génétique 2 Flashcards

1
Q

cmt établir le caryotype

A
  1. compter
  2. taille, du plus grand au plus petit
  3. forme des chromo
  4. marquage des chromo
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2
Q

par quoi est determinée la forme des chromos

A

pposition du centromère dans le chromo
forme est cst pour une paire mais varie d’une paire à l’autre

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3
Q

métacentrique

A

centromère en centre
2 bras symétrique

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4
Q

submétacentrique

A

2 bras asymétrique

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5
Q

acrocentrique

A

position du centromère à une extrémité entrain un petit bras court

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6
Q

anatomie du chromo

A
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7
Q

marquage chromosomique

A

cst pour une paire donné et permet de distinguer d’une paire
varie d’une paire à l’autre
marquages en bandes GTG ou G (traitement à trypsine et colo de Giesma, routine dans les labo des cytogénétiques)

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8
Q

pré-requis pour obtention des chromo

A

cells qui se divisent car étudiés en métaphase mitotique
- spontanément: fibroblaste de la peau, fascia, amniocytes,, cell tumorales (hémopathies, tumeurs solides)
- par stimul: lympho T sang. peuvent se diviser suite à la stimul par la PHA (phytohématoglutine)

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9
Q

que necessite l’obtention des chromo

A

culture cell
arrêt du cycle cell en métaphase en ajputant inhibiteur du fuseau mitotique
récolte des chromo après traitement hypotonique de la cell

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10
Q

formule chromosomique

A

compo en chromosome donnée

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11
Q

de quoi est constitué la formule chromosomique

A

nb total de chromo par cel:46, 47
gonosomes: XX ou XY
indication de l’anomalie chromosomique s’il y en a une
si pas d’anomalie: 46, XX ou 46XY
ex anomalie: 47, XX, +13 = trisomie 13

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12
Q

cmt determiner la constitution chromosomique d’un individu

A

analyser un min de 10 cell

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13
Q

constitution chromo non homogène/mosaique

A

on trv 2 types de cells chez le même individu
due a des anomalies dan sla segregation mitotique des chromo

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14
Q

mosaicisme

A

anomalie chromo lorsque les types cell proviennent d’un même zygote

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15
Q

anomalies chromosomiques

A

modif de l’euchromatine des chromo
visibles au microscope et touchent pls gènes

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16
Q

que entraine une anomalie chromo qui modif la qnt d’euchromatine

A

effet sur le phénotype

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17
Q

que entraine une anomalie qui touche que l’hétérochrromatine

A

variant chromo sans effet sur le phenotype

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18
Q

types d’anomalies

A

de nb
de structures

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19
Q

anomalies de nb

A

polyploidie: addition d’un ou pls complément haplo (n):
triploidie : 69, XXX, (3n), tétraploisdie: 92, XXXX, (4n)
aneuploidie touche une seule paire dont le nb est augmenté ou diminué:
trisomie: 47, XY, +21
monosomie: 45, X

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20
Q

cause la plus fréquente de trriploidie

A

84%
fécondation d’un ovule par 2 spermatozoide, ou dispermie
retard de croissance important (RCIU), kystes du placenta (changements molaires), peu variable

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21
Q

triploidie des cas maternels

A

digynie
placenta hypotrophique, syndactylies 2-3, RCIU

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22
Q

de quoi résulte l’aneuploidie

A

erreur de réparation des chromo lors de la division cell
pour être homogène doit se faire en meiose
non dysjonction en mitosme entraine mosaicisme cellulaire

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23
Q

est ce que les monosomie d’un chromo complet sont viables

A

sauf pour X non

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24
Q

que constitue un facteur de risque pour aneuploidie

A

âge maternel avancé

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25
non-dysjonction en meiose 1
division reduct séparation des 2 homologues mais... 2 chromo homologues (diff du même parent) de meurent dans le même gamète types le plus fréquent
26
non-dysjonction en meiose 2
division equationnelle, sert à séparer les chromatides soeurs 2 chromatidees soeurs demeurent dans le meme gamète (2 chromo identiques sauf pour recombinaison subies)
27
origine principal de trisomie
90% de meiose maternelle M1 (sauf triso 18 en M2)
28
effet de l'age maternel est présent sur quelle meiose
M1 et M2
29
facteurs de risque pour la non-dysjonction
absence de recombinaison et les recombinaisons en position telomerique erreurs en M1, le bivalent serait ségrégué de façon plus ou moins indep
30
facteur de risque chez la femme plus âgé
recombinaison pericentrométriqueàerreur en M2 interfererait avec la cohésion normale des chromatides soeurs
31
effet de l'age maternel sur le fuseau mitotique
vieillissement du fuseaau mitotique
32
syndrome de Turner
45, X 2% des conceptions 90% avortement spontanés (phénotypes les plus sévères avec hydrops = oedeme generalisé du foetus/embryon) majo= non-disjonction dans les gamètes paternels 1/2000 nouveau né féminins à la naissance: phénotypes variable , intelligence normal ( plus cst: courte taille proportionnée et dysgénésie gonadique)
33
syndrome de turner
phénotype fém avec corpuscule de Barr abs intelligence normale (diff spatio-temporelles, d'attention possibles) inssufisance ovarienne par dysgénésie gonadique( abs/non complétion de la puberté spontannée, aménorrhée primaire, infertilité)
34
autres signes de syndrome de turner
oreilles basses implantées cou palmés (pterygium colli), resultat d'un hygroma kystique en grossesse thorax large et mammelons écartés anomalies cardiaques (coartaction de l'aorte) anomalies rénales (reins fusionnés, ectopies) cubitus valgus (déviation de l'axe des avant bras) oedeme dur dorsum des mains er des pieds en neonatal hydrops foetalis
35
étiologie cytogénétique du S. turner
formule chromosomique 45, X 55% des cas de façon homogène 20% en mosaique (lignée 46, XX ou 46, XY), donc origine post-zygotique/mitotique anomalie de structure d'un chromo X dans 25% des cas homo ou en mosaique (isochrome Xq, délétion)
36
triple X
47, XXX phénotype fem intelligence normale mais légérement diminué p/r à fratrie (diff d'apprentissage freq) grande taille pas de malfo ou dysmorphie fertiliuté normale
37
syndrome de klinefelter
47, XXY 1/500 garçons phéno masc intelligence normale mais légérement diminuré p/r fratrie (diff d'apprentisssage freq) grande taille hypogonadisme (ptit testicule): infertilité ( possibles avec tech) risque de gynecomastie caract sex secondaires peu dev
38
47 XYY
1/900 garçons phénotype masc normal intelligence normal mais légèrement dim p/r fratrie (diff apprentissage, impulsivité possible)
39
syndrome de Down/ trisomie 21
47, XX +21 oy 47, XY, +21 1/660 incidence augm avec âge maternel 95% causée par non dysjonction meiotique lors de meisoe maternelle formes plus rares (translocation 2.5%, mosaicisme 2.5%)
40
symptome syndrome de Down
retard mental léger à modéré bon tempéremment hypotonie occiput plat, visage rond, orientation des fentes palpébrales vers le haut, replis épicanthiques, protusion de la langue, plis palamaires transverses, clinodactylie 5e doigt malfo cardiaques 40% (canal AV) malfo GI 12% (atrésie duo, oeso) risque de leucémie 1%
41
trisomie 13 ou syndrome de patau
1/5000 retard mental sévère fente labio-palatine polydactylie malfo cerebrale sévère (holoprosencéphalie) malfo cardiaques, renales et autres anomalies létal eplus souvent: survie 7 jours médiane 91% décèdent dans la 1e année survie long terme 5-10%
42
trisomie 18 ou syndrome d'Edward
1/6000 1/8000 retard mental sévère retard de croissance mains fermée 2esur2e doigt et 5e sur 4e pieds en piolets malfo cardiaques, dig, renales anomalies létale plus souvent survie médiane 14.5 j 5-10% survivent la 1e année
43
anomalies de structures
modif dans la forme des chromo presque tjr dues à des cassures un chromo peut être site de 1 ou pls cassures transversales plus de 1 chromo peuvent subir des cqassures en même temps point de cassure ont tendance à se recoller entre eux fragm chromo qui ne 'est pas recollé persiste dans les cells filles au cours des division cells seulement s'il contient un centromàre
44
que se passe t-il suite à une ou des cassures
fragm peut se perdre se recoller exactement comme il était se recoller différement (au même endroit ou ailleurs)
45
une cassure
délétion terminale fragment qui ne contient pas de centromère et qui ne se décole pas lors de divisions cell (fragm acentrique) cell filles conservent le chromo cassé, segm chromosomique qui contient le centromère
46
syndrome du Cri-du Chat
deletion du bras court du 5 retard de croissance cri caractéristique à la naissance retard mental
47
délétion intersitielle
2 cassure dans le même chromo à l'int d'un même bras chromo perte de matériel entre les 2 ponts (fragm acentrique) fusion aux 2 points de cassure
48
si les cassures affectent le mê bras chromosomique et s'il n'y a pas de perte du segment
le segm chromo peut se recoller à l'envers ce qui entrainera une inversion paracentrique
49
si les cassures addectent chacun des bras chromosomiques et est donc de part et d'autres du centrom;re
le segm chromo peut se recoller à l'envers ce qui entrainera une inversion péricentrique
50
translocation
lorsqu'il y a adeux cassures qui se produisent sur 2 chromo diff échange de materiel recollage des segments
51
sortes de translocation
reciproque ex t(9;22) robertsonienne ex rob(13,55) iu der(13,15)
52
translocation réciproque équilibré
cassure en a sur le 11 cassure en b sur le 22 echange de fragmenta formation de 2 nouveaux chromo transloqués (der ou derivés)
53
translocation réciproques équilibrés
entre chromo non homo et le long des bras chromosomiques ne fai tpas varier le nb d'accompagnent d'aucune perte de matériel et pas d'effet sur le phénotype
54
risque des translocation
segregaation non-équilibré lors de divisions de meiose et risque accru pour: phenotype anormal chez descendant fausse couche infertilité
55
porteur d'une translocation reciproque equilibré, ses gamètes peuvent contenir:
2 chromo normaux 2 chromo transloqués mais équilibrés un transloqué et un normal
56
que produit une translo reciproque équilibré avec gamète 1 transloqué et 1 normal
ségrégation nonéquilibré zygote anormaux avec monosomie et trisomie partielle combinés, porteurs d'une transloc non équilibré
57
que entraine une translo mère t(16;21)(q13;q22.3) chez l'enfant
transloc déséquilibrée chez l'enfant der(21)t(16;21)(q13;q22.3) entraine triso partielle 16q et mono partielle 21q phénotype: RCIU, dysmorphies, hypov4entilation, dc à 5 mois
58
cause transloc robertsonienne
cassures et recollement au niveau des centromères des chromo acrocentriques (13, 14, 15, 21, 22): fusion centrique des 2 chromos 45 chromo petite perte de matériel (PETITS BRAS COURTS DES 2 CHROMO ACROCENTRIQUES) constitués d'hétérochromatine pas d'effet usr phénotype chez les porteur
59
risque des transloc robertsonienne
segregation non équilibré et possibilité accrue de malségrégation lors de meiose augm risque : phenotypes anormaux chez enfants, fausses couches, infertilités
60
formation d'une transloc robertsonienne
cassure au centromère 14 et 21 fusion des bras longs des 2 chromo acrocentriques et formation d'un chromo transloqué (14;21) 45 chromo
61
cause de 2.5% des triso 21
translo non équilibrée robertsonienne
62
que détermine carytotype de l'enfant avec triso 21
risque de recidive pour parents aneuploidie/triso libre: 1% transloc roberstonienne non-eq: selon le statut des parents: de novo <1% parent porteur a un risque de recurrence de T21: 15% femme et 1% homme caryotype parents pas necessaire si aneuploidie mais primordial si transloc
63
autres anomalies de structures
dupli insertion chromo dicen4trique chromo en anneau isochrome
64
que permet cytogénétique moléculaire
etudier genome humain d'une façon plus fine que le caryotype standard
65
FISH
appariement d'une seq d'ADN connue d'acides nucléiques (sonde) et marquée avec molé fluorescente à une ou des seq complémentaires qu'on veut etudier
66
sur quoi se fait FISH
chromo en metaphase, noyau interphasique de cell fixées, de frottis, empreinte ou sur une section de tissus
67
principe de base d'hybridation
se base sur la structure de l'ADN chq chromo contient double hélice d'ADN repliée et condensée chq brins composés des polymères de desoxyribose phosphate lié à une base (purine/pyrimine) liaison hydro
68
denaturation
liaison hydro rempues entre les bases des brins= adn brin simple
69
renaturation
adn simple complé vont s'apparier liaison hydro
70
étapes FISH
sur chromo après culture sans marquage 1. denaturation de la sonde (marquée fluo) et adn génomique à étudier 2. hybridation des 2 adn simple brin et renaturation 3. visualisation au micro fluorescent
71
resolution et detection
caryotype standard: 10Mb haute reso: 2-5 Mb FISH sonde 100-150Kb permet detect d'anomalies chromo inframicroscopiques (visibles au caryotypes)
72
types de sondes
sondes à seq répititive: centromériques telomeriques sondes a seq unique: seq d'une region spédu génome ADN non répéétitif
73
sonde à seq unique
utilise seq d'une region spé du génome ou l'ADN pas repetitif diagnostic des syndrome de microdélétion, microdupli
74
application de FISH
diagnostic cytogénétique: preciser une anomalie vue en cytogenetique classique et qui n'a pas pu être identifié précisemment en raison de sa complexité diagnostic de micro-remaniements chromo, non visibles au caryotype FISH interphasique pour diagnostique rapide
75
detection d'anomalies inframicroscopique ou cryptique
detection de ces anomalies invisibles au micro optique necessite utilisation de sondes pour mettre en evidence caryotype donc normal choix des sondes dépend des données clinique
76
micro remaniements
syndrome associés à une microdélétion/dupli chromo recurrente remaniements cryptiques de d'autres regions
77
syndromes micro deltions chromo
S VeloCardio-facial Di George: del (22)(q11.2q11.2) S de Williams del(7)(q11.23q11.23) S PraderWilli del(15)(q11q13) S d'angelman del(15)(q11q13)
78
syndrome digeorge
deletion interstitielle de 22q11.2 1/4000 phenotype trèa variable dans meme famille
79
signes majeures de Digoerge
dysmorphie cardiopathie anomalies du palais hypoparathyroidie hypoplasie du thymus retard moteur retard de croissance
80
microdélétions récurrentes: mecanismes
seq répétées similaires à l'ext de region freq déléétée recombi homologue non allélique durant meiose: del de region entre repet, dupli de region entre repet explique: freq de ces remaniements, haut taux de survenue de novo, points de cassures identiques
81
syndrome de williams
retard mental retard de croissance lèves proéminentes iris en étoile stenose aortique supravalvulaire, stenose pulmo hypoplasie de l'émail 1/7500 habituellement de novo 50$ risque de transmission pour atteint
82
syndrome de prader willi
hypotonie neonatale difficultés alimentaire 1 année hyperphagie1-6ans retard mental pheno: pale, yeux amande, peitites mains et pieds hypogonadisme complic: diabètes, apnées obstructives triatement: hormone de croissance, readapt
83
syndrome de prader willi genetique
région soumise à empreinte parentale 15q11q13 70% del allele pat 25% disomie mat 2% empreinte anormal gène SNRPNexprimé sur copie pat diagnostique cytogénique par FISH slmt pr deletion 1/10 000-30 000
84
syndrome angelman
gène UBE3A exprimé par allèle mat 70% del allèle mat (FISH) 2-5% disomie pat 5% aN empreinte 20% mutation intragénique retard mentale, ataxie, rires 1/12000, 1/24000
85
syndrome microdupli
reciproques des syndrome de micro dele dup(22)(q11.2q11.2) dup(7)(q11.23q11.23) dup(15)(q11q13) pheno moins distinc, moins severe, plus diff a suspecter
86
sup(15)(q11q13)
peu de malfo retard mental et autisme convulsions diagnostic sur noyau interphasique, diff en metaphase
87
FISH interphasique
hybrid in situ en interphase, sur noyau sans culture cell s'avere indisp pour detec d'anomalie en nm ou struc dans le cas: index mito peu elevée (neoplasique) resulat rapide necessaire (prenatal) diagnostic de mosaic/clone faible pour aneuploidie/anomalie clonale precise
88
quelles sondes pour FISHinterphasique
tout sauf oeintures/telomeriques pas besoin de mitose rapide
89
FISH interphasique et neoplasie
translo 9;22 fusion BCR et ABL important facteur diagnsotic et pronostique dans les leucemie myoloide chronique et leucemie aigue lymphoblastique parfois non visibles au caryotype fish sur noyau interphasique pour diagno rapide de fusion de bcr et abl sans translo:2 signaux separe avec translo: signaux fusionne
90
hybridation genomique comparative
comparaison adn patient et adn controle
91
cmt s'effectue comparaison (HGC)
hybridation de ces adn marquées en fluo (patient + controle) sur support d'adn prep chromo controle (lame cytogenique) fragm de l'ADN genomique que l'on veut etudier (micropuce) mm principe hybrid que fish intensité de fluo evalué par ordi
92
que permet hybrid sur seq d'adn fractionnées (sondes) qui représentent tout le génome
permet de comparer l'adn d'un patient à un adn de ref et de deceler : surplus de seq par rapport à cet adn de ref: dupli de la seq pour le patient pertes de seq par rapport a cet adn de ref: deletion pour le patient
93
types de micropuce
BACs oligonucléotide
94
micropuce BACs
sonde de taille d'une sonde fish resolution de l'analyse moins grande
95
micropuce oligonucleotide
meilleur resolution que bacssondes oligonucléotides: fragm d'adn de env 60pb avec ou sans maruques SNP plus fiable et rapide
96
detection des variant des copies CNV
taille >1Kb desequilibrés: del, dupli, tripli variation freq dans genome normal (5-13% du genome, 11700cnvs sur 1000genes, majo rares) non patho
97
avantage des hybridation genomique sur micropuce
raffiner l'analyse chromo à une resolution de qlq dizaines de kb et poser diagnostic chez plus grand nb de sujet meilleur sensibilité de detect de dupli que fish allie la precision de la fish et approche eval globale du genome du caryotype pas de cell en division necessaire