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Laboratoire de biochimie > Examen 3 (module 10 à 12) > Flashcards

Examen 3 (module 10 à 12) Flashcards

1
Q

Vrai ou faux, la plupart des molécules en biochimie sont visibles

A

Faux!

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2
Q

Qu’est ce qu’on utilise pour mettre en évidence des molécules en biochimie? Peut-on quantifier ave ces sondes?

A

des sondes moléculaires

oui on peut quantifier

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3
Q

Une sonde a une affinité _____ pour les molécules que l’on veut détecter

A

spécifique

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4
Q

Une sonde est couplé à un ______

A

traceur

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Q

Le traceur modifie l’affinité de la sonde pour la molécule en question, vrai ou faux?

A

Faux

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6
Q

Le traceur n’est naturellement pas ________ dans l’échantillon analysé

A

présent

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7
Q

Nommer des exemples de sondes moléculaires

A

Fragment ADN spécifique

Anticorps

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8
Q

Nommer les trois types de traceurs usuels avec des exemples.

A

isotopes (14C,32P, 13C - stables ou radioactifs)
fluorophores (GFP)
enzymes (peroxydase, B-galactosidase

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9
Q

La stabilité du noyau dépend du ratio :

A

neutrons/protons

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10
Q

S’il y a trop de neutrons ou pas assez dans le noyau de l’atome, que se passe-t-il?

A

émission rayonnement radioactif pour se stabiliser

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11
Q

La désintégration de l’atome est un processus qui dépend des conditions enviro, vrai ou faux?

A

faux, ça ne dépend pas

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12
Q

Nommer les quatre types de rayonnements radioactifs

A

alpha
beta
gamma
X

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13
Q

Décrire la réaction d’un rayonnement alpha

A

éjection 2 neutrons + 2 protons (donc = He2+)

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14
Q

Décrire la réaction d’un rayonnement beta

A

éjection d’un électron (négatron) et d’un antineutrino

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15
Q

Décrire la réaction d’un rayonnement gamme et rayons X

A

très énergétique

rayonnement électromagnétique formé de photons

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16
Q

La radioactivité est invisible, vrai ou faux

A

vrai

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17
Q

Comment détecter la radioactivité

A 
Autodiographie (plaque photographique)
Compteur Geiger (comptage proportionnel)
Compteur de scintillations liquide (Intensité du photon dépend de l'É de la radiation)
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18
Q

Le compteur Geiger est efficace pour quel isotope?

A

32P

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19
Q

Décrire étapes de l’hybridation Southern

A

gel –>membrane –> autoradiogramme (hybridation avec un fragment d’ADN marqué au 32P)

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20
Q

Inconvénient de la radioactivité

A

dangers!!

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21
Q

Particules la plus pénétrante? la moins pénétrante?

A

gamme

alpha

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22
Q

Fluorescence VS phosphorescence

A

Absorption de lumière et émission à des longueurs d’onde plus grandes dans les deux cas

fluo: émission arrêtée dès que cesse l’illumination
phospho: émission de lumière continue après illumination

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23
Q

Décrire le cycle d’absorption, excitation et émission

A

absorption à certaines longueur d’onde
émission a une longueur d’onde plus élevée
la fréquence de la lumière de l’émission sera équivalente à la fréquence de la lumière d’absorption

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24
Q

Est-il possible de détecter plusieurs traceurs simultannément? Si oui comment?

A

Oui, avec des filtres appropriés

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25
Q

Applications courantes impliquant fluorochromes

A

détection des a.nucléiques sur gel
Séquençage de l’ADN
Microscopie `à fluorescence

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26
Q

Applications courantes impliquant des traceurs fluorescents

A

Cytométrie en flux
Hybridation de puces à ADN
Microscopie à immunofluorescence
qPCR par TaqMan

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27
Q

Comment on détecte la fluorescence?

A

Microscopie à fluorescence

Fluorimètre (lecture à 90°)

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28
Q

Décrire traceurs colorimétriques

A

enzyme liée de façon covalente à la sonde

Réaction enzymatique est spécifique et génère un produit coloré mesurable

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29
Q

Avec un traceur colorimétrique, l’intensité de la couleur est habituellement ________à la quantité de sondes fixées à la cible

A

proportionnelle

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30
Q

Exemples de système de colorimétrie

A

ELISA
Détection de phosphatase alcaline avec NBT + BCIP (anticorps 1 + anticorps 2 conjugués à phosphatase alcaline + phosphate hydrolyse BCIP + détecté avec NBT (bleu)

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31
Q

Décrire les traceurs luminescents

Comment on décrit le processus de détection avec les traceurs luminescents?

A

Comme traceurs colorimétriques, mais au lieu de faire de la couleur, ils font des de la lumière lorsqu’ils sont hydrolysés par l’enzyme couplée à l’anticorps.
chimioluminescence

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32
Q

Comment détecte-t-on la luminescence

A

luminomètre

autoradiographie

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33
Q

Est-ce possible de visualiser le dosage de l’ATP?

A

oui avec luciferin + ATP + luciférase —> production de lumière dont l’intensité dépende la [ATP]

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34
Q

Comment marque-t-on les sondes avec les traceurs? (2)

A

Conjugaison chimique

Synthèse biochimique

35
Q

Expliquer la conjugaison chimique et donner un exemple

A

lien chimique stable

marquage à l’iode

36
Q

Expliquer la synthèse biochimique et donner un exemple

A

biosynthèse de composés complexes à partir de précurseurs munis du traceur
sonde nucléique (radioactive ou non)

37
Q

Quel est le but du PCR

A

synthèse grande quantité d’une copie d’un fragment d’ADN

38
Q

Quels sont les réactifs dans le tube au départ pour effectuer un PCR

A 
tampon pour l'enzyme 
dNTPs
oligonucléotide (primer 1 )
oligonucléotide (primer 2) 
Taq DNA polymérase 
ADN à amplifier
39
Q

Quelle est la particularité de l’enzyme pol dans une PCR

A

thermostable

40
Q

Expliquer le processus de PCR

A 
Dénaturation (95)
appariement des amorces (60)
élongation (72)
dénaturation (95) 
et on recommence
41
Q

Quelles sont les applications courantes de l’électrophorèse

A

estimer la taille de fragments d’ADN
analyser des produits de digestion avec une enzyme de restriction
analyser des produits d’amplification PCR
séparer les molécules d’ADN ou d’ARN avant buvardage
isoler et purifier fragment d’ADN

42
Q

Équation utiliser pour expliquer électrophorèse

A

v=Eq/f

43
Q

Quelle est la charge des acides nucléiques

A

négative

44
Q

Dans une électrophorèse, la possibilité de séparer les acides nucléiques repose sur :

A

forme et taille des acides nucléiques

45
Q

à quel moment vas t on utiliser un gel d’agarose? un gel de polyacrylamide?

A

agarose : gros fragments

polyacrylamide : petits fragments

46
Q

Quest ce que de l’agarose

A

polymère linéaire non ramifié
galactose
neutre
algues rouges

47
Q

La concentration d’agarose influence ______ du gel et donc le pouvoir de _______

A

porosité

séparation

48
Q

Décrire le pouvoir de séparation sur gel d’agarose selon la taille des molécules

A

très grosse: entrent pas dans le gel
grosse: entrent, mais ne sont pas séparé
petites : séparé, courbe standard possible
très petites: ne sont pas séparées

49
Q

Comment préparer un gel d’agarose dans des conditions non dénaturantes

A 
peser 
solubiliser 
refroidir (50°C)
couler avec peigne
solidifier 
enlever peigne 
ajouter tampon électrophorèse
50
Q

Comment sont traités les échantillons

A

ajout tampon de chargement + colorant

51
Q

à quoi sert le tampon de chargement

A

augmente la densité des échantillons

52
Q

Qui migre le plus loin : plasmide superenroulé ou relâché

A

superenroulé

53
Q

Qui migre le plus loin: linéaire, circulaire superenroulé

A

superenroulé
linéaire
circulaire

54
Q

La migration dépend de la taille des molécule, vrai ou faux

A

vrai!

55
Q

But d’une électrophorèse sur gel en conditions dénaturantes

A

éliminer l’effet de la conformation pour pouvoir séparer que selon la taille

56
Q

Exemple d’agents dénaturants

A

urée
formamide
formaldéhyde
haute température

57
Q

à quoi sert le gradient d’agent dénaturant (DGGE)

A

séparer des fragments d’ADN de même taille, mais pas de même composition (séquences différentes)

58
Q

Exemple d’applications d’un gel DGGE (gradient dénaturant)

A

analyses s’amplification des 16S

59
Q

But d’une électrophorèse en capillaire

A

Permet de séparer avec une grande résolution les petites fragments d’ADN (séquenceurs de première génération)

60
Q

Comment estime-t-on la vitesse de réaction enzymatique?

A

Variation de la concentration de produit ou de substrat en fonction du temps au cours de la phase 1

61
Q

Comment est la pente durant la phase 1 d’une réaction enzymatique

A

linéaire

62
Q

Durant la phase 1, moins de ____ du substrat est transformé en produit

A

10%

63
Q

Qu’est-ce qui est seulement mesurée lors de la phase 1 d’une réaction enzymatique

A

la vitesse initiale

64
Q

Quel est le calcul pour obtenir la vitesse initiale en phase 1

A

vi = kcat[ES]

65
Q

La phase 2 est linéaire dans une réaction enzymatique, vrai ou faux?

A

faux, elle est non linéaire

66
Q

Qu’est-ce qui peut expliquer une relation non linéaire dans une phase 2?

A

épuisement substrat
inactivation de l’enzyme
inhibition par le produit (accumulation de produits)
compétition avec la réaction inverse (si possibilité d’une réversibilité)

67
Q

Comment la concentration su substrat influence la catalyse ? (basse et forte concentration)

A

Faible : étape de liaison du substrat limite la vitesse
Monte : augmentation de la vitesse
Très élevée : 100% de l’enzyme sous forme de complexe ES alors la vitesse n’augmente plus

68
Q

Quelle est la vitesse maximale que l’on peut atteindre dans une réaction enzymatique

A

v max quand Kcat[ES] = kcat[E]donc vmax = kacat[E]

69
Q

Qu’est-ce que km?

A

Constante d’affinité

C’est une constance qui spécifie [S] à laquelle vi = 1/2 vmax

70
Q

Qu’est-ce que Kcat

A

nombre de moles de substrat transformées par mole d’enzyme par seconde dans des conditions optimales

71
Q

Qu’est-ce que l’unité UI

A

unité internationale d’enzyme

quantité d’enzyme qui catalyse la transformation de 1mmole de substrat par min dans des conditions définies

72
Q

Qu’est-ce que l’activité spécifique

A

nombre d’unités d’enzyme par mg de protéine ou par mole de protéine

73
Q

Différence entre un dosage en continu direct, indirect, par essai enzymatique couplé

A

direct : plusieurs prélèvements à des intervalles réguliers, sur un temps relativement court
indirect : comme direct, mais ajout d’un autre réactif pour doser le produit de la réaction
essai enzymatique: ajout d’une seconde enzyme (indirect ou direct impossible à doser)

74
Q

Quelle particularité doit avoir l’enzyme 2 dans une réaction enzymatique en continu par essaie enzymatique couplé

A

La deuxième réaction doit être super rapide pour que ce soit la première réaction qui limite la cinétique

75
Q

Décrire le dosage discontinu

A

Dosage après un temps donné Calcul de la variation de la concentration par rapport à la valeur initiale

76
Q

Contrainte lors d’un dosage discontinu

A

Substrat en excès et enzyme en faible quantité

Incubation pas trop longue (pour avoir moins de 10% de substrat transformé)

77
Q

Que doit-on réaliser avec la méthode du dosage discontinu

A

On ne sait pas si la vitesse obtenue fait partie de la région linéaire de la phase 1
Donc si une enzyme montre de l’inhibition en fonction du temps, cela passerait inaperçu

78
Q

Avantage du dosage discontinu

A

Plusieurs méthodes d’analyses peuvent être utilisées (chimique, radioactivité, spectroscopiques, anticorps, chromatographie, électrophorèse)

79
Q

Nommer les deux contrôles à réaliser lors d’une évaluation d’une activité enzymatique ainsi que leur utilité

A

sans enzyme : évaluer s’il y a formations spontanée de produit à partir du substrat (ou autre réaction)
sans substrat: sert à corriger pour toute déviation causée par l’ajout de l’enzyme au mélange (enlever le dosage de l’enzyme pour avoir seulement le dosage de la quantité de produit). On soustrait alors la déviation

80
Q

Le pH a une influence sur paramètres, lesquels? Décrire, exemple

A

Kcat (et vmax) (affecte plus l’aspect du substrat lui-même) : changement de la chaîne latérale de l’enzyme, changement structural
exemple: aspartate38 doit être sous sa forme déprotonées pour agir comme un accepteur de proton (faire catalyse)
km (affecte plus la liaison entre substrat-enzyme): changement pKa chaîne latérale, changement état d’ionisation du substrat, chnagement structutal
exemple: forme déprotonée de l’acide glutamique 371 de l’oxyde nitrique synthase pour faire ponts H avec le substrat
stabilité de l’enzyme: pour conserver structure tertiaire et quaternaire

81
Q

Comment détermine-t-on le pH optimal

A

mesure ++ vitesse à ++ pH (graphique en forme de cloche)

82
Q

Commet détermine-t-on la zone de stabilité

A

enzymes à ++ pH, puis remis à son pH normal

83
Q

Que permet une combinaison des deux graphique (stabilité + pH optimal)

A

La stabilité est oui ou non influence par le pH pour l’enzyme en question
est-ce que v augmente à cause de la stabilité de l’enzyme?

84
Q

Effet de la température sur les réactions enzymatiques

A

augmentation de la vitesse (augmentation de kcat), mais à un certain point dénaturation

Laboratoire de biochimie (3 decks)

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