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Bio Mol Med > Examen 1 > Flashcards

Examen 1 Flashcards

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Biology 101 flashcards
1
Q

À quoi ressemble la molécule d’ADN. Lesquelles se lient entre eux?

A

Un phosphate
Un désoxyribose
Une base azotée (AG -> purines/ TC -> pyrimidines et ou U

AT et GC ou dans ARN AU

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Q

Quelles sont les liaisons qui lient l’ADN ensemble (2)

A

Liaison phosphodiester (5‘—> 3´) qui lient le phosphate au sucre

Et ponts H qui lient les paires de bases au centre

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3
Q

Rôle d’ADN ligase dans la réplication

A

Lie les fragments d’Okasaki pour faire un brin retardé complet

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4
Q

Rôle topoisomérase dans réplication

A

Relâche le surenroulement en avant de la fourche de réplication

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5
Q

Rôle de l’hélicase dans réplication d’adn

A

Déroule les deux brins d’ADN en deux brins matrices

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6
Q

Que fait l’ADN pol @ (primase) dans réplication?

A

Synth des nouvelles amorces d’ARN pour permettre réplication.

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7
Q

Rôle commun à ADN pol 3 et 2 chez eucaryote

A

Ajouter nucleotides au primer sens 5-3

Brin direct: pol 2
Brin retardé: pol 3

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8
Q

Quel rôle de plus à l’ADN Pol epsilon (II)?

A

Remplace les primers d’ARN par ADN

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9
Q

Combien de sortes de ADN Pol les pro carottes on versus eucaryotes?

A

Pol 1,2, 3

Eucaryote: 5 dont 3 plus importantes

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10
Q

Pour défaire l’ADN ultra embobiné dans la réplication ça prend…

A

Plusieurs fcking protéines pas juste la topoisomérase pour défaire l’embobinage d’histones

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11
Q

À quoi sert la loop faite durant la réplication sur le brin retardé?

A

Donne le temps à la primase de mettre les primers avant.

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12
Q

Les ADN polymérisés sont tu toutes équipées de capacité de correction d’épreuve? Ça change quoi sur le taux d’erreur

A

Non pas toutes. Si pas de correction-> taux d’erreur augmente!

10^-5 sans correction vs 10^-7 avec!

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13
Q

Est-ce que l’initiation de la réplication entre procaryote et eucaryote diffère? Si oui, comment (en grandes lignes)

A

Oui c pas pareil.

Les deux t’as une TA rich zone. Les deux c’est ADN Pol qui est recrutée à la fin

  1. Pro: d’esembobinnage plus tôt par plusieurs protéines d’ADN
  2. Eu: appelle les enzymes nécessaires avec complexe de reconnaissance d’origine (ORC en anglais). Ça va recruté la machinerie nécessaire
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14
Q

Comment la réplication se fait plus rapidement?

A

Au lieu d’avoir une origine t’as plusieurs origines qui se rejoignent à chaque place

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15
Q

Comment est complétée la réplication d’ADN chez l’eucaryote?

A

Le bout de nos chromosomes sont pas accessibles pour ADN Pol coté 3’ (pas de primer sinon il serait dans le vide)

So: on appelle les télomérases.

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16
Q

C’est quoi le rôle des télomerases et comment ça marche?

A

Rôle: permettent de répliquer le bout de nos chromosomes en crissant des primers dans le “vide”

Comment? Séquence telomerique au bout des chromo (chaîne de base répétée qui stabilise ADN) . Elle sont reconnues par telomerases ayant séquence complémentaire-> rajoute primer d’ARN

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17
Q

De quoi est formé un ARN?

A

Sucre: ribose (moins stable car 2 OH)

Phosphate

Base azotée: U remplace T

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18
Q

Quelles sont les 3 classes principales d’ARN+ caractéristiques et quelle classe qu’on retrouve le plus dans nos cellules?

A

A)ARNm: 1.procaryote -> directement de ADN
2. Eucaryote: préARNm avant épissage et modif des extrémités (coiffes)

B) ARNr: composants des ribosomes. CELUI QU’ON A LE PLUS

C) ARNt: apportent AA à l’ARNm/ribosom

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19
Q

Diff en ARN fonctionnel et informationnel?

A

Informationnel: traduits en polypeptides (ARNm)

Fonctionnels: (ARNr et ARNt). Pas traduits en polypeptides

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20
Q

Quelles sont les ARN poly chez proca et euca?

A

Proca: même ARN poly

Euca:
1. ARN pol1 pour ARNr
2. ARN pol2 pour gènes codant prots
3. ARN pol3 pour pour le reste (ARNt)

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21
Q

Comment fonctionne l’ARN poly avec son noyau et tout?

A

Reconnaît séquences spécifiques (TATA box) -> change conformation et son site catalytique devient actif (FACTEUR SIGMA EXPOSÉ)

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22
Q

Comment se déroule l’initiation de la transcription?

A
  1. L’ARN Pol se fixe à un promoteur qui fait partie du début du gène
  2. La TATA box fait partie du promoteur
  3. Rendu au +1 -> premier nucleotide ajouté
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23
Q

C’est quoi les 3 mécanismes de terminaison de la transcription?

A
  1. Eucaryote:Séquence de terminaison dans le gene

Pour procaryote:
2. Boucle qui se forme par séquences complémentaires—> emcombrement stérique et décolle
3. Arrêt par facteur Rho

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24
Q

Toujours se rappeler que les enzymes sont toutes régulées pis des fois sont pas la à cause de ça.

A

Plus un gène est compliqué, plus t’as de protéines de régulation

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25
Q

Quels sont les concepts clés de la dégradation de ARNm chez procaryotes?

A

Dégradation rapide-> pas de coiffes ni poly À

Demi vie = 2 min

Abondance d’ARNm (prod vs dégradation)

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26
Q

Quels sont les deux mécanismes chez les eucaryotes pour empêcher les ARNm de se faire dégrader par les exonucléases?

A
  1. Une enzyme coiffe 7metyl Gua-3P
  2. Une enzyme ajoute queue poly A

Ça améliore la stabilité et retarde sa dégradation

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27
Q

Comment est-ce que les pré ARNm maturent chez eucaryotes?

A

On enlève leurs introns dans SPLICEOSOME.

Sont enlevés tjrs de la même façon

** exons sont pas tjrs recollés pareil! -> epissage alternatif

28
Q

Expliquer le concept de l’epissage alternatif

A

Les exons d’un ARNm sont pas toujours assemblés dans le même sens-> plusieurs prots diff selon la cellule!

29
Q

Expliquer la règle GU-AC dans l’epissage des introns chez les eucaryotes et le point de branchement du lasso.

A

Dans le fond, le site de splice 5’ de l’intron commence toujours par GU et le site de splice 3’ AG.

Le point du lasso c’est toujours une Adénosine.

30
Q

Expliquer le mécanisme d’epissage des introns

A

1.Un site 2´ hydrolxyle attaque le site GU 5´

  1. Branchement par liaison phosphodiester 2’ sur 5’ de l’adénosine de branchement.
  2. Site epissage AG attaqué et ça part
31
Q

De quoi sont formés les splicéosome?

A

De petites particules ribonucléoprotéiques (RNPpn).

PréARNm

Et autres facteurs

32
Q

Quelle est la demi vie de l’ARNm eucaryote? Comment il se dégrade?

A

20-30 min à 20-24h

Se dégrade par les deux bouts

33
Q

C’est quoi des ribozymes?

A

Des ARN ayant de l’activité enzymatique

-> font AUSSI DE L’ÉPISSAGE

34
Q

Combien il y a de possibilités de codon dans la traduction? Quel est le stop et quel est le codon départ?

A

64 codons

Départ: AUG (methionine)

Stop: UAA, UAG et UGA

35
Q

Expliquer à quoi servent les ARNt

A

Ils portent un AA. Ils reconnaissent le codon avec leur anti codon qui est la séquence complémentaire-> libère AA

CERTAINS AA PEUVENT ÊTRE SUR DIFF ARNT ALORS QUE D’AUTRES SPÉCIFIQUES

36
Q

C’est quoi le concept du wobble dans les ARNt?

A

ARNt peuvent apporter un AA qui peut répondre à diff codons—> changement de conformation du codon 3’ et anti codon 5’

37
Q

Définir promoteur, opéron, inducteur, represseur, opérateur dans le contrôle de la transcription

A

Promoteur: région Régu au début du 5’ du gène et site de liaison pour ARN pol

Opéron: séquence codante avec un promoteur pouvant faire plusieurs gènes en un seul ARNm

Inducteur: active transcription à partir d’un opéron

Represseur: prot qui bloque expression des gènes adjacents

Opérateur: région d’ADN près d’un opéron

38
Q

Décrire en gros gros la régulation de transcription bactérienne vs euca

A

Se font différemment. Prend un mélange de plusieurs protéines.

39
Q

Faire la différence du fctionment entre régulation positive et négative de la transcription.

A

Régu positive: inducteur pour activer sans = pas de transcription

Régu négative: pas de répresseur = transcription, represseur= transcription bloquée

40
Q

Décrire le fctionnement de l’operon lac

A

Un represseur sur l’opérateur. Si lactose et pu de glucose -> enlève represseur.

= transcription du gène et traduction en Bgalactosidase.

Quand pu de lactose-> represseur revient.

41
Q

Qu’est-ce que l’IPTG et à quoi ça sert?

A

Molécule qui se lie au represseur de opéron lac mais ne peut pas être dégradée -> gène continue être transcrit

42
Q

Comprendre le concept de activation en cis et en trans

A

Cis: molécule agit sur le même allèle.

Trans: gène peut agir aussi sur l’autre allèle auss.

Voir page 66 pour réapprendre

43
Q

Qu’est-ce que la répression catabolique et donner un exemple sur l’operon lac

A

Inactivation d’un opéron à cause de présence de bcp d’un produit métabolique.

Ex: AMPc pour opéron lac-> low ATP= bcp AMP donc on veut transformer le lactose en glucose pour ATP

44
Q

Savais tu qu’il faut un autre système de Régu juste pour gérer le déroulement des histones?

A
45
Q

Combien de % de nos gènes ont pas d’introns et est-ce que les gènes pro ont des introns?

A

6% et non pas d’introns

46
Q

Vrai ou faux. Y’a pas d’ADN circulaire dans les cellules eucaryotes

A

Faux—> circulaire dans mitochondries

47
Q

C’est quoi la diff entre bactérie auxotrophe et prototrophe

A

Auxo: incapacité d’un organisme vivant de synth une molécule organique nécessaire à son développement

Proto: peut le synth

48
Q

Quelle est la conformation la plus stable des bases entre GC, AT et pq?

A

GC parce que 3 ponts h au lieu de 2

49
Q

C’est quoi un vecteur?

A

Moyen de transport de ton ADN de combinat (plasmide qu’on ouvre et ajoute insert-> on le met dans des bactéries)

50
Q

À quoi sert une banque d’ADN?

A

C’est chaque clone d’ADN du donneur initial mais ils ont chacun un insert dif

51
Q

Résumer les étapes de la construction d’un ADN recombinant

A
  1. Couper ADN donneur avec Ez de restriction
  2. Inserts insérés dans plasmides =ADN recombinant
  3. Met ADN recombinant dans bactéries
  4. Met bactéries dans pétri-> colonies. Même vecteur mais diff inserts
    = clone d’ADN
52
Q

Différence entre banque ADN génomique et banque ADN complémentaire

A

Génomique: on prend tout le génome du donneur-> tes colonies auront chacune un bout de l’ADN

Complémentaire: on prend juste un ARNm précis -> transcriptase inverse -> ARNm en ADN

53
Q

C’est quoi des enzymes de restrictions et c’est quoi la plus populaire?

A

C’est des endonucleases. Servent à défense des bactéries à la base.

EcoRI

54
Q

Quand on fait de l’ADN recombinant, c’est quoi les 3 choses les plus importantes à t’assurer d’avoir dans ton vecteur?

A
  1. Pour sauver du temps-> RAntibio. Ceux qui ont pas de plasmides ->mort
  2. Avoir origine de réplication (ORI) sinon plasmide se réplique pas
  3. Prévoir des adaptations selon où on met le plasmide (gène de queue poly A si eucaryote)
55
Q

Qu’est-Ce qu’un site de clonage multiple (SCM)

A

SCM: endroit dans ADN où y’a plusieurs site de restriction ET qui sont souvent uniques (so best to coupee la) fck pas les gènes.

56
Q

Sachant que environ 80% des plasmides se referment avant que l’insert se rentre, comment on fait pour sélectionner juste les bactéries qui ont l’ADN recombinant?

A

On met des épitopes ex: GFP ou V5 epitope pour pouvoir reconnaître ceux qui ont le plasmide (fluorescence) dans l’insert

57
Q

C’est quoi des épitopes?

A

Ce sont des gènes qui n’existent pas dans le vivant -> agit comme drapeau-> identification des colonies ayant l’ADN recombinant ou non.

58
Q

Qu’est-ce qu’un palindrome et en quoi ça a rapport aux enzymes de restriction?

A

C’est séquence ADN pareille sur les deux brins mais antiparallèle -> ANNA

Souvent les ENZ (ex EcoRI) coupent des palindromes -> bouts collants

59
Q

Expliquer spécificité ENZ rest bouts collants vs bouts francs

A

Collant: obligé de prendre une 2e ENZ bouts collant similaire pour que insert soit complémentaire

Francs: peut prendre n’importe quelle autre enzyme bouts francs parce que c juste liens phosphodiester

60
Q

Expliquer le concept de méthylation chez bactéries

A

Methylation: protège bactéries contre coupurexde leur propre ADN par ENZ
-> sur A et C

61
Q

Pourquoi est-ce que les bactéries utilisées en bio mol ont pas de methylases ni d’ENZ de rest?

A

Pour pas qu’elles coupent l’ADN recombinant qu’on veut cloner et pour pas que on puisse pas le couper (methylase-> methylation)

62
Q

C’est quoi le principe de dephosphorylation en construction d’ADN recombinant?

A

On met des phosphatases avec les plasmides AVANT de mettre insert

Sert à : empêcher plasmide de se refermer -> 5P en 5OH —- 3 OH

63
Q

Quels sont les 5 vecteurs de clonage utilisés?

A

Plasmides
Fosmides
Phages
Cosmides
Phage simple brin

64
Q

Avantages/downsides d’utiliser les plasmides comme vecteur de clonage

A

Insert pas plus grand que 20kB sinon plasmide inutilisable. C plus que phages

65
Q

Avantages/downsides d’utiliser les phages comme vecteur de clonage

A
  1. La partie centrale sert pas à empaqueter ou réplication so on enlève = 15 kb de place
  2. Plus facile à gérer des virus que bactéries

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