Identificação de novos organismos Flashcards
Métodos tradicionais de cultura e identificação de microrganismos
Técnicas microscópicas (Morfologia microbiana)
Coloração (Características fenotípicas)
Testes bioquímicos – Autofluorescência
Limitações de métodos tradicionais
Não é possível simular condições ambientais
Demorosas e dispendiosas
Relações microbiotas não reprodutivas em lab
Dificuldade de conhecimento de ambientes anaeróbicos e o porquê do uso de métodos moleculares
A cultura é difícil devido à baixa taxa de crescimento, necessidades nutricionais específicas e condições ambientais mais restritas. → Métodos alternativos que eliminem a necessidade de cultura dos microrganismos em laboratório → Métodos baseados nos ácidos nucleicos (métodos moleculares)
Técnicas de biologia molecular
Extração de DNA
Hibridação DNA-DNA e mRNA-DNA
Clonagem de DNA
Técnicas baseadas em PCR
Técnicas de biologia molecular - Aplicabilidade
Deteção, identificação e classificação microbiana
Informação filogenética
Caracterização da expressão proteica e genética (enzimas, toxinas, moléculas de adesão)
Técnicas de biologia molecular - Vantagens e Desvantagens
Análise rápida e específica MAS dispendiosa e só disponível para alguns microrganismos.
Hibridação de DNA - Definição e método
Combinação de dna de dois organismos diferentes
Aquecimento inicial para separar as strands, de seguida uma strand de cada organismo são combinadas e arefercidas para permitir a renaturação da cadeia dupla de dna, o que pode resultar em:
Hibridação completa (organismos idênticos), Hibridação parcial (organismos relacionados) ou sem Hibridação (organismos não relationados).
Clonagem do gene rRNA 16s
Usado para estimar a relação filogenética entre os organismos. O rRNA 16S permite a comparação entre organismos de diferentes grupos do mesmo domínio e determinar a abundância relativa das OTUs (unidade taxonómica operacional) de uma comunidade.
Somente qualitativo e não descreve a estrutura da comunidade.
DGGE (eletroforense em gel com gradiente [temperatura ou quimico])
A técnica permite a separação de fragmentos amplificados de DNA do mesmo tamanho mas com diferenças na sua constituição química, baseando-se na mobilidade eletroforética de fragmentos de DNA.
Cada banda separada é interpretada como sendo de um organismo presente no ambiente estudado. Por ter caráter qualitativo e semi-quantitativo,
FISH (hibridização in situ com fluorescência) - método e o que determina
Técnica em que se utilizam sondas oligonucleotídicas que hibridam com rRNA.
Permite a visualização dos microrganismos no seu habitat natural sem a dependência de cultivo, ou de extração de DNA ou a amplificação de fragmentos de nucleotídeos por PCR. Esta técnica permite determinar a morfologia celular, a abundância dos indivíduos, a distribuição espacial in situ e a sua identificação. Dá uma ideia da biodiversidade bacteriana.
Contudo, não dá informação da ecofisiologia de microrganismo e nem da atividade fisiológica da célula.
Sequenciação de DNA - Utilização e Aplicabilidade
Permite conhecer e compreender a composição das comunidades microbianas, assim como relacionar a diversidade microbiana da comunidade com a sua função.
Possibilidade de descobrir novos grupos de micorganismos em sistemas ambientais complexos sem necessidade de cultura em laboratório.
Tipos de abordagens multi-omics e o os seus níveis
Metagenómica - gene
Metatranscriptomia - RNA
Metametabolómica - metabolitos
Metaproteómica - proteínas
