Génetique Flashcards
quelle est la définition des plasmide
C’est des molécules extra chromosomique d’ADN double brin circulaire
capable de la réplication autonome et de transmission naturelle entière ou partielle d’une cellule à une autre le transfert se fait verticalement ou horizontalement=conjugatif
Quelle est la caractéristique des plasmide transférable
Les plasmide transférable porte des gènes permettant leur mobilité et la formation du pili sexuel = le facteur F
Quels sont les deux mécanismes d’évolution d’une bactérie
La mutation et le transfert génétique
Quels sont les éléments génétiques mobiles
Les transposons et les intégrant
Qu’est-ce que les transposons
C’est des séquence d’ADN capable de changer de localisation dans le génome sont jamais apparaître à l’état libre
ils peuvent de répliquer de manière autonome et coder pour la détermination de la transposition et d’autres fonctions telle que la Résistance
Qu’est-ce que la transposition
C’est un mécanisme d’évolution rapide, qui est l’addition pure et simple de gènes de taille définie au sein du matériel génétique
Quelle est la définition des intégrons
c’est un système de capture et d’expression de gènes sous forme de cassette
incapable de s’auto répliquer
Qu’est-ce qu’une cassette
c’est un élément mobile capable d’être intégré ou excisé par un mécanisme de recombinaison spécifique de site médié par une intégrase
Quelles sont les formes des cassettes
forme linéaire au sein d’un intégrons forme circulaire à l’état libre
Quels sont les phénomènes du transfert génétique responsable de la diffusion de la Résistance aux antibiotiques
la conjugaison la transformation et la transduction
Comment se fait la transformation
Nat ou Physiologuque
Partiel=1-2% du génome
L’ADN est absorbé par une bactérie réceptrices puis suivi d’une recombinaison génétique avec acquisition de nouveau caractère génétique stable transmissible à la descendance appeler: recombinant ou transformant
Elle est limitée à quelques espèces
Comment se passe la transduction
Par l’intermédiaire d’un vecteur, le Bactériophage(virus batctérien), dont le rôle est passif, lors de la phase d’encapsidation il incorpore l’ADN bactérien fragmentée (=pariel)
Quelle est la condition de la transduction
La présence de récepteur spécifique qui permettent ce transfert = la sensibilité de la bactérie à un bactériophage = Lysotypie
qu’est-ce que la conjugaison
C’est la transmission d’ADN d’une bactérie donneuse porteuse de plasmide F+ à une bactérie réceptrice F-
Comment se fait la conjugaison
Reconnaissance entre donneur F+ et accepteur F- grâce au pilus= pont cytoplasmique
Transfert d’un des deux bras du plasmide
La synthese du brin complémentaire chez le receveur et l’a recirculation
Comment se fait la transduction
L’attachement du virus sur la bactérie
L’infection de la bactérie
Destruction de l’ADN de l’hôte et la synthèse de l’ADN viral
La synthèse de la capside virale (structure qui entoure le génome)
Lyse cellulaire
L’infection d’un nouvelle hote portant l’ADN
Recombinaison
Quels sont les principaux support de la résistance aux antibiotiques
les plasmides les transposons et les intégrant
Quels sont les bienfaits de tirer de la biologie moléculaire
L’étude des bactéries non cultivable hautement contagieuse et très exigeante
Le suivi thérapeutique
La détermination des génotypes des gènes de résistance aux antibiotiques, des genes de facteurs de virulence
L’infection décapité par antibiothérapie
La classification phylogénique L’épidémie détection des clones circulants et des nouvelles espèces
Quelles sont les différentes techniques utilisées de la biologie moléculaire
La technique d’hybridation
PCR
Les techniques utilisant des enzymes de restriction
Le séquençage en utilisant une SNP: nucléotides polymorphes simple
Les techniques de biologie moléculaire se font à partir de…
Du prélèvement ou de la culture pure
À quoi consiste la technique d’hybridation moléculaire
à la détection de l’ADN cible en utilisant une sonde nucléique spécifique contenu dans une vingtaine de base complémentaire à l’ADN cible
Par quoi sont marqué les sondes
Par incorporation des éléments radioactifs: sonde chaudes
par des méthodes non radioactifs: sonde froide
Quelle est la définition de la peau de l’amplification génétique PCR
C’est l’amplification d’une séquence d’ADN spécifique délimité par deux amorces grâce à une polymérase
Allez automatisable est très sensible
À quel facteur est lié la spécificité de la PCR
Au choix d’amorce et à l’absence de contamination
Quelles sont les règles à respecter pour éviter la contamination
Des locaux près de la PCR et poste PCR
* la zone de preamplification: préparation des réactifs
*la zone de préamplification: extraction de l’ADN
*la zone de poste amplification: amplification et détection
Utilisation des contrôles internes positifs et négatifs
Quels sont les types du PCR
Simple
multiplex
niché
en temps réel
Dans des exemples de la détection de pathogène spécifique par PCR
PCR 2: recherche de Mycobacterium tuberculosis sur prélèvement
PCR 3: recherche de Nigeria meningitidis dans le LCR à partir de la culture et du génogroupage
Décris les étapes de la technique par enzyme de restriction
1-enzyme + ADN double brin
2-enzyme se lie à la séquence spécifique sur l’ADN
3-coupure au niveau des 2 brins de l’ADN
4-la libération de l’enzyme
5-ADN fragmenté
6-les échantillons sont chargés sur un gel d’agarose
7-un champ électrique fait migrer et séparer les les 2 fragments
8-le gel d’agarose est disposé sur une lumière bleue et un filtre orange permet de visualiser les fragments et la photographié
Comment se fait la détection de pathogène par séquençage
Isolement de l’ADN bactérien à partir d’une culture ou d’un prélèvement
Amplification de l’ADN ribosome l 16S par des amorces universelles
Séquençage du gène
analyse critique
et comparaison avec les banques de données
elle prend au minimum 3 jours
Quand s’applique la technique de séquençage
Identification et taxonomie bactérienne:
*lorsque les technique classique d’identification insuffisante
* la bactérie des cultures et lente ou difficile
Diagnostic: recherche de bactéries dans des sites normalement stérile
Quelles sont les limites de la biologie moléculaire
L’absence de standardisation de contrôle qualité
Appareillage particulier et le personnel qualifié
La validation clinique est nécessaire
Présence d’un gene =/ bact vivante
La présence d’un gène ne donne pas d’indication sur son expression
À quoi sont dues les faux négatif
problème d’extraction
présence d’inhibiteurs de la polymérase dans certains tissus
soif théorique de détection = sensibilité
choix du fragment de biopsie à traiter
À quoi sont dues les faux positif
problème d’interprétation à partir des prélèvements
Non adapté pour les infections pluri microbienne
Par quel gène et coder la toxine diphtérique
Le gène TOX
Quelles sont les espèces bactériennes concerné par la transformation
Streptococcus
pneumoniae
Neisseria
Haemophilus
