GENSKI PRENOSI Flashcards

1
Q

kako se ločijo vrste prenosa informacij

A

po načinu prenosa DNA
po vektorju
po tem ali so medcelični/znotrajcelični prenosi
ali gre za naravne oz umetne procese

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

kateri so naravni medcelični prenosi DNA

A

konjugacija
transdukcija
transformacija

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

transpozicija

A

je naraven znotrajcelični prenos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

konjugativna transpozicija

A

je naraven znotrajcelični ali medcelični prenos

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

umetni genski prenos

A

molekulsko kloniranje

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

konjugacija

A

je prenos DNA, do katerega pride ob
neposrednem stiku dveh bakterijskih celic.
Vsa informacija, potrebna za konjugacijo je zapisana na konjugativnih plazmidih. Najbolje preučen konjugativni plazmid je plazmid F.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

kako izvajamo konjugacijo v laboratoriju

A

v tekočem gojišču
z razmazom na plošči
z odtisom preko žameta

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Oznake povezane s konjugacijo

A

F+ donorski sev
F− recipientski sev
Hfr sev z vključenim konjugativnim plazmidom v kromosom
F’ sev s konjugativnim plazmidom, ki ima tudi nekaj kromosomske informacije

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Faze konjugacije pri bakterijah so:

A
  1. neposreden stik in zbliževanje
    F+ in F- celice
  2. mobilizacija prenosa,
  3. prenos enojne linearne molekule
    DNA s 5’ koncem in hkratna sinteza v donorju in recipientu;
  4. zaokrožitev in nastanek funkcionalnega plazmida
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Uporabnost konjugacije:

A
  1. mapiranje približne lege genov na kromosomu
  2. prenos informacije iz seva v sev.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

transdukcija

A

je prenos DNA iz ene bakterijske celice
v drugo bakterijsko celico s pomočjo bakteriofaga.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Dva tipa transdukcije

A
  1. stabilna transdukcija: prenesena DNA se v celici ohrani
  2. abortivna transdukcija: prenesena DNA se sčasoma izgubi
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Faze transdukcije:

A
  1. vstop bakteriofaga v donorsko celico;
  2. izstop bakteriofaga z delom bakterijske DNA iz donorske celice;
  3. vnos DNA donorske celice v drugo, recipientsko celico.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Ločimo dve obliki transdukcije:

A
  1. splošno transdukcijo – prenos kateregakoli dela DNA;
  2. specializirano transdukcijo – prenos specifičnega dela DNA.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Uporabnost splošne transdukcije:

A
  1. mapiranje s fagi;
  2. priprava sevov z minimalnimi spremembami.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Uporabnost specializirane transdukcije:

A
  1. za prenos specifičnega dela DNA.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

transformacija

A

je sprejem in vključitev proste DNA v celico.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

kako se lahko prenesena DNA vključi

A

kot replikon, ki se sam podvaja (npr. plazmid)
z rekombinacijo se vključi v replikon, ki je že v celici

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

kateri obliki transformacije poznamo

A

naravna ali fiziološka - niso sposobni vsi sevi
umetna

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

faze transformacije

A
  1. vezava DNA na zunanjo membrano celice;
  2. prenos DNA preko celičnega ovoja;
  3. vključitev prenesene DNA v genom recipienta.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

ali se razlikujeta transformacija G+ in G- bakterije in kako?

A

pri G- se pojavijo transformasomi - uvihki na membrani

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

uporabnost transformacije

A

vnos informacije v celico

23
Q

kdo se je ukvarjal s transpozicijo, kdaj

A

1951
barbara mcclintock
preučevala je koruzo in ugotovila da obstajajo poskakajoči geni

24
Q

kaj je transpozicija

A

je prenos dela DNA iz enega mesta na
drugo mesto istega genoma.

Element DNA, ki se prenese, označimo kot
transpozicijski element.

25
tipi transpozicijskih elementov
insercijska zaporedja (IS) - enostavne ... imajo samo zapis za transpozicijo transpozoni (Tn) - sestavljeni transpozicijski elementi ... imajo dodaten zapis za kako lastnost
26
opiši IS
na koncih imajo kratke obrnjene ponovitve dolžine približno 10-40bp. v osrednjem delu imajo zapis, ki je potreben za transpozicijo (gen za transpozazo)
27
opiši Tn
imajo poleg zapisa potrebnega za transpozicijo še zapis za kakšno drugo lastnost (npr. odpornost proti antibiotiku)
28
katera dva večja razreda Tn poznamo
1. tisti ki imajo na vsakem koncu po en IS element pri čemer sta zaporedji IS v isti orientaciji ali nasprotni 2. tisti ki imajo na obeh koncih krajši obrnjeni ponovitvi - IR
29
katere faze transpozicije poznamo
Faze enostopenjske transpozicije: 1. izrez TrE, 2. prenos TrE, 3. sinteza manjkajočih nukleotidov. Faze dvostopenjske transpozicije: 1. izrez TrE, 2. povezava TrE in tarčnega mesta, 3. sinteza manjkajočih nukleotidov, 4. kointegrat, 5. razprtje kointegrata.
30
opiši Tn10
nereplikativen transpozon tetraciklinska rezistenca
31
opiši Tn1721
replikativen transpozon tetraciklinska rezistenca
32
UPORABA TrE
1. mutiranje genov; 2. mapiranje kromosomov; 3. prenašalci regij homologije, restrikcijskih mest, različnih zaporedij; 4. genske fuzije (transkripcijska fuzija, translacijska fuzija).
33
transpozicija lahko poteka s podvojitvijo transpozicijskega elementa ali pa brez.
34
stopnje transpozicije brez podvojitve transpozicijskega elementa
1. navzkrižen rez na dvojni verigi na koncih transpozicijskega elementa in rez na tarčnem mestu 2. izrez transpozicijskega elementa 3. prenos transpozicijskega elementa v tarčno mesto ter sinteza manjkajočih nukleotidov
35
stopnje transpozicije s podvojitvijo transpozicijskega elementa
1. navzkrižen rez na dvojni verigi na koncih transpozicijskega elementa in rez na tarčnem mestu 2. povezava prostih koncev transpozicijskega elementa in tarčnega mesta (nastanek kointegrata), sinteza manjkajočih nukleotidov 3. razrešitev kointegrata
36
konjugativna transpozicija
je intercelularno premikanje TrE s konjugacijo.
37
kaj so konjugativni transpozoni
to so elementi DNA bakterij, ki se lahko premikajo znotraj genoma kakor tudi s konjugacijo v drugo celico - intracelularna in intercelularna transpozicija
38
Faze konjugativne transpozicije:
1. izključitev in tvorba intermediata; 2. vključitev ali prenos; 3. podvojitev in vključitev.
39
opiši Tn916
konjugativen transpozon tetraciklinska rezistenca
40
werner arber
1965 preučuje restrikcijske fage in odkrije restrikcijsko modifikacijske sisteme bakterij
41
restrikcijski fagi
EcoB EcoK
41
martin gellert
1967 odkritje DNA ligaze
42
cohen
plazmidi, njihov prenos
42
daniel nathans
1971 uporabnost restrikcijskih encimov
43
boyer
restrikcijski encimi in ponovna povezava
44
molekulsko kloniranje
(tehnologija rekombinantne DNA, genetsko inženirstvo) vključuje izolacijo določenega dela DNA in pomnoževanje tega dela v velikem številu kopij. Pri kloniranju del DNA (vključek ali insert) iz nekega organizma združimo z vektorjem, tako dobljeno rekombinantno DNA nato vnesemo v gostiteljske celice, kjer se rekombinantna DNA namnoži in jo zato iz gostiteljskih celic lahko izoliramo v velikih količinah.
45
kaj je vektor
je molekula DNA v katero vstavimo insert, ki se lahko podvaja v ustrezni gostiteljski celici
46
naštej nekaj vektorjev
plazmid fagmid virusi kozmidi BAC YAC
47
kaj je genomska knjižnica
je zbirka klonov restrikcijskih produktov celotne DNA nekega organizma. * Kadar vse molekule mRNA nekega organizma, organa/tkiva ali celične kulture prevedemo v komplementarno DNA (cDNA) in le-to kloniramo, dobimo knjižnico cDNA.
48
kaj potrebujemo za genomsko knjižnico?
delno rezanje kromosomske DNA * uporabimo encim, ki pogosto reže (prepoznavno mesto s 4 nukleotidi) * 2 načina delnega rezanja DNA: – skrajšan čas delovanja restrikcijskega encima – redčen restrikcijski encim * dobimo prekrivajoče se fragmente
49
katera sta temeljna pojma povezana s prenosom genov
SELEKCIJA PROTI SELEKCIJA selekcijo in protiselekcijo izvajamo zato da omogočimo rast samo tistim celicam, ki so s prenosom genov dobile želeno DNA. npr. po konjugacijskem prenosu moramo izvesti protiselekcijo proti donorju in recipientu ter selekcijo za konjugante da na gojišču porastejo le tiste celice v kolonije ki so s konjugacijo prejele donorsko DNA
50
kateri vektor najpogosteje uporabimo + lastnosti
1. je majhen, 2. ima replikacijsko regijo, ki omogoča namnoževanje plazmidov v celici do željenega števila kopij, 3. ima poliklonsko mesto, 4. ima zapis, ki omogoča selekcijo (zapis za odpornost proti antibiotiku) in 5. ima zapis, ki omogoča diferenciacijo (zapis za -komplementacijo).
51
kateri vrsti encimov sta potrebni za vstavitev vključka DNA v vektor
restrikcijski encimi - režejo DNA na specifičnih Nu zaporedjih DNA ligaza - zlepi proste konce DNA
52
kako lahko rekombinantno DNA vnesemo v gostiteljske celice
s transformacijo z elektroporacijo (vnos s pomočjo el. napetosti)