Instabilité Du Génome Flashcards

1
Q

Qu’est-ce qu’un locus génétique?

A

Localisation d’un gène sur un chromosome

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Q

Qu’est-ce qu’un allèle?

A

Un ou plusieurs variants d’un même gène

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3
Q

Qu’est-ce qu’un variant?

A

Il s’agit d’une séquence nucléotidique trouvée dans l’ADN génomique qui diffère de la séquence de référence

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4
Q

Qu’est-ce qu’un génotype?

A

Information génétiques complète d’un individu pour un gène donné

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5
Q

Qu’est-ce qu’un phénotype?

A

Caractéristiques observables chez un organisme. Il sont déterminés par le génotype d’un individu, par des facteurs environnementaux et par des mutations

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6
Q

Par quoi sont causées les mutations?

A

• Des erreurs lors de la réplication ou la réparation de l’ADN.
• Des dommages à l’ADN lors de la mitose ou la méïose.
• Des dommages à l’ADN causés par des agents mutagènes.
• Les mutations peuvent aussi être causées par des insertions ou délétions d’éléments d’ADN mobiles dans le génome.

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7
Q

Qu’est-ce qu’une mutation ponctuelle?

A

Implique la modification d’un seul nucléotide

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8
Q

Quelles sont les différentes conséquence d’une mutations sur la protéine?

A

• Affecte la fonction de la protéine.
• Affecte la localisation de la protéine.
• Affecte la stabilité (durée de vie) de la protéine.
• Affecte son interactome (interaction avec d’autres
protéines).
• Affecte la transcription de l’ADN en ARNm.
• Affecte la stabilité de l’ARNm.
• Affecte l’épissage de l’ARNm.
• Etc…

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9
Q

Qu’est-ce qu’une mutation silencieuse?

A

Mutation qui ne change pas la nature de l’acide aminé encodé, mais l’acide nucléique muter peut affecter : la transcription de l’ADN, l’épissage de l’ARNm, la traduction de l’ARNm et la liaison d’autre ARN à l’ARNm mutant

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10
Q

Qu’est-ce qu’une mutation faux-sens et quelles sont les conséquences?

A

Mutation qui change un acide aminé. Cela peut affecter la fonction d’une protéine, sa localisation ou encore la durée de vie de la protéine

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11
Q

Qu’est-ce que les mutations sensibles à la température?

A

Les mutations sensibles à la température sont des mutations faux-sens, dites conditionnelles, qui affectent le repliement des protéines à certaines températures.

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12
Q

Vrai ou faux : les mutations faux-sens sont toujours nocives?

A

Faux, peuvent être bénéfique (voir exemple malaria/anémie falciforme)

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13
Q

Qu’est-ce qu’une mutation non-sens et quelles sont les conséquences?

A

Les mutations non-sens induisent la formation d’un codon stop prématuré, menant à plusieurs conséquences:
• Donne une protéine tronquée : avec ou sans préservation partielle de sa fonction, avec un changement de fonction (peut agir comme dominant négatif ou avoir un gain-de-fonction par exemple)
• L’impact sur la fonction dépend de l’endroit où se trouve la mutation (i.e. au début, millieu, fin de la protéine)

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14
Q

Qu’est-ce que les mutations venant d’un changement du cadre de lecture?

A

Les mutations venant d’un changement du cadre de lecture sont des insertions et/ou délétions dans l’ADN d’une ou plusieurs bases.

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15
Q

Qu’elles sont les conséquences d’une mutation causée par un changement du cadre de lecture?

A

Un changement de fonctions et une troncation de la protéine

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16
Q

Quel est le mécanismes des mutations par insertion ou délétion?

A

Les triplets peuvent être vocalisés par une erreur de glissement de brin lors de la réplication de l’ADN.
Erreur sur le brin matrice = délétions
Erreur sur le brin fille = additions

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17
Q

Qu’est-ce qu’un polymorphisme?

A

Présence de différents allèles pour un même gène donné d’une population d’une même espèce

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18
Q

Quels sont les différents types de polymorphisme?

A
  • SNP
  • SNV
  • SSLP
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19
Q

Qu’est-ce que les SNP?

A

Un seul changement de base entre les individus, présent dans la lignée germinale. Le variant doit être présent dans plus de 1% de la population

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20
Q

Qu’est-ce que les SNV?

A

Variation d’un seul nucléonique dans une population génomique, dans les cellules somatiques ou germinales

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21
Q

Qu’est-ce que les SSLP?

A

Une région d’ADN consistant en rÉpétitions en tandem et qui varie en longueur d’un individu à l’autre

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22
Q

Qu’on permis les polymorphisme?

A

• Établissement de la carte génomique humaine
• Vérification de la monoclonalité d’une maladie
• Génétique des populations
• Études de l’empreinte parentale
• Études du métabolisme des médicaments chez
différentes population d’individus
• Importants pour la pharmacothérapie personnalisée

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23
Q

D’où proviennent les aberrations chromosomiques?

A

D’un réarrangement dans la structure des chromosomes. Ils sont la conséquence d’erreurs de réplication de l’ADN pendant la mitose ou la méiose

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24
Q

Quelles sont les différents mécanismes possibles des aberrations chromosomiques?

A

Inversion, translocation et duplication

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25
Q

Qu’elle est la conséquence d’un chromosome de Philadelphie (réarrangement entre le chromosome 9 et 22)?

A

Création de la protéine de fusion BCR-ABL1, une tyrosine kinase constitutivement active

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26
Q

Qu’est-ce qu’un gène essentiel?

A

Gène indispensable pour que l’organisme puisse croître et se reproduire

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27
Q

Qu’est-ce qu’une mutation dominante négative?

A

Une mutation dont la protéine mutée aura un effet négatif sur la protéine sauvage produite dans la cellule.

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28
Q

Qu’est-ce qu’une mutation gain de fonction?

A

Une mutation dont la protéine aura une nouvelle fonction dans la cellule, qui est différente de la fonction habituelle de la protéine en question.

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29
Q

Qu’est-ce qu’une mutation germinale?

A

Les mutations germinales sont présentes dans les gamètes parentaux et seront transmises à la progéniture (l’organisme entier sera porteur de la mutation (i.e. cellules somatiques ET germinales), et 1⁄2 gamète de la progéniture affectée portera la mutation.

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30
Q

Qu’est-ce qu’une mutations somatiques?

A

Les mutations somatiques se produisent pendant l’embryogenèse et n’affecteront que les cellules somatiques, et les gamètes de la progéniture affectée ne portent pas la mutation.

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31
Q

Comment une mutation qui arrive tôt dans le développement influence-t-elle le développement de l’organisme?

A

Plus la mutation somatique est précoce, plus il y aura de cellules affectées et plus la conséquence sur l’organisme sera sévère

32
Q

Qu’est-ce que la pénétrance?

A

Il s’agit de la proportion d’individus porteurs d’un variant en particulier ou d’une mutation associées à une maladie génétique

33
Q

Comment l’expression des caractères génétiques peut être variable?

A
  • Il peut y avoir une variation dans l’intensité des phénotypes observés dans une organisme donnée
  • Il peut y avoir une variation des symptômes chez les individus atteints d’une maladie génétique
34
Q

Qu’est-ce que l’hérédité mendélienne non-hétérogène?

A

Le gène muté est le même chez tous les patients

35
Q

Qu’est-ce que l’hérédité mendélienne hétérogène?

A

Le gène muté n’est pas le même chez tous les patients

36
Q

Quels sont les 4 modes de transmissions des caractère géniques?

A

• Autosomique (autosomes) ou lié à X ou Y (chromosomes
sexuels)
• Dominante (présence d’un seul allèle muté nécessaire pour donner la maladie) ou récessive (besoin d’avoir deux allèles mutés pour avoir la maladie)

37
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une transmission d’une maladie autosomique dominante?

A
  • Le gène impliqué est sur un autosome
  • Le phénotype (maladie) associé à la mutation est dominant, i.e. un seul allèle muté est nécessaire pour que le caractère s’exprime
38
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une transmission d’une maladie autosomique récessive ?

A
  • Le gène impliqué est sur un autosome
  • Le phénotype (maladie) associé à la mutation est récessif, i.e. il faut que les deux allèles soient mutés pour que le caractère s’exprime
39
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une transmission d’une maladie lié à X dominan

A
  • Le gène impliqué est sur le chromosome X
  • Le phénotype (maladie) associé à la mutation est
    dominant, i.e. un seul allèle muté est nécessaire
    pour que le caractère s’exprime
  • Puisque l’homme n’a qu’un chromosome X, il est
    toujours atteint/malade
40
Q

Quelles sont les caractéristiques d’une maladie lié à X récessive?

A
  • Le gène impliqué est sur un le chromosome X
  • Le phénotype (maladie) associé à la mutation est
    récessif, i.e. il faut que les deux allèles parentaux soient mutés pour que le caractère s’exprime
41
Q

Qu’est-ce que l’inactivation d’un chromosome X ou lyonisation?

A

Un mécanisme mis en place pour compenser l’effet de la présence de gènes en plusieurs exemplaires, et donc doser l’effet de ces gènes. Il s’agit d’un processus aléatoire

42
Q

De quel gène dépend l’inactivation du chromosome X?

A

Xist, un ARN fonctionnel qui ne code pas pour une protéine

43
Q

Quel est le mécanisme menant à l’inactivation du chromosome X?

A

• Avant l’inactivation de X, Xist n’est pas exprimé et le chromosome est actif.
• Quand l’expression de Xist est activé, l’ARN Xist est exprimé et il s’associe et active des voies de signalisation requises pour silencer le chromosome X.
• Le chromosome sera desacétylés et méthylés sur les histones à des endroits spécifiques, pour bloquer le chromosome X dans un état inactif

44
Q

Chez quel sexe Xist est-il présent?

A

Femelle

45
Q

Quelles sont les 2 théorie de la transmission de l’ADN mitochondriale?

A

1- Élimination des mitochondrie de la queue des spermatozoïdes après fécondation
2- Dégradation des mitochondries par une endonucléase, après fertilisation
3- Preuve qu’il ya quelques mitochondries venant du père dans nos cellules

46
Q

Qu’est-ce que l’empreinte parentale?

A

L’empreinte génétique est un phénomène épigénétique qui se traduit par l’expression monoallélique (un seul allèle) d’un gène en fonction de l’origine parentale.

47
Q

Quels sont les mécanismes de modification de l’ADN endogène?

A

Endogènes: Erreurs de réplication, mésappariement de bases, erreurs du fonctionnement du complexe ADN- Topoïsomérase, déamination de base spontané, sites abasiques (sites AP), dommage oxidatif, méthylation.

48
Q

Quels sont les mécanismes de modification de l’AND exogènes?

A

radiation ionisante (rayons X, neutron, rayons a, b, g), radiation UV, agents chimiques (agents alkylants, amines aromatiques, hydrocarbone aromatique polycyclique), toxines venant des plantes, stress environemental, virus, etc.

49
Q

Quels sont les différents types de lésions de l’ADN?

A

pontage ADN-ADN, ADN protéine, bris (cassure) simple ou double brin, modification ou perte de base.

50
Q

Quelles sont les 3 bases pouvant subir une déamination?

A

C, A, G

51
Q

Quels sont les produits du métabolisme aérobie normal d’une cellule et que peuvent-ils produirent?

A

Radicaux surperoxyde, radicaux hydroxyle et H2O2. Peuvent provoquer des lésions oxydations dans l’ADN ce qui crée des mutations

52
Q

Qu’est-ce que la dépurination?

A

La dépurination est l’altération de l’ADN où se rompt le lien entre une purine (A ou G) et le désoxyribose auquel elle est attachée.

53
Q

Qu’est-ce que la dépyrimidination?

A

La dépyrimidination est beaucoup plus rare. C’est la rupture du lien entre un désoxyribose et une pyrimidine (T ou C).

54
Q

Qu’arrive-t-il si un site AP n’est pas réparé?

A

Ils évoluent en rupture simple brin de l’ADN

55
Q

Que peuvent entraîner les rayons UV entre 2 résidus pyrimidines adjacents?

A

Des dimères de pyrimidine

56
Q

Qu’entraîne les dimère de pyrimidines?

A

Cette modification photochimique induit une déformation et une rigidification de la double hélice d’ADN, qui interfère avec la réplication.

57
Q

Comment peut-on réparer les déformation et rigidification de l’ADN causé par les rayons UV?

A

Avec des excision de nucléotides

58
Q

Comment agissent les agents alkylant?

A

Entraîne le plus souvent la méthylation des bases azotées

59
Q

Quels sont les impacts des agents alkylant sur l’ADN?

A

déstabilisation du lien unissant la base au désoxyribose, erreur pendant la réplication, dialkylation, etc.

60
Q

L’ethidium fait parti de quel type d’agent?

A

Agents intercallants

61
Q

Comment agissent les agents intercalants?

A

Ces agents induisent un « désenroulement » ou un allongement au niveau local de l’ADN: inhibition de la réplication.

62
Q

Comment agissent les PAH?

A

Ajoute de nombreux composés chimiques intégralement à l’ADN

63
Q

Quelles sont les deux voies de signalisation majeures dans la réponse des dommages à l’ADN?

A

Voies médias par les protéines ATM et ATR, des senseurs de dommages à l’ADN être qui agissent en bloquant les phase G1-S, S ou S-G2

64
Q

Quels sont les 6 systèmes de réparation de l’ADN au sein de nos cellules

A

Pour les bris simple brin
1. La réparation des mésappariement (mismatch repair), MMR.
2. La réparation par excision de bases (bases excision repair), BER.
3. La réparation par excision de nucléotides (nucleotide excision repair), NER.
4. La réparation directe de la lésion.
Pour les bris double brin
5. La réparation par recombinaison homologue (homologous recombinaison repair), HR.
6. La réparation par jonction d’extrémités non- homologues (non-homologous end joining), NHEJ.

65
Q

Quelles sont les protéines qui reconnaissent le mésappariement dans l’ADN et s’y lient?

A

MUtS alpha et beta

66
Q

Quelles sont les étapes de réparation de mésappariement ?

A

1- Les protéines MutSa ou MutSb reconnaissent le mésappariement dans l’ADN et s’y lient.
2- La protéine MutLa est recrutée et recrute à son tour la machinerie de réplication classique (PCNA, RFC).
3- L’assemblage du complexe de réplication initie l’activité endonucléase de PMS2 qui crée un bris simple brin dans l’ADN près du mésappariement.
4- Ce bris simple brin permet à l’exonucléase EXO1 d’enlever le mésappariement.
5- L’ADN complémentaire est resynthétisé par les Pol d/e et ligué par la ligase.
6- Le mésappariement est réparé.

67
Q

Quelles sont les étapes de réparation par excision de nucléotides?

A
  1. Reconnaissance et isolation du site de lésion
  2. La vérification du dommage. Coupe du brin affecté à 24-32 nucléotides de chaque côté du site endommagé.
  3. La machinerie classique de réplication est employée avec les polymérases de synthétisent le brin complémentaire et la ligase lie les fragments
68
Q

Quelles sont les enzyme qui contiennent des chromophores, qui sont activées par la lumière visible et qui reconnaissent les dommages à l’ADN causés par les rayons UV ?

A

Les protolyases

69
Q

Quelles sont les étapes de la réparation par combinaison homologue?

A
  1. Le complexe MRN-CtIP dégrade en 5’3’ les extrémités de la résection sur les bris pour générer de l’ADN simple brin (ADNsb).
  2. La partie simple-brin de l’ADN est enrobée par la protéine RPA, qui ensuite se substitue par Rad51 à l’aide de BRCA2. Le complexe Rad51 recherchera la séquence homologue à l’ADNsb.
  3. Lorsque la séquence homologue est trouvée, par la formation d’une boucle en D, il y a synthèse du brin complémentaire à l’aide de la machinerie de réplication classique et fermeture des brins soumis à la réparation.
70
Q

Quelles sont les étape de réparation par jonction d’extrémités non-homologués?

A
  1. La NHEJ commence par la reconnaissance des extrémités briées de l’ADN par le complexe Ku70/Ku80.
  2. L’ADN-PKc est recrutée et activée.
  3. Cette activation d’ADN-PKc recrute le complexe
    XRCC4/ADN Ligase IV aidé par Cerrunnos/XLF.
  4. Si les extrémités sont incompatibles, la nucléase
    Artemis coupe les extrémités. Sinon, la ligation a
    lieu directement.
  5. Le complexe de ligature XRCC4-ADN Ligase 4-XLF
    referme le bris double brins.
71
Q

Quels sont les deux mécanismes principaux par lesquels un cancer peut se développer?

A

1) Des mutations causant la transformation de proto-oncogènes en oncogènes.
2) Des mutations dans les gènes suppresseurs de tumeurs et affectant/changeant leur fonction.

72
Q

Quelle protéine est un facteur de transcription se liant à l’ADN et qui a pour fonction normale d’être un supresseur de tumeur, mais qui peut devenir un oncogènes lorsqu’il a une mutation gain de fonction?

A

Protéine p53

73
Q

À quel moment p53 est-elle activée?

A

En réponse au dommages à l’ADN

74
Q

Qu’elle est l’une des cibles de p53?

A

P21, une protéine inhibitrice des CDK

75
Q

Quelles couples CDK/cycline phosphorylent Rb et causent la dissociation de Rb à E2F pour promouvoir la progression du cycle cellulaire?

A

CDK4/6-Cycline D et CDK2-Cycline E

76
Q

Quel est le role de Rb?

A

Rb inactive entre autres la protéine E2F, qui est un facteur de transcription essentiel pour transcrire plusieurs gènes impliqués dans la progression du cycle cellulaire de G1 à S, et donc la prolifération!