exam final Flashcards
diff entre génomique structurale et fonctionelle
struc: caractériser la nature physique des génomes entiers
fonct: caractérise le protéome et les diff modes d’expression des gènes
décrire le fonctionnement de la techno des DNA microarray chips
on battit des exons d’une cellule en connaissant déjà leur séquence.
Tous les exons possible avec l’épissage alternatif sont fabriqués
un type d’exon par micropuit.
- on débute en tuant les cellules qu’on veut analyser et mettant leur sonde dans chaque puit (sondes batties à partir d’ADNc)
- on commence par ajouter un nu (ex: T). Vu qu’on connait séquence, ordi bloque tous les puits qui prennent pas de T au début et ainsi de suite jusqu’à 20 nucl
- so quand séquence battie correspond à une sonde, sonde se colle et couleur.
couleur correspond à cellule ex: cell norm = vert, cell cancer= rouge et les deux = orange
décrire à quoi sert la techno des microarray chips
en gros, comparer expression des gènes dnas cellules/tissus vs cell/tissus cancéreux
- voir quels gènes sont actifs ou pas dans diff cellules
- permet de faire médecine personnalisée en voyant quels gènes sont + actifs dans C cancéreuse vs norm
- peut être utilisé pour n’importe quelle maladie
c quoi les séquences répétitives fonctionnelles dans l’ADN ?
séquences d’ADN (de gènes ou non codantes) qui sont répétées plusieurs fois dnas le génome
ex: histones
c quoi répétition en tandem de familles de gènes, à quoi ça sert et donner exemple de familles.
- c gènes fonctionnels CODANTS répétés plusieurs fois en bloc de gènes
- permet - de régulation (1 promoteur pour +sieurs prots), fabrique plus vite et +. Accès facile.
AUSSI, on a back up si mutation - Gènes qu’on veut fabriquer en criss: histones, ARNt, ARNr
les séquences fonctionnelles NON CODANTES on parle de? dire la séquence et à quoi ça sert
Des télomères: TTAGGG
répétitions de séquence au bout des Xomes pour permettre de répliquer tout et de pas les raccourcir
Nommer les différentd types de séquences répétées sans fonction connue
- L’ADN encadrant le centromère
- les répétitions en nombre variable (VNRT)
- séquences transposées
- ADN intercalaire
- ADN minisatellite
décrire les régions d’ADN hautement répétitif encadrant le centromère
se trouve dans régions d’ADN d’hétérochromatine ++ dense autour des centromères.
décrire c quoi un VNTR. Ça viendrait d’ou peut-être?
1 à 5Kb de séquence de 15 à 100 d’un nu répétés X fois . Le nombre de base dans la séquence varie entre chaque individu.
peut-être d’ADNc des virus
Expliquer les 2 façons d’utiliser les VNTR
- Empreinte ADN: chaque allèle a des VNTR variés selon le parent so chaque individu a une empreinte ADN propre à lui.
coupe ADN avec EZr qui a pas de site cible dans les VNTR. fais SB = fragments de taille variable hybridés avec sonde. = empreinte
- Technique de liaison génétique:
faire des liens dans la maladie
ex: si enfants on cette même taille de VNTR que le parent malade et ont la maladie, c tu lié à un gène muté?
faire une recherche sur les RAPD pas trop compris
décrire c quoi les ADN microsatellite
répétition en tandem de 2 bases (CA) un nombre varié. ex: sur allèle M t’as 3x CA et l’autre t’as 5 fois CA.
Comment peut-on se servir des ADN microsatellites?
en faisant des liens génétiques pour maladie (comme VNTR)
- clonage du fragment avec la répétition
- tu criss des primers PCR aux extrémités
- tu PCR ça. tes sondes reconnaissent le tout.
- fais migrer ex: chaque fois que m’’ est là, la maladie est là
c quoi les séquences transposées? Quelles sont les 2 classes?
Éléments du génome qui se font copier et gagnent d’autres emplacements dans le gène TRANSPOSONS. gros % de notre ADN
- réplicatif: transcription en ARN, transcriptase inverse met en ADNc et va s’insérer ailleurs.
- Conservatif: pas de copie, juste excision du transposon et déplacement.
Les transposons ont été identifiés ou au début? Role?
dans les B.
éléments mobiles conférant R à une substance chimique
Ces transposons sont entourés de séquences IS, reconnaissables ou l’enzyme va couper ou la ou débute transcription.
à cause des transposons, l’ADN est en constant…?
changement. différent
diff entre LINE et SINE
les deux c d transposons
LINE: longues séquences 1-5 Kb copiées 20k à 40k fois. 1/5 de notre génome
SINES: courtes séquences 100-300 pB copiée X fois (meme affaire que LINE mais plius courtes)
on a a peu près cb % de notre ADN qu’on c pas à quoi il sert?
45% environ
D’ou peuvent venir peut-être les LINES?
peut-être d’un ARNm qui a été transcritase inverse ou d’un rétro virus
Décrire et définir séquences ALU et dire d’ou on pense ça vient
- SINES mais qu’‘on retrouve JUSTE chez humain. environ 5% de notre ADN.
- contiennent une cible pour EZr Alu (dou le nom)
- séquence similaire à ARN 7SL donc srm RT de cet ARN et devenu transposon.
comment on sait que les transposons vienent d’une RTase?
ils ont pas d’introns.
ex: infection virus, ses RTases capte un ARNm et le change en ADNc.
C’est quoi l’hypothèse d’une fonction des séquences sans fonciton connue?
Donne masse critique pour ségrégation des Xomes
C quoi ADN intercalaire ?
Tout l’ADN restant dans le génome. Pas spécifique ni répété.
c quoi les 2 grands types de mutations ponctuelles et sous catégorie du 2e type.?
- Addtition ou délétion de bases
- subsititution de bases
a) Transition : remplacement par même catégorie de base
b) Transversion: changement d’une base pour une autre dans une catégorie différente