FL 2 Flashcards
Fortsättning spektroskopi & introduktion till försöksplanering.
Var kommer energin från i luminometri?
Från en kemisk eller enzymatisk reaktion.
Hur skiljer sig luminometri från fluorescens?
I fluorescens kommer energin från en foton, inte från en kemisk/enzymatisk reaktion.
Vilka fördelar/nackdelar finns det med luminometri?
Fördelar:
- Vanligtvis hög quantum yield.
- Inga bakgrundssignaler från exciterande ljus -> hög känslighet.
Nackdelar:
- Kräver flera olika molekylära komponenter (ex. enzym & substrat) mer komplext.
Vilket är det vanligaste enzymet i bioluminsecens-reaktioner?
Luciferas som förekommer naturligt i eldflugor och får dem att lysa.
Hur fungerar reaktionen med luciferas?
Luciferas är enzymet som katalyserar reaktionen. Luciferin tillsammans med ATP ger luciferyl adenylate och PPi. Vid närvaro av syre oxideras luciferyl adenlyate till oxyluciferin, AMP och ljus!
Hur uppstår ljuset i reaktioner med luciferas?
Det uppstår som ett resultat av elektroner då de faller tillbaka till sitt grundtillstånd.
Hur kan luciferas användas för att se om ATP genereras?
Om man har en cell som genererar ATP och innehåller luciferas så kan man tillsätta luciferin vilket leder till att man får en ljusblixt varje gång en reaktioner sker då ATP genererats.
Hur kan luciferas appliceras på pyrosekvensering?
Man har sitt templat som man vill sekvenser och använder DNA-sequencing by synthesis. Tillsätter vardera nukleotid en i taget och ser om de binder in. O en binder in avspjälkas en pyrofosfat och ett tillsatt enzym omvandlat det till ATP vilket genererar en ljusblixt tack vare luciferin. Detekterar att nukleotiden bundit in.
Vad använder man Alpha Screen till?
Till att detektera protein:protein interaktioner.
Hur fungerar Alpha Screen?
Det baseras på luminescens. Har en donor bead (kräver ej luminescens) som kopplas till interaktionspartner och acceptor bead (kräver luminescens). Då donor bead exciteras vid 680nm produceras singlet O2. Om det finns accepter bead inom 200nm kommer singlet O2 att reagera med ämne i acceptor bead vilket leder till emission kring 520-620nm. Då kan signalen detekteras.
Varför är Alpha Screen enklare att utföra än FRET?
Nackdel med FRET är att det är svårt att få accepter och donor bead att binda på det korta avståndet (10nm) och därmed är det enklare för alpha screen.
Vad är cirkulär-polariserat ljus?
Den elektriska fältvektorn har konstant amplitud men riktningen förändras cirkulärt. Om man tittar i en punkt ser man att vektorn roterar åt höger eller vänster med tiden. Ljuset vrider sig kontinuerligt.
Vad är CD-spektroskopi? Vad står det för?
Det innebär absorbans av cirkulär-polariserat ljus. Står för circular dichroism.
Vad innebär dichroism?
Studerar skillnaden i absorbans mellan höger- och vänstervridet cirkulär-polariserat ljus.
Hur fungerar CD?
Aminosyror är virala molekyler och absorberar höger- och vänster CD ljus olika. De asymmetriska peptidbindningarna är kromosomer och absorberar ljus i UV-området. Proteinets sekundärstruktur påverkar starkt absorbansen av cirkulärpolariserat ljus. Orientering av peptiderna påverkar alltså hur proteinerna absorberar ljuset.
Vad är random coil?
Oveckat protein, ser ej om det är alfa helix eller beta flak…
Vad är ellipticitet?
Skillnaden i absorbans mellan höger och vänstervridet cirkulär-polariserat ljus.
Hur kan CD-spektroskopi användas för att verifiera sekundärstruktur?
Om vi har ett protein vi tidigare kollat så vet vi hur profilen ser ut. Om vi sedan muterar eller lägger till något vill vi sedan verifiera att sekundärstrukturen är samma. Mäter igen och jämför med gamla.
Kan man se om tertiärstrukturen ändrats med CD?
Om sekundärstrukturen är exakt samma efter ex. mutering så ger det en stark indikation på att tertiärstrukturen ej förändrats nämnvärt.
Vilka förändringar i struktur kan mätas med CD?
kemisk stabilitet, strukturförändringar vid interaktioner, värmestabilitet,