Final Flashcards
que reconnait un domaine SH2?
une tyrosine phosphorylée suivit d’acides aminés spécifiques du coté carboxiterminal de la tyrosine phosphorylées
que reconnait le domaine PTB
les tyrosines phosphorylées ainsi que la séquence d’acides aminées du coté amino-terminal de la tyrosine phosphorylées
que reconnait le domaine 14-3-3
reconnait des sérines ou thréonines phosphorylées qui font parti d’une séquence consensus
que reconnait le domaine SH3
des séquences riches en proline
comment le domaine 14-3-3 peut il servir à faire des protéiens échaffauds?
il rapproche 2 protéines dont les sérines/thréonines on été phosphorylées
à quoi sert un domaine PH sur une protéine?
à permettre l’ancrage à la membrane
pourquoi un récepteur à activité tyrosine kinase est obligatoirement dimérique lorsqu’activé?
la dimérisation permet l’auto-phosphorylation du récepteur, ce qui permet la phosphorylation d’autres protéines
Quel est le lien entre le GTP et la dissociation de la sous unité alpha de la protéine G?
la conversion du GDP en GTP ou vice-versa par le GPCR permet la dissociation des sous unités de la protéine G
comment génère-t-on un anticorps phospho-spécifique?
on créer le peptide de facon synthétique puis on le phosphoryle de facon synthétique.
Le peptide peut ensuite être injecté dans un animal pour créer des anticorps phospho-spécifiques
quelle molécule peut activer des récepteurs purinergiques
L’ATP
un messager secondaire A permet d’active la protéine B. Cependant, la protéine B est activée par la présence de calcium.
Quelle intéraction se passe dans ce cas?
Le messager A se lie et ouvre un canal membranaire à calcium
Chez les GPCR, quelle extrémité de la protéine est intra et extra cellulaire?
la partie N terminale est extre-cellulaire et C-terminale est intracellulaire
Quelle extrémité des GPCR on un site de liaison aux protéines?
Le portion C-terminale
pourquoi les GTPase on un effet contraire à celui des GPCR?
les GTPase convertissent le GTP en GDP, ce qui inhibe la dissociation de la protéine G
est ce que c’est seulement la sous-unité alpha de la protéine G qui a un effet comme second messager?
non, les sous-unités beta et gamma assemblés ensembles peuvent aussi enlencher certaines cascades de signalisation
comment fonctionne les récepteurs canals à ions?
Ils s’ouvrent pour laisser entrer des ions positifs ou négatifs dans la cellule lorsque leur ligand se pose sur leur portion extra-cellulaire
quels sont les trois types de récepteurs à activité enzymatiques intrinsèques: comment fonctionnent-ils?
Récepteur guanylate cyclase: converti la GTP en GMPcyclique lorsqu’il est lié à son ligand extracellulaire
Récepteur tyrosine phosphatase: dissociation des deux sous-unité lorsqu’il rencontre son ligand
récepteurs à activité kinase: se dimérise en présence de leur ligand, se transphosphorylent et phosphorylent leur substrat
pourquoi dit-on que les récepteurs tyrosines kinases se transphosphorylent plutot qu’autophosphorylent?
les sous-unités se dimérisent puis phosphorylent l’autre unité. C’est donc une transphosphorylation plutot qu’une autophosphorylation, ou une protéine ajouterais un groupement phosphate à la même protéine
quelle est la différence entre les récepteur à activité tyrosine kinase et les récepteurs associés à des protéines tyrosines kinases?
Les récepteurs associés attirent des protéines à activité tyrosine kinases lorsqu’ils se dimérisent. Ils n’ont pas l’Activité enzymatique intrinsèque
une phosphorylation mène-t-elle toujours à l’activation de la protéine cible?
non. Une phosphorylation peut induire une inhibition de la protéine selon le résidu phosphorylé
quels types de ligand vont généralement avoir des récepteurs intracellulaires
des ligands liposolubles
expliquer le fonctionnement des récepteurs à hormones stéoridiennes
Ils se lient à leur ligands puis doivent se dimériser avec un autre récepteur pour avoir une activité cellulaire
comment les récepteurs intracellulaires se lient ils à l’ADN pour agir comme facteurs de transcription?
ils ont un domaine en Zinc Fingers qui reconnait des séquences spécifiques
à quoi correspond le Kd d’un ligand pour son hormone?
la quantité de ligand nécessaire pour que 50% des récepteurs soient occupés
à quoi sert le marquage de protéiens avec des ubiquitines
Que la protéine va se faire niquer sa race
L’ubiquitinilation marque la protéine pour être dégradée
quels résidus peuvent être phosphorylés chez les eucaryotes?
tyrosines
Sérine
Thréonine
à quoi sert la phosphorylation
Séquestrer les protéines avec des domaines 14-3-3
Activer la voie du protéasome avec des ubiquitine-ligases
La formation de complexes protéiques
Activer/inactiver des protéines
quel groupement des résidus est phosphorylés?
le groupemetn hydroxyle
comment une protéine kinase peut elle reconnaitre la bonne protéine?
le fente catalytique a des légères variation qui affectent sa charge/hydrophobicité pour reconnaitre le bon résidu de la bonne protéine
pourquoi les tyrosines kinases ont une fente catalytique plus profonde que les sérine/thréonines kinases?
les tyrosines on une chaine latérale plus volumineuse
quels facteurs permettent d’activer la protéine kinase?
la phosphorylation de la kinase
effet inter/inter-protéines
intéractions avec d’autres facteurs régulateurs
qu’est ce que la séquence pseudosubstrat dans les protéines kinases et pourquoi porte-t-elle ce nom
C’est une séquence inhibitrice qui couvre le domaine catalytique. elle porte ce nom puisque sa séquence ressemble à celle du substrat de la protéine.
Quand la protéine rencontre son substrat, cette séquence se déplace et libère le domaine catalytique
qu’est ce qui arrive si une protéine est phosphorylée par GSK3
elle va éventuellement être transportée au protéasome pour être dégradé
Est ce que GSK3 peut phosphoryler n’importe quelle de ses protéines substrat?
non, la protéine doit déjà être phosphorylées par une primer kinase
comment est ce que l’ajout de groupements phosphate peut séquestrer une protéine dans un endroit spécifique de la cellule. Quel est l’exemple de Akt-FOXO
l’ajout de phosphates permet aux protéines d’être séquestrée par d’autres protéines avec des domaine 14-3-3. Par exemple, Akt phosphoryle FOXO. Lorsque phosphorylée, FOXO ne peut pas se rendre dans le noyau et activer la transcription de gènes puisqu’elle est séquestrée par des protéiens à domaine 14-3-3
la PKB (ou akt) doit changer de sa forme cytoplasmique à une forme membranaire pour être activée. Qu’est ce qui cause ce changement?
L’augmentation de la production du lipide membranaire PIP3 par PI3K
L’activité de la PKB/akt dépend de la phosphorylation de certains résidus lorsque celle-ci passe à la forme membranaire. comment pourrait on inhiber l’activité de akt?
en déphosphorylant akt ou en inactivant les facteurs qui encouragent la translocation de akt vers la membrane (dans ce cas: la déphosphorylation de PIP3 en PIP2)
La CaMK2 est une kinase Calcium-calmoduline dépendante Cependant, elle n’a besoin de la Ca-calmoduline seulement au début de son activation. pourquoi?
Lorsque le complexe calcium-calmoduline se lie sur la CaMK2, la protéine phosphoryle les autres unités qui composent l’hexamère. Lorsque le domaine régulateur de la protéine est phosphorylé sur certains résidus, la protéine n’a plus besoin du complexe calcium-calmoduline
pourquoi y a t-il des protéines échaffaud qui rapprochent Raf-Mek et ERK?
Puisque ces kinases se phosphorylent en cascade jusqu’à ERK qui agit comme facteur de transcription
qu’est ce que la myristoylation? à quelle extrémité retrouve-t-on ce domaine?
il sert à s’ancrer aux membranes cellulaires. on le retrouve dans la partie N-terminale de la protéine
Dans la protéine kinase Src, comment les domaines SH3 et SH2 permettent d’inhiber la protéine jusqu’à la rencontre d’une autre kinase?
le domaine SH2 lie une tyrosine phosphorylée à la portion C-terminale de la protéine, ce qui rapproche une portion riche en proline du domaine SH3. Au total, cela cache le domaine catalytique de la protéine
La fusion de gènes sur le chromosome 9 donne naissance à une protéine fusion Bcr-Abl
pourquoi cette protéine fusion est-elle problématique?
La combinaison de deux protéines va lui permettre d’intéragir avec un nombre énorme d’autres protéines. Cela va ensuite activer plusieurs voies de signalisation qui mènent à la prolifération et à la résistance à l’apoptose, ce qui mène à la formation de cancers
Comment le médicament Gleevec empêche-t-il la protéine BCR-ABL de causer des cancers?
Le gleevec a une forme similaire à l’ATP. il se lie sur le BCR-ABL mais ne peut pas transférer de phosphate au substrat.
quelle est la différence entre les serines/thréonines phosphatases et les tyrosines phosphatases
Les ser/thr phosphatases sont composés de deux sous-unités (catalytic et regulatoire) alors que els tyrosines phosphatases sont composées d’une seule sous-unité
comment active-t-on une protéine dont le domaine catalytique est inhibié par un domaine SH2?
en déphosphorylant la tyrosine reconnut par le domaine SH2
Comment PTEN inhibe l’action de la PKB
(rappel: PKB est une protéine cytoplasmique qui a besoin d’être phosphorylées par des enzymes membranaires pour être activées)
PTEN phosphoryle le PIP3. le lipide membranaire qui permet le recrutement de PKB à la membrane
qu’est ce que la myristoylation, la palmitoylation, l’isoprénylation et la glypiation? quelle est la différence entre ces modifications
c'est l'ajout de chaines de lipidiques qui servent d'ancres à la membrane cellulaires. La différence entre ces ancres est la longueur carbones de la chaine lipidique Myristo : C14 Palmito: C16 Isoprény: C15/C20 Glypiation: autre type d'ancre
Quelle est la différence majeur entre la glypiation et la palmitoylation/isoprénylation/myristoylation?
La glypiation permet d’ancrer les protéine à la membrane du coté extracellulaire alors que les autres modifications permettent d’ancrer ces protéines du coté interne de la membrane
quelle est la différence entre la palmitoylation et l’isoprénylation? autre que la différence dans le groupement lipidique ajouté aux protéines
Les deux modifications ajoutent une ancre du coté C-terminal de la protéine. Cependant, la palmitoylation l’ajoute sur une cystéine qui ne fait pas partie d’une séquence consensus alors que l’isoprénylation ajoute son groupement sur une cystéine qui fait partie d’une séquence consensus (cys-ala-ala-X ou CAAX)
à quel moment dans la synthèse d’une protéine retrouve-t-on le procédé de myristoylation/palmitoylation/isoprénylation
La myristoy se fait durant la traduction de la protéine
Les deux autres modifications se font post-traductionnelle
qu’est ce que la séquence de résidus CAAX?
Cystéine-alanine-alanine-X, c’est la séquence consensus sur laquelle est ajoutée une ancre lipidique par isoprénylation
quelle protéines cyclisent et linéarisent l’ATP et le GTP
l’adénylate cyclase les cyclise
La phosphodiesterase rend les nucléotides linéaires
