisé pour des études métaboliques
Qu’est-ce qu’un milieu complexe?
- Milieu dont la composition chimique n’est pas déterminée avec précision
- Fabriqué à partir d’extrait de substances complexes (viandes, sang…)
- Répond aux besoins de plusieurs groupes de bactéries
Qu’est-ce qu’un milieu enrichi?
C’est un milieu qui favorise la croissance de certaines espèces données parmi d’autres présentes dans une culture mixte.
Qu’est-ce qu’un milieu sélectif?
C’est un milieu de culture qui joue le même rôle qu’un milieu enrichi mais qui est basé sur un principe différent. Il contient un ou plusieurs agents qui inhibent la croissance de micro organismes indésirables présents dans une culture mixte, et favorise la croissance de l’espèce voulue.
Q’est-ce qu’un milieu différentiel?
On utilise un milieu différentiel pour explorer les caractéristiques biochimiques ou métaboliques des souches. C’est un milieu utilisé pour des fins d’identification.•
Qu’est-ce qu’un milieu d’utilisation générale
Milieu favorisant la croissance d’une grande variété de micro-organismes. Mais il ne permet pas, pas plus qu’un autre milieu, la croissance de toutes les espèces de micro organismes étant donnée que plusieurs ont des besoins spécifiques.
Qu’est-ce qu’un milieu liquide?
Comme les bouillons nutritifs.
QU’est-ce qu’un milieu solide?
C’est un bouillon nutritif solidifié par l’addition d’un extrait d’algue appelé Agar.
Qu’est-ce qu’un milieu semi-solide?
Comme un agar mou utilisé dans la technique des plages lors de la culture des bactériophages.
Pourquoi l’agar est un excellent milieu de culture?
L’agar est un excellent milieu de culture solide car les microorganismes ne peuvent pas le dégrader.
Identifie ce milieu:
Milieu Mannitol-Chapman
Que contient le milieu mannitol-chapman?
Une forte teneur en NaCl, du mannitol et le rouge phénol un indicateur de pH.
Pour le milieu Mannitol-Chapman, que permet la forte teneur en NaCl?
Elle ne permet que la multiplication des Staphylocoques (bactérie halophile)
Pourquoi le milieu Mannitol-Chapman est à la fois sélectif et différentiel?
•Sélectif : contient un facteur chimique qui ne permet que la croissance de certaines souches.
•Différentiel: les souches utilisant le mannitol et produisant un acide font réagir un indicateur de pH et le milieu devient jaune.
Une partie du milieu Mannitol-Chapman a viré au jaune, que cela veut dire?
Il y a eu fermentation du mannitol
Identifie ce milieu:
Milieu MacConkey
Que contient le milieu Mac Conkey?
Ce milieu contient du lactose, des sels biliaires, le rouge neutre et le violet cristal
Qu’est-ce que le milieu Mac Conkey permet d’isoler ? Et qu’est-ce qui va inhiber la croissance des autres bactéries?
Il permet d’isoler les entérobactéries parmi d’autres bactéries. Ces dernières vont croître sur ce milieu alors que le cristal violet inhibe la croissance des autres bactéries.
Le milieu MacConkey est un milieu sélectif, différentiel ou les deux?
Les deux, milieu sélectif et différentiel
Le milieu MacConkey favorise la croissance des ____________ et prévenant la croissance des ____________.
- entérobactéries (Gram-)
- Gram +
Détermine les souches de bactéries sur la gélose Mannitol Chapman:
Staphyloccocus aureus= Jaune
Staphyloccocus epidermis= Rose
Nomme des exemples d’oglio-éléments:
Cu, Zn, Co, Ni, B, Ti
D’où provient le carbone, source structurelle de la bactérie?
le glucose
Pourquoi l’agar est utilisé dans les milieux de culture?
L’agar est un excellent milieu de culture solide car les microorganismes ne peuvent pas le dégrader.
Pourquoi le milieu de mannitol champman est un milieu sélectif?
contient un facteur chimique qui ne permet que la croissance de certaines souches.
Pourquoi le milieu mannitol Chapman est différentiel?
les souches utilisant le mannitol et produisant un acide font réagir un indicateur de pH et le milieu devient jaune.
Lactose +, Lactose-?
Que contient le milieu Mac Conkey
Lactose, des sels biliaires, le rouge neutre et le violet Crystal.
Que contient le milieu Kigler?
Milieu complexe qui contient du lactose, du glucose, du sulfate ferreux et le rouge de phénol, un indicateur de pH.
Les bactéries fermentatives sont essentiellement des…
entérobactéries
Quel type de milieu est illustré?
Milieu Kigler
Est-ce glucose (+ ou -), lactose (+ ou -) H2S (+ ou -)
glucose -, Lactose -, H2S -
Est-ce glucose (+ ou -), lactose (+ ou -) H2S (+ ou -)
Glucose+, Lactose +, H2S -
Est-ce glucose (+ ou -), lactose (+ ou -) H2S (+ ou -)
Glucose +, Lactose -, H2S +
Est-ce glucose (+ ou -), lactose (+ ou -) H2S (+ ou -)
Glucose +, Lactose -, H2S -
Pour le milieu Kligler, si le culot est jaune, qu’est-ce que cela veut dire?
Glucose +
Pour le milieu Kligler, si le culot est rose-rouge, qu’est-ce que cela veut dire?
glucose-
Dans le milieu Kligler, la dégradation du glucose peut s’Accompagner d’un dégagement de gaz. Comment cela est mis en évidence?
Par quelques bulles ou une poche de gaz qui décolle complètement le milieu du fond du tube
Dans le milieu Kligler, si la pente est jaunie, qu’est-ce que cela veut dire?
Lactose+
Dans le milieu Kligler, si la pente est inchangée (couleur), qu’est-ce que cela veut dire?
Lactose -
Qu’est-ce qui sert d’identification de H2S?
Le sulfate ferreux, lorsqu’il est réduit, il se transforme en sulfure noir.
Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu’en présence _______.
d’air.
Quelle est la source principale d’énergie des aérobies strictes?
La respiration
Les bactéries aéro-anaérobies facultatives se développent…
avec ou sans air
Nommes des exemples de bactéries aéro-anaérobies facultatives?
Les entérobactéries, les streptocoques, ;es staphylocoques
D’où proviennent l’énergie des aéro-anaérobies facultatives?
L’énergie provient de l’oxydation des substrats et de la voie fermentaire
Les bactéries anaérobies strictes ne se développent…
qu’en absence totale d’oxygène (toxique)
Donne des exemples de bactéries anaérobies strictes:
Bactéries intestinales ou celles présentent dans les flores normales de l’organisme
Quelle gélose est utilisée pour l’hydrolyse de l’amidon?
Gélose amidonnée
Quelle enzyme coupe les molécules de glucose à l’extrémité d’une chaine?
L’amyloglucosidase, produite par Aspergillus (une moisissure fréquente du sol). Cette digestion des polysaccarides est le moyen que possèdent ces microorganismes d’absorber et utiliser les glucides du milieu comme nutriment
Que veut-on dire par pouvoir protéolytique?
Pouvoir de dégrader les protéines
Comment savoir si une bactérie produit de la gélatinase?
Si le milieu est liquide dans le bain de glace, la protéase a scindé la protéine gélatine en acides aminés et en peptides et comme ceux ci n’ont pas la propriété de prendre en gel, liquide!
Pourquoi est-il important d’extraire l’ADN?
Pour les applications en biologie moléculaires: empreinte génétique, établir un génotype…
Quelle aspect doit-on contenir compte lorsqu’on extrait un échantillon d’ADN?
Le prélèvement doit tenir compte d’une quantité et d’une pureté
46 filaments d’ADN mesurent au total 2 mètres. Cela représente une grande quantité d’ADN. Vrai ou Faux.
Faux. En terme de masse, c’est peu
Procaryote ou eucaryote? Quantité moindre d’ADN.
Procaryote. Un contenu en ADN 50 fois moins riche que celui des cellules eucaryotes.
La lyse des cellules libère l’ADN et l’ARN. Ceux-ci sont à risque d’être dégradés par quelle enzyme?
La nucléase
Qu’est-ce qui risque de briser les molécules d’ADN (avant manipulations)
Décongélations multiples. On obtient de meilleurs résultats avec des cellules fraîchement prélevée ou immédiatement congelées (-20 à -70C)
La quantité de cellules ou de tissus est importante. Quel effet aura une quantité trop élevée à ce qui est recommandé?
Trop de cellules peuvent avoir pour effet de bloquer le passage des molécules lors des filtrations
Quelle type de cellule ou de tissu faut-il éviter de prélever pour une extraction d’ADN?
- Cellule présentant une forte concentration de tissus conjonctifs.
- Tissus ayant une activité métabolique élevée (accumulation des métabolites=contamination)
- Les bactéries Gram+, plus difficile à lyser (+peptidoglycane)
Qu’est-ce que les SDS (extraction de l’ADN)
détergents qui brisent les membranes et suppriment les liaisons non-covalentes des protéines permettant leur dénaturation
Qu’est-ce que la protéinase K
une enzyme qui détruit les protéines et permet d’éliminer les ADNase et les ARNase, enzymes présentent dans les cellules qui peuvent détruire l’ADN et l’ARN
Qu’est ce que l’EDTA
Les agents chélateurs (EDTA) neutralisent aussi les nucléases en fixant le Mg2+ (cofacteur). Les enzymes deviennent alors inutilisables
À quoi servent les tampons lors de l’extraction de l’ADN?
Les tampons utilisés permettent une lyse directe des cellules suivie d’une liaison sélective de l’ADN à la membrane.
Sur quoi repose le système Qiagen?
Le système Qiagen utilise la technologie des membranes de silica-gel pour extraire et purifier l’ADN total sans extraction organique ou précipitation dans l’éthanol
Quelles tampons sont utilisés pour la lyse cellulaire ?
•Les échantillons sont lysés en utilisant le tampon ATL ou AL. Le tampon ATL contient des lysozymes, il est conçu pour la lyse des cellules avec des parois et des capsules protectrices (T pour tissus) alors que le tampon AL est conçu pour les cellules sans trop de protection.
À quoi sert la protéinase K?
•La protéinase K est une enzyme qui détruit les protéines et permet d’éliminer les ADNase et les ARNase, enzymes présentent dans les cellules qui peuvent détruire l’ADN et l’ARN. Elle n’a aucun effet d’hydrolyse sur les acides nucléiques.
Les tampons utilisés, à forte concentration de sels, favorisent …
l’attachement sélectif de l’ADN au gel de silice formant la membrane pendant qu’une brève centrifugation assure de faire passer les contaminants à travers la membrane. Deux étapes utilisant des tampons de lavage à concentration moyenne de sels permettent de se débarrasser des contaminants restant
Que se retrouve-t-il dans le filtrat?
Ainsi les protéines et différents métabolites se retrouveront dans le filtrat après la centrifugation
À quoi sert le dernier tampon à faible concentration de sel?
Un dernier tampon à faible concentration de sels solubilise l’ADN et permet son élution. Typiquement l’élution se fait en deux phases successives de 200 μl de tampon AE dans des tubes séparés.
Résume les étapes de l’extraction de l’ADN :
