Examen 1 Flashcards
À quoi ressemble la molécule d’ADN. Lesquelles se lient entre eux?
Un phosphate
Un désoxyribose
Une base azotée (AG -> purines/ TC -> pyrimidines et ou U
AT et GC ou dans ARN AU
Quelles sont les liaisons qui lient l’ADN ensemble (2)
Liaison phosphodiester (5‘—> 3´) qui lient le phosphate au sucre
Et ponts H qui lient les paires de bases au centre
Rôle d’ADN ligase dans la réplication
Lie les fragments d’Okasaki pour faire un brin retardé complet
Rôle topoisomérase dans réplication
Relâche le surenroulement en avant de la fourche de réplication
Rôle de l’hélicase dans réplication d’adn
Déroule les deux brins d’ADN en deux brins matrices
Que fait l’ADN pol @ (primase) dans réplication?
Synth des nouvelles amorces d’ARN pour permettre réplication.
Rôle commun à ADN pol 3 et 2 chez eucaryote
Ajouter nucleotides au primer sens 5-3
Brin direct: pol 2
Brin retardé: pol 3
Quel rôle de plus à l’ADN Pol epsilon (II)?
Remplace les primers d’ARN par ADN
Combien de sortes de ADN Pol les pro carottes on versus eucaryotes?
Pol 1,2, 3
Eucaryote: 5 dont 3 plus importantes
Pour défaire l’ADN ultra embobiné dans la réplication ça prend…
Plusieurs fcking protéines pas juste la topoisomérase pour défaire l’embobinage d’histones
À quoi sert la loop faite durant la réplication sur le brin retardé?
Donne le temps à la primase de mettre les primers avant.
Les ADN polymérisés sont tu toutes équipées de capacité de correction d’épreuve? Ça change quoi sur le taux d’erreur
Non pas toutes. Si pas de correction-> taux d’erreur augmente!
10^-5 sans correction vs 10^-7 avec!
Est-ce que l’initiation de la réplication entre procaryote et eucaryote diffère? Si oui, comment (en grandes lignes)
Oui c pas pareil.
Les deux t’as une TA rich zone. Les deux c’est ADN Pol qui est recrutée à la fin
- Pro: d’esembobinnage plus tôt par plusieurs protéines d’ADN
- Eu: appelle les enzymes nécessaires avec complexe de reconnaissance d’origine (ORC en anglais). Ça va recruté la machinerie nécessaire
Comment la réplication se fait plus rapidement?
Au lieu d’avoir une origine t’as plusieurs origines qui se rejoignent à chaque place
Comment est complétée la réplication d’ADN chez l’eucaryote?
Le bout de nos chromosomes sont pas accessibles pour ADN Pol coté 3’ (pas de primer sinon il serait dans le vide)
So: on appelle les télomérases.
C’est quoi le rôle des télomerases et comment ça marche?
Rôle: permettent de répliquer le bout de nos chromosomes en crissant des primers dans le “vide”
Comment? Séquence telomerique au bout des chromo (chaîne de base répétée qui stabilise ADN) . Elle sont reconnues par telomerases ayant séquence complémentaire-> rajoute primer d’ARN
De quoi est formé un ARN?
Sucre: ribose (moins stable car 2 OH)
Phosphate
Base azotée: U remplace T
Quelles sont les 3 classes principales d’ARN+ caractéristiques et quelle classe qu’on retrouve le plus dans nos cellules?
A)ARNm: 1.procaryote -> directement de ADN
2. Eucaryote: préARNm avant épissage et modif des extrémités (coiffes)
B) ARNr: composants des ribosomes. CELUI QU’ON A LE PLUS
C) ARNt: apportent AA à l’ARNm/ribosom
Diff en ARN fonctionnel et informationnel?
Informationnel: traduits en polypeptides (ARNm)
Fonctionnels: (ARNr et ARNt). Pas traduits en polypeptides
Quelles sont les ARN poly chez proca et euca?
Proca: même ARN poly
Euca:
1. ARN pol1 pour ARNr
2. ARN pol2 pour gènes codant prots
3. ARN pol3 pour pour le reste (ARNt)
Comment fonctionne l’ARN poly avec son noyau et tout?
Reconnaît séquences spécifiques (TATA box) -> change conformation et son site catalytique devient actif (FACTEUR SIGMA EXPOSÉ)
Comment se déroule l’initiation de la transcription?
- L’ARN Pol se fixe à un promoteur qui fait partie du début du gène
- La TATA box fait partie du promoteur
- Rendu au +1 -> premier nucleotide ajouté
C’est quoi les 3 mécanismes de terminaison de la transcription?
- Eucaryote:Séquence de terminaison dans le gene
Pour procaryote:
2. Boucle qui se forme par séquences complémentaires—> emcombrement stérique et décolle
3. Arrêt par facteur Rho
Toujours se rappeler que les enzymes sont toutes régulées pis des fois sont pas la à cause de ça.
Plus un gène est compliqué, plus t’as de protéines de régulation
Quels sont les concepts clés de la dégradation de ARNm chez procaryotes?
Dégradation rapide-> pas de coiffes ni poly À
Demi vie = 2 min
Abondance d’ARNm (prod vs dégradation)
Quels sont les deux mécanismes chez les eucaryotes pour empêcher les ARNm de se faire dégrader par les exonucléases?
- Une enzyme coiffe 7metyl Gua-3P
- Une enzyme ajoute queue poly A
Ça améliore la stabilité et retarde sa dégradation
Comment est-ce que les pré ARNm maturent chez eucaryotes?
On enlève leurs introns dans SPLICEOSOME.
Sont enlevés tjrs de la même façon
** exons sont pas tjrs recollés pareil! -> epissage alternatif
Expliquer le concept de l’epissage alternatif
Les exons d’un ARNm sont pas toujours assemblés dans le même sens-> plusieurs prots diff selon la cellule!
Expliquer la règle GU-AC dans l’epissage des introns chez les eucaryotes et le point de branchement du lasso.
Dans le fond, le site de splice 5’ de l’intron commence toujours par GU et le site de splice 3’ AG.
Le point du lasso c’est toujours une Adénosine.
Expliquer le mécanisme d’epissage des introns
1.Un site 2´ hydrolxyle attaque le site GU 5´
- Branchement par liaison phosphodiester 2’ sur 5’ de l’adénosine de branchement.
- Site epissage AG attaqué et ça part
De quoi sont formés les splicéosome?
De petites particules ribonucléoprotéiques (RNPpn).
PréARNm
Et autres facteurs
Quelle est la demi vie de l’ARNm eucaryote? Comment il se dégrade?
20-30 min à 20-24h
Se dégrade par les deux bouts
C’est quoi des ribozymes?
Des ARN ayant de l’activité enzymatique
-> font AUSSI DE L’ÉPISSAGE
Combien il y a de possibilités de codon dans la traduction? Quel est le stop et quel est le codon départ?
64 codons
Départ: AUG (methionine)
Stop: UAA, UAG et UGA
Expliquer à quoi servent les ARNt
Ils portent un AA. Ils reconnaissent le codon avec leur anti codon qui est la séquence complémentaire-> libère AA
CERTAINS AA PEUVENT ÊTRE SUR DIFF ARNT ALORS QUE D’AUTRES SPÉCIFIQUES
C’est quoi le concept du wobble dans les ARNt?
ARNt peuvent apporter un AA qui peut répondre à diff codons—> changement de conformation du codon 3’ et anti codon 5’
Définir promoteur, opéron, inducteur, represseur, opérateur dans le contrôle de la transcription
Promoteur: région Régu au début du 5’ du gène et site de liaison pour ARN pol
Opéron: séquence codante avec un promoteur pouvant faire plusieurs gènes en un seul ARNm
Inducteur: active transcription à partir d’un opéron
Represseur: prot qui bloque expression des gènes adjacents
Opérateur: région d’ADN près d’un opéron
Décrire en gros gros la régulation de transcription bactérienne vs euca
Se font différemment. Prend un mélange de plusieurs protéines.
Faire la différence du fctionment entre régulation positive et négative de la transcription.
Régu positive: inducteur pour activer sans = pas de transcription
Régu négative: pas de répresseur = transcription, represseur= transcription bloquée
Décrire le fctionnement de l’operon lac
Un represseur sur l’opérateur. Si lactose et pu de glucose -> enlève represseur.
= transcription du gène et traduction en Bgalactosidase.
Quand pu de lactose-> represseur revient.
Qu’est-ce que l’IPTG et à quoi ça sert?
Molécule qui se lie au represseur de opéron lac mais ne peut pas être dégradée -> gène continue être transcrit
Comprendre le concept de activation en cis et en trans
Cis: molécule agit sur le même allèle.
Trans: gène peut agir aussi sur l’autre allèle auss.
Voir page 66 pour réapprendre
Qu’est-ce que la répression catabolique et donner un exemple sur l’operon lac
Inactivation d’un opéron à cause de présence de bcp d’un produit métabolique.
Ex: AMPc pour opéron lac-> low ATP= bcp AMP donc on veut transformer le lactose en glucose pour ATP
Savais tu qu’il faut un autre système de Régu juste pour gérer le déroulement des histones?
Combien de % de nos gènes ont pas d’introns et est-ce que les gènes pro ont des introns?
6% et non pas d’introns
Vrai ou faux. Y’a pas d’ADN circulaire dans les cellules eucaryotes
Faux—> circulaire dans mitochondries
C’est quoi la diff entre bactérie auxotrophe et prototrophe
Auxo: incapacité d’un organisme vivant de synth une molécule organique nécessaire à son développement
Proto: peut le synth
Quelle est la conformation la plus stable des bases entre GC, AT et pq?
GC parce que 3 ponts h au lieu de 2
C’est quoi un vecteur?
Moyen de transport de ton ADN de combinat (plasmide qu’on ouvre et ajoute insert-> on le met dans des bactéries)
À quoi sert une banque d’ADN?
C’est chaque clone d’ADN du donneur initial mais ils ont chacun un insert dif
Résumer les étapes de la construction d’un ADN recombinant
- Couper ADN donneur avec Ez de restriction
- Inserts insérés dans plasmides =ADN recombinant
- Met ADN recombinant dans bactéries
- Met bactéries dans pétri-> colonies. Même vecteur mais diff inserts
= clone d’ADN
Différence entre banque ADN génomique et banque ADN complémentaire
Génomique: on prend tout le génome du donneur-> tes colonies auront chacune un bout de l’ADN
Complémentaire: on prend juste un ARNm précis -> transcriptase inverse -> ARNm en ADN
C’est quoi des enzymes de restrictions et c’est quoi la plus populaire?
C’est des endonucleases. Servent à défense des bactéries à la base.
EcoRI
Quand on fait de l’ADN recombinant, c’est quoi les 3 choses les plus importantes à t’assurer d’avoir dans ton vecteur?
- Pour sauver du temps-> RAntibio. Ceux qui ont pas de plasmides ->mort
- Avoir origine de réplication (ORI) sinon plasmide se réplique pas
- Prévoir des adaptations selon où on met le plasmide (gène de queue poly A si eucaryote)
Qu’est-Ce qu’un site de clonage multiple (SCM)
SCM: endroit dans ADN où y’a plusieurs site de restriction ET qui sont souvent uniques (so best to coupee la) fck pas les gènes.
Sachant que environ 80% des plasmides se referment avant que l’insert se rentre, comment on fait pour sélectionner juste les bactéries qui ont l’ADN recombinant?
On met des épitopes ex: GFP ou V5 epitope pour pouvoir reconnaître ceux qui ont le plasmide (fluorescence) dans l’insert
C’est quoi des épitopes?
Ce sont des gènes qui n’existent pas dans le vivant -> agit comme drapeau-> identification des colonies ayant l’ADN recombinant ou non.
Qu’est-ce qu’un palindrome et en quoi ça a rapport aux enzymes de restriction?
C’est séquence ADN pareille sur les deux brins mais antiparallèle -> ANNA
Souvent les ENZ (ex EcoRI) coupent des palindromes -> bouts collants
Expliquer spécificité ENZ rest bouts collants vs bouts francs
Collant: obligé de prendre une 2e ENZ bouts collant similaire pour que insert soit complémentaire
Francs: peut prendre n’importe quelle autre enzyme bouts francs parce que c juste liens phosphodiester
Expliquer le concept de méthylation chez bactéries
Methylation: protège bactéries contre coupurexde leur propre ADN par ENZ
-> sur A et C
Pourquoi est-ce que les bactéries utilisées en bio mol ont pas de methylases ni d’ENZ de rest?
Pour pas qu’elles coupent l’ADN recombinant qu’on veut cloner et pour pas que on puisse pas le couper (methylase-> methylation)
C’est quoi le principe de dephosphorylation en construction d’ADN recombinant?
On met des phosphatases avec les plasmides AVANT de mettre insert
Sert à : empêcher plasmide de se refermer -> 5P en 5OH —- 3 OH
Quels sont les 5 vecteurs de clonage utilisés?
Plasmides
Fosmides
Phages
Cosmides
Phage simple brin
Avantages/downsides d’utiliser les plasmides comme vecteur de clonage
Insert pas plus grand que 20kB sinon plasmide inutilisable. C plus que phages
Avantages/downsides d’utiliser les phages comme vecteur de clonage
- La partie centrale sert pas à empaqueter ou réplication so on enlève = 15 kb de place
- Plus facile à gérer des virus que bactéries
