Génomique de la déficience intellectuelle Flashcards
Quels sont les 3 critères du DSM-5 pour la déficience intellectuelle ?
- Déficit des fonctions intellectuelles tel le raisonnement, la résolution de problèmes, la planification, etc. confirmé par une évaluation clinique et des tests d’intelligence individualisés et standardisés
-
Déficits des fonctions adaptatives qui
entraînent une incapacité à répondre aux normes développementales et socioculturelles d’indépendance personnelle et de responsabilité sociale - Début des déficits intellectuels et adaptatifs pendant la période de développement
QI inférieur à 70
Pourquoi a-t-on établit 70 pour le QI de la déficience intellectuelle ?
70 de QI est 2 écart-type sous la moyenne
Vrai ou faux ? La DI est le problème socio-économique le plus important dans les pays de l’Occident
Vrai : coûts plus importants que le cancer et des maladies cardio, estimés à plus d’1M$/individu
Décrire l’étiologie de la DI
- 20% des cas causés par des facteurs environnementaux (tératogènes)
- 50% des cas ont des causes génétiques identifiables
- Les cas inexpliqués impliquent probablement des facteurs génétiques
Distinguer la forme syndromique VS non-syndromique de la DI
- Forme syndromique caractérisée par la présence d’anomalie structurales ou métaboliques additionnelles (ex. syndrome de Down)
- Forme non-syndromique caractérisée par l’absence d’anomalies additionnelles
Quels sont les critères du DSM-5 pour le retard global du développement
- Diagnostic réservé aux individus de moins de 5 ans lorsque le niveau de gravité clinique ne peut pas être évalué de manière fiable pendant la petite enfance
- Diagnostiquée lorsqu’un individu ne parvient pas à atteindre les étapes de développement attendues dans plusieurs domaines du fonctionnement intellectuel ; s’applique aux individus qui ne peuvent pas subir d’évaluation du fonctionnement intellectuel, y compris les enfants trop jeunes pour participer à des tests standardisés
- Nécessite une réévaluation après une certaine période
Quel est le lien entre l’autisme, l’épilepsie et la DI ?
- 50% des sujets autistes présentent aussi une déficience intellectuelle
- 20% des sujets autistes sont épileptiques
- 20-80% des sujets avec DI sont épileptiques
Décrire la règle générale concernant la fréquence allélique et l’ampleur de son effet
De manière générale, plus la fréquence allélique est grande, moins l’effet est important (et l’inverse est aussi vrai)
Nommer différentes classifications des variants
- SNV
- Indel
- Variants structuraux
- Séquences répétées en tandem et éléments transposables
Que sont les SNV ?
SNV : single nucleotid variant, substitution d’un nucléotide pour un autre
- SNP est différent, car fréquence d’au moins 1% dans une population donnée
- Distinguer variant synonyme, non-synonyme ou non-sens
Vrai ou faux ? Tous les SNP sont des SNV
Vrai… mais pas tous les SNV sont des SNPs
En quoi consiste un variant indel
Insertion ou délétion de 50 paires de base ou moins
- Indels dans des régions codantes pour induire un frameshift s’il n’est pas un multiple de 3
Que sont les variants structuraux ?
Réarrangements génomiques de plus de 50 paires de base (délétions, duplications) : CNV
Vrai ou faux ? La plupart des mutations causant la DI affectant le nombre de copies surviennent de façon spontanée
Vrai, mais peuvent aussi être transmise
Donner un exemple de mutation affectant le nombre de copies causant la DI
Trisomie 21
Quelles sont les différentes mutations ponctuelles qui peuvent causer la DI ?
- Liées au chromosome X : expliquent 10% des cas de DI chez les garçons (ex. X fragile)
- Autosomique : récessif ou dominant
Quelle est la mutation la plus fréquente du génome ?
SNV (60-70 par génome, 1 par exome)
Quelle(s) variation(s) génétique(s) sont détectées par cette technique :
- Caryotype
Réarrangement équilibré
Quelle(s) variation(s) génétique(s) sont détectées par cette technique :
- Micro-puce
CNV de moins que 5Mb
Quelle(s) variation(s) génétique(s) sont détectées par cette technique :
- Génome
- CNV
- Réarrangement équilibré
- Mutations ponctuelles
- Expansion de triplet (plus le génome long-read)
- Méthylation seulement par génome long-read (pas par short-read)
Quelle(s) variation(s) génétique(s) sont détectées par cette technique :
- Exome
- +/- les CNV
- Mutations ponctuelles des régions codantes
- +/- expansions de triplet
Décrire le lien entre les mutations de novo et la DI
Une fraction importante des cas de déficience intellectuelle est causée par des mutations de novo touchant un seul gène
Nommer les 3 impacts fonctionnels des mutations dominantes
- Haploinsuffisance (mutation amorphique)
- Dominant-négatif (mutation antimorphique)
- Gain de fonction (mutation néomorphique)
Décrire la mutation “dominant-négatif” (mutation antimorphique)
La protéine mutante agit de façon antagoniste sur la protéine sauvage (ex. syndrome de Marfan)
