F25: Transkription Flashcards
Redegøre for RNA polymerase funktion
RNA-pol. katalyserer fosfodiesterbindinger mellem nukleotider ved at bruge DNA som template. Syntesen sker i 5’3’-retningen. Byggestenen er ribonuklotider. Mange kan arbejde på samme gen på samme tid. Kan starte uden primer, fordi det ikke behøver være helt korrekt, skal foregå i ét hug. Har proofreading-mekanisme, hvor den laver excision-reaktion.
Hvad er hovedprincipperne i transkription?
Åbning af DNA-del, så templatestreng blottes. Den anden streng er den RNA-lignende streng. Der sker komplementær baseparring med A=U, og transkriptionen danner primært transkript. Det bindes ikke men bliver straks flyttet, så DNA kan gendannes
Hvad er karakteristisk for RNA?
Enkeltstrenget, kan folde op om sig sig og have funktioner, uracil i stedet for thymin, ribose. Det gør RNA mere reaktivt, kortere end DNA
Redegør for mRNA
MessengerRNA er transkript af gener og koder for proteiners aminosyresekvens
Redegør for snRNA
Small nuclear RNA, medvirker i pre-mRNA-
Redegør for noncoding RNA
Gener, der ikke koder for proteiner transkriberes til noncoding RNA. Giver katalytisk aktivitet, struktur og regulering. Fx template i telomerase
Redegør for rRNA
ribosomalt RNA, danner ribosomale cores
Redegør for tRNA
transfer RNA, oversætter RNA til aa-sekvens og positionerer aa til polymerisering
Redegør for snRNA
Small nuclear RNA, medvirker i pre-mRNA-splicing
Redegør for snoRNA
Small nucleolar RNA, processerer og modificerer rRNA
Redegør for miRNA
MicroRNA regulerer genekspression ved at blokere translation og nedbryde mRNA
Redegør for siRNA
Small interfering RNA - nedreguerer genekspression ved at dirigere nedbrydning af mRNA
Redegør for piRNA
Piwiinteragerende RNA, beskytter germ line fra transposoner.
Redegør for lncRNA
Long noncoding RNA, scaffolds, regulerer processer, fx X-kromosominaktivering.
Redegør for noncoding RNA
Gener, der ikke koder for proteiner transkriberes til noncoding RNA. Giver katalytisk aktivitet, struktur og regulering. Fx template i telomerase
Hvad er en transkriptionsenhed?
Et segment, der transkriberes, ofte kun 1 gen hos eukaryoter.
TF og transkription i prokaryoter
sigmafaktor aflæser signal for start. Danner sammen med polymerasen holoenzymet. Komplekset slider langs strengen, svagt bundet, til det når en promoter, hvor sigmafaktoren får RNA-pol til at binde stærkere. Derefter åbnes cirka 10 nukleotider til transkriptionsbubble, som stabiliseres af sigmafaktor der binder til ene streng, mens den anden er template. RNA-pol forbliver bundet til promoter i starten af syntesen –>stress–>abortion, indtil det lykkes, hvorefter RNA-pol. bevæger sig ned langs DNA, mens signafaktor frigives.
Når terminator (AT-par og hairpinloop–>transkript fjernes fra aktivt site) nås, stopper transkriptionen. RNA-pol dissocierer fra DNA og associerer med ny sigmafaktor.
Hvad kan promotorer signalere?
Hvor meget genet skal udtrykkes
Initiering i eukaryoter
Generelle TF’er positionerer RNA-pol. korrekt på promoter, trækker DNA-strenge fra hinanden og lader RNApol. starte elongering. TATA-box, der primært består af AT-par, binder TFIID. TATA-box sidder cirka 25 nukleotider opstrøms for transkriptionstartssitet, og binding af TFIID forvrænger sekvens, så DNA folder så yderligere proteiner kan binde. Når flere TF’er og RNA-pol. er samlet(transkriptionsinitieringskompleks), vil TFIIH åbne helix vha. ATP (helicaseaktivitet). RNA-pol. vil som i prokaryoter forsøge at initiere transkriptionen ved syntese af korte sekvenser, indtil der sker konformationsændringer, som tillader elongering. Det sker ved TFIIH, der fosforylerer CTD på RNA-pol, hvilket giver konformationsændring, som frigiver TF’er og lader transkriptionen begynde med stærk binding til DNA.
Hvilken funktion har fosforylering af RNA-pols CTD?
Konformationsændring –> initiering
Binding af transkriptionsaktivatorer
Hvad er:
transkriptionsaktivatorer (TA)
enhancerer
Mediator
TA: Proteiner, der regulerer transkription ved at tiltrække RNA-pol. Skal ofte kløves for start af transkription
Enhancers: Sekvenser, hvor transkriptionsaktivatorer binder
Mediator: kompleks, der overfører kommunikation mellem TA’er, TF’er og RNA-pol.
In vivo er DNA bundet i nukleosomer. Hvad betyder det for transkriptionen?
Der er behov for fx histonmodificerende enzymer og kromatin remodelling complexes for at elongering kan finde sted.
Elongering i eukaryoter?
Som hos prokaryoter er RNA-pol. associerert med elongeringsfaktorer, der holder enzymet på DNA. Histonchaperoner adskiller og samler histonkomplekser, der modificeres undervejs. Der skal også ske modifikation af kromatin, og der skabes supercoils.
Hvad betyder det for transkriptionen at der dannes supercoils?
At DNA i nukleosomer lettere unwrappes.
Terminering?
RNAPI: Termineringssignal
RNAPII: Intet signal - kløvning af transkript, men RNAP fortsætter, indtil nyt transkript er nedbrudt ved 5’exonukleaseaktivitet, der indhenter RNAP.
RNAPIII: Ikke helt kendt signal.
Prokaryoter: AT-sekvens
Hvad gør ncRNA?
Styrer ikke proteinsyntese, men fx epigenetik (genomic imprinting og X-kromosominaktivering) fx rRNA, tRNA, snRNA, og miRNA. Bruges dog oftere om nyopdaget RNA’er man finder ved sekvensering, hvor man ikke kender funktion og produktet er ustabilt og sjældent.
Hvordan modificeres RNA-pol. undervejs?
Phosphoryleringer - har betydning for initiering og bearbejdelse af primære transkript, fordi forskellige faktorer kan associere.
Hvad sker der med RNA under transkription?
Det associeres med forskellige proteiner og forarbejdning begynder (?). I hvert fald folder de op cotranskriptionelt
Hvad er promoterregionen?
A larger DNA region encompassing the promoter and DNA stretches that bind stimulatory or inhibitory factors (the specific transcription factors) is then referred to as the promoter region.
Hvad er processosomet?
a protein/RNA complex that process pre-rRNA into mature rRNA,
assembling on the pre-rRNA
