Introduction à la microbiologie de l'environnement cours 7 Flashcards

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1
Q
Qui est reconnu comme un des fondateurs de la microbiologie pour avoir été le premier à observer les microbes chez l'homme et d'autres organismes à l'aide du microscope fait de sa propre main?
A) Rosa Parks
B) Antoni Van Leeuwenhoek
C) Edward Jenner
D) Joseph Lister
A

B) Antoni Van Leeuwenhoek est un commerçant du 17eme siècle qui a inventé le microscope afin de contrôlé la qualité de sa marchandise et de fait a été le premier à observer les micro-organismes

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Q

Quelle année et reconnue comme l’ère des études sur les microflores pathogènes, commensaux ou bénéfiques?
A) 1950
B)1960
C)1970

A

A) 1950, grâce à la découverte de la microscopie électronique.

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3
Q

En botanique que désigne le terme microflore ou flore microbienne?

A

Le terme microflore ou flore microbienne désigne les algues microcospiques ou micro-algues

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4
Q

Vrai ou faux, le terme microflore à été remplacé par le terme microbiote?

A

Vrai, le terme microflore ou flore microbienne a été utilisé pour désigner les communautés bactériennes et les microbes encaryotes, mais son utilisation reste contreversé et tend à être remplacé par le terme microbiote.

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5
Q

Quelle est la définition de microbiome?

A

Le microbiome désigne l’aire biotique du microbiote, l’espace où les communautés microbiennes vivent.

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6
Q

Quelle est la définition du microbiome, mais en anglais?

A

Le terme microbiome désigne le métagénome, soit l’ensemble des gènes de la communauté microbienne.

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7
Q

Quelle est la définition du terme microbiote?

A

Le microbiote consiste en les communautés microbiennes (procaryote, encayotes et virus) vivant dans un environnement donné.

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8
Q

Qu’est-ce que le core microbiome?

A

Le core microbiome représente l’ensemble des taxons qui sont communs aux différentes communautés microbiennes.

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9
Q

Qu’est-ce que la diversité alpha?

A

La diversité alpha est une mesure de la biodiversité dans un environnement donné. Un profil génomique qui est relié à un échantillon spécifique.

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10
Q

Qu’est-ce que la diversité bêta?

A

La diversité bêta est une comparaison de la diversité alpha entre plusieurs échantillons, plusieurs milieux.

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11
Q

Qu’est-ce que le pan-microbiome?

A

Le pan-microbiome représente l’ensemble des microbiomes d’échantillons comparés.

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12
Q

J’ai trois échantillons le premier à 6,8% d’OTU qui lui sont uniques, le deuxième 7,4% et le troisième 19,33%. Les trois échantillons partagent 21,5% de leur OTU. L’échantillon 1 et 2 partagent 13,7% de leur OTU.

A) Quel est le core-microbiome en pourcentage?
B) Quel est l’éco-microbiome de l’échantillon 1 en pourcentage?

A

A) 21,5%

B) 6,8%

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13
Q

En quoi consiste l’éco-microbiome?

A

Le microbiome qui est spécifique à un individu ou à un environnement donné, la partie propre à l’individu.

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14
Q

Vrai ou faux, pan-microbiome= (core-microbiome+éco-microbiome)

A

VRAI

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15
Q

Le microbiome humain est très diversifié, microbes eucaryotes, champignons, bactéries, archéobactéries et virus y prennent part vrai ou faux?

A

Vrai encore

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16
Q

Vrai ou faux, le microbiome fongique chez l’homme se compose uniquement de microbe bénéfique à l’homme?

A

Faux, le mycobiome est aussi composé de mycètes potentiellement pathogènes tel que candida ou ustilago.

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17
Q

Quelle affirmation est fausse?
A) le rapport entre le nombre de cellule humaine et de cellules bactériennes est de 1/1.
B) le tube digestif des animaux contient la plus grande protion du microbiome animal.
C) 90% du microbiome se trouve dans le gros intestin.
D) le métagénome du microbiome intestinal est constitué de 3.3 milions de gènes ce qui est l’équivalent du nombre de gènes chez l’homme.

A

D) le métagénome du microbiome intestinal représente 150 fois le nombre de gènes humains.

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18
Q

Vrai ou faux, plusieurs espèces de bactéries sont partagées chez l’être humain?

A

Vrai, sur les 1000 espèces retrouvées chez l’homme, 50 à 100 espèces sont retrouvées chez tous les individus, ils forment le core-microbiome.

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19
Q

Le microbiome intestinal se compose de 4 phyla (embranchements) dominants, lesquels?

A
  1. Bacteroidetes
  2. Fermicutes
  3. Actinobacteria
  4. Proteobacteria
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20
Q

Quel facteur entraine une différence majeure entre le microbiome de la plante et celui de l’intestin?

A

L’oxygène. L’absence d’oxygène de l’intestin favorise les bactéries anaérobies ou anaérobies facultatives.

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21
Q

Qu’est-ce qu’un entérotype?

A

Un entérotype est un groupe de composition bactérienne spécifique chez l’homme. Un groupe particulier du style de classification qu’est le groupe sanguin.

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22
Q

Combien existe-t-il d’entérotypes?

A

3

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23
Q

Qu’est-ce qui module le microbiome intestinal et qui mène à l’appartenance à l’un des trois entérotype?

A

Le régime alimentaire

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24
Q

Un régime riche en gras, en viande et pauvre en fibre mène à quel entérotype?

A

Enterotype bacteroide

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25
Q

Quels sont les trois enterotypes?

A

Bacteroides, Prevotella, Ruminococcus

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26
Q

Un régime riche en fibre, en végétaux et faible en gras mène à quel enterotype?

A

Enterotype Prevotella

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27
Q

Un changement brutal et de courte durée du régime alimentaire peut-il affecter la composition du microbiome intestinal?

A

Un changement de courte durée perturbe légèrement le microbiome, mais n’altère pas sa compositon.

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28
Q

Quel des trois enterotype est remis en question?

A

L’entérotype Ruminococcus

29
Q

Le microbiome humain est (plusieurs éléments de réponse)…
A) Dynamique et non statique
B) En constante évolution
C) Uniquement relié au système intestinal
D) Constant chez un individu

A

A et B

30
Q

Le microbiome amène certains bénéfices tels que…

A

Une immunité, la production de certains lipides et nutriments ainsi que la digestion

31
Q

Vrai ou faux, le microbiome est fortement relié au cerveau?

A

Vrai

32
Q

Le microbiome est-il alterable par la prise d’antibiotiques?

A

Oui, la prise d’antibiotiques affecte fortement le microbiome. Les antibiotiques permettent à certaines espèces microbiennes, avant en proportions contrôlées de prendre le dessus et causer des maladies. La balance microbienne est détruite par la prise d’antibiotiques

33
Q

Que dire du microbiome selon l’âge?

A

Le microbiome se modifie et évolue selon l’âge. L’individu acquiert des espèces microbienne en grandissant et en perd certaines. Le microbiome est en constant remaniement.

34
Q

Vrai ou faux le microbiome des animaux est bien plus complexe et diversifié que celui des plantes?

A

Faux, le microbiome est bien plus complexe et diversifié chez les plantes

35
Q

Quel sorte de microorganisme représente la plus grande biomasse du microbiome des plantes?

A

Les champignons

36
Q

Vrai ou faux, les oomycètes et les protozoaires représentent une grande proportion du microbiome des plantes?

A

Vrai

37
Q
Associez les termes aux définitions
A) phyllosphère
B) rhizosphère
C) rizhoplan
D) endosphère

1) Environ 11m autour de la racine
2) Partie aérienne, zone entourant les feuilles et les tiges
3) Compartiment interne de la plante, ce qui se trouve dans l’arbre, autant au niveau racinaire qu’au niveau aérien
4) Interface racine-sol, zone de contact direct où se font tous les échanges.

A

A)2
B)1
C)4
D)3

38
Q

Vrai ou faux, la partie aérienne est bien plus complexe que la partie racinaire de la plante?

A

Faux, la partie racinaire est la plus complexe

39
Q
Qu'est-ce qui est concevable de retrouver au niveau racinaire (plusieurs éléments)?
A) Bactéries Gram+ et Gram-
B) Endomycorhize
C) Ectomycorhize
D) Actinobactéries
E) Nodules
F) Toutes ses réponses
A

F) La partie racinaire est de composition très complexe.

40
Q

Qu’est-ce que le phytobiome?

A

Le phytobiome désigne l’interaction de l’environnement ainsi que les microbes qui influencent ou qui sont influencés par la plante.

41
Q

Qu’est-ce qui est inclu dans le phytobiome? (plusieurs éléments)
A) les animaux tels que les nématodes et les insects
B) Le climat
C) Les nutriments du sol
D) Les microbes racinaires
E) Toutes ses réponses

A

E) Le phytobiome inclut tous les facteur physico-chimiques ainsi que biotiques.

42
Q

Par quels moyens les plantes communiquent-elles entre elles et avec les autres organismes?

A

Par l’utilisation de substances chimiques comme les flavonoïdes, des hormones, des substances antimicrobiennes ou des composés organiques volatiles.

43
Q

Quels sont les messages communiqués des plantes auxorganisme extérieurs?

A
  1. signal de dégradation
  2. signal de mimétisme (je ne sais pas pourquoi)
  3. signal d’inhibition
  4. signal de perception
  5. signal d’activation
44
Q

Comment les signaux de l’environnement ou des microbes modifient-ils la plante qui les recoit?

A

La plante modifie son développement, sa productivité ou sa santé peut être affectée.

45
Q

Qu’est-ce qu’un stress abiotique?

A

Le stress abiotique regroupe tous les facteurs physico-chimiques qui affectent la plate négativement tels que la température, la sécheresse, la sallinité, les polluants, le pH ou les sels minéraux.

46
Q

Qu’est-ce que les stress biotique?

A

Le stress biotique regroupe tous les facteurs reliés au vivants qui ont un impact négatif sur la plante tel que la compétition avec un autre organisme, les insects ravageurs ou les microbes phytopathogènes.

47
Q

Une faible richesse en microorganismes chez la plante est synonyme de…
A) plante malade
B) plante naine
C) plante en santé
D) la plante s’en coliss des microorganismes

A

A) Un plante qui a une faible diversité microbienne à des risques élevés de maladie. C’est de même pour l’humain, lors d’un déséquilibre de certains taxons au niveau intestinal, certains taxons viennent à dominer et causer de maladie tel que c.difficile.

48
Q

Lyne Margulis est reconnue pour avoir amené les théories de…. et …. en 1960. Quel sont les 2 termes manquant?

A
  1. La théorie de l’endosymbiose

2. Les notions d’holobionte et l’hologénome

49
Q

Qu’est-ce que mentionne la théorie de l’endosymbiose?

A

La théorie de l’endosymbiose consiste au fait que les cellules eucaryotes seraient le résultat d’une suite d’associations symbiotiques avec différents procaryotes. Les mitochondries et les chloroplastes seraient d’origine bactérienne.

50
Q

Quelles sont les deux équations, selon lyne Margulis qui définissent la symbiose et que veulent-elles dire?

A
  1. 1+1=1 (les deux partenaire deviennent une entité unique)

2. 1+1>2 (les deux partenaire fonctionnent en synergie)

51
Q

En quoi consiste l’holobionte?

A

L’holobionte est une entité composite formée par un hôte et l’ensemble de ses symbiotes, qui est soumis à la sélection naturelle. C’est un assemblage complexe d’organismes vivants interagissant durablement.

52
Q

L’hôte peut-il vivre seul et si oui dans quelle phase est-il lorsque seul?

A

Oui et il est dans la phase aposymbiotique

53
Q

Un symbionte seul est dans une phase..

A

Il est dans une phase libre

54
Q

Vrai ou faux, l’holobionte lui-même en tant qu’entité contitue une espèce à part entière des espèces le constituant?

A

Vrai, l’hôte, les symbiotes et l’holobionte ont un statut d’espèces différentes.

55
Q

Les poux colonisent la tête d’une malheureuse qui est l’hôte dans ce cas. Est-ce un holobionte?

A

Non, l’association ne mène pas à la formation d’une entité formelle et n’est pas durable

56
Q

Qui a proposé en 1992 que chaque partenaire d’un holobionte conserve son statut d’espèce, mais l’holobionte lui-même en tant qu’entité constitue lui de même une espèce?

A

Mindell

57
Q

De quoi est composé le lichen?

A

D’une association de champignon, d’algue et de cyanobactéries.

58
Q

Qu’est-ce que l’hologénome?

A

L’hologénome consiste en l’ensemble des génomes de l’hôte et du microbiome.

59
Q

Vrai ou faux pour être considéré comme un holobiote il faut influencer le phénotype de l’hôte?

A

Faux, l’holobiote inclut les microbes qui affectent le phénotype de l’hôte et ont coévolué avec celui-ci, les microbes qui n’ont pas coévolué avec l’hôte, mais qui contribuent au phénotype de celui-ci et les microbes qui n’ont pas coévolué et n’affectent pas le phénotype de l’hôte.

60
Q

Vrai ou faux, l’holobionte est constant dans le temps et l’espace?

A

Faux, les microbes peuvent quitter l’holobionte ou affluer de l’environnement, être constant ou inconstant. Le phénotype de l’holobionte n’est pas fixe, mais peut changer en fonction des microbes présents et absents.

61
Q

Quelle est la méthode principale d’étude du microbiome des sols et des racines de plantes ?

A
  1. séquencage d’amplicon
62
Q

Quel type de séquencage est utilisé pour l’étude des bactéries?

A

Le séquencage de l’ARN ribosomique 16s

63
Q

Quel type de séquencage est utilisé pour l’étude des archéas?

A

Le séquencage de l’ARN ribosomique 16s

64
Q

Quel type de séquencage est utilisé pour l’étude des champignons et le oomycètes?

A

Le séquencage des ITS (ca sonne louche, mais non). Les ITS sont les gènes espaceurs entre le 18s et 25s de l’ARN ribosomale. Les gènes s’allignent 18s—5s—25s. La partie séquencée, le spaceur est la partie 18s————–25s.

65
Q

Quels sont les étapes de la méthodes de séquencage?

A
  1. Échantillonage (se doit d’être rapide, car la flore microbienne est changée avec la température, on peut alors congeler l’échantillon pour le transport)
  2. Collecte de l’ADN
  3. PCR (utilisation d’adapteteurs spécifiques à l’échantillon)
  4. Séquencage
    5 Illumina MiSeq (retire les séquences chimères et inutiles pour faire un profil taxonomique)
  5. bioinformatique
66
Q

Pourquoi la plante a-t-elle besoin de l’interaction avec les microbes en ce qui concerne sa mobilité?

A

Comme la plante est immobile (pas omme dans le seigneur des anneaux), elle doit avoir un moyen de combattre les facteurs environnementaux. Elle développe une plasticité génétique, une protection grâce aux microorganismes.

67
Q

Qu’est-ce qu’un signal de mimétisme (phytobiome)?

A

Un signal de mimétisme consiste en la libération de molécules semblables chimiquement pour manipuler d’autre organismes. (ex: quorum sensing)

68
Q

Qu’est-ce qu’un signal de perception?

A

Un signal de perception permet la reconnaissance de certaines molécules précises