Génétique 7 Flashcards
Variabilité génétique
Tous les individus sont uniques dans leur apparence, leur réponse à l’environnement et leur susceptibilité à la maladie
En lien avec la variabilité génétique inter-individuelle
Pas nécessairement néfaste, peut être bénéfique ou neutre
Différences génétiques interindividuelles
Génome=3 milliards pb
99,8% identique entre personnes
6 M de différences correspondant au nombre de variations d’un individu p/r au génome de référence
Humains ont 50% de la variabilité des singes malgré une population plus grande
Décrit la disposition des SNP
Plupart des SNP fréquents avec MAF de + de 5% se retrouvent dans des pop de plusieurs continents
Reflète la migration et flux génétique entre les pop et l’origine relativement récente de l’espèce
85-90% s’observe dans une pop et à peine 10-15 lorsque la pop humaine globale est prise en compte
Pop africaines tendent à avoir une plus grande variation que les autres, ou la variation est retrouvée généralement dans un sous-groupe de la variation africaine
Explications de la variation fréquente dans une seule pop
Apparition récente de la mutation (hémochromatose)
Sélection naturelle dans un env spécifique (lactase)
Types de polymorphismes
CNV
Microsatellites : à chaque quelque kb
SNP: à chaque 100pb
Types de SNP
rSNP
iSNP
cSNP
gSNP
SNP non-codant peut tout de même influencer l’expression génique
Voir figure sur l’évolution de la fréquence d’une variation
Décrit la résistance au VIH
Les infections virales nécessitent des récepteurs cellulaires: CXCR4 et CCR5
Il y a plus de 20 variations connues dans CCR5
10% des européens sont hétérozygotes pour del32, ralentissant l’évolution de la maladie
1% des européens sont homozygotes, leur conférant une résistance à l’innfection au VIH
Décrit l’apparition de del32CCR5
Allèle mutant s’étend dans le nord de l’Europe depuis 700 ans, car les poteurs avaient une résistance accrue à la peste et la variole
Asie et Afrique ont peu ou pas cette mutation, car pas exposés aux mêmes épidémies
Haplotype
Groupe de SNP liés sur un même segment chromosomique et habituellement n’ayant pas de recombinaisons entre les traits
Génotype
Combinaison des allèles d’un ou de plusieurs gènes
Allèle majeur
Allèle le plus fréquent dans la population
Allèle mineur
Allèle le plus rare
Généalogie génétique
Si un nombre suffisant de marqueurs est analysé, la généalogie génétique peut être inférée approximativement
Premières offres commerciales 2000
Utilisation généalogie génétique
Récréative:
- Fournir une estimation des origines ethniques/biogéographiques
- Déterminer des relations entre des individus et permettre le contact
- Accéder à de données brutes pour analyse par le client avec des outils autres
Validité clinique et analytique sont des enjeux
Maladies monogéniques
1 gène cause la maladie
Mode de transmission clairement identifiable (XD, XR, AD, AR)
Maladies rares:
- FKP
- Huntington
- Tyrosinémie
- DMD
- Anémie falciforme
Traits complexes
Gène modifie le risque, mais ne cause pas directement la maladie
Plusieurs gènes +/- environnement
Pas de mode de transmission clairement identifiable
Maladies fréquentes:
- MCAS
- Diabète
- Asthme
- Obésité
- Taille
Comment se fait l’analyse génétique des traits complexes
Évalue la fréquence de co-ségrégation du trait/maladie avec des gènes, marqueurs ou régions spécifiques du génome
Étude d’association gène candidat
Basé sur une hypothèse
Faible besoin de génotypage
Correction stats moindre
Peu de faux +, mais plus de cible manquées
GWAS
Hypothèse préalable pas requise
Grand besoin de génotypage ($)
Correction stats pour analyses multiples
Plusieurs faux +, mais moins de cibles manquées
Que sont les désquilibres de liaison
Assume qu’une mutation chez un fondateur est causal du trait/du gène de susceptibilité/de la maladie
Assume que dans une région proche de la mutation, les allèles de l’haplotype fondateur vont être maintenus sur le même haplotype à la méiose et transmis aux générations suivantes en étant peu affectées par la recombinaison
Association allélique entre les allèles des marqueurs et celui du gène de susceptibilité
Taille max de la région ou l’association alléilique peut tenir
Petite: 2cM
Que permettent les études d’association
Détection d’une association entre les variations génétiques et la maladie:
- Cas-contrôles
- Cohortes
- Trio (TDT)
Prérequis et but de GWAS
Avoir caractérisé un nombre suffisament grand de SNP
Avoir les outils technologiques pour tester un grand nombre de SNP simultanément chez un grand nombre de patients
Identifie des associations de marqueurs avec des conditions