Generalidades Flashcards
Estudio del genoma
Genómica
Expresión del ADN, en tiempo y tejido específico
(miRNA, IncRNA)
Transcriptómica
Estudio de modificaciones postraduccionales, para diagnóstico
(Biomarcadores)
Proteómica
Estudio de metabolitos derivados de procesos químicos
Metabolómica
Regulación de la expresión por plegamiento de DNA
(metilación de nucleótidos, acetilación y metilación de histonas, programación fetal)
Epigenómica
Cambios en la expresión de genes en respuesta al consumo de alimentos
Nutrigenómica
Metodología basada en metodos bioquímicas para determinación del orden de las bases nitrogenadas en las cadenas de ADN
Secuenciación
Padre y año inicial de la secuenciación
Frederick Sanger - 1977
Basado en la replicación de la molécula de ADN con la ayuda de una Polimerasa.
Utiliza dideoxinucleótidos (ddNTPs) que no cuentan con un OH en el 3’ de la ribosa.
Secuenciacion de Sanger
Características de la secuenciacion de Sanger
- Provoca la terminación de la cadena aleatoriamente
- Cadena sencilla
- Usa una polimerasa para amplificar
- Lectura de 50 a 300 nt
- nt específicos, hacen cadenas de diferentes tamaños.
Actualmente se utiliza para secuenciar, se modificó la técnica Sanger para realizar una automatización del proceso.
Secuenciación Automatizada
Son todas las técnicas de secuenciación posteriores a la de Sanger, permite secuenciar de manera masiva y paralela fragmentos del ADN
Next Generation Sequencing (NGS) o Secuenciación de Segunda Generación
Método de secuenciacion que NO usa gen de acrilamida, y al adicionar un nt en la cadena de DNA libera un pirofosfato.
Pirosecuenciación
Enzima que degrada aquellos ddNTPs que no se unen a la cadena de nt en la pirosecuenciación
Apirasa
Secuencia por pasos de la pirosecuenciación
- Se libera un pirofosfato (Ppi)
- Se transforma a ATP
- Hay una reacción que libera luciferasa
- Posteriormente se transforma a luciferina
- Pasa a ser oxiluciferina
- Se genera una luz visible segun el nt
Promedio de número de lecturas que se alinean en una secuencia de referencia
Cobertura
Número de veces que fue sencuenciada una base del genoma
Profundidad
¿De qué año a qué año duró el Proyecto Genoma Humano?
1990-2004
¿Cuál es la especie que se usó para la estandarización de la secuenciación?
Drosophila melanogaster
¿Porqué se uso la especie y cuántas fueron las variantes encontradas en la Drosophila Melanogaster?
Por tiempo de desarrollo, tamaño y su bajo costo.
Morgan encontró 85 variantes.
¿Qué son las librerías usadas en el proyecto?
Aislamiento de fragmentos de DNA con BAC
Puntos de control de calidad de la secuenciación
- Longitud de secuencia promedio de 543 pb
- Especificidad del 99.5%
- Verificación de contaminación con E. coli y DNA mitocondrial
Etapas del Proyecto Genoma Humano
- Obtención de muestras y métodos de secuenciación.
- Estrategia y caracterización del ensamblaje del genoma.
- Predicción y anotación de genes.
- Estructura del genoma.
- Evolución del genoma.
- Examinación al nivel del genoma completo de variaciones.
- Predicción
¿Cuáles fueron las muestras tomadas en el proyecto Genoma Humano?
Muestras de 21 donadores; de sangre y semen.
Escogidos por calidad genética.
¿Cuáles fueron los dos conjuntos usados en el Proyecto Genoma Humano?
- Celera Genomics (fondos privados)
- Human Genome Proyect (fondos públicos)
¿Qué es el ensamblaje?
La comparación de fragmentos de librerías, que deben sobrelaparse por lo menos en 40 pb.
No mas del 60% de diferencia.
¿Qué es el ensamblaje?
La comparación de fragmentos de librerías, que deben sobrelaparse por lo menos en 40 pb.
No mas del 60% de diferencia.
¿Cuál fue la predicción de genes codificantes?
30,000 a 40,000 genes.
Al principio se creía que había 100,000 solo en el cerebro.
¿Cuáles fueron las técnicas de mapeo en el Proyecto Genoma Humano?
- Mapeo de ligamiento
- Islas CpG
- Elementos repetitivos
¿Cuáles son los autosomas?
Del 1 al 22.
¿Cuál es la clasificación de los cromosomas por su centrómero?
- Metacéntrico (centrado)
- Submetacéntrico (un brazo mayor que otro)
- Acrocéntrico (brazo corto muy pequeño)
- Telocéntrico (cromosoma de un solo brazo)
¿Qué cromosomas son metacéntricos grandes?
Pares 1 y 3
¿Qué cromosomas son submetacéntricos grandes?
Los pares 2, 4 y 5. También son metacéntricos el 17 y el 18
¿Qué cromosomas son submetacéntricos medianos?
Del par 6 al 12 y el cromosoma X
¿Qué cromosomas son acrocéntricos medianos?
Del par 13 al 15
¿Qué cromosomas son metacéntricos pequeños?
16, 19 y 20
¿Qué cromosomas son acrocéntricos pequeños?
Los pares 21 y 22 y el cromosoma Y
Identificación de cromosomas que los somete a digestión con tripsina y posteriormente se tiñen con Giemsa y finalmente se observan unas bandas claras.
Bandas G
Identificación de cromosomas donde se someten a una tinción fluorescente con quinacrina, donde se une a regiones ricas en A y T. Se aprecia en luz UV.
Bandas Q
Identificación de cromosomas donde se tratan con una solución de hidróxido bárico y Giemsa; se observan regiones de heterocromatina constitutiva.
Bandas C
Identificación de cromosomas donde se identifican bandas cercanas a telómeros. Se hace con un ratamiento con temmperatura y posteriormente con tinción Giemsa.
Bandas T
Identificación de cromosomas inverso a bandas G.
Se desnaturaliza el cromosoma con calor y sal, se puede teñir con cromocina.
Bandas R (Q negativas)
Características de los cromosomas sexuales
- Son cromosomas cambiantes.
- Organización y contenido diferente a autosomas.
- Su labilidad se refleja en heterogametos.
¿Cuál es el modelo evolutivo?
Los cromosomas sexuales son un derivado de un par de autosomas que tenían una región determinante de género; pero cuya recombinación fue suprimida.
¿Cuáles son las regiones del cromosoma X?
- XCR: Región conservada
- XAR: (X added regions). De origen autosómico.
- PAR: (Pseudoautosomal region). Recombina con lel chr Y.
- S2-S5: Estratos evoltivos con divergencias que se presentan por la falta de recombinación.
¿Cuáles son las regiones del Cromosma Y?
- MSY: (Male specific region). No recombinante.
- X-transposed: Regiones derivadas del cromosoma X.
- X-degenerated: Regiones que provienen del chr origen autosómico.
- Amplicon: Secuencias palindromicas.
- Par 1 y Par 2: Recombinantes.
Procesos autosómicos que influenciaron en la evolución del DNA ligado al género.
- Mutación
- Selección
- Recombinación
Variables de las que depende la tasa de mutación
- Variación nucleotídica o en cromosomas.
- Edad y género.
- Errores en mitosis.
- No. de meiosis
Diferencias principales entre el genoma humano y el de chimpancés
- Expansión de sitios palindrómicos
- Pérdida de grandes fracciones de genes codificantes.
Rapida evolución
