DNA und RNA Flashcards
Worin besteht der Unterschied zwischen einem Nukleotid und Nukleosid
Ein Nukleotid besteht aus einer Nitrogenen Base (Purin und Pyrimidinbase), Penthouse und Phosphatgruppe.
Ein Nukleosid besteht nur aus einer Base und einer Penthouse, ohne die Phosphatgruppe
Nenne die Purinbasen und die Pyrimidinbase.
Purin: Adenin und agua in
Pyrimidin: Cytosin, Thymian und Uracil
Wie lauten die Regeln von Erwin Chargaff?
1) die Basenzusammensetzung der DNA unterscheidet sich generell von Spezies
2) DNA-Exempels von unterschiedlichem Gewebe von der gleichen Spezie haben die gleiche Basenzusammensetzung (=nicht Gewebe spezifisch)
3) Die Basenzusammensetzung der DNA einer Spezies ändert sich nicht durch Alter, Ernährungszustand oder Umgebung
4)In zellulärer DNA ist Anzahl der Adenin=Thymin & Guanin=Cytosin. Also immer Purin=Pyrimidinbase
Watson-Crick Modell der B-DNA:
-Zwei helicalische Polynucleotidstränge sind um eine Achse gewickelt (rechtshändig) ; antiparallel
-kleine und große Furche bildet sich
-struckturstabilität durch Wasserstoffbindung zw. Komplementären Basenpaaren & hydrophobe Basenstapelung (VDW & Dipol-Dipol-Interaktion)
Nenne und beschreibe alle 6 unterschiedlichen untypischen DNA-Strukturen.
Palindrom: gespiegelter Nukleotidabschnitt auf dem Komplementärem Strang
Spiegelwiederholung: gespiegelte Nukleotidabfolge auf dem gleichen Strang
Hairpin: komplementärer Nukleotidabschnitt mit zwischengelagerten Basen führt zur Ausbildung von WSBB in einem Strang
Cruciform: 2 gegenüberliegende Haarnadeln
Tripelkonzerts-DNA: Dritter Pyrimidinstrang bindet an die große Furche über Hofgarten Basenpaarung (T =A*T und C-GC+)
Guanosin-Tetraplex: DNA-Ring ausgebildet aus 4 DNA-Strängen und verbunden über Guaninbasen
Wie unterscheiden sich die Erkennungsmuster der Basenpaarung in der kleinen und der großen Furche der B-DNA ?
-In kleiner Furche 3WW-Atome pro Gruppe und in großer Furche 4WW-Atome pro Gruppe
-In großer Furvhe zusätzliche WW durch Methylgruppen möglich
-In großer Furche dadurch 4 unterschiedliche Erkennungsmuster die Basenspezifisch sind und in kleiner Furche nur 2 unterschiedliche Muster (Acceptor-Donor-Acceptor und Acceptor-H-Acceptor)
Was sind bekannte Strukturmotive, die DNA binden
Helix-Turn-Helix, Zinkfinger, Homeodomaine, RNA-Erkennungsmotive (RRMs)
Was sind Ribozyme?
Ribozyme sind sich selbst splicende Introns und RNA-Teile von RNase P, die hydrolytische Spalung und Transesterfizierung bewirken (RNA als Substrat)
Was ist der Hypochromischer Effekt ? (Hypochrizität)
Wozu kann man diese Eigenschaft benutzen ?
-ssDNA absorbiert Licht stärker als dsDNA
-Maximum von Absorption liegt bei 260 nm
= Abnahme der Absorption bei dsDNA gegenüber ssDNA
-Dadurch Bestimmung des Schmelzpunktes möglich
Erklären sie den Begriff „Base-Stacking“. Auf welchen Wechselwirkungen beruht dieser Effekt ?
Base-stacking stabilisiert die DNA. Nukleotiden liegen durch die Helixform so übereinander, dass sich hydrophobe Wechselwirkungen und Van der Waals Wechselwirkungen zwischen den Basen ausbilden. Besonders stark in GC-Reichen Regionen
Beschreibe den Aufbau eines Nukleosoms.
(Histone, häufige AS)
Nukleosom besteht aus DNA und Histonen (H1A, H2A, H2B, H3 und H4.
Es bildet sich ein Histonkern als Oktamer aus 2 Tertrameren mit jeweils H2A,H2B,H3 und H4)
Häufige AS sind Lysin und Arginin.
Was sind mögliche Histon-Modifikationen und welchen Effekt haben sie auf auf die Nukleosomenstruktur ?
Modifikationen: Acetylierung, Methylierung, Phosphorlierung, Gykosilierung, Ubiquitinylierung…
Effektbeispiele:
Acetylierung von Lysin = weniger kompakte Struktur
Methylierung von Lysin= Stabilisierung der kompakten Form
