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- BIO1101 Bio mol part 2 > La régulation de la transcription chez les eucaryotes > Flashcards

La régulation de la transcription chez les eucaryotes Flashcards

1
Q

Quelles-sont les deux techniques pour observer l’effet des séquences régulatrices?

A
  1. Utilisation de gènes rapporteurs

2. Utilisation de protéine de fusion (Tag) à la fin de l’ADN

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Q

Le domaine de liaison à l’ADN des protéines activatrices/inhibitrices sont normalement:
A) des domaine ARN complémentaires à la séquence ADN
B) Des feuillets-ß
C) Des hélice qui s’insèrent dans le sillon majeur

A

C) Des hélice qui s’insèrent dans le sillon majeur

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3
Q

Qui suis-je?
Domaine souvent en hétérodimères, de plusieurs hélices dont une reconnait la séquence dans le sillon majeur et les autres servent au positionnement sur la charpente.

A

Homéodomaine.

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4
Q

Pourquoi est-il intéressant d’avoir des hétérodimères pour les domaines des protéines?

A

L’utilisation combinatoire d’un nombre limité de TF fournit les moyens de contrôler finement le transcriptome. ↑ complexité.

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5
Q

À quoi sert le zinc dans les domaines doigts de zinc?

A

Stabiliser la structure. Lie les aa cystéine et histidine et modifie la structure 3D de la protéine régulatrice

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6
Q

Qui suis-je?
Homo ou hétérodimère d’hélices alpha insérées dans sillons majeurs voisins avec domaines de tronçons spiralés enroulés par interaction hydrophobes entre résidus de leucine.

A

Agraffe à leucine

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7
Q

Qui suis-je?
4 hélices alpha qui ont des intéractions via leur région leucine dans une région relâchée formant une boucle. Les 2 unités structurales dont des dimères.

A

Hélice-boucle-hélice

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8
Q

Quels-sont les domaines de liaison à l’ADN vus?

A

Agraffe à leucine, Doigt de zinc, hélice-boucle-hélice, homéodomaine

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9
Q

Quelle affirmation est fausse concernant les domaines activateurs de la transcription:
A) Les domaines activateurs sont peu structurés
B) Les domaines activateurs peuvent recruter indirectement la polymérase via FTG (généraux) ou complexes médiateurs
C) Les domaines activateur recrutent des facteurs de modifications des histones
D) Agissent directement sur l’ARN pol.

A

D) Agissent directement sur l’ARN pol.

Faux, indirectement.

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10
Q

Quels-sont les 3 modes d’action possibles des répresseurs?

A
  1. interférer avec les activateurs par compétition ou blocage
  2. Interagir avec le complexe d’initiation via le complexe médiateur
  3. Compacter l’ADN pour rendre les gènes moins accessibles
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11
Q

Qui suis-je?
Lie l’ADN sur une séquence spécifique partout dans le génome, contribue à la l’organisation du génome en domaines transcriptionnels disctincts. Peut influencer un enhancer à activer un autre promoteur ou former une boucle. Concept de mur.

A

Isolateur. CCCTC-binding factor chez les mammifères.

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12
Q

Quelles-sont les caractéristiques additionnelles des actions des protéines régulatrices chez les eucaryotes?

A
  1. Les nucléosomes et les modificateurs de la chromatine
  2. Plus de régulateurs et plus de grandes séquences régulatrices
  3. Vaste intégration de signaux
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13
Q

Qui suis-je?
Séquence d’ADN qui fixe des facteurs régulateurs de transcription ce qui a pour conséquence d’augmenter la transcription de gènes situés en aval ou en amont.

A

Enhancer

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14
Q

Qu’est-ce qu’un isolateur?

A

Élément spécifique d’ADN contrôlant l’action des activateurs. Situé entre un enhancer et un promoteur, un isolateur inhibe l’activation du gène induite par l’activateur.

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15
Q

Quelles-sont les 3 zones de promoteurs?

A

Promoteur basal, promoteur proximal, promoteur distal

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16
Q

Pour élucider les séquences régulatrices, on utilise des gènes rapporteurs. Quelles caractéristiques doivent avoir ces derniers?

A
  1. Le gène doit être étranger au génome de l’organisme modifié.
  2. Le produit doit permettre une visualisation précise de l’expression dans les tissus.
  3. Le résultat doit être quantifiable afin de mesurer l’activité du promoteur.
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17
Q

Nommer deux exemples de gènes rapporteurs

A

B-galactosidase et luciférase

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18
Q

Nommez tous les types de domaines liant l’ADN qu’on peut retrouver.

A
  1. Homédomaine
  2. Doigt de zinc
  3. Agraffe à leucine
  4. Hélice-boucle-hélice
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19
Q

Pourquoi utiliser des hétérodimère pour les facteurs de transcription?

A

Plus grande complexité, variété combinatoire.

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20
Q

Comment la dimérisation des deux longues hélices alpha de l’agraffe à leucine est-elle réalisée?

A

elles forment des courts tronçons bispiralés, au
sein desquels les deux hélices restent associées
par des interactions hydrophobes entre des
résidus leucine

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21
Q

Vrai ou faux. L’agraffe à leucine et l’homéodomaine forment des hétérodimères.

A

Faux,
L’homéodomaine forme des hétérodimères.
L’agraffe à leucine peut former des homo ou hétérodimères.

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22
Q

Comment se fait l’association des deux sous-unités chez l’hélice-boucle-hélice?

A

Se fait via une région riche en leucine présente sur les deux hélices.

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23
Q

Qui sont-ils?
Ils sont relativement peu structurés. On pense qu’ils forment plutôt des surfaces adhésives capables d’interagir avec plusieurs autres protéines.

A

Les domaines activateurs.

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24
Q

Vrai ou faux.

Les activateurs agissent directement sur l’ARN pol

A

Faux.

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25
Q

Quels-sont les deux modes d’actions des activateurs?

A
  1. Recruter des modeleurs de la chromatine (modificateurs d’histones)
  2. Recruter indirectement la polymérase à travers le complexe médiateur ou des facteurs généraux de la transcription.
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26
Q

Quelles-sont les 3 façons dont peuvent agir les répresseurs?

A
  1. Interférer avec les acrtivateurs (compétition avec le site de liaison ou blocage)
  2. Interagir avec les complexe d’initiation via le complexe médiateur
  3. Compacter la chromatine et rendre les gènes inaccessibles.
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27
Q

Quel-est l’effect de l’acétylation des histones sur la régulation de la transcription?

A

L’acétylation permet de dérouler l’ADN et le rend donc plus accessible: activation plus facile

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28
Q

Quel-est l’effet d’une méthylation des histones sur la régulation de la transcription?

A

Un groupement méthyl sur la queue provoque le recrutement de protéines pour la formation de l’hétérochromatine. Répression de la transcription.

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29
Q

Par qui sont ajoutés les groupement acétyl?

A

Histone acétyltransférases

30
Q

L’acétylation des histones permet également le recrutement de facteur spécifiques. Nommez-en en.

A

peut créer des domaines de liaison pour une Protéine à Bromodomaine.

31
Q

Qu’est-ce qu’un bromodomaine?

A

Un motif de 4 hélices α capable de s’attacher sur les histones acétylées.

32
Q

Par qui sont recrutés les complexes remodeleurs de la chromatine?

A

Par des facteurs de transcription

33
Q

Comment fonctionne la méthylation de l’ADN?

A

Les séquences méthylées sont reconnues par des protéines spécifiques comme MeCP2
Cette protéine recrute à son tour des histones
désacétylases et des histones méthylases qui
modifient la chromatine (formation de
l’hétérochromatine) et rendent la région
impossible à transcrire.

34
Q

Qu’est-ce que le phénomène de l’empreinte génétique?

A

C’est quand une copie des deux gènes est gardée silencieuse par méthylation de l’ADN.

35
Q

Quel-est l’exemple pour l’empreinte génétique vu? (2 gènes voisins séparés par un isolateur)

A

H19 et lgf2

36
Q

Vrai ou faux.

L’ADN ne maintient pas sa méthylation lors de la réplication.

A

Faux, l’ADN maintient sa méthylation

37
Q

Quels nucléotides sont méthylés?

A

Cytosine de répétitions GC

38
Q

Qui fait la méthylation des nouveaux brins?

A

Méthylase vient méthyler les brins non méthylés (nouveaux brins) selon le patron du brin conservé

39
Q

Qu’est-ce qu’implique la coordination de l’expression génique?

A

Un même facteurs peut agir sur plusieurs gènes et les gènes sont sous le contrôle de plusieurs facteurs.

40
Q

La levure S. cerevisae existe sous 3 formes, quelles-sont elles?

A

Deux formes haploïdes de type sexuel différent (aplha et a)

une forme diploïde formée quand une cellule a et alpha s’accouplent

41
Q

Pourquoi les cellules alpha et a sont de types sexuel différents?

A

Elle expriment différents groupes de gènes spécifiques à a ou à alpha

42
Q

Quels-sont les régulateurs spécifiques pour:
A) a
B) aplha

A

A) a: a1

B) aplha: aplha1 et alpha2

43
Q

Quelle autre protéine régulatrice est retrouvée chez les deux types sexuels?

A

Mcm1

44
Q

Pour les gènes alpha, quelle protéine agit comme répresseur des gènes a et quelle protéine agit comme activateur des gènes alpha?

A

alpha2 est le répresseur et alpha 1 est l’activateur.

45
Q

Quelles sont les deux propriétés de alpha2 qui lui permettent de garantir que les gènes spécifiques de la cellule a ne soient pas exprimés?

A
  1. Recouvre la région activatrice de Mcm1

2. Réprime les gènes a

46
Q

Que se passe-t-il dans les cellules diploïdes?

A

Les gènes spécifiques des cellules a et alpha sont éteints

47
Q 
Quels groupes de gènes retrouvent-on chez les levure en ce qui attrait au sexe?
A) Gènes spécifiques de a
B) Gènes spécifique de alpha
C) Gènes spécifiques diploïdes
D) Gènes spécifique haploïdes
A

A) Gènes spécifiques de a
B) Gènes spécifique de alpha

D) Gènes spécifique haploïdes

48
Q

Comment les gènes alpha sont-ils activés chez les cellules de type alpha?

A

Via alpha1 qui se lie de manière coopérative à Mcm1.

Mcm1 est sur un site faible et a donc besoin de alpha1 pour se lier.

49
Q

Dans la cellule diploïde, comment est réprimé le gène de cellule haploïdes?

A

Par un combinaison entre alpha2 et a1

50
Q

Dans la cellule diploïde, comment est réprimé le gène de cellule a?

A

Par Mcm1 et alpha2, comme chez les cellules alpha haploïdes

51
Q

Dans la cellule diploïde, qu’est-ce qui est lié sur les gènes alpha?

A

Rien, alpha1 n’est pas produite

52
Q

Dans une cellule alpha, quel est l’activateur pour les gènes alpha?

A

dimère de alpha1 et Mcm1

53
Q

Comment les gènes spécifiques de alpha sont-ils éteints chez les cellules a?

A

Aucune protéine n’y est liée (aucun activateur)

54
Q

Vrai ou faux, les cellules a n’utilisent pas la protéine régulatrice a1 pour transcrire les gènes spécifiques à a.

A

vrai

55
Q

Nommer deux exemples de locus

A

Locus MAT chez les levures (a,alpha)

Locus pour les protéines globine

56
Q

Comment s’appelle la région qui contrôle un locus qui contient des éléments activateurs, inhibiteurs et même
isolateurs?

A

LCR

57
Q

Qu’est-ce qu’un locus?

A

Emplacement physique précis et invariable sur un chromosome

58
Q

Nommer les deux tactiques de coordination de l’expression génique.

A
  1. Contrôle combinatoire

2. Chaîne régulatrice

59
Q

Qu’est-ce que la chaine régulatrice?

A

Plusieurs gènes sont sous contrôle de plus d’un
activateur de transcription, qui agissent
ensemble.

60
Q

Quelles-sont les 4 possibilités de chaines régulatrice?

A

La liaison des facteurs A et B peut être
coopérative (ça prend les deux pour lier
l’ADN)

La liaison de A et B forme un site de
recrutement pour une autre protéine.

La liaison du facteur A peut aider le
recrutement de facteurs remodelant l’ADN

La liaison du facteur A peut directement
modifier la chromatine et rendre le site B
accessible.

61
Q

Nommer un exemple de chaine régulatrice

A

Gènes HO chez la levure, qui ne s’exprime que quand la cellule bourgeonne et seulement chez la cellule mère

62
Q

Quelle-est la séquence d’événement de la chaine régulatrice pour le contrôle du gène HO?

A

SWI5 se lie et recrute un complexe de remodelage de la chromatine.
Le site SBF est alors libéré et SBF se lie et recrute le complexe médiateur qui interagit avec le complexe initiateur et démarre la transcription.

63
Q

Quelle affirmation est fausse concernant les récepteurs de TGFB:
A) ils sont des kinases
B) ils sont des RTK
C) S’agrègent et se phosphryle quand reçoivent le signal
D) Le récepteurs phosphorylés phosphoryle SMAD3 qui change de configuration et se lie avec SMAD4
E) SMAD3/3 agit comme activateur et a un signal d’import nucléair

A

B) ils sont des RTK

64
Q

Les RTK activent quelle voie?

A

Ras-MAPK

65
Q

Quels-sont les acteur de la voie Ras-MAPK?

A

RTK se dimérise et s’autophosphoryle
GR2B (SH2 touche au RTK) (SH3 à la protéine Sos)
Sos est une GEF qui active Ras.
Ras active une cascade MAPK
MAPK se dimérise et passe dans le noyau et active des FT

66
Q

Les récepteurs d’hormones stéroïdiennes on 3 domaines…

A 
1 domaine variable,
1 domaine de liaison à l’ADN - doigt
de zinc,
1 domaine de liaison à l’hormone
qui est un domaine activateur de la
transcription.  (répresseur en l'absence de l'hormone)
67
Q

Vrai ou faux, les récepteurs d’hormones stéroïdiennes agissent comme des répresseurs en l’absence de leur signal.

A

Vrai

68
Q

Quelle affirmation est fausse?
A) les récepteurs hétérodimériques sont exclusivement dans le noyau
B) les récepteurs homodimériques sont dans le cytoplasme
C) les récepteurs hétérodimériques ne sont que des activateurs
D) les récepteur homodimériques sont des activateurs en présence de leur hormone

A

C) les récepteurs hétérodimériques ne sont que des activateurs

Faux, il agissent comme répresseurs en l’absence de l’hormone

69
Q

Quelles-sont les 3 façons de réprimer la transcription des ARN courts?

A
  • en inhibant la traduction de l’ARNm
  • en dirigeant la destruction de l’ARNm
  • en réprimant directement le promoteur du gène.
70
Q

Quelle affirmation est fausse?
A) Les ARNi sont produits à partir d’ARNdb
B) L’enzyme dicer est une RNAse qui digère l’ARNdb en segments de 20nt
C) RISC dénature l’ARNdb en simple brin
D) La liaison d’un ARNi à l’ARN, bloque la traduction
E) RISC peut agir aussi dans le noyau en remodelant
la chromatine

A

D) La liaison d’un ARNi à l’ARN, bloque la traduction

Faux, induit la dégradation de l’ARNm

71
Q

de qui pale-t-on?
Les ARN forment d’abord une structure en
épingle qui est traitée par une Rnase III-like.
Lorsque matures, les ______ sont incorporés
dans des complexes protéiques (impliquant
encore une fois Dicer et RISCs)
Interagit généralement avec des protéines
ARGONAUTES (AGO) qui sont spécifiques à
certains tissus ou fonctions.

A

Micro ARN

MiARN

72
Q

Vrai ou faux, la reconnaissance d’un ARNm par un miARN mène automatiquement à sa dégradation.

A

Faux, peut mener à l’inhibition de la transcription

- BIO1101 Bio mol part 2 (5 decks)

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