Écologie, industrie, recherche Flashcards
Par quoi est déterminée une niche écologique
*Capacité d’assimiler une source de carbone de faible poids moléculaire par fermentation ou respiration
*capacité de transformer des petits composés azotés (nitrate…) en composés azotés plus complexes
*capacité de tolérer les caractéristiques physiques du milieu
*type d’intéractions avec les autres organismes du milieu
Facteurs physiques d’une niche écologique pour les levures
- Temp: rarement >42C
- pH: varié, mais souvent + acide (min 2.5)
- salinité: varié, max 10% NaCl
- tolérance aux AB ou autres substances toxiques
Exemple mutualisme
sporobolomyces roseus sur mais
exemple commensalisme
ascobotryozyma + nématodes
exemple de compétition
actinomycètes produisent cycloheximide
levures brettanomyces (acide acétique)
Levures toxines killer
Y a-t-il des levures en milieu aquatique
eau douce: allochtones
océans: près des côtes
profondeurs de l’océan: rare
Quel est la nourriture, le vecteur et le milieu d’entreposage / croissance des levures terrestres
bouffe: plante
vecteur: insectes
milieu entreposage/croissance: sol
Ou trouve-t-on la plupart des levures associées aux plantes
*exsudats à la surface des feuilles / écorce
*fleurs / fruits
*tissus nécrosé
Caractéristiques des levures associées aux plantes
souvent spécifique de la plante
rarement pathogènes
Système cactus-levure-drosophile
insecte:
fréquente plantes bien spécifique
assure transport des levures
se nourrit des levures
Ou se trouvent les levures dans le sol
surtout surface 5-15cm
majorité des espèces de levure dans le sol sont allochtones ou autochtone
allochtone
(autochtone: lipomyces…)
Présence de levures vs bactéries + autres mycètes dans le sol?
levures peu présentes
Principales levure pathogènes des mammifères
candida
cryptococcus
malassezia
Proportion des espèces de Candida isolées des candidémies
albicans (48-59%)
glabrata (12-24%)
parapsilosis (7-11%)
tropicalis (6-19%)
krusei (1-5%)
lusitaniae (<1%)
autres (2-7%)
ou se trouve C. neoformans
pigeons
ou se trouve c. gattii
eucalyptus
quel est l’agent étiolique causant le pityriasis versicolor
malassezia furfur
Malassezia furfur fait-elle partie de la flore normale des adultes?
oui 90%
objectif du biotypage
distinguer 2 organismes taxonomiquement apparentés (souches) provenant de sources différentes
4 manière de faire du biotypage
PCR spécifique
PCR non-spécifique (RAPD)
RFLP (restriction fragment length polymorphisms)
Electrophorèse à champs pulsés
Comment analyser une PCR non spécifique
tailles des fragments différentes selon ou l’amorce sest collée puisque les amorces sont des séquences arbitraires
défis d’étudier l’écologie des microorganismes
- difficile d’observer dans les milieux naturels
- cultures pures vs cultures mixtes
Quelles levures utilise-t-on pour la levure alimentaire
candida utilis
kluyveromyces marxianus
Fusarium venenatum
Quelles levures utilise-t-on pour production acide citrique
aspergillus niger
yarrowia lipolityca
fonction de l’inulinase
inuline -> fructose
fonction de la lactase
lactose -> galactose + glucose
fonction invertase
saccharose -> glucose + fructose
fonction des glucanes
*propriétés imunostimulantes
alimentation: agent épaississant. substitut gras
cosmétique: réparation de la peau
pharmaco: réduction cholestérol, adjuvant vaccins, cicatrisation
nourriture pour animaux (suppléments pour aquaculture + élevage de porcs)
Quelle levure produit astaxanthine (+ c’est quoi sa fonction)
Phaffia rhodozyma
(précurseur dans biosynthèse de vitamine A)
Applications de production de protéines hétérologues
étude structures des protéines
santé (vaccins, inhibiteurs coagulation, inhibiteurs protéases, hormones, réactifs de diagnostic)
enzymes
Quelle levure produit chymosine et c’est quoi la fonction de l’enzyme
Kluyverovymes lactis
fonction: coagulation du lait lors production fromage
qui produit céramides et c’est quoi la fonction
pichia ciferrii
fonction: sphingolipides dans la peau, maintient et structuration barrière lipidique de la peau
quelle levure produit insuline humaine
s. cerevisiae
quelle levure produit vaccin contre Virus Hépatite B
S. cerevisiae
que veut dire GRAS
generally regarded as safe
saccharomyces est un bon milieu de production pour protéines; pourquoi
non pathogène, cellules stables, milieux culture peu complexes, protéines sont glycosylées, sécrétion des protéines hétérologues
2 levures méthylotrophes
pichia pastoris
hansenula polymorpha
quel type de toxines certaines souches de s. cerevisiae dégradent
mycotoxines (inocuité des aliments)
levures protégeant contre la détérioration des citrons / pommes / poires
candida eleophila
cryptococcus albidus
Besoins de base croissance des levures
sucres (hexose)
sels ammonium
minéraux / éléments
vitamines
pH : 5.5
pH optimal croissance des levures
4.5 à 6.5
minimum de sucres assimilables par les levures
D-glucose, D-fructose, D-mannose
sucres fermentescibles les + courants
*glucose, fructose, mannose, galactose (hexose)
*maltose, lactose, sucrose, mélibiose, tréhalose (disaccharides)
*raffinose (trisaccharide)
Acides aminés comme sources de carbone?
par la voie oxydative
*milieux peptonés utilisés pour essais fermentations
hydrocarbures comme source de carbone?
candida maltosa
Yarrowia lipolytica
Méthanol comme source de carbones
Levures méthylotrophes: Pichia, Hensenula
Sources d’azote assimilables
-sels d’ammonium (NH4+)
-acides aminés *s. cerevisiae + S. carlsbergensis n’utilisent pas L-lysine
-purines/pyrimidines
-urée, nitrates, nitrites, ammoniaque
Quel milieu utilise-t-on pour les essais d’assimilation d’azote
Yeast carbone base
Minéraux essentiels? et leur fonctions?
*Potassium: essentiel pour la croissance (co-facteur enzymatique), essentiel pour la fermentation, stimule la sporulation
*Magnésium: essentiel croissance, rôle structuraux/enzymatiques
*Na: qq levures peuvent croître dans environnements salés (aucune évidence suggérant que besoin de Na..)
Facteurs de croissance?
différent selon les levures
*biotine
*pantothenic acid
Que contient Malt extract
*extrait céréales germées
*glucose/fructose, sucrose/maltose
*peptides/acides aminés
*minéraux/vitamines
Que contient le milieu Yeast Extract
- autolysat de cellules de levures
- acides aminés / peptides
- minéraux/vitamins (B), acides nucléiques
- pas de sucres fermentescibles
Que contient le milieu peptone
- digestion enzymatiques de viandes / protéines
- riche en acides aminés + peptides
- absence d’hydrates de carbones fermentescible
Sur quel milieux on fait pousser les levures si on veut qu’elles sporulent
*ascospores peuvent former sur YMA
*milieux spécialisés:
- gorodkowa
- V8
- Acétate
*on utiliise un milieu de présporulation riche en glucose avant de passer au milieu faible
Quels milieux l’industrie utilisent pour la croissance de levures
mélasse, malt wort, wine must, cheese whey
