Introduction à la microbiologie de l'environnement cours 1 Flashcards
Quelles caractéristiques décrivent les microbes?
A) Organismes microscopiques
B) Sociaux
C) Répartis dans les 2 domaines du vivant (archées et procaryotes)
D) Uniquement unicellulaire
E) Forme de vie rare
A, B
C) ils sont répartis dans les trois domaines du vivant (archées, procaryotes et eucaryotes)
D) Les virus sont acellulaire, les champignons et certaines moisissures sont pluricellulaires.
E) Les microbes sont la forme de vie qui prédomine sur la Terre
Quelle(s) invention(s) ne correspondent pas à une "invention" microbienne? A) L'atmosphère B) Le réseau d'énergie C) La fabrication de soie D) La biotechnologie E) La communication
C) Jespère que tu l’avais trouvé! C’est le vers à soie qui en est responsable et non les microbes
Quels sont les trois piliers centraux sur quoi se base la microbiologie de l’environnement?
La microbiologie de l’environnement consiste à l’inter-relation entre l’environnement, l’évolution et l’écologie.
En quoi consiste le principe de l’écologie sur lequel se base la microbiologie de l’environnement?
L’écologie consiste à l’interaction entre les éléments abiotiques et biotiques d’un milieu. L’intéraction entre bactéries, bactéries-virus, ainsi que l’interaction des organismes avec les facteurs physico-chimiques d’un écosystème
En quoi consiste le principe de l’évolution sur lequel se base la microbiologie de l’environnement?
L’évolution consiste à l’ensemble des changements à travers les générations, l’accumulation de mutations et de changements génétiques
Qu’est-ce que C.Woese a étudié?
A) La physique quantique
B) L’évolution du quorum sensing à travers le temps
C) l’ARN 16s et la division des différents domaines
D) La littérature anglaise
E) Les méthanogènes du lac titicaca
C, C.Woese à étudié l’ARN 16s et a découvert à partir de cela qu’il y avait deux groupes de procaryotes, les archées et les bactéries.
Quels sont les trois domaines du vivant?
archeas, eucarya et bacteria
Vrai ou faux, la majorité de l’arbre universel des être vivants se compose de microbes?
Vrai!!
À quel niveau s’enracine l’arbre phylogénétique de tous les êtres vivants?
Au niveau des bactéries. L’arbre prend naissance au niveau des bactéries
Quel est l’âge estimé de la Terre?
A) 4.5 à 4.6 milliards d’années
B) 2 milliards d’années
C) 2012 (le début d’une nouvelle ère suite à la fin du monde)
D) 3.8 à 3.5 miliards d’années
E) Elle n’a pas d’âge, c’est impolit de lui demander, alors personne n’a jamais osé
A)
À 2 miliards d’années les eucaryotes venaient d’apparaitre. De 3.8 à 3.5 miliards d’années, les premières cellules ont fait leur apparition. La Terre a bel et bien fait ses début il y a 4.5 à 4.6 miliards d’années
En quoi les bactéries ont été avantagées d’être la seule forme de vie sur la Terre pendant environ 2 miliards d’années? (2 éléments de réponse)
- Les bactéries ont eut le temps de s’adapter aux divers environnements
- Les bactéries ont eut le temps de modifier les divers environnement, parfois à leur avantage
Quand la première cellule est-elle apparue?
A) Jamais les cellules ne sont que des inventions Dieu est le grand créateur
B) il y a 2 miliards d’années
C) il y a 5 miliards d’années
D) il y a 3.8 miliards d’années
D)
Il y a 2 miliards d’années les premiers eucaryotes sont nés. Il y a 5 miliards d’années la Terre n’existait pas encore.
L'origine de la vie se base sur plusieurs théories dont... A) La théorie de la soupe prébiotique B) La théorie de la soupe de probiotique C) l'origine interstellaire D) L'origine de la vie à partie d'ARN E) Le foudroiement réducteur
A,C,D
(A)La vie aurait débuté par une soupe d’éléments organiques qui à cause des conditions du milieu se seraient auto-assemblé pour former des molécule organiques. (C)Une autre hypothèse est que les différents acides aminés et bases azotés sont venus de l’espace, dans une météorite telle que celle retrouvée en Australie. (D)Pour terminer, l’ARN, plus spécifiquement les ribozymes ayant la capacité de s’auto-épisser aurait été les premières molécules à conserver une forme d’information génétique
Quels sont les deux principaux composés qui aurait été à la base de la “soupe prébiotique” ?
A) L’acide sulfurique et le dichlorure de cobalt
B) Le jus de bactéries
C) L’alcyone et le céyx
D) L’azote et le phosphate
E) L’acide cyanhydrique et le formaldéhyde
E L’acide cyanhydrique et le formaldéhyde sont les principaux composés retrouvé dans cette ère qui ont été succeptibles de s’assembler
ALcyone et céys sont des personnages de la mythologie grecque. L’azote et le phosphate sont des éléments et non des composés.
De qui provient la théorie de la soupe pébiotique? (2 personnes)
Oparin et Haldane ( S’il demande ça c’est pas très gentil)
En quoi consiste la théorie de la soupe prébiotique?
Les différents composés (l’acide cyanhydrique et le formaldéhyde) formés dans l’atmosphère et dissous dans l’eau aurait formé une soupe primitive où seraient apparues les molécules susceptibles de s’auto-assembler pour donner naissance à la vie
Quel fut le résultat de l’expérience de Miller et de Urey?
Il ont réussi à produire des acides aminés
Quels sont les 4 éléments que Miller et Urey ont mélangés afin de recréer les conditions de la Terre à ses débuts?
A) De l’eau, de l’ammoniac, du méthane et de l’hydrogène
B) De l’eau, de l’oxygène, du méthane et de l’hydrogène
C)De l’eau, de l’ammoniac, du méthane et du dioxyde de carbone
D) Du souffre, de l’ammoniac, du méthane et de l’hydrogène
A) celle-ci était difficile je te l’accorde
Les autres réponses j’ai modifié un élément de réponse
Quel est le but de l’expérience de Miller et Urey?
Les but de leur expérience est de générer des composés retrouvés aujourd’hui à partir des conditions du milieu terrestre de l’époque
Quel composé Juan Oro réussit-il à synthétiser dans son expérience?
Des purines (adénine et guanine)
Par quel processus Juan Oro réussit-il à synthétiser des purines?
Par la tétramérisassion de l’acide cyanhydrique
Quel(s) énoncé(s) ne concorde(nt) pas avec la théorie de l’origine interstellaire?
A) 17 acides aminés ont été retrouvés dans la météorite de Murchinson
B Uniquement des purines ont été retrouvés dans la météorite de Murchinson
C) Uniquement des pyrimidines ont été retrouvés dans la météorite de Murchinson
D) Des purines et pyrimidines ont été retrouvés dans la météorite de Murchinson
E) Des lipides ont été retrouvés dans la météorite de Murchinson
B,C,E
Aucun lipide n’a été retrouvé et des purines ainsi que des pyrimidines ont été retrouvées dans la météorite
Quelle molécule à la possibilité d'avoir une capacité enzymatique? A) l'ARN B) les tryacylglycérols C) Un pyranose D) Un furanose
A, Les ribozymes sont des ARN possèdant une capacité enzymatique
Quelle molécule peut contenir de l’information, et avoir une activité enzymatique?
L’ARN
En quoi consiste la fonction enzymatique des ribozymes?
Les ribozymes sont capables de faire de l’auto-épissage. Autrement dit, d’exciser un morceau de leur ARN et de resouder leur ARN à l’endroit de l’excision.
À partir de la matière organique comment la première cellule est venue à se former?
L’ARN est restée prise dans une vésicule de lipides, les liposomes. Des protéines seraint venues se joindre pour former un probiote. De l’ARN se serait formé l’ADN et de la aurait découlé le début de la vie
Quels sont les 2 principaux contre-arguments au fait que l’ARN aurait été à la base de la première cellule comme molécule conservatrice de l’information génétique?
- L’ARN a une demi-vie bien trop courte
2. L’ARN est très instable
La première cellule LUCA était…
A) aérobie
B) anaérobie
A) anaérobie, car la Terre a commencé à s’oxygéner autour de 2.5 miliards d’années et la première cellule est apparue vers 3.8 à 3.5 miliards d’années
Compléter la phrase
La première cellule LUCA fixait le (1) de l’atmosphère. Elle dépendait du (2) à qu’il lui servait de donneur d’électron et vivait dans un milieu chaud où seulement des cellules (3) pourraient vivre
- CO2
- H2
- Thermophiles
La première cellule LUCA à un Wood-Ljungdahl pathway ce qui signifit…
Elle utilise le H2 comme donneur d’électrons et le CO2 à la fois comme accepteur d’électrons et comme source de carbones pour les différentes biosynthèses.
Comment la théorie sur l’origine de la première cellule comme étant un virus peut-elle expliquer la croissance du virus sans hôte?
Le virus à l’origine de la première cellule ne faisait que se maintenir sans nécessairement se multiplier et certains virus prennent une forme différente à l’extérieur de l’hôte afin de survivre.
Selon la théorie que les virus sont à l'origine de la première cellule comment étaient les virus? A)Sans capside B) Avec capside C) Violet D) Avec envoloppe E) Sans enveloppe
A et E
Quel(s) ses énoncés sont/est ou renferme(ent) des/un vestige de cyanobactéries? A) Les mitochondries B) Les chloroplastes C) Les stromatolites D) Les peroxysomes
B,C
Les chloroplastes sont d’origine bactérienne, les cyanobactéries qui sont photosynthétiques
Ils est possible de retrouver des fossils microbiens de type filamenteux dans les stromalites datant de 3.5 miliards d’années. Cela donne une idée du développement des cyanobactérie par rapport à l’oxygénation de la Terre
Vrai ou faux, les microbes eucaryotes occupent une moins grande importance que les microbes procaryotes, car ils sont peu nombreux
Faux, il occupent une grande importance
Vrai ou faux, les eucaryotes possèdent une paroi avec du peptidoglycane?
Faux, come on!!
Lequel ou lesquels de ses choix fait/font partis des encaryotes? A)Archaea B)bacteria C)Fungi D)Protiste E)Virus
C,D
Les virus n’appartiennent à aucune classe, ils sont acellulaires.
Les bacterias et les archaeas appartiennent aux procaryotes
Quel(s) est l’avantage d’avoir une paroi pour les microbes procaryotes?
A)Ca donne un beau look au microbe
B) Protection
C) Compartimentation des éléments du périplasme
D) Régulation de la division
E) Régulation du transfert des gènes
B, D, E
Le périplasme est inclu dans la paroi, il ne peut pas être compartimenté
Quelle affirmation est fausse?
A) Les algues sont responsables conjointement aux cyanobactéries de la production de 75% de l’oxygène
B) Les algues produisent certaines toxines aux effets mineurs
C) Les algues sont situées au bas de la chaine alimentaire
D)Les algues sont phototrophes
E) Aucune de ses réponses
B, Les algues telles que les dinoflagellés peuvent produire des neurotoxine très dangeureuses pour l’humain
Compléter la phrase:
Les microbes eucaryotes peuvent être des (1) surtout retrouvées dans les milieu aquatique, des (2), d’importants décomposeurs et des (3), certains étant des pathogènes connus.
- Des algues
- Des mycètes
- Des protozoaires
À quoi peuvent servir les mycètes? (multiple éléments de réponse)
La production de pain, d’alcool, d’antibiotiques et la décomposition d’organismes morts
Vrai ou faux, les mycètes sont uniquement unicellulaires?
Faux, niaise moi que tu as jamais vu un champignon dans la forêt, de tes propres yeux, sans microscope
Vrai ou faux, les protozoaires peuvent être retrouvés sur le sol aussi bien que dans l’eau
Vrai, définitivement!
Vrai ou faux les protistes sont unicellulaires ou pluricellulaires
Faux, ils sont uniquement unicellulaires
Quelles caractéristiques correspondent le mieux aux protistes? A) Pluricellulaires B)Toujours pathogènes C)Bactérivores D)Algivores E) Souvent mobiles
C,D,E
A) Les protistes sont unicellulaires uniquement
B) Les protistes ne sont pas toujours pathogènes, on en retrouve une grande quantité dans les lacs et les rivières et à ce que je sache tu ne meurs pas obligatoirement quand tu te baignes dans un lac.
Quel de ses organismes fait parti des protistes? A) Plasmodium falciparum B) Candida albicans C) Yesinia pestis D) Agaricus silvaticus
A, Plasmodium falciparum est responsable du paludisme (malaria)
Candida albicans est une levure responsable des infections vaginales, Yesinia pestis est une bactérie responsable de la peste, Agaricus silvaticus est un champignon retrouvé dans la forêt
Quelles sont les trois différences entre la paroi des bactéries et celle des archaeas?
- Chez les bactéries les chaines lipidiques des phosphoglycérolipides sont reliées au glycérol par deux liens ester. Chez les archaeas, les chaines lipidiques sont reliées au glycérol par deux liens ether.
- Les chaines lipidiques des archaeas sont composées de phytane, un alcane de type diterpène (C20H42).
- Les bicouches lipidiques sont aussi reliées entre elles chez les archaeas contrairement à chez les bactéries où les bichouches ne sont pas reliées pas les longues chaînes lipidiques.
Qui suis-je? J’utilise les réactions chimiques comme source d’énergie, les composés comme le glucose et l’acétate comme source d’électron et je suis dépendante des différentes molécules organiques à titre de source de carbone
Un chimiohétéroorganotrophe
Qui suis-je? J’utilise le soleil comme source d’énergie, les différents composés inorganiques tels que le fer, le dihydrogène ou l’ammoniac comme source d’électron et je n’ai besoin que du dioxyde de carbone ou du bicarbonate comme source de carbone
Un photoautolithotrophe
Pourquoi les archaeas ont-ils une paroi différente de celle des bactéries?
Afin de résister aux milieux extrêmes ou aux hautes températures.
Remettre les phase de croissance bactérienne en ordre
a) phase stationnaire
b) phase de croissance exponentielle
c) phase de latence
d) phase de déclin
e) phase de ralentissement
A) b-c-d-e-a B) a-b-c-d-e C) e-d-c-b-a D) c-b-e-a-d
D
c) phase de latence
b) phase de croissance exponentielle
e) phase de ralentissement
a) phase stationnaire
d) phase de déclin
Vrai ou faux, il est justicieux de faire une passage de milieu lors de la phase stationnaire?
Faux, lors de la phase stationnaire un passage de milieu entraine des risques de prendre des bactéries mortes ou des bactéries à la croissance ralentie ce qui n’est pas idéal pour repartir la croissance.
Quel est la phase de croissance idéale pour faire un passage de milieu?
La meilleure phase est la phase de croissance exponentielle
Complétez: Un génome plus (1) se réplique plus facilement et permet un taux de (2) plus élevé ce qui permet à l’espèce bactérienne de mieux (3)
- petit
- mutation
- s’adapter
Vrai ou faux, les taux de mutation est plus haut chez les espèces au petit génome?
Vrai !
Vrai ou faux, les virus se retrouvent du côté des archaeas sur l’arbre phylogénétique?
Faux, il n’y a pas de marqueur chez les virus qui permet de les placer sur l’arbre
Lequel des ses éléments est faux?
A) la grande majorité des microbes se trouve à être des procaryotes
B) Nous pouvons aujourd’hui passer à l’analyse génomique sans passer par la culture
C) La majorité de la diversité microbienne a été découverte
D) plus de 1000 microbes dont la culture est impossible ont été analysé du côté génomique
C, la grande majorité de la diversité microbienne est toujours à découvir
À partir de quoi a été réalisé l’arbre phylogénétique qui classe les différents êtres vivants
À partir des séquences des ARN ribosomales
Il est possible de calculer l’abondance par… (3 éléments de réponses)
- Par fluorescent in situ hybridization (FISH)
- Par un mise en culture
- Par cytométrie ( une particule qui passe à grande vitesse dans un laser ce qui permet de l’identifier)
Vrai ou faux, la majorité des microbes sont cultivables?
Faux, entre 1% à 2% seulement sont cultivables
Où trouve-t-on les bactéries?
PARTOUT SURPRISE!!
À quoi ressemble de ration bactérie/cellules humaines? A)1/2 B)1/666 C) 69/69 ;) D)1/1 E) toutes ses réponses
D, le ration entre le nombre de bactéries et de cellules humaines est de 1/1
Où retrouve-t-on des phages?
Partout où il y a des bactéries
Quel(s) rôle(s) les microbes ont-ils dans l’environnement?
A) Contrôler le cycle de tous les éléments qui déterminent l’habitabilité de la Terre
B) Faire des feux d’artifice pour divertir les oiseaux
C) Fertiliser les plants de fraises sauvages
D) Ils sont la source de toutes autres formes de vie
A, D
Vrai ou faux les microbes représentent plus de 50% de la biomasse des océans?
Vrai
Vrai ou faux, les microbes sont les organismes les plus importants en terme de biomasse?
Vrai
Quel(s) rôle(s) ont les microbes dans l’écosystème?
A) Fixation de l’azote
B) Production d’antibiotiques
C) Labourage des sols agricoles
D) Décontamination des sols lors de déversement de pétrol
E) Toutes ses réponses
A,B,D
Quelle bactérie a un rôle clé dans la production d'O2? A) Rhizobium B) Prochlorococcus C) Corynebacterium diphtheria D) aucune de ses réponses
B, c’est une cyanobactérie
Quelle bactérie est capable de décontaminer les sols ? A) Mycobacterium leprae B) Synechococcus C) Pseudomonas D) Streptomyces
C) Pseudomonas
Mycobacterium leprae est responsable de la lèpre, streptomyces de la fabrication d’antibiotiques et synechococcus de la fixation du carbone et de la production d’oxygène
Vrai ou faux les microbes ont un rôle essentiel pour la santé de l’humain?
Vrai, le microbiome est composé de microbe et est indispensable à l’homme
Nommez 3 rôle des microbes dans les écosystèmes
- Rhizobium et cyanobactéria fixe l’azote pour les plantes
- Décontamination des sols lors de déversement de pétrol par exemple
- Production d’antibiotiques
- Implication pour la santé de son hôte
- Fixation du carbone
- Production d’oxygène
Vrai ou faux, les virus n’ont que des conséquences nocives?
Faux, ils sont essentiels pour plusieurs raisons check la prochaine question
Quel(s) est/sont les rôles des virus dans l’environnement?
A) Fixation du H2
B) Contôle des populations bactériennes
C) Intéraction avec les cycles biogéochimiques
D) Influence sur la météo
E) Production d’antibiotiques
B, C
Quels sont les rôles des virus dans l’environnement?
A) Contrôle de certains organismes pathogènes
B) Interaction avec les chaînes alimentaires
C) Augmentation du taux de mutation chez les protozoaires
D) Augmentation de la diversité microbienne en favorisant les transferts horizontaux de gènes
E) Toutes ses réponses
A, B, D
Dans la technique T-RFLP quelle est l’ordre des étapes à suivre?
a) amplification de la partie de génome d’intérêt par PCR avec des amorces marquées fluorescentes
b) fragementation par des enzymes de restriction
c) Détection de la diversité et de l’abondance des gènes d’intérêt par “l’electropherogram”
d) Séparation par l’électrophorèse
e) Extraction de l’ADN d’un échantillon prélevé
e, a, b, d, c
Vrai ou faux, la technique T-RFLP permet de visualiser les différentes variantes d’un même gène, le polymorphisme dans une population d’individus?
Vrai, la technique permet de voir les différentes variantes (allèles) pour un même gène, le gène d’intérêt
Vrai ou faux, la technique T-RFLP permet d’identifier les diverses espèces microbiennes d’un échantillon?
Faux, elle permet de visualiser la diversité et l’abondance, mais pas d’identifier
En quoi consiste l’électrophorèse?
L’électrophorèse consiste en la migration des fragments d’ADN sur un gèle grâce à la charge négative de l’ADN et en fonction de la masse des fragments.
Quelle technique utilise un gradient dénaturant afin de séparer l'ADN et afin de déterminer la diversité A) T-RFLP B) ARISA C) ELISA D)DGGE
D) le DGGE est un acronyme pour denaturing gradient gel electrophoresis
Pourquoi la composition en A-T et C-G des échantillons d’ADN est un facteur important dans la technique DGGE?
La technique DGGe utilise un gradient dénaturant où l’ADN migre selon sa stabilité. Autrement dit, le gradient dénaturant dénature l’ADN. L’ADN sous forme dénaturée est moins stable et migre plus rapidement sur le gel tandis que l’ADN en duplex, plus stable migre moins rapidement. Une molécule avec plus de A-T est dénaturée plus rapidement qu’une molécule avec beaucoup de C-G. La composition de l’ADN en bases azotées permet donc de faire un profil de séparation de l’échantillon.
Compléter la phrase: Un fragment d’ADN avec beaucoup de….(1) se dénature plus rapidement qu’un fragment d’ADN avec plus de …(2) De ce fait, molécules avec plus de C-G se trouvent plus…(3) du point de départ sur le gel que les molécules avec plus de A-T qui, elles sont situées.. (4) sur le gel
- A-T
- G-C
- Proche
- Loin
Qu’est-ce qui permet de grader les deux brins d’ADN ensemble, même après dénaturation dans la technique DGGE?
Les GC clamps servent d’ancre à l’ADN même une fois dénaturée
Remettre les étapes de la technique DGGE en ordre
a) Dénaturation de l’ADN des différentes communautés microbiennes à l’aide d’un gradient.
b) Prise de l’échantillon d’ADN des différentes communautés microbiennes
c) Ajout de GC clamps afin de garder les brins sous forme de duplex
d) Extraction de l’ADN des différentes communautés
b, d, c, a
Quelles partie de l’ADN est séquencée pas la technique d’ARISA?
La région inter 16s et 23s
Une fois l’ADN extraite des communautés de l’échantillon dans la technique d’ARISA quelles sont les deux options de technique pour visualiser la diversité des séquences inter 16s et 23s?
- Les régions inter 16s et 23s sont amplifiées puis mises sur gel afin de le différencier par leur taille
- Les régions inter 16s et 23s sont amplifiées avec des amorces fluorescentes puis passées à l’electropherogram afin de voir l’abondance des différentes régions
ARISA est le diminutif de quoi ?
Automated ribosomal intergenic spacer analysis
Nommez 4 rôles des virus dans les écosystèmes
- Contrôle des populations bactériennes
- Contrôle de certains organismes pathogènes
- Contrôle des cyanobactéries marines
- Intéraction avec la chaine alimentaire
- Intéraction avec les cycles biogéochimiques
- Augmentation de la diversité microbienne en favorisant les transferts horizontaux
En quoi consiste le principe de reverse ecology?
La réverse écology consiste à déterminer la place d’un microbe, son interaction avec le milieu et les autre microbes ainsi que son rôle dans un habitat à partir d’information génomique.
Qu’est-ce qu’une réponse écologique?
Changement dans la composition et l’abondance relative des différentes espèces ou population au sein d’une communauté microbienne
Qu’est-ce réponse physiologique?
Changement (non épigénétique) dans l’expression de gènes ou dans la conformation de protéines. C’est une sorte d’adaptation d’acclimatation
Nommez un exemple de réponse physiologique
- Changement dans la respiration
- Utilisation des nutriments
- Photosynthèse modifiée
Qu’est-ce qu’une réponse évolutive?
Changement dans la fréquence allélique au sein d’une population (accumulation de mutations, délétions, adaptation d’une espèce, recombinaison en réponse à un facteur environnementaux)
Qu’est-ce que la diversité alpha mesure?
A) le nombre de cheveux des mouches
B) le nombre d’espèce, leur ration et leur fréquence dans un échantillon ainsi que le nombre de taxons différents
C)L’accumulation de changement génétique chez une espèces spécifique
D) La quantité de rayon alpha qui sont absorbé par un échantillon
B
Qu’est-ce que la diversité beta mesure?
La diversité beta mesure comment est-ce que la diversité change à travers les sites/environnements/gradients et habitat.
