Fall 5 Flashcards
Vad startar transkriptionen?
TATA-boxen signalerar starten och är en viktig komponent i promotorn
TFIID binder in till TATA-boxen via TBP (TATA binding protein)
TFIIB binder in och positionerar RNA-polymeras II rätt
Andra TF binder in (allt detta utgör Transcription Initial Complex)
TFIIH bryter upp dubbelhelixen med hjälp av ATP hydrolys
TFIH fosfylererar även CTD så att RNA pol II släpps lös från promotern
I vilken riktning arbetar RNA-polymeras?
Polymeraset läser av den icke-kodande strängen i 5’ till 3’ riktningen
Vad är det som driver transkriptionen framåt?
rocessen kostar UTP, ATP CTP eller GTP för varje steg som drivs framåt
Vad är skillnad på de olika RNA-polymerasen?
RNA polymerase I och III: Skriver över gener som kodar tRNA och rRNA samt varierande små RNA
RNA polymerase II: Skriver över de flesta gener som kodar mRNA och därför ligger oftast fokus på detta RNA polymeras
Vad är the cap?
Består av trifosfat, guanin och en metylgrupp
Vad gör the Cap?
Skyddar mRNA
Hjälper till att transportera mRNA
Hjälper till att positionera på ribosomen
Vilka specifika sekvenser krävs för att splicing ska kunna ske?
För splicing krävs splice donor (exon/intro-gräns), branch point och splice acceptor (intron/exon-gräns)
Vad är snRNPs? och vad gör de?
U1, U2, U4, U5, U6. Dessa bildar splicosomen
Splicosomen möjliggör splicingen
Hur går splicing till?
Speciell adenine-nukleotid (branch point) attackerar 5 splice donor site (AGG) och klyver socker-fosfat backbonet av RNAt
Den klyvda 5 änden av intronen blir kovalent bundet till adenine-nukleotiden och skapar därmed en loop i RNA-molekylen
Den frisläppta 3 –OH änden av exonet attackerar sedan starten av nästa exon, splice acceptor (AG), och fogar samman de två exonen
Intron-sekvensen släpps sedan i form av ett lariat som sedan bryts ner till fria nukleotider
Vad är alternativ splicing och vad är dess syfte?
”God ekonomi”
Ger olika varianter av samma mRNA sekvens
Samma gen kan ge upphov till en mängd proteiner
Med hjälp av regulatoriska proteiner kan olika varianter komma till uttryck i olika celler/vävnader
Exempelvis kan vissa exoner tas bort helt och hållet från det slutliga RNAt
Viktigt för evolutionen av nya proteiner
Hur avslutas transkriptionen?
Terminerings faktorer (TeF) rekryterar enzym som klipper av RNAt och poly-A-polymeras (PAP) sätter på en rad A nukleotider (x200) som blir poly-A-tail
Vad har poly-A-tail för funktion?
Poly A binder protein och är viktigt för RNA stabilitet, transport och translation
Vad bygger upp ribosomen?
Ribosomalt RNA bygger upp ribosomen
Hur många bindningssites har ribosomen och vilka är dem?
Ett för mRNA
Tre för tRNA
E = exitsite
P = polypetidesite
A = aminoacidsite
Hur många tRNA finns det och hur många aminosyror finns det?
Det finns ca 50 olika tRNA och 20 olika aminosyror
Det finns alltså fler tRNA än aminosyror
