FL 4 Flashcards

Antikroppsbaserade metoder

1
Q

Vad innebär precipitering av celler?

A

Att cellerna faller ut, bildar större aggregat.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Varför är immunoprecipitering bra, vad kan det användas till?

A

Det är bra för att det medger visuell detektion. Kan användas för att bestämma blodtyp.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hur bestämmer man blodtyp med immunoprecipitering?

A

Man tar blod från blodgivaren och serum från mottagaren och blandar dessa. Om antikroppar i serumet från mottagaren reagerar och binder till de röda blodcellerna från donatorn så bildas det nätverk, cellerna klumpas ihop. Det är en match! Om vi inte har agglutinering (alltså fel blodtyp) ser man hela droppen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vilka krav finns för att uppnå agglutinering?

A
  • Bindarreagensen (anti-A) måste kunna binda minst två celler (alltså ha bivalens).
  • Cellen måste också ha flera receptorer (multivalens).
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Vad kan kul-kopplande antikroppar användas till? Hur går det till?

A

Ex. graviditetstest. HCG-hormonet ökar i kroppen vid graviditet. Antikroppar är kopplade till kulor. Prov (urin) tillsätts och dras fram med kapillärkraft till linje där annan antikropp mot hormonet finns. Antikropparna binder olika epitop på hormonet. Sandwich-assay med två antikroppar och antigener mellan sig. Första linjen säger om man är gravid. Om kulorna bundit hormonet kan hormonet binda antikroppen och kulorna fastnar -> blått streck. sen finns kontrollinje där man har antikropp mot antikroppen. detekterar kulor så inget blivit fel, ska alltid bli blå.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Varför är kul-baserad metoder främst riktade mot konsumenter?

A

För att detektionen sker visuellt, inte kräver något instrument.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Vad står ELISA för?

A

Enzyme-Linked ImmunoSorbent Assay

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Förklara sammanfattat vad ELISA är?

A

är ett samlingsbegrepp för flera principer. Metoden används för detektion av antigen främst. Det sker oftast i mikrotiter-plattor (ex. 96-brunnars) och baseras på enzym-konjugerade antikroppar. Substrat som enzym kan omvandla till produkt som ger färg och signal mäts spektrofotometriskt. Det kan kombineras med standardkurva för kvantifiering.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad är direkt ELISA?

A

Direkt ELISA är enklast. Man har en fast fas där man kan koppla antikroppar. Kan vara ex. i brunn eller kul-baserat. Enzym-konjugerad antikropp tillsätts, provet tvättas, substrat tillsätts, produkt mäts. Denna metod används dock inte jättemycket då det är svårt att mäta antigenet om det är kopplat till ytan.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Vad är indirekt ELISA?

A

Man har antikropp som prov. Man har även en sekundär antikropp med enzym. Tillsätter substrat och får färg.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Vad är sandwich ELISA?

A

Har en capture-antikropp i botten, tillsätter antigen och en antikropp som binder. Sedan tillsätts en annan antikropp med enzym. De får ej binda till samma epitop då man vill att de ska binda samtidigt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad är kompetitiv ELISA?

A

Har ett antigen, tillsätter antikropp och substrat. Blir en tävling mellan bindning till ytan med antigen och till provets antigen. Ju högre konc. du har av antigenet i ditt prov, ju lägre signal kommer du att få. Bra för att detektera låga koncentrationer.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad kan indirekt ELISA användas till?

A

Indirekt ELISA används till att detektera hur bra (starkt) antikroppen binder antigenet och om den ens binder. I ett okänt prov kan vi detektera antikroppar för ex. sjukdomstest. Många sjukdomar som HIV har lite antigen i serumet, viruset gömmer sig i celler. Vid virusinfektion får vi ett immunsvar i form av antikroppar. Man kan alltså påvisa infektion genom detektion av antikroppar mot virusets protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad kan sandwich ELISA användas till?

A

Sandwich ELISA kan användas till att detektera om antikroppar binder till olika epitoper. Används främst för att detektera antigen. Vill bestämma okänd koncentration eller se om vi har antigen i provet. Sätter upp sandwich ELISA. Har capture, tillsätter okända. Tillsätter antikropp 2 och substrat.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Vad är skillnaden för icke-enzymbaserade ELISAs (förutom icke-enzym)?

A

Kräver generellt mer komplicerad och dyrare utrustning. Man kan använda fluorofor eller radioaktiv molekyl ex. istället för enzym

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vilka tre steg utförs i Westen-blot?

A
  1. Gelelektroforetisk storleks-separation (ofta SDS-PAGE).
  2. Överföring av separerat prov till nitrocellulosa/PVDF-membran.
  3. Specifik detektion med inmärkta antikroppar.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Används western-blot för kvantitativ eller kvalitativ analys?

A

Kvalitativ, ex. för att se om vi har protein i provet.

18
Q

Vilken fördel finns med western-blot jämfört med ELISA?

A

En fördel med western-blot jämfört med ELISA är att man undviker falsk detektion av något som är för stort/litet. I ELISA får vi endast signal, kan finnas artefakter som falska positiva. I western-blot får vi även storleksinformation så vi ser om den har samma storlek som vår antigen och får då starkare indikation på att vi detekterat rätt

19
Q

Hur utförs western-blot?

A

Proteinet är först nativt sedan introduceras negativa laddning med SDS som också denaturerar. B-mercaptoethanol reducerar disulfider. Gelen körs och proteiner separeras efter storlek. För över membran till gelen och använd antingen elektrofores eller kapillärkraft för att få proteinet att vandra från gelen till membranet. Man blockerar också membranet så att inget binder ospecifikt. Antikroppar tillsätts (antingen sekundärt eller primärt inmärkta för detektion).

20
Q

Vad är viktigt att tänka på under western-blot?

A

Epitoper för antikroppar kan förstöras av SDS-behandling. Det är viktigt att tänka på att mAb binder till en strukturell epitop och alltså ej kommer fungera i Western blot om man kör SDS-PAGE innan.

21
Q

Vad är antikropps-/protein-arrayer?

A

liknar ELISA. Det är i princip en fluorescensbaserad, multi-plex ELISA. Man kan analyser tusentals prover parallellt. Det har samma format som ELISA, kan vara direkt, indirekt, sandwich eller kompetitivt. Vanligtvis fluorofor-baserade men även enzym eller kulor. Det är inte lika kvantitativt som ELISA, man får ofta ett ja/nej-svar.

22
Q

Vad används antikropps-/protein-arrayer till?

A

Det används främst för proteomik-studier och ger detektion av multipla analyter parallellt.

23
Q

Vad används immunohistokemi (IHC) till?

A

Immunohistokemi (IHC) används för lokalisering av proteiner i vävnadssnitt.

24
Q

Vilka frågor svarar immunohistokemi på?

A

o I vilken vävnad finns proteinet?
o I vilken celltyp finns proteinet?
o Var i cellen finns proteinet?

25
Q

Varför är det viktigt att lokalisera proteiner i vävnadssnitt?

A

Det är viktigt för ledtrådar till funktionen hos outforskade proteiner samt för att hitta nya målproteiner för läkemedel/diagnostik. Man kan ex. jämföra proteiner hos lungcancerceller och frisk vävnad. Om det endast finns vissa proteiner hos lungcancer så kan det användas till att ta fram botemedel så att endast den sjuka vävnaden ”attackeras”.

26
Q

Hur utförs immunohistokemi?

A

Man har en vävnad och tillsätter en primär antikropp. Provet tvättas och en sekundär antikropp som är enzym-konjugerad tillsätts. Sedan tillsätts substratet. Vi får en färgad produkt som kan visualiseras när man kollar på mikroskopibilder. Många gånger måste en patolog eller biolog titta på snitt för att se vilken del av vävnaden som har vilka celler, man får då information om vad proteinet har för funktion.

27
Q

Vilket format på immunohistokemi är vanligast?

A

Man kör ofta immunohistokemi i array-format med s.k. vävnadsmatriser som tissue micro assays (TMAs). Vävnaden är fryst i stavar och överförs till block. De skivas extremt tunt för att få cirkelformade vävnadssnitt och sedan tittar man på detta i mikroskopiglas.

28
Q

Vad är Immunofluorescens-mikroskopi?

A

Man tittar på celler och har fluorescensinmärkta antikroppar för att kunna se om proteinet finns. Man har en hög upplösning och kan titta på subcellulära fraktioner, dvs vilka organeller proteinet finns i. Då får man ledtrådar om dess funktion. Man kan se uttrycksnivåer och lokalisation av proteinet. Här används ofta fluoroforinmärkta antikroppar vilket vanligtvis ger subcellulär information. Kräver permeabilisering då antikropp ej kan komma genom membran, man måste luckra upp lite men kom ihåg att vara försiktigt så man inte genom permeabiliseringen förändrar proteinet intracellulärt.

29
Q

Vad används flödescytometri för?

A

Flödescytometri är en metod för att räkna, analysera och sortera (vissa instrument) partiklar som celler eller kulor i ett flöde.

30
Q

Vilka sorters flödescytometri finns?

A

o Singelcell-analys. Tittar på vardera enskilda cell åt gången.
o Multiparameter-analys. Tittar på flera parametrar samtidigt. Tittar på många celler samtidigt.

31
Q

Vilka tre delar består flödescytometri av?

A
  • Optik.
  • Fluidik.
  • Elektronik.
32
Q

Hur går flödescytometri till?

A

Man har inmärkta celler och principen liknar ELISA. Antikropparna är fluorescerande och kommer ut genom nozzle efter flöde. Hastigheterna är 10k–100k celler/s och man kan få väldigt mycket information på kort tid. Genom flödet passerar en cell åt gången, går ner i flödet, passerar laser som belyser vätskan. Lasern belyser partikeln och man samlar info om fluorescensparametrar och analyserar.

33
Q

Hur skiljer sig flödescytometri från cell-ELISA?

A

Principen är som cell-ELISA men i hög throughput vilket gör att man kan analysera många celler på kort tid. Om vi kör på 10k celler/s så kan vi på 100s analysera en miljon celler. Mäter vi i kyvett får vi olika värden på fluorescens och ett medelvärde för de en miljon cellerna i provet. Man ser ingen variabilitet mellan cellerna. Med flödescytometri får man variabiliteten då vi ser fluorescens för varje cell.

34
Q

Hur mäts fluorescensen i flödescytometri?

A

Fluorescens mäts ofta med fluoroforinmärkta antikroppar vilket är en kvantitativ metod då man kan mäta proteiner på cellytan. Det kan även vara intracellulär fluorescens som GFP.

35
Q

Vad är ett histogram? Hur ser de ut för absorbans/flödescytometri?

A

Resultat ses i form av data – histogram. Vid en kyvettbaserad metod får vi ett medelvärde men här får vi fluorescensintensitet på x-axeln, antal celler på y-axeln och ser fördelningen av de tre olika proverna. I varje prov har vi en del celler med medelfluorescensen och vissa med väldigt låg respektive hög fluorescens. X-axeln är logaritmerad så skillnaden är väldigt hög, vi har stor variabilitet.

36
Q

Hur vet vi om signalen är hög eller låg för flödescytometri?

A

Vi sätter upp en kalibrerkurva av kontroller som man relaterar signalen till. Kör friska celler som saknar receptorer med samma inställningar som cancercellerna. Vi ser då skillnad mellan kontroll och prov. Har vi 10 gånger högre signal så har vi 10 gånger mer receptorer på cancercellen jämfört med friska cellen. Slöseri med tid att bara köra ett prov utan kontroller.

37
Q

Hur kan signalen för flödecytometri visas på graf?

A

Data kan skrivas i form av dot-plot. Då kan vi se om vi har någon korrelation. Vi plottar receptor A och B och ser om vi har mycket av någon av dem. A hamnar på x-axeln och B på Y-axeln.

38
Q

Fluorescense-activated cell sorting (FACS) används till?

A

Cellsortering. Ex. om vi endast vill ha ut T-celler från vårt blod. Då tar vi antikropp som specifikt känner igen T-celler. Kör i flödescytometer och plockar ut endast T-celler i hög throughput.
Preparativ metod! Liknar flödescytometri.

39
Q

Hur skiljer sig FACS mot flödescytometri (principen)?

A

skillnaden är att vi analyserar signal och om signalen då är över ett visst tröskelvärde så fortsätter analyten ned och hela nozzle vibrerar. En bit ned kommer strömmen brytas upp i droppar. De innesluter cellerna, vet hur lång tid det tar för en viss cell att komma ned och hela strömmen laddas. När den bryts av behåller den sin laddning och åker sedan genom ett elektriskt fält. Hamnar i olika bägare pga laddning. Separerar celler i droppar beroende på fluorescens och scattering.

40
Q

Vad kan flödescytometri tillämpas på?

A

o Fenotypning av celler innebär att olika celler kan ”typas” och kvantifieras baserat på ”profilen” av olika ytreceptorer, ex. analys av blodceller.
o Mikrobiologi i form av detektion, fenotypning och kvantifiering av mikroorganismer.
o Validering av antikroppar för att verifiera att antikroppen kan binda till antigenet när det är presenterat på cellytan.
o Cellcykel-analys för att mäta DNA-innehåll.
o Cell-viabilitet för inmärkning av levande/döda celler.

41
Q

Hur väljer man antikroppsreagens?

A

o Olika metoder presenterar antigenet i olika former.
o Metoden kan ha särskilda krav som ex. bivalens vid IP.
o Antikroppar som fungerar väl i en metod behöver inte vara lämpliga för en annan.
o Man bör överväga aviditet/valens, specifitet, affinitet, epitoper, polyklonal/monoklonal och tillgängliga sekundärreagens.