Genteknik-DNA, PCR och gelelektrofyles Flashcards
Bioteknik
Vad är full namn för DNA?
Deoxiribonukleinsyra
vilka kväve baser finns det?
Guanin, Tymin, Adenin och Cytosin
DNA Struktur??
+ Den ända som har fosfatgruppen är 5´ände (fosfat molekylerna sitter på den 5:te C). Den ände som har OH-gruppen är 3´ände (den sitter på 3:e c).
+ DNA-molekyl består av två antiparallella DNA-kedjor vars kvävebaser pekar in mot varandra.
+ När kvävebaserna binder till den andra kvävebasen kallas för basparning, och man säger att två kedjor som kan baspara med varandra är komplementära.
Berätta lite om basparning och kvävebaserna:
+ Adenin och Guanin har dubbel ringstruktur av C och N-atomer (A och G kallas för puriner)
+ Tymin och Cytosin är byggd av en enkel ringstruktur och kallas för Pyrimidiner.
+ C & G har tre vätebindningar (vilket gör att det blir svårare att bryta de isär)
+ T & A har två vätebindningar
Hur sitter DNA-kedjorna ihop?
+ De sitter runt varandra till en spiralliknande struktur som kallas för Dubbelhelix.
+ I denna dubbelhelix finns två klyftar som kallas för major-minor groove (lilla-stora klyftar).
+ I denna major groove är DNA.s byggstenar mer synliga, vilket gör att proteiner glider längs spåret och fastnar vid rätt sekvens genom vätebindningar. Detta används för att styra kopiering, läsning och klippring av DNA.
Vilket ända skrivs DNA:t från?
5´ända till 3´ändan
vad är ett genom?
Ett genom är hela arvsmassan, samtliga gener, hos en levande organism.
Vad är en gen?
En gen är en del av DNA som innehåller instruktioner för att skapa ett visst protein eller en funktionell RNA-molekyl. Gener är grunden för hur organismer fungerar och ärvs från föräldrar till avkomma.En gen fungerar ungefär som att proteinrecept genom att ange ordningsföljden av aminosyror i ett visst proteins aminosyrakedja. ( gen beskriver RNA-molekylen också) (Uracil, U istället för Tymin, T)
Vad kalls DNA kopiering?
Replikation
vad heter den proteinet som öppnar DNA- helix?
Helikas
Vad gör topoisomeraser enzymerna?
De klipper av DNA-kedjor, lägger dem omlott och klistrar ihop dem så att DNA-dubbelhelixen lindas upp utan att hela den långa DNA-molekylen ska behöva rotera inne i cellen. (Den lindra spänningar som uppstår när DNA tvinnas) →يلتوي
Hur sker DNA-replikationen? (leading strand)
Processen börjar med ett enzym som kallas Primas. Den bilder RNA biten Primer så att III DNA-polymerasen kan börja foga kvävebaserna och låta byggstenen som har den fosfatände binda till OH-gruppen i sockret för att förlänga DNA:t. (III polymerasen alltid börjar från 5´ände till 3´ände från primer). Sedan kommer I DNA-polymerasen byta ut den korta RNA-stränger mot DNA så att det blir fullständig DNA-kedja. Ligas klistarar ihop DNA-kedjorna.
Hur sker replikationen vid lagging strand? (5´ända replikation för 3´ända)
Processen också börjar med Primer (från 5´ till 3´ända alltid) så att III DNA-polymeras börja replikationen. Vid denna replik. bildas små korta DNA-fragment( Okazakifragment), var och en med en egen primer. (Replikationen sker mot Helikasen) Slutligen I DNA-plymeras tar bort de små RNA-byggstenarna och byts dem sen med DNA-byggstanar sedan enzymet ligas kommer och klistrar ihop den separata DNA- kedjor.
vad den full namn för PCR?
Polymerase chain reaction
vad är PCR?
Det är en metod som används för att kunna kopiera en DNA-bit från ett prov.
Vad behöver man för att genomföra PCR?
- DNA: (Man måste känna till DNA-sekvenserna i början och slutet och andelen GC-baser bör vara ungefär lika i början och slutet, eftersom om GC-halten på primer är för mycket så primern kan binda för stark och blir svårare att lossna)
- Primer: Korta enkelstränga oligonukleotider (17-20 baspar)- 2 st
- DNA-polymeras: TAQ-polymeras (från Thermus aquaticus bakterie- överlevar höga temp.) (För att aktivera den läggs det magnesiumjoner i lösningen)
- Nukleotider
- PCR- maskin
Vad som händer i PCR-maskinen?
- Denaturering: DNAt enkelsträngat (temp. 95 C)
- Annealing:temp. sänks till 50-60 C → Primern hybridiseras (binder till)
-
Elongering: temp. höjs till ca. 72 C → DNA-polymeras förlänger kedjan
→ temp. höjs till 95 C igen osv.
Denna processen sker 20-30 cykler
Vad är Gelelektrofores?
- Separering av nukleinsyror beroende av deras storlek
- DNAt vandrar till pluspolen
- Små DNA vandrar snabbare
Man brukar ha kontroll DNA-stege
vad är sekvensering?
Sekvensering används för att ta reda på ordningsföljden av kvävebaser i DNA eller RNA.
sekvenseringsmetoder
Vad behövs:DNA-polymeras, primer, nukleotider och modiferade nukleotider (dideoxinukleotidtrifosfater)→Den 3´änden OH-gruppen ersatt av en väteatom→ingen möjlighet för en annan socker bit att binda till. →De inmärkta med ett fluorescerande färgämne med en specifik färgämne respektiv nukleotid. 1% lösningen innehåller modiferade nukleotider.
- Den enkelsrängad DNA sätts in i röret så att primer binder in och sen DNA-polymeras fortsätter kedjan till en modiferade nukleotid binder in i kedjan. (slumpmässigt den mod. nukleotid kan binda)
Hur kan man analysera sekvensering?
De DNA-fargmenterna sorteras efter längd i en kapillärgelelektrofores och färgen på sista kvävebasen läsas av.
Vad är Microarrys?
+ Små galsplattor där man fäster enkelsrtängat DNA
+ För att se om en viss gen finns i ens prov gör man DNAt enkelsträngat och självljsande och tillsätter det till galsplattan.
+ Finns genen kommer den hybridisera med DNAt på glasplattan (överskottet sköljs bort)
+ Det använd för att se vilka gener en viss cell utrycker (kollar mRNA)
