Genetik 1 Flashcards

1
Q

Das 1. Mendelsche Gesetz

A

Regel 1: Uniformitätsregel
Werden zwei Eltern miteinander verpaart, die sich in einem Merkmal unterscheiden, für das sie beide jeweils homozygot (reinerbig) sind, dann sind die Nachkommen der ersten Generation (Tochtergeneration F1) uniform, d. h. gleich bezogen auf das untersuchte Merkmal.

Diese Uniformitätsregel oder Reziprozitätsregel gilt sowohl für den Phänotyp als auch für den Genotyp, welcher bei allen Nachkommen der ersten Generation heterozygot (mischerbig) ist.

1) Bei der dominant-rezessiven Form der Vererbung setzt sich das dominante Allel gegenüber dem rezessiven Allel durch.
2) Bei intermediärer Vererbung wird eine Mischform der beiden Erbanlagen ausgebildet

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2
Q
  1. Mendelsche Gesetz
A

Regel 2: Spaltungsregel
Die Spaltungsregel oder Segregationsregel gilt, wenn zwei Individuen gekreuzt werden, die beide gleichartig heterozygot sind, also z. B. zwei Pflanzen, die für die Blütenfarbe “Weiß” und “Rot” Erbanlagen haben. Das kann etwa die F1-Generation des vorherigen Abschnitts sein. In Beschreibungen der mendelschen Regeln werden die Nachkommen einer solchen Heterozygoten-Kreuzung daher als Enkel- oder zweite Filialgeneration (F2) bezeichnet. Die Nachkommen aus dieser Paarung sind untereinander nicht mehr uniform, sondern spalten sich sowohl im Genotyp als auch im Phänotyp auf.

Es besteht also im Phänotyp ein Verhältnis von 3:1, im Genotyp ein Verhältnis von 1:2:1. Bei dominant-rezessiver Vererbung sind also in der zweiten Nachkommengeneration, der F2-Generation, 25 Prozent der Individuen homozygote Träger des dominanten Merkmals und 50 Prozent heterozygote Träger des dominanten Merkmals.

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3
Q

Der Monohybride Erbgang (inklusive

Rückkreuzung)

A

Ein monohybrider Erbgang liegt vor, wenn reinerbige Individuen gekreuzt werden, die sich nur in einem Merkmal (also einem Allelpaar) unterscheiden. Die ersten beiden Mendelschen Regeln gelten nur für monohybride Erbgänge.

Rückkreutzung:
Gregor Mendel wandte dieses Verfahren erstmals gezielt an und zwar erstens als Testverfahren, um den Genotyp von Pflanzen auf Reinerbigkeit zu prüfen, und zweitens, um dann für seine genetischen Experimente gezielt hinsichtlich eines bestimmten Merkmals reinerbige Elternpflanzen verwenden zu können.

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4
Q

Dominanz / Rezessivität / Intermediärer

Erbgang / Kodominanz

A

In der Genetik wird zwischen dominant/rezessiver, intermediärer und kodominanter Vererbung unterschieden.

Beide Varianten kommen dann vor, wenn heterozygotes Erbgut vorliegt, also das Gen für ein bestimmtes Merkmal in zwei unterschiedlichen Varianten (Allelen) vorliegt.

Beim dominant/rezessiven Erbgang setzt sich allein das dominante Allel im Erscheinungsbild (im Phänotyp) durch. Bei intermediärer Vererbung hingegen kommt es zu einer gemischten Merkmalsausprägung (rosa), die von beiden Allelen beeinflusst wird (rot und weisse Blüten).

Der intermediäre Erbgang darf nicht mit dem kodominanten Erbgang verwechselt werden, bei dem es im heterozygoten Organismus nicht zu einer Mischform kommt, sondern beide Merkmale unabhängig voneinander ausgebildet werden! (z.B. Blutgruppen AB)

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5
Q

Gene, Allele, Reine Linie,

A

Gene:
Gene kommen in unterschiedlichen Varianten vor.

Allele:
Allele sind verschiedene Varianten eines Gens.

Reine Linie: 
Eine reine Linie enthält ein
bestimmtes Allel in doppelter
Ausfertigung (in diploiden
Organismen).
Reine Linie (homozygot): R R oder r r
Heterozygotes Individuum: R r
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6
Q

Geno und Phänotyp

A

Der Genotyp bezeichnet die genetische
Konstitution
z. B.: R R, R r, r r

Der Phänotyp gibt die Erscheinungsform an
R+ rotblühend
R- weißblühend
R+ kann auf den Genotyp R R oder R r hinweisen
R- kann nur r r sein

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7
Q

Gen Definition

A
Als Gene bezeichnet man Einheiten der im
Erbgut von Lebewesen enthaltenen
Erbinformation, die zur Bildung aller
zellulären und extrazellulären Proteine
und/oder RNA-Moleküle einer Zelle dienen
und in veränderter oder unveränderter Form
durch Reproduktion an Tochtergenerationen
weitervererbt werden.
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8
Q

Dihybrider Erbgang

A

dihybrider Erbgang: zwei Eigenschaften werden parallel betrachtet

z.B. So haben die Erbsen neben der Farbe gleichzeitig noch eine weitere gut sichtbare phänotypische Eigenschaft: Die Hülle der Erbsensamen kann glatt oder runzlig sein.

A: gelbe Färbung/Allel für gelb

a: grüne Färbung/Allel für grün

G: glatte Oberfläche /Allel für glatt

g: runzlige Oberfläche/ Allel für runzlig

Wie beim monohybriden Erbgang kann ein Merkmal dabei reinerbig (z.B. aa oder AA) oder mischerbig vorhanden sein (z.B. aA). Nun ist dies aber für zwei unterschiedliche Merkmale zu beachten. Im folgenden ein Erbgang…

Nun erhält man für die F2 eine Verteilung von 9:3:3:1 zwischen „gelb + glatt“, „gelb + runzelig“, „grün + glatt“ und „grün + runzelig“

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9
Q

Statistische Auswertung von

Kreuzungen: der schi²-Test:

A

Für jeden shi²-Wert kann eine
Wahrscheinlichkeit berechnet werden, dass
diese Abweichung von der theoretischen
Verteilung auftritt.
Dazu gibt es vorberechnete Tabellen (oder
den Computer).
Eine Wahrscheinlichkeit unter 5% führt zur
Ablehnung der Nullhypothese.

BEISPIEL

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10
Q

Komplementation

A

Komplementationkreuzungen
sind eine wichtige Methode, um
zu identifizieren, ob Mutanten
allelisch sind

Komplementationtest:
Er dient als einfache Methode, um Genmutationen zu lokalisieren. Diese genetischen Veränderungen können in verschiedenen Genen liegen, welche am gleichen zellbiologischen Prozess teilnehmen, oder aber auf dem gleichen Gen.

z.B. 2 Mäuse ohne Schwanz (Mutation) paaren sich (Eltern Wildtypen mit Schwanz)

  1. Der Wildtyp entsteht: 2 unterschiedliche Gene sind mutiert= complement
    (Gameten der beiden Mäuse haben beide eine Mutation, aber auf jeweils einem anderen Gen = In dem Fall wird jeweils die gesunde Version des Gameten befruchtet)
  2. OS Mutante entsteht: Mutation ist auf demselben Gen= nicht complement
    (Gameten beider Mäuse haben eine Mutation auf gen 1 = Combi hat daher auf jeden fall eine Mutation auf Gen1)

https://www.youtube.com/watch?v=2QhyY2xILfE

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11
Q

Genwirkketten

A

Als Genwirkkette bezeichnet man die Abfolge von mehreren voneinander abhängigen Stoffwechselreaktionen, welche jeweils von Enzymen oder Multienzymkomplexen gesteuert bzw. katalysiert werden. Bei einer Genwirkkette sind für die Herstellung eines Endproduktes mehrere verschiedene Reaktionsschritte, also auch mehrere Enzyme und Gene, die für die Enzyme codieren, notwendig.

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12
Q

Welche Phänomene konnte Mendel nicht mit seinen

Regeln beschreiben?

A

-Haploide Organismen
-X-Chromosomale Vererbung
-Extranukleäre Vererbung (Mitochondrien,
Plastiden)
-Heterosis
-Imprinting

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13
Q

Haploide Organismen

A

Von Haploidie wird gesprochen, wenn das Genom im Zellkern einer Zelle eines eukaryoten Lebewesens in einfacher Form vorliegt, jedes seiner Gene also nur in einer Variante (Allel) vorkommt.

Mendel: gibt kein dominant/rezessiv, da nur ein Allel

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14
Q

X-Chromosomale Vererbung

A

Ein X-chromosomaler Erbgang ist ein Erbgang, bei dem das merkmalstragende Gen auf dem X-Chromosom liegt. Weil bei vielen Tierarten, darunter dem Menschen, männliche Individuen (neben dem Y-Chromosom) nur ein X-Chromosom besitzen, sind sie bezüglich Genen auf dem X-Chromosom immer reinerbig, genauer hemizygot. Darum tritt bei ihnen ein phänotypisches Merkmal, das auf dem X-Chromosom codiert ist, auch bei rezessiver Vererbung immer auf.

Mendel: Bei Gonosomen: Wenn Allel auf X-Chromosom gelegen ist, dann sind diese immer Reinerbig (wenn männlich)

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15
Q

extranucleäre Vererbung

A

Als extranucleäre Vererbung (auch extrachromosomale Vererbung) bezeichnet man die Vererbung von Erbinformationen, die unabhängig von den Chromosomen vererbt werden.

Ihre DNA befindet sich außerhalb des Zellkerns. Diese Vererbung liegt dann in den Mitochondrien oder den Chloroplasten (Plastiden) vor.

Die im Zytoplasma eingebundenen Zellorganellen, und damit auch deren Erbgut, werden überwiegend maternal (mütterlich) weitergegeben.

Mendel: Zellorganellen Erbgut wird nur mütterlich weitergegeben.

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16
Q

Heterosis

A

Heterosis-Effekt bezeichnet in der Genetik, der Pflanzenzucht und Tierzucht die besonders ausgeprägte Leistungsfähigkeit von Hybriden (Mischlingen). Von einem Heterosis-Effekt wird immer dann gesprochen, wenn die beobachtete Leistung der ersten Filialgeneration (F1) höher ist als die durchschnittliche Leistung dieser Eigenschaft bei der Parentalgeneration (Elterngeneration).

Die Erfahrung lehrt, dass bei Merkmalen wie Produktivität, Wüchsigkeit und ähnlichem die günstigen Allele eher dominant sind. Wenn sich nun die reinerbigen Eltern für die Verteilung reinerbig dominanter und rezessiver Allele komplementär unterscheiden, dann wird das Merkmal in der Hybride stärker günstig ausgeprägt sein als in jedem Elternteil.

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17
Q

Imprinting

A

Imprinting ist ein epigenetisches Phänomen, das auf der Methylierung von DNA und der Modifikation von Histonen beruht.

Es führt dazu, dass bei der Expression von bestimmten Genen das Allel eines Elternteils durch eine spezifische Methylierung inaktiviert ist (“Gene-Silencing”). Imprintete Regionen sind also “spezifisch methylierte Regionen”. Dieses Imprinting wird mit vererbt und setzt so die Mendelschen Regeln außer Kraft. Die codierende DNA-Sequenz beider Allele bleibt jedoch unverändert.

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18
Q

Transkription

A

-DNA wird auf mRNA übertragen
-Doppelstrang wird aufgespalten und RNA Polymerase (bei Eukaryoten werden auch Transkriptionsfaktoren benötigt) bindet an Promotor Region,
-RNA Polymerase kann in RNA umschreiben (5´ zu 3´ Richtung)
-komplementäre Basen:
Adenin=Uracil, Guanin=Cytosin
-bis Terminator: Signal um aufzuhören.

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19
Q

Translation

A
  • mRNA wird in Aminosäuresequenz übersetzt
  • Ribosomen (große und kleine Untereinheit)
  • Ribosom hat 3 stellen (APE) an denen sie die mRNA liest
  • 3 Basentripletts (codon) steht für eine der 20 aminosäuren
  • AUG startcodon
  • Mithilfe von tRNA (Transfer RNA) werden die spezifischen Aminosäuren zum passenden Triplett gebracht.
20
Q

Replikation

A
  • DNA wird verdoppelt (kopiert) im Zellkern
  • Doppelhelix wird aufgespalten (Helikase), Topoisomerase entwindet DNA vor Helikase
  • Einzelstrangbindende Moleküle festigen den Einzelstrang
  • DNA Polymerasen synthetisiert von 5´ zu 3´ Richtung
  • Polymerasen setzen an Primer an (bis zu 30 RNA Nukleotiden)
  • Adenin=Thymin, Cytosin=Guanin
  • Folgestrang besteht aus Okazaki Fragmenten, da Gegenrichtung der Aufspaltungsrichtung
  • Ligase verknüpft diese Fragmente
21
Q

Die Grundeinheiten der DNA: Aufbau,

Nomenklatur

A
-Die DNA ist eine rechtsläufige
Helix
-Die beiden DNA-Stränge sind
antiparallel angeordnet, das
Zucker-Phosphat-Rückgrat liegt
außen, die Basen innen
-Die Basen der beiden Stränge sind
gepaart
=> nach Außen hat das Molekül
eine stark hydrophile, negativ
Ladung
=> im Innern hat es einen
hydrophoben Kern (die Basen) 

Die Basenpaarungsregel:
A paart mit T und G paart mit C, d.h. A und T bzw. G und C sind zueinander komplementär

Pyrimidinbasen: Das Grundgerüst von Uracil, Thymin und Cytosin
Purinbasen: Guanin und Adenin

Ein DNA-Einzelstrang ist polar aufgebaut und besitzt ein 5´- Phosphat und ein
3´OH-Ende

22
Q

Struktur eines Basenpaars

A

Schreibweise der DNA:
5´- AGGTGCAATC -3´
3´- TCCACGTTAG -5´
(man beginnt links mit dem 5´- Ende)

Welche Kräfte halten die Helix
zusammen?
Zwischen den übereinander gestapelten
Basenpaaren bestehen van der Waals
Bindungen und hydrophobe
Wechselwirkungen, die neben den WasserstoffBrücken zur Stabilität der DNA beitragen

FOTO STRUKTUR BASENPAARE

23
Q

Wie schmilzt DNA? Schmelzkurve und Tm

kennen.

A

Die Denaturierung von DNA-Molekülen
(durch Erhitzen oder unter alkalischen Bedingungen)

Die Schmelztemperatur Tm liegt bei der
halbmaximalen Absorption der
Einzelstrang-DNA:

• Das Schmelzverhalten der DNA ist eine direkte Folge
des prozentualen Anteils an G-C Basenpaaren, die
besser stapeln als A-T Basenpaare (und mehr
Wasserstoffbrücken haben)
• Je größer der molare Anteil an G-C Basenpaaren ist,
desto höher liegt der Schmelzpunkt Tm
• Menschliche DNA: Tm = 86°C
• Pneumococcus DNA: Tm = 85°C
• Serratia DNA: Tm = 94°C

FOTO

24
Q

Der Aufbau der Doppelhelix; Helixtypen

A

-Propellertwist ermöglicht eine stärkere
hydrophobe Wechselwirkung
der nur teilweise überlappenden Bereiche
-Die Flexibilität bedingt unterschiedliche Möglichkeiten, wie Nukleotide und
Nukleotidpaare relativ zur Helixachse angeordnet sein können
-Die Konformation des Zuckers
bedingt die Struktur der Helix

B, A, und Z-Formen der DNA:
-Die A-Form entsteht in vitro
bei Abnahme des
Wassergehalts
-Die Z-Form entsteht in
Lösungen
mit hohem Salzgehalt und
GC-Gehalt
-Die Torsion spielt auch eine
Rolle

FOTO

25
Q

DNA ist in Grenzen flexibel (Freiheitsgrade von

Basen)

A
DNA ist flexibel:
• Die chemischen Bindungen im Fünferring
der Deoxyribose und die…
• Bindungen zwischen Dexoyribose und
Phosphatresten sind beweglich
• Die glycosidischen Bindungen zu den
Purin- und Pyrimidinringen sind ebenfalls
beweglich
26
Q

Was ist supercoiling?

A

-Viele DNA Moleküle sind zirkulär (e.g.,
bakterielle Chromosomen, Plasmide).
-Zirkuläre DNA kann Superhelixstrukturen
(Supercoils) ausbilden
- In Chromosomen ist DNA um Proteinkomplexe gewickelt und bildet Nukleosomen
- Nukleosomen werden eng gepackt und bilden helikale Filamente, das sogenannte Chromatin

Wie entsteht supercoiling?
-Superhelikalität entsteht durch die Einführung (bzw. Entfernung) von helikalen Windungen FOTO
-Die Verdrillung (der Twist) der DNA wird durch Ausbildung einer Supercoil-Struktur
ausgeglichen FOTO

27
Q

Was ist die Linking Number?

A

Linking Number:
Lk is the number of crosses a single strand makes across the other. Lk, known as the “linking number”, is the number of Watson-Crick twists found in a circular chromosome in a (usually imaginary) planar projection

Die Linking number (Lk) gibt die Zahl der
eingefügten (bzw. herausgenommenen)
Windungen an. FOTO

Die Verknüpfungszahl (Linking Number, Lk)
von DNA:

-Die Lk von DNA ist eine topologische Eigenschaft, die den Grad an Supercoiling bestimmt
-Bei entspannter DNA: Lk = Lk0 = Anzahl der
Helixwindungen (Tw = Twists) .

Beispiel: in einem zirkulären DNA Molekül von 5400 Basenpaaren ist Lk 5400:10,5 = 514, wobei 10,5 der Zahl der Basenpaare pro
Helixwindung in B DNA entspricht.
-In vivo ist in DNA-Ringen die Zahl der helikalen Windungen fast immer niedriger als in entspannten DNA Molekülen

28
Q

Wann tritt supercoiling auf?

A

Wo entstehen Supercoils in vivo?

DNA Replikation; Transkription: FOTO

Supercoils erleichtern die Strangtrennung:

  • Zellen erhalten aktiv eine Unterwindung der DNA (negatives supercoiling)
  • Erleichtert das Aufschmelzen der Einzelstränge; erlauben dichtere Packung der DNA
29
Q

Was sind Topoisomerasen und wozu sind sie gut?

A

Enzyme, die dieTopologie der DNA verändern:

Topoisomerasen vom Typ IA schneiden einen der beiden Einzelstränge und führen den anderen durch die Lücke

30
Q

Was sind Topoisomerasen und wozu sind sie gut?

A

Enzyme, die die Topologie der DNA verändern:

Topoisomerasen vom Typ IA:

  • schneiden einen der beiden Einzelstränge und führen den anderen durch die Lücke
  • verändern die Linking number in Einerschritten

Topoisomerasen vom Typ IB:
-wirken als „Drehgelenk“

DNA-Topoisomerasen vom Typ II:
-schneiden einen Doppelstrang und
führen einen anderen durch die Lücke
-bestehen aus mehreren Untereinheiten und brauchen ATP
-können verschiedene topologische Strukturen auflösen

31
Q

Einige wichtige Genomgrößen (Mensch, E.coli, Hefe)

A

Das menschliche Genom (und die meisten
eukaryotischen Genome) besteht nur zu einem kleineren Teil aus Genen

Escherichia Coli:
Genomgröße: 4.639.221 BP
Gene: 4.377

Mensch:
Genomgröße: 3.300 mio BP
Gene: 20.500

Hefe:
Genomgröße: 12mio BP
Gene: 6300

32
Q

Ein Großteil der nicht-genischen Bereiche entfällt auf repetitive Sequenzen (welche?)

A

Nur 2 % des menschlichen Erbguts enthalten den Code für die Herstellung von Proteinen - die gut 20 000 bekannten Gene sind hier versammelt

Weit verbreitet sind weiterhin die sogenannten Pseudogene, Kopien von Genen, die aufgrund von Mutationen nicht mehr funktionsfähig sind. Sie gelten im Rahmen der Evolutionstheorie als Ausgangsmaterial für neue Gene mit neuen Funktionen.

Bedeutende Anteile der nichtcodierenden DNA machen repetitive Sequenzen aus, die aus zahlreichen Wiederholungen einer Basensequenz bestehen.

Auch reguläre Gene enthalten nichtcodierende Abschnitte: die Promotor-Region, die der Regulation der Aktivität des Gens (Genexpression) dient, und die Introns, die zwar mit transkribiert werden, deren Transkripte jedoch vor der Translation entfernt werden (Splicing). Weitere nichtcodierende DNA-Abschnitte, die selbst nicht Bestandteile von Genen sind, aber durch Interaktion mit Promotoren bei der Regulation der Genexpression mitwirken, sind die Enhancer und Silencer.

33
Q

Das Genom von E. coli ist strukturiert – wie?

A

superspiralisierte DNA Schleifen, Proteinkern, FOTO

34
Q

Aufbau eines Chromosoms

A
  • Sie bestehen aus einem langen DNA-Faden und Proteinen.
  • Während der Zellteilung treten die Chromosomen in ihrer Transportform auf und werden durch ihre Spiralisation stark verkürzt. Dadurch nehmen die Chromatinfäden eine klar umgrenzte lichtmikroskopisch erkennbare Gestalt an.
  • Der DNA-Faden eines einzelnen Chromosoms kann mehrere Zentimeter lang sein.
  • Der Zellkern - in dem die Chromosomen vorliegen - hat einen Durchmesser von etwa 10µm.
  • Ein Chromosom besteht ( vor der Teilung ) aus zwei Chromatiden, die durch ein Centromer verbunden werden.
35
Q

Wie liegen Chromosomen in der Interphase / im Zellzyklus vor?

A

Die Interphase kann in 3 Phasen unterteilt werden:

  1. In der G1-Phase (G von engl. „gap“ = Lücke), die sich direkt an die Zellteilung anschließt, erfolgt im Wesentlichen Zellwachstum und Bildung von Organellen. Außerdem Proteinbiosynthese und RNA-Synthese. Jedes Chromosom besteht aus einem Chromatid. Dies ist die Phase, in der die Zelle ihr typisches Kern-Plasma-Verhältnis erreicht und ihre spezifische Funktion ausübt, bis ein bestimmtes Kern-Plasma-Verhältnis überschritten ist.
  2. In der nachfolgenden S-(Synthese-)Phase findet die Replikation der Chromatiden bzw. der DNA statt. Hinterher besteht jedes Chromosom aus zwei Chromatiden. In vielen Zellen wird in dieser Phase auch das Zentrosom verdoppelt.

In der G2-Phase schließlich erfolgt weiteres Wachstum (es findet auch wieder Proteinbiosynthese und RNA-Synthese statt). Damit bereitet sich die Zelle auf die nächste Mitose vor.

36
Q

Was sind Histone?

A
  • Histone sind basische Proteine, die im Zellkern von Eukaryoten vorkommen. Sie werden außerdem in bestimmten Archaeen, insbesondere Euryarchaeota und Proteoarchaeota gefunden.
  • Sie sind als Bestandteil des Chromatins für die Verpackung der DNA (es sind Spulen, um welche sich die DNA windet), aber auch für die Expression mancher auf ihr codierten Gene von essentieller Bedeutung (Epigenetik).
  • Um das große Genom der Eukaryoten im Zellkern unterbringen zu können, ist es nötig, die DNA besonders zu verpacken. Bei Eukaryoten geschieht dies in Chromosomen, deren kleinste Verpackungseinheit ein Nukleosom ist.
  • Als Nukleosom bezeichnet man die Einheit von DNA und einem “Histonoktamer”, das aus acht Histonen besteht: je zwei Kopien der Histone H2A, H2B, H3 und H4.
37
Q

Wie ist ein Nukleosom aufgebaut?

A

Als Nukleosom bezeichnet man die Einheit von DNA und einem Histonoktamer. Das Oktamer besteht aus je zwei Exemplaren der Proteine H2A, H2B, H3 und H4. Um so einen Proteinkomplex sind 146 oder 147 Basenpaare der DNA als linksgängige Superhelix gewunden. Durch die Windung der DNA um den Histon-Komplex verkürzt sich die Länge der DNA auf ein siebtel von 68 nm auf rund 10 nm.

38
Q

Verpackung von DNA in Chromosomen

A

-Nukleosom, um so ein Proteinkomplex sind 146 oder 147 Basenpaare der DNA als linksgängige Superhelix gewunden
-Im Bereichs des Kinetochors ist das
Histon H3 durch CENP-A ersetzt
-Zugänglichkeit für Bindestellen
von DNA-bindenden Proteinen
-Die N-Termini der Histone ragen aus dem
Nukleosom heraus
-Die N-termine der Histone werden
reversibel modifiziert
-Diese Modifikationen haben Einfluss auf das Chromatingerüst des Zellkerns und somit auf die Genregulation.

39
Q

Histone werden an ihren N-Termini modifiziert (welche Modifikationen gibt es?)

A

Das N-terminale Ende eines Histons kann von Enzymen modifiziert werden. Diese Histonmodifikationen können Methylierung, Phosphorylierung, Sumoylierung, Ubiquitinylierung und Acetylierung sowie deren Rückreaktionen umfassen. Hieraus ergibt sich der spezifische Histon-Code einer Zelle. Diese Modifikationen haben Einfluss auf das Chromatingerüst des Zellkerns und somit auf die Genregulation

Die Funktion der Methylierung von Histonen wird derzeit intensiv erforscht und steht überwiegend in Beziehung zur epigenetischen Inaktivierung von Genen.
(Bei der DNA-Methylierung handelt es sich um eine chemische Abänderung an Grundbausteinen der Erbsubstanz einer Zelle.)

40
Q

Der Histoncode bestimmt wesentlich die Ausbildung der Chromatinstruktur

A
-Histonmodifikationen verändern
den Nukleosomenzustand
-Histonmodifikationen verändern
den Nukleosomenzustand
-Multiple DNA- und Histonmodifikationen
Faktoren beeinflussen den Chromatinzustand

z.B. offenes Chromatin wird durch Histon-Methylierung -Deacetylierung, DNA Methylierung, Einlagerung von Histonen u. Heterochromatin –> kondensierten Chrom.

kondensiertes Chromatin wird durch Histon-Demethylierung,-Acetylierung, Verlust von Histonen und Heterochromatin Proteinen –> offenen Chromatin.

41
Q

Enzyme der Replikation (DNA Polymerasen extra)

A

Komponenten des Replikationsapparats:

DNA Helicase:

  • Gruppe von Enzymen, durch die während der Replikation der DNA-Doppelstrang vor der Replikationsgabel unter Energieverbrauch (Spaltung zweier ATP-Moleküle pro Trennung eines Basenpaars) entspiralisiert wird.
  • Vorgänge der DNA-Reparatur, der Rekombination und der Regulation der Genexpression von Bedeutung.
  • Helicasen binden an einzelsträngige DNA und wandern an ihr entlang. Aus Escherichia coli wurden verschiedene Helicasen mit unterschiedlichen Funktionen isoliert:
  • Helicase II bei der Replikation für die Entwindung auf Seiten des Folgestrangs (lagging strand) und die rep-Helicase (Rep-Protein) für die Entwindung auf Seiten des Leitstrangs (leading strand) verantwortlich.

DNA-abhängige RNA-Polymerase: Primase:

  • Primase erzeugt ein kurzes RNA-Startmolekül, den Primer. Dieser Primer lagert sich an die komplementäre Sequenz auf der DNA an.
  • entstehende Stückchen Doppelstrang wird von der DNA-Polymerase als Ansatzstelle für die Verlängerung (Elongation) des DNA-Stranges genutzt.

Ligase:

  • DNA-Ligasen sind Enzyme, die DNA-Stränge verknüpfen. Sie bilden dabei eine Esterbindung zwischen einem Phosphatrest und dem Zucker Desoxyribose aus.
  • Bei der DNA-Replikation entstehen auf dem diskontinuierlichen Strang nicht zusammenhängende DNA-Stücke, die Okazaki-Fragmente. Die Verknüpfung dieser Stücke wird von Ligasen bewerkstelligt.
  • Bei verschiedenen DNA-Reparatur-Mechanismen reparieren Ligasen die Strangbrüche.
42
Q

DNA Polymerasen

A

DNA-abhängige DNA-Polymerase Pol III:

  • ist für die Elongation der DNA-Synthese in der Replikation verantwortlich
  • Die DNA-Polymerase III ist die replikative Polymerase der Prokaryoten. Sie ist eine DNA-abhängige DNA-Polymerase mit hoher Prozessivität und geringer Fehlerrate.

DNA Polymerase 1:

  • 1 Untereinheit
  • Entfernung von RNA Primer
  • Enzym in Prokaryoten.
  • Während der Replikation ersetzt sie die RNA-Primer der Okazaki-Fragmente durch DNA.
  • Durch ihre Fähigkeit, Lücken und Fehlpaarungen zu erkennen, besitzt sie auch Funktionen in der DNA-Reparatur.
  • Nur ungepaarte Nucleotide am 3´Ende werden entfernt.

DNA Polymerase 2:

  • Backup Enzym der Prokaryotische DNA Replikation?
  • Reparaturfunktion?
43
Q

Wie wird Replikation initiiert? Wie ist die Initiation reguliert?

A
  • DNA liegt in supercoils vor
  • Die Folge der Entwindung der DNA an einer Stelle ist die zunehmende Verdrillung des gesamten DNA-Doppelstranges.
  • Um Torsionsspannungen bei der Entwindung entgegenzuwirken, läuft vor jeder Replikationsgabel eine Topoisomerase, die die Verdrillung vermindern kann
  • Dazu ist die Spaltung der DNA-Stränge notwendig. Je nach Enzymtyp werden kontrolliert Einzel- oder Doppelstrangbrüche durchgeführt.
  • Nach der Entwindung werden die zuvor gespaltenen Phosphorsäureesterbindungen des Zucker-Phosphat-Gerüsts der DNA durch das Enzym wieder geknüpft.
  • Für die Initiation der Replikation ist ein spezieller Ort, der Replikationsursprung (englisch Origin) auf der meist ringförmigen DNA notwendig, der den Startpunkt bestimmt.
  • Der sogenannte oriC umfasst 245 Basenpaare (bp) und enthält eine Tandemanordnung mit AT-reichen Sequenzen
  • Zunächst wird das Initiatorprotein DnaA durch Adenosintriphosphat (ATP) aktiviert und an fünf jeweils 9 bp lange DnaA-Boxen gebunden
  • Insgesamt lagern sich etwa 20 DnaA-Proteine als Schleife um die DNA zusammen.
  • Entwindung der Doppelhelix durch Helikase unter ATP verbrauch
  • Einzelstrang-bindende Proteine (bei den Prokaryoten heißt dies „SSB-Protein“ (single-strand-binding-protein) die einzelnen Stränge auseinander.
  • An den nun freien Einzelsträngen wird durch eine RNA-Polymerase, die Primase, ein kurzes RNA-Stück, der Primer (etwa 10 Nukleotide), gesetzt
  • DNA Polymerase kann nur an einer freien 3′-OH-Gruppe beginnen
  • Die DNA-Polymerase benötigt den Primer als ‚Starthilfe‘ für die Replikation, auch wenn es sich dabei um RNA handelt
44
Q

Was sind Okazaki-Fragmente?

A
  • Okazaki-Fragment heißt in der Molekularbiologie einer der während der DNA-Replikation entstehenden kurzen Abschnitte des Folgestrangs aus DNA
  • Vom Origin aus kann das Enzym DNA-Polymerase an dem einen Matrizenstrang kontinuierlich fortlaufend den komplementären Strang aufbauen, an dem anderen Matrizenstrang aber nicht – hier werden diskontinuierlich nacheinander komplementäre DNA-Teilstränge synthetisiert, in sogenannten Okazaki-Fragmenten, und später miteinander verbunden.
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Wie sieht die Replikationsgabel aus?

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Funfacts:

  • Replikation dauert ca. 40 Minuten:
  • Pol III synthetisiert ca. 1000 Nucleotide/Sekunde
  • Pol I synthetisiert ca. 10 Nucleotide/Sekunde
  • Primase synthetisiert ca. 30-60 Nucleotide/Sekunde
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Replikation in Eukaryoten allgemeine facts

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-Die Replikationsinitiation ist zellzyklusabhängig; wird über Kinasen und Cycline gesteuert
-Multiple ORIs? (origin of replication sequence). wie verhindern das doppelt repliziert wird?
-> Replikatoren (Oris) werden durch die
Replikation inaktiviert

-Es gibt wesentlich mehr Initiationsfaktoren und Polymerasen als in E.coli