Kwasy nukleinowe

Question 1

Z czego składa się nukleozyd?

Answer 1

Z zasady azotowej i cukru

Question 2

Z czego składa się nukleotyd?

Answer 2

Z zasady azotowej, cukru i reszt fosforanowych

Question 3

Za pomocą jakich wiązań połączone są nukleotydy w łańcuchu DNA?

Answer 3

Za pomocą wiązań 3’,5’-fosfodiestrowych między grupą OH przy węglu 3’ cukru a resztą fosforanową

Question 4

Jakie są cechy helisy B DNA?

Answer 4

Pośredni kształ, prawoskrętna, pośrednia średnica, najmniej zasad na skręt (10), dwa rowki - większy i mniejszy

Question 5

Czym są histony?

Answer 5

Są to białka utrzymujące strukturę DNa.
H2A, H2B – histony lizyno-bogate
H3, H4 – histony arginino-bogate

Question 6

Czym jest nukleosom?

Answer 6

Są to powtarzające się jednostki strukturalne,

zawierające histony i DNA.

Question 7

Poziomy upakowania DNA - od najmniejszego

Answer 7

nukleosomy - solenoid - pętle - miniprążek - chromosom

Question 8

Temperatura topnienia (Tm)

Answer 8

Temperatura topnienia, w której dochodzi do utraty

połowy helikalnej struktury

Question 9

Jakie są modele replikacji DNA?

Answer 9

Dyspersyjny, semikonserwatywny, konserwatywny

Question 10

Czym jest origin (ori)?

Answer 10

Miejsce w cząsteczce DNA, gdzie

rozpoczyna się replikacja.

Question 11

Czym jest replikon?

Answer 11

Odcinek DNA, zawierający miejsce inicjacji replikacji oraz wszystkie sekwencje fizycznie do niego przylegające, pozostające pod jego kontrolą.

Question 12

Czym jest OriC?

Answer 12

Miejsce inicjacji replikacji u Escherichia coli (245 pz)

Question 13

Czym jest i z czego się składa kompleks preinicjacyjny?

Answer 13

Są to widełki replikacyjne wyposażone w
komplet białek replikacyjnych:
1. Helikaza DnaB - rozrywa wiązania wodorowe
2. DnaC - aktywuje DnaB
3. białka SSB - utrzymują strukturę jednoniciową DNA

Question 14

Czym jest i z czego się składa kompleks preinicjacyjny?

Answer 14

Są to widełki replikacyjne wyposażone w
komplet białek replikacyjnych:
1. Helikaza DnaB - rozrywa wiązania wodorowe
2. DnaC - aktywuje DnaB
3. białka SSB - utrzymują strukturę jednoniciową DNA

Question 15

Co jest odpowiednikiem OriC u bakterii?

Answer 15

Miejsca ARS - – autonomicznie replikujące się sekwencje u drożdży – 100-200 pz (autonomously replicating sequences)

Question 16

Co jest potrzebne do syntezy DNA?

Answer 16

Matryca, dNTP, polimeraza, Mg2+

Question 17

Jakie są najważniejsze enzymy replikacyjne u Procaryota?

Answer 17

• TOPOIZOMERAZA (GYRAZA – TOPOIZOMERAZA TYPU II U BAKTERII)
• HELIKAZA
• BIAŁKA STABILIZUJĄCE JEDNONICIOWY DNA
• PRYMAZA
• POLIMERAZY DNA
• LIGAZA DNA

Question 18

Co robi pirofosfataza?

Answer 18

Hydrolizuje reszty fosforanowe.

Question 19

Jakie antybiotyki hamują topoizomerazę II (bakteryjną gyrazę)?

Answer 19

Nowobiocyna - zapobiega wiązaniu ATP do gyrazy

Kwas nalidyksowy i ciprofloksacyna - zaburzają rozciananie i ponowne łączenie DNA

Question 20

Jakie są funkcje topoizomeraz DNA?

Answer 20

• katalizują reakcję przecinania i łączenia polinukleotydowych łańcuchów DNA
• usuwają napięcie torsyjne w łańcuchach DNA ,
• są niezbędne w transkrypcji, rekombinacji oraz innych procesach (tam gdzie zachodzi rozwijanie i zwijanie podwójnej helisy DNA)
• występują w wewnątrzjądrowych strukturach
  białkowych (matriks), gdzie odpowiadają za przepuszczalność jąder
• uczestniczą w utrzymaniu struktury chromatyny

Question 21

Co jest odpowiednikiem SSB u eukariota?

Answer 21

Białko replikacyjne A (RPA)

Question 22

Czym jest prymosom?

Answer 22

Jest to kompleks białek zaangażowanych w replikację DNA (helikaza, SSB, prymaza)

Question 23

Aktywność 3’→ 5’ egzonukleazy

Answer 23

Aktywność korekcyjna, powszechna

Question 24

Aktywność 3’→ 5’ egzonukleazy

Answer 24

Aktywność korekcyjna, powszechna

Question 25

Aktywność 5’→ 3’ egzonukleazy

Answer 25

Mniej powszechna, wykorzystywana np. do usuwania starterów

Question 26

Czym jest replisom?

Answer 26

Jest to kompleks białek
zaangażowanych w replikację DNA
(prymosom + kompleks polimerazy III)

Question 27

Jak wygląda połączenie końców DNA przez ligazę?

Answer 27

Najpierw potrzebna jest adenylacja ligazy i aktywacja końca 5’ przez dołączenie AMP - później ostateczne działanie ligazy i połączenie.

Question 28

Co jest odpowiednikiem replisomu u eukariota?

Answer 28

Fabryki replikacyjne - duże struktury

wewnątrzjądrowe, z których każda zawiera setki a nawet tysiące indywidualnych kompleksów replikacyjnych.

Question 29

Co jest odpowiednikiem replisomu u eukariota?

Answer 29

Fabryki replikacyjne - duże struktury

wewnątrzjądrowe, z których każda zawiera setki a nawet tysiące indywidualnych kompleksów replikacyjnych.

Question 30

Jaki enzym odpowiada za usuwanie starterów?

Answer 30

U Procaryota - Polimeraza DNA I

U Eucaryota - Endonukleaza FEN1 (MF1) i RNAza H

Question 31

Czym są białka TUS?

Answer 31

Białka odpowiadające za przejście widełek replikacyjnych posuwających się w jednym kierunku, ale zatrzymuje widełki posuwające się w kierunku przeciwnym. W mechanizm włączona jest helikaza DnaB

Question 32

Rodzaje polimeraz RNA?

Answer 32

Polimeraza RNA I - jąderko, niewrażliwa na α-amanitynę
Polimeraza RNA II - nukleoplazma, wrażliwa na α-amanitynę na niskie stężenia
Polimeraza RNA III - nukleoplazma, wrażliwa na α-amanitynę na wysokie stężenia

Question 33

Z czego składa się ekspresja genu?

Answer 33

Z transkrypcji i translacji

Question 34

Rodzaje polimeraz RNA?

Answer 34

Polimeraza RNA I
Polimeraza RNA II
Polimeraza RNA III

Question 35

Jakie są etapy transkrypcji?

Answer 35

Inicjacja, elongacja, terminacja

Question 36

Rodzaje terminacji transkrypcji u bakterii

Answer 36

I strategia: powstają liczne wiązania A-U

II strategia: białko Rho mające aktywność helikazy ATP-zależnej

Question 37

Schemat inicjacji transkrypcji u bakterii

Answer 37

Polimeraza RNA rozpoznaje i przyłącza się w miejscu -35 do DNA i otwiera helisę w miejscu -10, rozpoczyna się synteza RNA i promotor się zwalnia.

Question 38

Przyłączanie kap do końca 5’pre-mRNA

Answer 38

1. fosfohydrolaza
2. guanylotransferaza
3. metylotransferaza guaninowa (zależna od SAM)
4. 2’-O-metylotransferaza (zależna od SAM)

Question 39

Jakie są funkcje kap?

Answer 39

• chroni mRNA przed działaniem 5’-3’egzonukleaz (przed degradacją)
• posiada istotne funkcje podczas dojrzewania mRNA
  Dzięki kompleksowi białek CBC (cap-binding complex), KAP
• uczestniczy w procesie inicjacji translacji w wiązaniu
  inicjatorowego tRNA do końca 5’mRNA

Question 40

Za co odpowiadają spliceosomy?

Answer 40

Za wycinanie intronów

Question 41

Rodzaje i funkcje RNA

Answer 41

rRNA - proces translacji, tworzy rybosomy
tRNA - pośredniczy w transporcie aminokwasów do
rybosomów i tworzy ramię antykodonowe
snRNA - składanie pre-mRNA
snoRNA - chemiczna modyfikacja mRNA
siRNA i miRNA - regulacja ekspresji genów
mRNA, tRNA i rRNA mają swoje formy prekursorowe

Question 42

Rodzaje i funkcje RNA

Answer 42

rRNA - proces translacji, tworzy rybosomy
tRNA - pośredniczy w transporcie aminokwasów do
rybosomów i tworzy ramię antykodonowe
snRNA - składanie pre-mRNA
snoRNA - chemiczna modyfikacja mRNA
siRNA i miRNA - regulacja ekspresji genów

Question 43

Na czym polega przekształcanie pre-RNA w dojrzałe RNA?

Answer 43

• modyfikacja końców
• wycinanie intronów
• cięcie pre-tRNA, pre-rRNA
• modyfikacje chemiczne (redagowanie RNA)

Question 44

Modyfikacje kowalencyjne histonów

Answer 44

• acetylacja (Lys) lizyn - acetylotransferazy histonowe umożliwiają rozluźnienie chromatyny
• fosforylacja (Ser) seryn
• ADP-rybozylacja (reszty kwasu glutaminowego)
• metylacja (Lys) lizyn
• ubikwitylacja (Lys)