Écologie, industrie, recherche Flashcards by Sandrine Gervais

Par quoi est déterminée une niche écologique

*Capacité d’assimiler une source de carbone de faible poids moléculaire par fermentation ou respiration
*capacité de transformer des petits composés azotés (nitrate…) en composés azotés plus complexes
*capacité de tolérer les caractéristiques physiques du milieu
*type d’intéractions avec les autres organismes du milieu

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Facteurs physiques d’une niche écologique pour les levures

Temp: rarement >42C
pH: varié, mais souvent + acide (min 2.5)
salinité: varié, max 10% NaCl
tolérance aux AB ou autres substances toxiques

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Exemple mutualisme

sporobolomyces roseus sur mais

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exemple commensalisme

ascobotryozyma + nématodes

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exemple de compétition

actinomycètes produisent cycloheximide
levures brettanomyces (acide acétique)
Levures toxines killer

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Y a-t-il des levures en milieu aquatique

eau douce: allochtones
océans: près des côtes
profondeurs de l’océan: rare

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Quel est la nourriture, le vecteur et le milieu d’entreposage / croissance des levures terrestres

bouffe: plante
vecteur: insectes
milieu entreposage/croissance: sol

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Ou trouve-t-on la plupart des levures associées aux plantes

*exsudats à la surface des feuilles / écorce
*fleurs / fruits
*tissus nécrosé

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Caractéristiques des levures associées aux plantes

souvent spécifique de la plante
rarement pathogènes

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Système cactus-levure-drosophile

insecte:
fréquente plantes bien spécifique
assure transport des levures
se nourrit des levures

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Ou se trouvent les levures dans le sol

surtout surface 5-15cm

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majorité des espèces de levure dans le sol sont allochtones ou autochtone

allochtone
(autochtone: lipomyces…)

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Présence de levures vs bactéries + autres mycètes dans le sol?

levures peu présentes

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Principales levure pathogènes des mammifères

candida
cryptococcus
malassezia

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Proportion des espèces de Candida isolées des candidémies

albicans (48-59%)
glabrata (12-24%)
parapsilosis (7-11%)
tropicalis (6-19%)
krusei (1-5%)
lusitaniae (<1%)
autres (2-7%)

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ou se trouve C. neoformans

pigeons

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ou se trouve c. gattii

eucalyptus

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quel est l’agent étiolique causant le pityriasis versicolor

malassezia furfur

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Malassezia furfur fait-elle partie de la flore normale des adultes?

oui 90%

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objectif du biotypage

distinguer 2 organismes taxonomiquement apparentés (souches) provenant de sources différentes

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4 manière de faire du biotypage

PCR spécifique
PCR non-spécifique (RAPD)
RFLP (restriction fragment length polymorphisms)
Electrophorèse à champs pulsés

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Comment analyser une PCR non spécifique

tailles des fragments différentes selon ou l’amorce sest collée puisque les amorces sont des séquences arbitraires

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défis d’étudier l’écologie des microorganismes

difficile d’observer dans les milieux naturels
cultures pures vs cultures mixtes

Quelles levures utilise-t-on pour la levure alimentaire

candida utilis
kluyveromyces marxianus
Fusarium venenatum

Quelles levures utilise-t-on pour production acide citrique

aspergillus niger yarrowia lipolityca

fonction de l'inulinase

inuline -> fructose

fonction de la lactase

lactose -> galactose + glucose

fonction invertase

saccharose -> glucose + fructose

fonction des glucanes

*propriétés imunostimulantes alimentation: agent épaississant. substitut gras cosmétique: réparation de la peau pharmaco: réduction cholestérol, adjuvant vaccins, cicatrisation nourriture pour animaux (suppléments pour aquaculture + élevage de porcs)

Quelle levure produit astaxanthine (+ c'est quoi sa fonction)

Phaffia rhodozyma (précurseur dans biosynthèse de vitamine A)

Applications de production de protéines hétérologues

étude structures des protéines santé (vaccins, inhibiteurs coagulation, inhibiteurs protéases, hormones, réactifs de diagnostic) enzymes

Quelle levure produit chymosine et c'est quoi la fonction de l'enzyme

Kluyverovymes lactis fonction: coagulation du lait lors production fromage

qui produit céramides et c'est quoi la fonction

pichia ciferrii fonction: sphingolipides dans la peau, maintient et structuration barrière lipidique de la peau

quelle levure produit insuline humaine

s. cerevisiae

quelle levure produit vaccin contre Virus Hépatite B

S. cerevisiae

que veut dire GRAS

generally regarded as safe

saccharomyces est un bon milieu de production pour protéines; pourquoi

non pathogène, cellules stables, milieux culture peu complexes, protéines sont glycosylées, sécrétion des protéines hétérologues

2 levures méthylotrophes

pichia pastoris hansenula polymorpha

quel type de toxines certaines souches de s. cerevisiae dégradent

mycotoxines (inocuité des aliments)

levures protégeant contre la détérioration des citrons / pommes / poires

candida eleophila cryptococcus albidus

Besoins de base croissance des levures

sucres (hexose) sels ammonium minéraux / éléments vitamines pH : 5.5

pH optimal croissance des levures

4.5 à 6.5

minimum de sucres assimilables par les levures

D-glucose, D-fructose, D-mannose

sucres fermentescibles les + courants

*glucose, fructose, mannose, galactose (hexose) *maltose, lactose, sucrose, mélibiose, tréhalose (disaccharides) *raffinose (trisaccharide)

Acides aminés comme sources de carbone?

par la voie oxydative *milieux peptonés utilisés pour essais fermentations

hydrocarbures comme source de carbone?

candida maltosa Yarrowia lipolytica

Méthanol comme source de carbones

Levures méthylotrophes: Pichia, Hensenula

Sources d'azote assimilables

-sels d'ammonium (NH4+) -acides aminés *s. cerevisiae + S. carlsbergensis n'utilisent pas L-lysine -purines/pyrimidines -urée, nitrates, nitrites, ammoniaque

Quel milieu utilise-t-on pour les essais d'assimilation d'azote

Yeast carbone base

Minéraux essentiels? et leur fonctions?

*Potassium: essentiel pour la croissance (co-facteur enzymatique), essentiel pour la fermentation, stimule la sporulation *Magnésium: essentiel croissance, rôle structuraux/enzymatiques *Na: qq levures peuvent croître dans environnements salés (aucune évidence suggérant que besoin de Na..)

Facteurs de croissance?

différent selon les levures *biotine *pantothenic acid

Que contient Malt extract

*extrait céréales germées *glucose/fructose, sucrose/maltose *peptides/acides aminés *minéraux/vitamines

Que contient le milieu Yeast Extract

- autolysat de cellules de levures - acides aminés / peptides - minéraux/vitamins (B), acides nucléiques - pas de sucres fermentescibles

Que contient le milieu peptone

- digestion enzymatiques de viandes / protéines - riche en acides aminés + peptides - absence d'hydrates de carbones fermentescible

Sur quel milieux on fait pousser les levures si on veut qu'elles sporulent

*ascospores peuvent former sur YMA *milieux spécialisés: - gorodkowa - V8 - Acétate *on utiliise un milieu de présporulation riche en glucose avant de passer au milieu faible

Quels milieux l'industrie utilisent pour la croissance de levures

mélasse, malt wort, wine must, cheese whey