DNA och genom Flashcards
Nukleotider
De DNA är ubbygt av består av:
En deoxyribose (med OH vid 3’ änden)
En kvävebas vid 1’ änden (A,T, G eller C)
Och (1-)3 fosfatgrupper i 5’änden
Pyrimidiner
Kvävebaser med en kolring (T och C)
Puriner
Kvävebaser med 2 kolringar (A och G)
är DNA polymer?
Ja, de negativt laddade fosfatgrupperna är hydrofila
och kvävebaserna är hydrofoba
Antiparallella DNA strängar
Strängarna går åt olika håll (deras 3’ och 5’ ändar är på “olika sidor”)
Detta uppstår i DNA:r eftersom det tillåter att fler vätebindningar bildas mellan kvävebasparen
Komplimentärbasparning
Kvävebasparningen på ena DNA strängen dikterar sekvensen på andra
A och T binder till varandra 2 vätebindningar
C och G till varandra 3 vätebindingar
Det är samma avstånd mellan nukleotiderna vid en C-G bindning som vid en A-T. Detta ger en jämn struktur till DNA-helixen och möjligör självkorrektur vid DNA repliktaion då om fel kvävebaspar paras ihop (vilket kan hända) så blir strukturen en annan längd och DNA-helixen blir ojämn.
vdW-krafter i DNA
uppstår då basparen staplas på varandra
Varför kan inte DNA ha formen av en stege?
För att det då skulle vara ett avstånd på 6 ångström mellan deoxyriboserna vilket skulle innebära att
Vatten (som kan vätebinda/ basparen är även hydrofoba) skulle kunna komma in i sturkturen
vdW-krafterna skulle även försvagas på grund av avsåtndet
Baserna vrids därför för att komma närmare varandra och utesluta vatten
Ståra fåran
delen i DNA-dubbelhelixen där proteiner främst binder för att läsa av DNA:t
fåran inehåller vätebindings-acepptorer och donatorer där proteinet binder
Detta kallas sekvensspecifikbindning då dessa acceptorer och donatorer är spefifika för de olika kvävebasarna
Lilla fåran
Del av DNA-helixen som oftast är svårare för proteiner att binda till då dioxyriboserna ligger ivägen
Sekvensspecifik DNA bindning
Protein binder till kvävebaserna
Ospecifik bindning mellan protein och DNA
Bindning som inte påverkas av kvävebassekvensen exempelvis kan positivt laddade histonkomplex binda till de väldigt negativt laddade DNA-helixarna
