Exam 1-Powerpoint 1-2 Flashcards
De quoi est composé un acide aminé
1) Groupement aminé
2) Groupement carboxyle
3) Chaîne latérale (Groupement fonctionnel)
Les acides aminés aliphatiques sont-ils polaires ou non-polaires
non-polaires (hydrophobiques)
Quels sont les acides aminés aliphatiques
1) Alanine,
2) glycine,
3) isoleucine,
4) leucine,
5) méthionine,
6) proline,
7) valine
La phénylalanine et le tryptophane (aromatiques) sont-ils polaires ou non-polaires
Non-polaires (non chargés à pH neutre) donc hydrophobique
La cystéine, glutamine, serine, thréonine, tyrosine et asparagine sont-ils polaires ou non-polaires
Polaire (et neutre- non chargés à pH neutre)
L’acide aspartique, acide glutamique, arginine, histidine et lysine sont-ils polaires ou non-polaires
Polaires et chargés à pH neutre (acide et basique)
Les propriétés des acides aminés dépendent de quoi
des chaînes latérales
Quels sont les 3 propriétés physiques des acides aminés
1) Propriétés rotatoires optiques (chiralité)
2) Absorption de la lumière
3) Solubilité
Décrivez la propriété physique des a.a concernant les propriétés rotatoires optiques (chiralité)
Dévier la lumière polarisée
Décrivez la propriété physique des a.a concernant l’absorption de la lumière
- Une solution d’a.a est incolore
-Ils absorbent les UV en dessous de 230nm (SAUF les a.a aromatiques)
Décrivez la propriété physique des a.a concernant la solubilité
-Globalement solubles dans l’eau (moins à un pH près du pHi)
- Les a.a polaires peuvent établir des ponts H avec l’eau
-Les a.a à longues chaînes aliphatiques sont peu solubles
-Certains a.a sont solubles dans l’éthanol
-Les a.a sont pratiquement insolubles dans la plupart des solvants organiques
Quel acide aminé est soluble dans l’éthanol
Pro
La charge nette d’un a.a dépend de quoi
Du pH de la solution ambiante
Les a.a sont des molécules_______: Elles peuvent agir comme des acides et comme des bases
amphotères
Qu’est-ce qu’un zwitterion
forme neutre qui possède autant de charges positives que de charges négatives
Quelle est la formule du pH
pH= -log [H+]
Un acide fait quoi
donne H+
Une base fait quoi
accepte H+
Quelle est la formule du pKa
-logKa
Plus un acide est fort, plus son pKa est_______
faible
Plus une base est forte, plus son pKa est ______
élevé
Qu’est-ce qu’une solution tampon
solution dont le pH changera peu quand une petite quantité de base forte ou acide fort y est ajouté
Comment calculer le pI
(pK1+pK2)/2
Dans un acide alpha-aminé, le groupement aminé et le groupement carboxyle sont attachés à quel carbone
le même atome de carbone
Si les 4 substitutions sur le carbone alpha sont différentes, l’acide aminé est _______
Chiral (tous chiral sauf glycine)
Qu’est-ce que la chiralité
L’image miroir, non superposable. Énantiomères R et S et énantiomère D et L
Notre organisme préfère quel isomère
isomère L (juste cet isomère dans les protéines)
Qu’est-ce qu’un acide aminé essentiel
acide aminé dont l’organisme ne peut pas faire la synthèse (tirés de l’alimentation)
Qu’est-ce qu’un acide aminé non essentiel
Acide aminé dont la voie de synthèse existe à partir de précurseur disponible
quelle est la relation entre le nombre d’a.a et la possibilité de peptides
na.a–>n! possibilité
ex: 3a.a–> 6 possibilités
Un polypeptide a jusqu’à combien d’a.a
moins d’environ 50 a.a
Quelles sont les 2 classes de protéines
1) Holoprotéines
2) Hétéroprotéines
Qu’est-ce qu’une holoprotéine
Seulement composée d’acides aminés
Qu’est-ce qu’une hétéroprotéine
Composée d’acides aminés + autre(s) molécule(s) fixée(s) de façon labile ou de façon covalente (ex: groupement prosthétique)
Quelles sont les 6 hétéroprotéines et leur composition exacte
1) Phosphoprotéine (protéine + phosphate)
2) Lipoprotéine (protéine + lipide)
3) Flavoprotéine (protéine + flavine (FAD))
4) Métalloprotéine (Fe,Cu, I)
5) Ribonucléoprotéine (Protéine + ARN)
6) Glycoprotéine (Protéine + sucre)
Quelles sont les 2 types de protéines
1) Protéines fibreuses
2) Protéines globulaires
Quelles sont les caractéristiques d’une protéine fibreuse
- Fonction statique de structure
- Insoluble dans l’eau
- Ont des répétions de motifs simples
-Ex: Kératine ou collagène
Quelles sont les caractéristiques d’une protéine globulaire
-Fonction dynamique
-Soluble dans l’eau (cytosol, fluide extracellulaire)
-Ex: Enzyme, hormone, anticorps…
Qu’est-ce qu’une structure primaire des protéines
Séquence d’a.a
Qu’est-ce qu’une structure secondaire des protéines
Réfère à la structure spatiale adoptée par des a.a ADJACENTS sur une portion de la protéine
Qu’est-ce qu’une structure tertiaire des protéines
Structure spatiale créée par les interactions entre les chaînes latérales des a.a ÉLOIGNÉS
Qu’est-ce qu’une structure quaternaire des protéines
-Structure contenant plus d’une chaîne polypeptidique
-Assemblage des protéines entre elles.
Quelles sont les forces qui agissent sur la structure secondaire et tertiaire de la protéine
-Structure du lien peptidique (Plan et polaire + encombrement stérique favorise la configuration trans)
-Pont disulfure
-Liaison hydrogène
-Liaisons ioniques
-Liaisons hydrophobes
Il y a un nombre limité de ________ pour une protéine donnée
conformations
Une liaison peptidique est formée lors de quel type de réaction
Réaction de déshydratation (ou condensation)
Pourquoi la rotation autour du lien peptidique est empêchée
Délocalisation électronique: La liaison peptidique est plane et rigide avec un caractère de double liaison partielle.
L’encombrement stérique des groupements R favorise la conformation ____ de la liaison peptidique
trans
Quel est le nom des deux angles de rotation que la rotation des 2 liens entourant le C alpha permet. (flexibilité du squelette peptidique)
Angles de Ramachandran: Φ (de N vers carbone alpha) et Ψ (de carbone alpha vers carbonyl)
Quels facteurs limitent la flexibilité du squelette peptidique (pas la possibilité d’une rotation -180 à 180 degrés)
Des facteurs stériques et énergétiques
Les rotations des liens peptidiques jouent un rôle important dans la détermination de la _________________
structure secondaire des protéines.
Est-ce que tous les combinaisons d’angles sont possibles dans le diagramme de Ramachandran? Pourquoi?
Non. Certaines valeurs d’angles ne peuvent pas être combinées parce que les groupements chimiques occuperaient littéralement le même espace
L’information la plus détaillée sur la structure des biomolécules nous est fournie par la __________ et la ___________
diffraction et la cristallographie aux rayons X.
Quelles sont les caractéristiques de la cristallographie
-Méthode longue, coûteuse et hautement spécifique
Quelles sont les caractéristiques des ponts disulfure
-Liaison covalente
-Nécessairement entre 2 cystéines et forme un groupement cystéine
Quelles sont les caractéristiques des liaisons hydrogène
-Liaison non-covalente
-Entre C=O et les NH- des liaisons peptidiques
-Entre les groupements latérales de certains a.a (entre gr. quand même loin)
Quels a.a peuvent faire des liaisons hydrogène?
1) Groupement hydroxyle (Ser, Thr, Tyr)
2) Groupement imidazole (His)
3) Groupement γ-carbonyle (Asp, Glu)
4) Groupement amide (Asn, Gln)
Quelles sont les caractéristiques des liaisons ioniques
-Liaison non-covalente électrovalentielle
-Entre un radical chargé positivement (-NH3+ ou =NH2+) et un radical chargé négativement (-COO-)
-A.a. impliqués: Lys, Arg, His, Asp, Glu
Quelles sont les caractéristiques des liaisons hydrophobes
-Un certain nombre d’a.a ont une chaîne latérale hydrophobe, non-polaire: Ala,Val, Leu, Ile, Phe
-Ils ne forment pas de liaison avec les molécules d’eau
-Ces chaînes latérales ainsi repoussées ont tendance à se rapprocher
-Ce rapprochement permet des interactions de type force de Van der Waals
Quelles sont les deux types de protéines fibreuses
1) Protéines fibreuses alpha—>protéines élastiques
2) Protéines fibreuses beta–> protéines inextensibles
Quelles sont les caractéristiques de l’hélice alpha
- Stabilisée par des liaisons hydrogènes: entre N-H et O du carbonyle occupant la 4e place.
-Les C=O sont tournés vers l’extrémité c-terminale
-Les chaînes latérales sont dirigées vers l’extérieur
-Pas de l’hélice droite: 0,54nm
-3,6 résidus par tour
-Distance entre des atomes semblables situés sur des a.a adjacents: 0,15nm
-Ne contient jamais de proline
Comparer la conformation hélice droite et hélice gauche
-Hélice droite: Plus fréquente, plus longue
-Hélice gauche: Plus courte (4aa., surtout glycine) et rarement rencontrée.
Qu’est-ce qu’une protofibrille
3 hélices alpha droites s’entourent une avec l’autre
Les boucles des cheveux jouent sur quel type de liaison
ponts disulfures
Quels sont les 2 types de feuillet plissé beta
1) Parallèles
2) Anti-parallèles
Dans les feuillets beta parallèles les liaisons H sont __________
régulièrement espacées
Dans les feuillets beta antiparallèles les liaisons H sont __________
peu espacées alternant avec des liaisons H très espacées
Quelles sont les caractéristiques des feuillets plissés beta
- Les liaisons peptidiques sont parallèles et dans un même plan
- Les groupements R sont perpendiculaires au plan du feuillet
-Les groupements R sont petits
-Le feuillet est stabilisé par des liaisons H appartenant aux C et N de la liaison peptidique
-Périodicité: 0,70nm
-Pas de cys ni Pro
Quelle est la structure d’une hélice de collagène
-Tropocollagène=3 chaînes polypetidiques d’environ 1000 a.a.
-Chaque chaîne forme une hélice gauche
-3 hélices gauches s’enroulent pour former une hélice triple droite
-Stabilisée par de liaisons hydrogène entre les 3 brins
-Résistance à l’étirement
Où retrouve-t-on l’hélice du collagène
- Dans les os
- Dans les tendons
- Dans la peau
- Dans les vaisseaux sanguins
Quelles sont les caractéristiques d’une hélice de collagène
-Différente de l’hélice alpha
-Liaisons H entre les hélices (Au niveau de hydroxyproline)
-Distance entre les atomes semblables situés sur des a.a adjacents: 0,29nm
-Un peu moins de 3 résidus par tour (pas)
Quel est le motif de l’hélice de collagène
-(Gly-X-Pro-) ou (-Gly-X-Hyp-)
-Seule la Gly peut occuper cette place (pas de R encombrant)
-X=surtout Pro et Hyp (rigidité)
-Hydroxylysine (Hyl) est également retrouvée et participe à des liaisons covalentes avec des sucres
-Allysine (aldhéhyde de Lys) intervient aussi dans des liaisons H intercalaires
Comment est-ce qu’on synthétise de l’hydroxyproline (Hyp)
À partir de la proline grâce à une enzyme (prolyl hydroxylase) qui fonctionne en présence de vitamine C (acide ascorbique)
Quelle est le lien entre le collagène et le scorbut
-La vitamine C est un cofacteur essentiel pour l’enzyme prolyl-hydroxylase et pour l’enzyme lysyl hydroxylase (permet la formation de Hyp dans les brins de collagène + a.a impliqué dans la formation des liens hydrogène entre les brins de collagène)
-Scorbut= carence en vitamine C donc enzyme fonctionne modérément ou peu.
-Le tropocollagène ne peut pas former des réticulations covalentes
- Triple hélice instable T de la pièce et ne se forme pas à la T du corps
Quel est le lien entre le collagène et le vieillissement
Avec le vieillissement…
-Augmentation des liaisons covalentes intra- et intercaténaires
- Fibres de collagènes plus rigides et cassantes
-Altérations des propriétés mécaniques de la protéine
-Rides, cornée de l’œil moins transparente
Qu’est-ce que la conformation du coude beta
- Une séquence de 4aa qui permet à une chaîne de changer de direction
- La chaîne principale fait un tour en U serré. Se retrouve souvent à la jonction de 2 segments de la chaîne formant un feuillet beta antiparallèle.
-Ces coudes contiennent généralement une glycine ou une proline.
Qu’est-ce que la structure pelote statistique (Random Coil)
- Structure non-ordonnée (contrairement aux hélices ou feuillet)
-Pas de forme géométrique régulière dans l’espace
-Peut être très importante pour l’activité de la protéine
Quelles sont les interactions dans les protéines globulaires
1) Hydrophobe (élimine l’eau à l’intérieur d’une protéine)
2) Pont disulfure (stabilisation de la structure)
3) Liaison H
4) Liaison ionique
Le repliement des protéines de grandes tailles dépend de la présence d’enzymes: _____________
Les chaperons moléculaires
Quels sont les rôles des chaperons moléculaires
1) L’assemblage ou le repliement exacte de protéines sans qu’elles fassent partie de ces dernières
2) Empêche le repliement prématuré
3) Peut accélérer le repliement
La protéine chaperon est une protéine dont la fonction est d’assister d’autres protéines dans leur repliement en évitant la formation ________ via les ___________ présents sur leur surface lors de leur repliement tridimensionnel.
agrégats, domaines hydrophobes
Pourquoi il y a un risque d’agrégation irréversible entre les protéines
Les groupements hydrophobes interagissent avec d’autres groupement hydrophobes. Nécessité des protéines chaperons.
Beaucoup de protéines sont des protéines de ________ c’est-à-dire des protéines exprimées en réponse à des _________ ou _______________
-choc thermique (heat shock protein, Hsp)
-variations de température¸
-d’autres stress cellulaire (ex stress oxydatif)
Quels sont les rôles de la Hsp 90 (heat shock protein)
- Communication cellulaire
- Protège protéines instables dans le processus de division cellulaire et d’embryogénèse
- Masque les mutations qui ont pu s’accumuler
- En condition de stress thermique, Hsp 90 est une protéine chaperon (mutations cachées s’expriment donc stress=macroévolution
Qu’est-ce que la dénaturation
La conformation tridimensionnelle d’une protéine peut être bouleversée, désorganisée, sans que soit rompue la moindre liaison peptidique, par rupture uniquement des liaisons qui permettaient à l’édifice de maintenir sa conformation dans l’espace
Quels sont les agents dénaturants des protéines
1) Variation de pH
2) Augmentation de température
3) Agents chaotropes (urée, guanidine)
4) Détergents (sodium dodécylsulfate, SDS)
5) Agents réducteurs (beta-mercaptoéthanol, dithiothréitol)
6) La simple dilution ou agitation
Dans les agents dénaturants des protéines, quelle est l’impact de la variation du pH
Désamination Asn, Gln, modifie l’ionisation des chaînes latérales (répulsion), dislocation des liaisons H
Dans les agents dénaturants des protéines, quelle est l’impact de l’augmentation de température
Augmentation de vibration et rotation–> Destruction des interactions faibles
Dans les agents dénaturants des protéines, quelle est l’impact des agents chaotropes (urée, guanidine)
Provoquent un afflux de molécules d’eau–> dislocation des interactions hydrophobes
Dans les agents dénaturants des protéines, quelle est l’impact des détergents (sodium dodécylsulfate, SDS)
Les chaînes hydrophobes de détergent envahissent le coeur hydrophobe de la protéine et provoque sa dénaturation
Dans les agents dénaturants des protéines, quelle est l’impact des agents réducteurs (beta-mercaptoéthanol, dithiothréitol)
Réduction des ponts disulfures
Dans les agents dénaturants des protéines, quand est utilisé la simple dilution ou agitation
Lors du processus de purification des protéines (ex: vortex)
Qu’est-ce qui fait qu’une protéine est réversible et donne un exemple d’une protéine réversible
La séquence primaire comporte l’information nécessaire pour imposer une structure spatiale données dans des conditions intracellulaires définies. Ex: Ribonucléase A
Quelles sont les caractéristiques de la myoglobine (protéine globulaire)
-Pour le transport d’O2 dans les muscles
-Structure tertiaire= 8 hélices alpha
-Hétéroprotéine: groupement prosthétique (hème)
Comment nomme-t-on la partie protéique d’une hétéroprotéine
apoprotéine
Plusieurs chaine polypeptidiques individuelles peuvent s’associer de manière spécifique. On les appelle ______, __________ ou __________.
monomère, protomère, sous-unité
Qu’est-ce qu’un homodimère
oligomère composé de 2 monomères identiques
Les sous-unités peuvent également différer dans leur __________ et leur ________
structure, fonction
Quelles sont les 2 techniques pour la détermination de la structure tridimensionnelle d’une protéine
-Cristallographie et diffraction aux rayons X
- Spectroscopie par résonnance magnétique nucléaire (RMN)
Quelle est la limitation de la cristallographie et diffraction aux rayons X
Obtention d’un cristal de protéine pure (+ difficile)
Quelles sont les avantages/caractéristiques de la spectroscopie par résonnance magnétique nucléaire (RMN)
-Avantage: les protéines sont en solution (+ facile)
-Analyse mathématique complexe (donc juste prot. avec poids moléculaire faible)
-Protéines < 15 000
Quelles sont les deux techniques pour la détermination du poids moléculaires d’un oligomère
-Chromatographie de filtration sur gel de Séphadex
-Électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS (SDS-Page)
Dans une chromatographie de filtration sur gel de Séphadex, quel type de particules sortent en premier/migrent plus rapidement?
Grosses particules
Dans l’électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence de SDS (SDS-Page), quel type de particules arrivent en premier/migrent plus rapidement?
Petites particules (électrophorèse influence sur les charges)
Qu’est-ce qu’une protéine allostérique
Protéine dont l’activité est modulée par la fixation d’une petite molécule appelée modulateur allostérique
Quels sont les deux types de modulateurs allostériques
-Effecteur allostérique (augmente l’activité de la protéine)
-Inhibiteur allostérique (diminution de l’activité de la protéine)
La fixation du modulateur allostérique fait quoi
- Modifie légèrement la conformation de la protéine native et la rend plus ou moins fonctionnelle
- Fixation réversible
- Passage transitoire de la forme R à la forme T
Quel est un exemple d’une protéine allostérique
Hémoglobine
Quelles sont les caractéristiques de l’hémoglobine
-Tétramère (4 sous-unités)
-2 exemplaires de 2 monomères différents
-> α = chaîne de 141 aa
-> β = chaîne de 146 aa
-> chaînes α et β sont analogues, mais codées par des gènes différents et ayant des structures primaires différentes
-> chaînes β, γ, δ humaines ont des structures très bien conservées
Quelles sont les 4 formes d’hémoglobine
1) HbA= α2β2 (hémoglobine adulte normale)
2) HbA2= α2δ2 (hémoglobine adulte mineure)
3) HbS= α2S2 (hémoglobine drépanocytaire)
4) HbF= hémoglobine fœtale
Le fœtus humain synthétise d’abord quels types de chaînes?
les chaînes ζ (zeta) et Ɛ (epsilon)
À la fin du premier trimestre (bébé), les sous unités α ont remplacé les _____ et les sous-unités γ ont remplacé les _______
ζ, Ɛ
À la fin de la vie fœtale, l’hémoglobine est de forme ________.
α2γ2
Les sous-unités β, dont la synthèse commence au __________ ne remplace pas complètement les γ avant ___________
troisième trimestre, quelques semaines après la naissance
Qu’est-ce qui est un groupement prosthétique pour plusieurs métallo-protéines (groupe des hémoprotéines)?
Groupement hème
À part l’hémoglobine quelle autre protéine est une hémoprotéine et quel est la différence entre celle-ci et l’hémoglobine
La myoglobine
Différence: c’est une protéine monomérique (une seule unité fonctionnelle)
Ancêtre commun avec l’hémoglobine
L’hémoglobine s’unit à combien de molécules d’oxygène
4 molécules d’oxygène. Une par sous-unité
La courbe de saturation d’oxygène dans l’oxygénation de l’hémoglobine est de quel type et pourquoi?
Sigmoïdale grâce à la cinétique de liaison coopérative
Expliquez le concept de la cinétique de liaison coopérative
Si O2 est déjà présent, la liaison des molécules d’O2 suivantes se fait plus facilement.
Comme la libération du premier O2 est plus facile que la libération du prochain
L’affinité relative des différentes hémoglobine pour l’oxygène se compare comment
par la P50
Qu’est-ce que la P50 dans la courbe de saturation de l’hémoglobine
la pression partielle d’oxygène qui sature à demi une hémoglobine
Que signifie un P50 faible dans la courbe de saturation de l’hémoglobine
L’hémoglobine a une forte affinité pour l’oxygène, donc elle capte l’oxygène plus facilement mais le relâche moins facilement aux tissus.
Quels sont les valeurs de P50 de le HbA et de le HbF
27mm Hg et 20mm Hg respectivement
Après la naissance, pourquoi le HbF n’est plus approprié
Sa grande affinité pour O2 diminue son pouvoir de livraison aux tissus. (avant la naissance pertinent pour extraire l’O2 de HbA du sang placentaire)
Pourquoi la myoglobine a beaucoup d’affinité pour le O2
- Pauvre transporteur d’O2
-Stockage d’oxygène dans les muscles
-Lors d’un exercice intense, la PO2 peut descendre à 5mmHg–> libération facile de l’O2
Quels sont les pressions dans les poumons et dans les veines?
PO2 poumon= 100mmHg
PO2 veineux= 40mmHg
Quelles sont les deux formes que peuvent prendre les protéines multimériques dans leur changement de conformation en présence d’O2
Forme T (tendue)
Forme R (relâchée)
Quelles sont les caractéristiques de la forme T (tendue)
-Forme partiellement oxygénée.
-Pour une enzyme allostérique plus faible affinité pour son substrat
-pH bas
-Cavité centrale plus bas
-Grande affinité pour CO2 et H+
-Déoxyhémoglobine
Quelles sont les caractéristiques de la forme R (relâchée)
-Forme oxygénée
-Pour une enzyme allostérique plus forte affinité pour son substrat
-pH élevé
-Cavité centrale plus petite
-Faible affinité pour CO2 et H+
-Oxyhémoglobine
Quelle est la réaction d’une cellule qui a utilisé son oxygène–> pleine de CO2
CO2 + H2O –> H2CO3–> H+ + HCO3-
Quel le rôle de l’anhydrase carbonique dans le transport d’oxygène
Enzyme qui catalyse la réaction réversible entre le dioxyde de carbone (CO₂) et l’eau (H₂O) pour former de l’acide carbonique (H₂CO₃), qui se dissocie rapidement en ions bicarbonates (HCO₃⁻) et protons (H⁺).
(CO2 + H2O –> H2CO3–> H+ + HCO3-)
Le CO2 se lie à quelle partie de l’hémoglobine
À l’extrémité des 4 chaînes de globine–> carbaminohémoglobine (partie protéique) (effet Bohr)
Le H+ se lie à quelle partie de l’hémoglobine
H+ se lie à l’histidine 146 de la β-globine (effet Bohr)
Expliquez le transport d’oxygène par l’hémoglobine
-Globule rouge contenant de l’oxyhémoglobine s’approche
-Le pH acide induit une transition de l’hémoglobine R–> T
- La conversion en forme T diminue l’affinité de l’Hb pour l’oxygène donc libération de O2 aux tissus
-Hb T évacue l’excès de CO2 et H+ des tissus (20%) (Effet Bohr)
- Le CO2 est facilement libéré par simple compétition avec l’oxygène
Qu’est-ce que l’effet Bohr
L’effet Bohr est la diminution de l’affinité de l’hémoglobine pour l’oxygène lors d’une augmentation de la pression partielle en CO2 ou d’une diminution de pH.
Le CO2 réagit avec quels groupements de l’hémoglobine et selon quelle réaction
Les groupements N-terminaux de l’hémoglobine
CO2+Hb-NH3+ = 2H+ +Hb-NH-COO-
(formation d’un carbamate et libération de H+ qui contribue à l’effet de Bohr)
Lors de l’effet Bohr, la charge positive de -NH3+ est maintenant négative (COO-) ce qui favorise quoi
La formation de pont salin entre les extrémités des sous unités alpha et beta, ce qui favorise la conformation désoxy, donc réduit l’affinité pour l’oxygène
Quelle forme de l’hémoglobine agit comme tampon dans le sang et pourquoi
La forme désoxygénée de l’hémoglobine est plus apte à capturer des protons (H⁺) grâce à des résidus comme l’histidine, dont les propriétés ionisables sont influencées par le pH. Ces résidus changent de conformation lorsqu’ils sont protonés, facilitant la capture des ions H⁺ lorsque le pH baisse.
Qu’est-ce que la BPG (2,3-Biphospho-D-Glycérate)
-Un modulateur allostérique qui favorise un changement de conformation pour favoriser libération facile de O2
-Stabilise la forme T
-Dans les tissus, un manque d’O2 accroit l’accumulation de BPG (formé à partir d’un intermédiaire de la glycolyse)
La molécule de BPG (2,3-Biphospho-D-Glycérate) se lie dans quelle partie de l’hémoglobine
Dans la cavité centrale formée par les quatre sous-unités de Hb (mais seulement quand la cavité est plus large (forme T)…maintien cavité plus grande pour favoriser forme T)
La BPG va avoir quel effet sur la courbe de saturation d’oxygène
La courbe va être plus vers la droite car moins d’affinité pour le O2 (libération de O2)
Le Hb foetale a plus d’affinité pour le O2 que le Hb adulte pour quelles 3 raisons
-pH
-concentration de O2
-Pas de BPG
Expliquez le fonctionnement de l’anémie falciforme
- Mutation d’un acide glutamique en valine (aa non-polaire) en position 6 dans la chaîne β à la surface de l’hémoglobine (exposée à l’eau)–>forme une “pièce adhésive”
- Cette pièce adhésive est présente sur HbS désoxy et sur HbS oxy (mais pas sur HbA)
- Il existe sur HbA désoxy une séquence complémentaire à cette pièce adhésive
- Polymérisation de HbS en condition de manque d’oxygène
Quelles deux conditions doivent être présentes pour que l’anémie falciforme se produise
- Patch collante (mutation)
- Configuration désoxy
Quelles sont les manifestations cliniques de l’anémie falciforme (Hémoglobine S, Drépanocytose)
- Retard de développement chez l’enfant
-Anémie hémolytique chronique
-Susceptibilité aux infections
-Syndromes thoraciques aigues
-Accident vasculaire-cérébraux (AVC)
Décrivez l’aspect génétique de l’anémie falciforme (Hémoglobine S, Drépanocytose)
-Mutation autosomale récessive
-Seuls les individus homozygotes développent la maladie
-Les individus hétérozygotes ne sont pas malades, mais sont porteur
-Cette mutation augmente la résistance à l’agent de la malaria (plasmodium malariae) qui parasite les globules rouges (favorise les porteurs hétérozygotes) (Afrique/ Haïti++)
Qu’est-ce qu’un prion (PROteinaceous INfectious particule)
Type de protéine dont la conformation est anormale et capable de transmettre cette forme mal repliée à des variantes normales de la même protéine
Le prion pathologique _____ est une forme spéciale de la protéine_____
PrPsc, PrPc
La PrPc est impliquée comment dans le fonctionnement normal des cellules (présente avant la spéciation des mammifères)
-Impliquée dans le développement du système nerveux de l’embryon
-Rôle antioxydant protecteur vis-à-vis de l’apoptose
-Processus de différentiation et d’adhésion des cellules entre elles dans le cerveau et la moëlle épinière
Qu’est-ce que le PrPsc
Prion pathologique
C’est une protéine PrPC repliée différemment. La structure tridimensionnelle anormale est soupçonnée de conférer des propriétés infectieuses, en reconfigurant les molécules de protéines voisines dans la même forme.
Que se passe-t-il quand un prion pénètre le neurone
Il se multiplie en dépliant/repliant les protéines PrPc en PrPsc.
La forme PrPsc n’est plus dégradée par le protéolyse et s’accumule dans la cellule nerveuse (lysosome), finit par la tuer et former des plaques de dépôts dans le cerveau.
Les prion cause quels problème chez l’animal et l’humain?
Animal: Tremblante du mouton (scrapie), Encéphalie spongiforme bovine (maladie de la vache folle), atteint le vison, le cerf, l’élan, les felins et les chiens
Homme: Maladie de Kuru, Maladie de Creutzfeldt-Jakob, Maladie de Gerstmann-Sträussler-Scheinder
*Maladies spongiformes
*Toujours fatales, aucun traitement
Comment définit-on les modifications post-traductionnelles des protéines (caractéristiques)
-Modifications après la traduction de la protéine
-Modifications chimiques et covalentes
-Catalysées par des enzymes
-Modifie la fonction, la localisation et l’expression d’une protéine (pas systématiques, certaines spécifiques à certains types cellulaires)
-Niveau supplémentaire de régulation de la protéine
Quels sont les 3 types de modifications post-traductionnelles des protéines vue en classe
- Pont disulfure
- Phosphorylation
- Glycosylation
Quels sont les rôles des modifications post-traductionnelles des protéines
- Régulation de l’activité des protéines
-Etiquetage: reconnues par des partenaires métaboliques ou des systèmes de dégradation
-Ancrer une membrane
-Cascade de signalisation
-Adressage
-Définir une identité immunologique
Quelles sont les caractéristiques des ponts disulfures
-Entre 2 Cys dans un même peptide
-Entre 2 Cys de 2 peptides
-Réaction oxydoréduction
-Présent principalement dans les protéines sécrétées
-Protège la protéine contre la dénaturation dans les milieux extracellulaires
Quelles sont les caractéristiques de la phosphorylation
-Sérine, thréonine et tyrosine
- 1/3 des protéines cellulaires humaines participent à des processus de phosphorylation réversible
-Protéines kinase et protéine phosphatase ajoute ou enlève phosphates
-phosphosérine + phosphothréonine modifie l’activité enzymatique et la localisation subcellulaire
-phosphotyrosine: Régulation de voie de signalisation
Quelles sont les caractéristiques de la glycosylation
-Les protéines sécrétées et les domaines transmembranaires extracellulaires sont souvent modifiés par l’addition de sucres (glycosylation)
-Rôle dans le repliement, la sécrétion et la stabilité des protéines
-Liaison de type O-liée (Ser et Thr)
-Liaison de type N-liée (Asn)
-Plus complexes (10-20 monosaccharides)
-Simple (2-5 monosaccharides)
