exam 3 Flashcards
Éléments d’ADN mobiles
Vrai ou faux, l’insertion des transposons est complètement aléatoire
faux Ce n’est pas réellement aléatoire - Certains sites contiennent la séquence cible, mais qui ne sont pas
très utilises, voir jamais. Il y a donc des hotspot (sites préférentiels). Les repliements
de l’ADN peuvent aussi avoir un impact sur ces sites préférés
Propriétés communes des transposons
Quel est le site d’attachement Tn7 et Tn7-like
attTn7 : Site attachement transposon situé en 3’ d’un gène extrêmement
conservé chez les procaryotes (glmS)
Quel est l’effet du transposon sur les gènes adjacents ?
Les gènes en aval du site d’insertion ne seront plus
transcrits
Le transposon Tn (en rose) s’insère dans l’opéron à 4 gènes ci dessous. Quel sera son effet sur sa transcription ? Pourquoi ?
abcB : interrompu
abcC et D: non exprimés à cause de l’effet polaire :
terminateurs bidirectionnels portés par Tn
Par quel mécanisme un Tn pourrait mener à l’Activation de gènes cryptiques
si ils portent des promoteurs
permettant la transcription des gènes
adjacents
Qu’est ce qu’un opéron cryptique ?
Un operon cryptique
signifie gènes cachés.
On a soit aucune idée
de leur fonction ou ils
ne possèdent pas de
promoteur
Vrai ou faux :
La transposition est un événement très fréquent, car la
transposase a des activités peu régulées
Faux : La transposition est un événement rare sur des échelles de temps assez longs, car la
transposase a des **activités très régulées **
Décris la Régulation de la transcription du
gène codant pour la Tnpase pour Tn3
TnpR agit comme répresseur du transposon Tn3, bloquant la transcription de tnpA, codant pour la transposase (Tnpase permet au tn de se déplacer)
Décris la régulation de la transposition pour Tn10
L’ADN hémi-méthylé favorise la liaison de TnpA et son activité de clivage. Augmente aussi l’activité transcriptionnelle de Ptnp (le promoteur pour la transposase)
- assure que la transposition ne se produit pas de manière excessive
Décris la régulation de la transposition pour Tn5
Tnpase tronquée interagit avec Tnpase
et réduit la dimérisation des Tnpases
fonctionnelle ce qui va
inhiber la transposition
Quel type de gène (fonction) est fréquemment retrouvé dans les intégrons
Abior
VRAI OU FAUX
Les intégrons sont des éléments d’ADN mobile
Faux: Pas des éléments d’ADN mobile, mais qui vont
intégrer de façon privilégiée dans des transposons
Que fait la Présence d’une intégrase
permet la recombinaison
spécifique a une séquence bien précise :
reconnaît des séquences spécifiques sur l’ADN à intégrer
complétez la phrase : au sujet de l’intégron, le Promoteur constitutif (Pc) est orienté vers ______
attI: transcrit les gènes insérés
choisissez
Les cassettes les plus (proches / éloignées) de attI seront les plus exprimées
proches
Que peut il advenir des cassettes les plus distantes à attI ?
deviennent des réservoirs et être réinsérées plus proches de attI au besoin (ex. pour AbioR)
Sur un intégron normal, combien de cassettes consécutives peut on retrouver ?
8-10
Qu’est ce qu’un Superintégrons Xsomiques
Peuvent avoir jusqu’à 217
cassettes encadrées par les
séquences attC, ils sont Présents dans 17% des génomes procaryotes
Quelle est la particularité (l’erreur) que l’on peut retrouver au sujet de l’intégrase de Vibrio cholerae ?
Des fois il y a des erreurs et l’intégrase intègre la cassette a l’envers
Vrai ou faux
les Superintégrons Xsomiques sont des structures peu stables
FAUX : Stable car contient
systèmes toxines
antibiotiques toxines dont la cellule dépend donc s’ils ne sont plus là, ily aura mort de la cellule
Les Toxines- Antitoxines
Vrai ou faux : Il y en a dans TOUS les organismes bacteriens
vrai
Nommez 5 conditions pouvant induire l’activation des systèmes toxines-antitoxines
baisse de nutriments
antibiotique
choc thermique
dommage ADN
système SOS
combien de systèmes T/A possède Mycobacterium tuberculosis
80
Que veut dire cette phrase ?
le Mécanisme de mort cellulaire programmée peut etre consideré comme un sacrifice altruiste
certaines cellules qui vont se tuer, ce qui va libérer des nutriments que les autres cellules pourront utiliser
Que veut dire ΔmazF
MazF chez Myxococcus xanthus est responsable de Formation des corps fructifères, si on mute ce gène ; ΔmazF ⇒inhibition de formation des corps fructifères
chez Myxococcus xanthus
Complètez au sujet de la Formation des corps fructifères :
Il y aura mort de ____ % des cellules, pour former le corps fructifere
les _____% qui restent en vie seront les ____________________ dans les corps fructiferes
Mort de 80% des cellules
les 20% qui vont rester en vie seront des myxospores dans les corps
vrai ou faux
L’Induction de mazF chez E.coli implique la cessation de toute activité métabolique chez la cellule
FAUX Quand on induit mazF chez E.coli, il y a activité qui continue quand meme:
-Poursuite de la synthèse protéique
-Traduction des ARNm ne portant pas le site de coupure (A∧CA ou ∧ACA)
-La cellule passe en état de quasi-dormance
au sujet de l’État de persistance
Complétez :
Il s’agit d’un Phénomène (régulé/aléatoire) présent dans (peu de/toutes les) populations bactériennes
Phénomène aléatoire présent dans toutes populations bactériennes
Les antibiotiques ont il un effet sur les cellules en état de semi dormance ?
non, Quand en état de semi-dormance, les cellules deviennent résistantes aux antibiotiques. Car ex: la pénicilline inhibe la synthèse de peptidoglycan, mais si la cellule est en dormance, elle ne synthétise pas de peptidoglycan, donc aucune influence
Quelles sont les particularités des infections à Pseudomonas aeruginosa ?
Très très AbioR à presque tous les Abio
Elle produit souvent des bio films qui aident aussi dans la resistance
Décrivez l’Approche transcriptomique pour comprendre l’état de persistance
On a pris un GFP à courte 1/2 vie sur gène transcrit par un promoteur actif chez des cellules actives physiologiquement, par cytométrie FACS on a sélectionné les cellules peu fluorescentes. Celles qui sont peu fluo (éteintes) sont persistantes ?
Sur cette figure, quelle population contient les cellules les plus résistantes aux antibios (R3 ou R4)
R4. Elles ne sont pas fluorescentes car elles sont persistantes
Sur la figure suivante, suite à un traitement à l’abio ofloxacin, quelle population sera retrouvée en A et quelle population sera en B (population 1 ou 2)
1 - A (faible AbioR)
2 - B (forte AbioR)
Dans le Transcriptome des cellules « éteintes », l’expression de MazEF, RelBE… etc sera elle haute ou faible ? expliquez
haute, on retrouve une forte expression des systèmes Toxines antitoxines
En quoi consiste MazEF
système de toxine-antitoxine (Escherichia coli) :
MazF : la toxine - clive ARNm au niveau de séquences spécifiques
MazE : l’antitoxine - se lie à MazF et inhibe son activité toxique. MazE est moins stable que MazF
dans le système RelBE, laquelle est la toxine et laquelle est l’antitoxine ?
RelB : L’antitoxine
RelE : La toxine, qui est une ribonucléase.
Complétez la phrase :
la Délétion des TA chez E.coli entraînera une …….
diminution graduelle du nombre de cellules persistantes
VRAI OU FAUX
Une population bactérienne peut être générée a partir d’une seule cellule persistante
Vrai
Comment les T/A xsomiques protègent contre la dépendance aux plasmides
Si le xsome a les genes aussi, il y a arrêt de la dépendance aux plasmides, car la cellule peut faire l’antitoxine elle même mtn
Décrivez la fonction de Protection contre infections phagiques des T/A - nommez ce système
Le phage infecte la cellule, ce qui dégrade l’antitoxine encodée par l’hôte. La toxine libre dans la cellule n’est plus neutralisée par l’Antitox, donc elle tue la cellule infectée ce qui avorte la réplication du phage
SYSTEME ABI (abortion bacteriophage induction)
Décrivez les Mécanismes phagiques anti-TA
Le phage encode pour l’Antitox donc la toxine de l’hote est neutralisée et le phage peut se répliqué même après avoir inhibé la transcription de l’hote.
À quelle température se cultive Dictyostelium discoideum
T pièce
Qu’induit ΔparDE
mort de la cellule suite à un défaut de partage
Distribution phylogénétique des TA
Quel type (I ou II) est plus fréquents sur les plasmides
II
Quelle est la particularité des Archaea au sujet des TA et de leur génome
Les archeas ont plus de ces systèmes par taille de génome, mais on ne sait pas vraiment pourquoi
Vrai ou faux
on retrouve beaucoup plus de T/A dans les espèces intracellulaires obligatoires
Faux ! Absence de TA dans les espèces intracellulaires obligatoires, car pas vraiment de besoin. La taille de leur génome diminue souvent, car moins de stress environnementaux
Décrivez la cible thérapeutique potentielle des TA sur le VIH
Cellules de mammifères PVIHTox : Infection par virus, il y a synthèse de certains genes qui vont activer le système AT pour tuer le virus. Ça fonctionne juste en labo, pas encore vu chez les animaux, mais c’est un debut de recherche
Qu’est ce que le Résistome
ensemble des entités procurant une résistance
les systèmes TA ont ils un ancêtre commun connu ?
Non, Absence d’ancêtres communs
Quel lien fait on entre T/A avec l’expérience de la colicine
Les colicines, quand une cellule peut en produire, ils vont aussi produire une antitoxine pour se proteger eux meme de la colicine
Qu’est ce que le Mobilome
ensemble des éléments mobiles
Qu’est ce que le Transcriptome
ensemble des transcrits
comment appelle t’on l’ensemble des protéines sécrétées
*Sécrétome
Comment appelle t’on l’ensemble des gènes codants
le génome
quelle discipline scientifique a considérablement pris de l’expansion avec l’ère du séquençage ? C’est quoi ?
génomique : «Branche de la génétique qui étudie les génomes.»
Qu’est ce que la métagénomique
étudier une POPULATION microbienne
le 1er génome séquencé était celui de quel organisme ? En quelle année ?
Haemophilus influenzae - en 1995
le 2e génome séquencé était celui de quel organisme ? En quelle année ?
Mycoplasma genitalium en 1995
On sait qu’il y a un biais très fort pour quelle division / phylum bactérien ? pourquoi ?
Proteobacteria, Car les proteobacteries sont souvent des pathogenes
Quel type de mutation est représenté ici ? est ce que cette mutation est réplicative ou conservative ?
transposition conservative, un même morceau a été déplacé
Quel type de mutation est représenté ici ? Dans quel contexte cette mutation serait bénéfique pour un m-o
inversion : Certains organismes utilisent ça pour la régulation, car fonctionne dans les deux bords avec des fonctions differentes (SWITCH)
Quelle mutation est représentée ici ?
translocation réciproque. 2 xsomes différents vont échanger du matériel
Quelles mutations sont les plus fréquentes entre les structurales ou les ponctuelles ?
Les ponctuelles
L’une des premières observations était qu’il était possible de trouver de l’homologie entre les gènes. Qu’est ce que l’homologie ?
gènes possédant un ancêtre commun - descendants du même gène
que sont des gènes Orthologues
gènes possédant un ancêtre commun, dont les produits ont des fonctions similaires, mais présents dans des espèces différentes
Comment appelle t’on des gènes dont les produits ont des fonctions similaires et qui proviennent de la duplication d’un gène ancestral (dans le même génome)
gènes Paralogues
Sur la figure suivante, identifiez en A, B, C, D et E:
les gènes orthologues;
les gènes paralogues
expliquez pourquoi en A , et décrivez brièvement en B et C
A : paralogues pcq il y a eu duplication
B: orthologues
C: orthologues
Ils ont la même origine et probablement la même fonction, mais sont dans organismes différents
D: paralogues
E: paralogues
Que signifie l’acronyme COG
Clusters of orthologous groups
EX.: si gène 1 est une transposase, gènes 2-3-4-5 dans un %ID significatif après alignement risquent d’être transposases aussi
Si je m’intéresse à l’organisme du bas (Gris pale). On sait que chez l’organisme du haut (foncé), A, B et C sont des gènes structuraux. On sait également que A et C sont des gènes structuraux chez l’organisme du bas. Que peut on déduire au sujet du gène B chez l’organisme du bas ? Pourquoi ?
Il est probable qu’il s’agisse d’un gène structural également en raison de la tendance des gènes a consserver leur architecture.
En pensant à l’architecture conservée des gènes, expliquez l’absence du gène D (x) chez l’organisme du bas
Ils peuvent parfois se départir de séquences si elles ne sont plus utiles, peut être remplacé par un autre gène.
Qu’est ce que le Pan-génome
l’ensemble des gènes pour un groupe de génomes (En d’autres mots, le répertoire génique complet pour un groupe de génomes)
Quel organisme a le plus petit pan génome entre un saprophyte retrouvé dans l’environnement VS une souche pathogène de Leptospira ? pourquoi ?
le saprophyte. Il a moins besoin de s’adapter, pas beaucoup d’hôtes variées donc peu de nouvelles acquisitions ou d’échanges.
De quoi est constitué le génome de coeur ? fonctions ?
Gènes présents dans tous les génomes, Impliqués dans la traduction, réplication, division, l’homéostasie . FCTS importantes,
Le pan-génome d’E. coli est estimé à environ 90 000 gènes, la plupart sont des ORFans. Que signifie ORFan
Gènes pour lesquels on ne sait pas encore pour quoi ils codent
Quel COG ?
Les gènes faisant partie de ces COG sont les plus nombreux dans un génome et peuvent donner des indications sur les relations évolutives pour des espèces relativement proches. P-E impliqués dans la colonisation ou la survie à leur environnement
shell - caractéristiques
Les gènes de ce COG sont conservés dans un nb restreint de génomes, mais constituent une grande proportion du génome. Peuvent être apparentés à des plasmides par exemples.
accessoire (Cloud)
Vrai ou faux ?
Les ORFans sont des gènes putatifs avec orthologues
FAUX sans orthologues
Vrai ou faux ?
La majorité des « vrais » ORFans est d’origine phagique, qui est encore grandement inconnue
Vrai
Les eucaryotes ont des génomes plus gros à cause, entre autres, des régions non-codantes. Donnez l’une des théories expliquant le plus petit génome chez les procaryotes.
Ils peuvent subirent une pression sélective pour un petit génome afin de conserver une haute efficacité métabolique/énergétique
VRAI OU FAUX
Chez les procaryotes, les virus et certains eucaryotes (à petits génomes), il y a plus de 85 % de régions codantes, avec très peu de variations
FAUX il y a de la variation pour certains génomes (40 à 97 %)
Quelle est l’organisation particulière des génomes des virus pour économiser de l’espace
Les virus ont meme des chevauchement des fois pour sauver encore plus de place, il faut juste changer de cadre de lecture
Quel pourcentage du génome Eucaryote multicellulaire est composé de régions non codantes
> 95%
Vrai ou faux. Chez les virus, on peut retrouver 100% de région codantes
vrai
Laquelle de ces distributions (rose ou bleue) représente la taille moyenne des génomes bactériens (et l’autre représente la taille pour qui ?)
Bleue pour bactéries, moyenne à 2 Mb et 5Mb bimodale. Lautre est pour les archaeas unimodale à 2Mb
Un génome bactérien typique fait environ 5 Mb et possède environ (-?-) gènes (codant pour des (-?-) )
5000 gènes protéines
Quelle est la particularité du génome de Sorangium cellulosum
Le plus grand génome connu est celui de Sorangium cellulosum
Quelle est la particularité du génome de Nasuia deltocephalinicola
Le plus petit génome connu est celui de Nasuia deltocephalinicola
Quelles sont Les deux entités universelles du génome (tjrs présent)
ARNr et les ARNt
(3 gènes ?) Un génome a minimalement une copie des gènes -, - et -
5S, 16S et 23S
Qu’est ce qu’un Chromide :
: Réplicon avec un système de réplication plasmidique, mais qui possède au moins un gène essentiel.
