FL 2 Flashcards

Fortsättning spektroskopi & introduktion till försöksplanering.

1
Q

Var kommer energin från i luminometri?

A

Från en kemisk eller enzymatisk reaktion.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hur skiljer sig luminometri från fluorescens?

A

I fluorescens kommer energin från en foton, inte från en kemisk/enzymatisk reaktion.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Vilka fördelar/nackdelar finns det med luminometri?

A

Fördelar:
- Vanligtvis hög quantum yield.
- Inga bakgrundssignaler från exciterande ljus -> hög känslighet.
Nackdelar:
- Kräver flera olika molekylära komponenter (ex. enzym & substrat) mer komplext.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Vilket är det vanligaste enzymet i bioluminsecens-reaktioner?

A

Luciferas som förekommer naturligt i eldflugor och får dem att lysa.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hur fungerar reaktionen med luciferas?

A

Luciferas är enzymet som katalyserar reaktionen. Luciferin tillsammans med ATP ger luciferyl adenylate och PPi. Vid närvaro av syre oxideras luciferyl adenlyate till oxyluciferin, AMP och ljus!

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hur uppstår ljuset i reaktioner med luciferas?

A

Det uppstår som ett resultat av elektroner då de faller tillbaka till sitt grundtillstånd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hur kan luciferas användas för att se om ATP genereras?

A

Om man har en cell som genererar ATP och innehåller luciferas så kan man tillsätta luciferin vilket leder till att man får en ljusblixt varje gång en reaktioner sker då ATP genererats.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hur kan luciferas appliceras på pyrosekvensering?

A

Man har sitt templat som man vill sekvenser och använder DNA-sequencing by synthesis. Tillsätter vardera nukleotid en i taget och ser om de binder in. O en binder in avspjälkas en pyrofosfat och ett tillsatt enzym omvandlat det till ATP vilket genererar en ljusblixt tack vare luciferin. Detekterar att nukleotiden bundit in.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Vad använder man Alpha Screen till?

A

Till att detektera protein:protein interaktioner.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hur fungerar Alpha Screen?

A

Det baseras på luminescens. Har en donor bead (kräver ej luminescens) som kopplas till interaktionspartner och acceptor bead (kräver luminescens). Då donor bead exciteras vid 680nm produceras singlet O2. Om det finns accepter bead inom 200nm kommer singlet O2 att reagera med ämne i acceptor bead vilket leder till emission kring 520-620nm. Då kan signalen detekteras.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Varför är Alpha Screen enklare att utföra än FRET?

A

Nackdel med FRET är att det är svårt att få accepter och donor bead att binda på det korta avståndet (10nm) och därmed är det enklare för alpha screen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Vad är cirkulär-polariserat ljus?

A

Den elektriska fältvektorn har konstant amplitud men riktningen förändras cirkulärt. Om man tittar i en punkt ser man att vektorn roterar åt höger eller vänster med tiden. Ljuset vrider sig kontinuerligt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Vad är CD-spektroskopi? Vad står det för?

A

Det innebär absorbans av cirkulär-polariserat ljus. Står för circular dichroism.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Vad innebär dichroism?

A

Studerar skillnaden i absorbans mellan höger- och vänstervridet cirkulär-polariserat ljus.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hur fungerar CD?

A

Aminosyror är virala molekyler och absorberar höger- och vänster CD ljus olika. De asymmetriska peptidbindningarna är kromosomer och absorberar ljus i UV-området. Proteinets sekundärstruktur påverkar starkt absorbansen av cirkulärpolariserat ljus. Orientering av peptiderna påverkar alltså hur proteinerna absorberar ljuset.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Vad är random coil?

A

Oveckat protein, ser ej om det är alfa helix eller beta flak…

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Vad är ellipticitet?

A

Skillnaden i absorbans mellan höger och vänstervridet cirkulär-polariserat ljus.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hur kan CD-spektroskopi användas för att verifiera sekundärstruktur?

A

Om vi har ett protein vi tidigare kollat så vet vi hur profilen ser ut. Om vi sedan muterar eller lägger till något vill vi sedan verifiera att sekundärstrukturen är samma. Mäter igen och jämför med gamla.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Kan man se om tertiärstrukturen ändrats med CD?

A

Om sekundärstrukturen är exakt samma efter ex. mutering så ger det en stark indikation på att tertiärstrukturen ej förändrats nämnvärt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Vilka förändringar i struktur kan mätas med CD?

A

kemisk stabilitet, strukturförändringar vid interaktioner, värmestabilitet,

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hur bestämmer man värmestabilitet med CD?

A

Ett denaturerat protein som förlorat sin sekundärstruktur kommer uppvisa ett random coil-spektrum. Beroende på om man har beta flak eller alfa helix får man ett visst spektrum. Man vill ha så stor skillnad som möjligt mellan random coil och de andra spektrumen. Lägger sig helst där det är stor skillnad men där är det mycket bakgrundsabsorbans, mäter vid 220nm. Värmer upp protein, plottar signalen vid 220nm mot temperatur och får då en kurva där maxabsorbansen div. med 2 ger smälttemperatur.

22
Q

Vilka fördelar och nackdelar finns det med smälttemperatur-bestämning med CD?

A

Fördelar:
- Snabb och enkel metod.
- Icke-destruktiv.
- Ger information om sekundärstrukturinnehåll utan att behöva lösa 3D-strukturen.
- Effektiv och enkel metod för analys av proteinstabilitet.
Nackdelar:
- Kräver relativt dyr instrumentering.
- Svårt att tolka resultat för stora proteiner som innehåller olika klasser av sekundärstrukturelement (dvs. ß-flak eller -helix…).

23
Q

Vad är infraröd spektroskopi (FT-IR)?

A

Absorbans i infraröda delen i spektrumet där våglängderna är längre än i det synliga ljuset. Påverkan blir förändring i rotations- och vibrationsstadier.

24
Q

Vad används FT-IR för?

A

Analys av små molekyler eller proteiner.

25
Q

Fördel med FT-IR?

A

Kan användas på fasta proteiner, behöver ej lösas. Bra om man har kristaller ex.

26
Q

Vad innebär Light Scattering?

A

Har proteiner i lösning och belyser med ljuskälla. Proteinerna sprider ljuset som då viker av i olika riktningar. Alltså INTE absorbans. Hur ljuset sprid beror av storlek på molekylerna.

27
Q

Vad är MALS?

A

Multi-angle light scattering. Innebär att man kan bestämma absoluta molekylvikten hos ex. protein. Mäter intensitet i olika vinklar, har ljuskälla och polarisering som belyser provet. Detektor mäter intensitet och med komplicerade beräkningar bestämmer man absolut molekylvikt.

28
Q

Fördelar/nackdelar med MALS?

A

Fördelar:
- Icke-destruktiv. Kan använda proteiner i nästa analys, förstörs ej.
- Analys i lösning.
- Detektion av små aggregat (t.o.m. monomerer särskiljs från dimer).
Nackdelar:
- Relativt dyrt.
- Inte lika brett dynamiskt område (kan ej mäta många små och stora protein/aggregat samtidigt) som DLS. Därför kombineras det ofta med gelfiltrering, SEC-MALS. Separerar först med gelfiltrering, tittar på fraktioner och analyser. Ser molekylvikt för vardera fraktionen. Se rening av biomolekyler.
- Generellt lägre känslighet, behöver högre proteinkoncentration.

29
Q

Vad är Dynamic Light scattering (DLS)?

A

Har ljuskälla, skickar ljus genom lins till provet. Foton-detektor mäter genom lins. Kollar på hur intensiteten förändras med tiden. Intensiteten påverkas av rörelsen hos biomolekylerna. Tittar på en liten punkt, när biomolekyler diffunderar in i punkten ökar intensiteten och då de diffunderar ut minskar den. Diffusionshastigheten fås ut och koefficienten bestäms. Genom detta bestäms den hydrodynamiska radien. Ex. används detta för analys av aggregering/löslighet.

30
Q

Fördelar/nackdelar med DLS?

A

Fördelar:
- Icke-destruktiv.
- Analys i lösning.
- Brett dynamiskt område av molekylvikter.
- Känslig, behöver ej lika hög proteinkoncentration.
Nackdelar:
- Relativt dyr och ovanlig (dvs, inte alla labb som har detta instrument).
- Ej absolut molekylvikt.
- Lägre upplösning jmf med MALS.

31
Q

Sammanfatta spektroskopi?

A

Interaktioner mellan materia och strålning. Vanliga för studier av biomolekyler.

32
Q

Sammanfatta användningg av Absorbans UV/Vis?

A

Främst för konc. bestämning av proteiner och DNA/RNA.

33
Q

Sammanfatta användning Fluorescens?

A

Främst för visualisering av biomolekyler.

34
Q

Sammanfatta användning FRET?

A

Främst för studier av protein:protein interaktioner.

35
Q

Sammanfatta användning CD?

A

huvudsakligen analys av sekundärstruktur och stabilitet.

36
Q

sammanfatta användning luminometri?

A

främst för att mäta ATP-genererande reaktioner.

37
Q

sammanfatta användning light scattering?

A

huvudsakligen för att bestämma molekylvikt, storlek/form, aggregationer & löslighet.

38
Q

Vad bör man tänka på vid försökplanering?

A

om försöket är hypotesdrivet eller upptäcktsdrivet, vilken metod man ska använda, experimentella förhållanden, kontroller, replikat, randomiseringar och blinda försök.

39
Q

vad är en hypotes?

A

Hypotes är en teori som oftast baseras på tidigare kunskap.

40
Q

Vad är en hypotesdriven analys? Ge exempel.

A

En hypotes-driven analys innebär att man experimentellt testar en hypotes. Ex. om man testar antagandet att cancerceller är mer känsliga för DNA-skadande läkemedel på grund av deras snabbare celldelning.

41
Q

Vad är en upptäcks-driven analys? Exempel?

A

En upptäcks-driven analys är ej baserad på tidigare antaganden eller teorier. Ex. om man ska genomsekvensera eller bestämma 3D-struktur hos ett protein.

42
Q

Vad är en positiv kontroll? Exempel.

A

Innebär att man visar om metoden fungerar som tänkt. Minskar falska negativa. Ex. om man mäter CD eller absorbans och inte får signal så behöver det inte betyda att man inte har protein. Det kanske är så att detektorn är trasig?

43
Q

Vad är en negativ kontroll? Exempel.

A

Innebär att man visar att ett positivt resultat inte är en artefakt. Minskar falska positiva. Vi kanske tror att något är ett positivt resultat men det kanske var något som gått sönder och gav en signal där det inte skulle ha kommit signal annars

44
Q

Vad används flest gånger, neg. eller pos. kontroller?

A

Negativa.

45
Q

Varför bör man tänka på experimentella förhållanden?

A

Förhållanden/parametrar påverkar ofta resultatet av olika analyser och man bör ha slutgiltig applikation i åtanke. Ska man använda något i sura förhållanden bör man mäta bindning vid lågt pH för att se hur bindningen påverkas. Man försöker matcha förhållanden som temperatur, pH, jonstyrka, buffert, etc under förhållanden i experimentet.

46
Q

Vad är replikat?

A

Replikat innebär att man upprepar experiment för att öka signifikansen.

47
Q

Vad visar replikat på?

A

Detta visar på noggrannhet hos metoden/analysen och visar på biologisk variation i provpopulation.

48
Q

Vad används statistik för?

A

Statistik används för att dra allmänna slutsatser från begränsad mängd data. Det presenteras som sannolikheter (probability, P-värden). Statistisk tillförlitlighet ökar med antal prov (N).

49
Q

Vad kan fel/variationer vara?

A

Fel/variationer kan vara tekniska, experimentella, variationer (ibland biologiska). Oftast presenteras detta som standardavvikelse (SD) eller standard error of mean (SEM).

50
Q

Vad är randomiseringar?

A

Randomiseringar utförs om vi har ex. olika replikat och olika provet från olika personer. Ex. placerar man alla prover olika på en platta.

51
Q

Vad är blinda experiment?

A

Blinda experiment innebär att information om provet inte är avslöjat vid analystillfället och vid eventuell tolkning av resultat. När man mäter sitt prov vet man inte om det är en kontrollgrupp, cancerceller, icke-cancerceller, negativ eller positiv kontroll.

52
Q

Vad är dubbelblinda experiment?

A

Varken patient eller läkare vet om man får läkemedel eller placebo ex.