DNA

Question 1

Wat zijn de verschillen tussen DNA en RNA?

Answer 1

1. DNA heeft desoxyribose, RNA heeft ribose (suiker)
2. DNA heeft ATCG, RNA heeft AUCG
3. DNA is dubbelstrengs, RNA is enkelstrengs.

Question 2

Uit welke onderdelen is een nucleotide opgebouwd?

Answer 2

Fosfaatgroep, suiker en een stikstofbase.

Question 3

Hoe lees je DNA en RNA?

Answer 3

Van 5’ naar 3’.

Question 4

Aan welke atoom zit de fosfaatgroep?

Answer 4

Het 5e C-atoom (5’)

Question 5

Aan welke atoom zit de stikstofbase?

Answer 5

Het 1e C-atoom (1’)

Question 6

Hoe bindt een nieuwe nucleotide aan degene die je al hebt?

Answer 6

Met de fosfaatgroep aan de 3’ van de suikergroep van de nucleotide die je al hebt.

Question 7

Wanneer loopt een smeltcurve sneller af?

Answer 7

Als DNA sneller denatureerd.

Question 8

Wanneer denatureert een DNA streng sneller?

Answer 8

Wanneer er meer AT paren dan CG paren in de streng zitten (AT = 2 H-bruggen, CG = 3 H-bruggen) en wanneer de streng korter is.

Question 9

Welke vormen van RNA zijn er?

Answer 9

mRNA, tRNA, rRNA

Question 10

Wat is de functie van mRNA?

Answer 10

mRNA is een ‘‘boodschapper’’ die twee processen met elkaar verbindt, namelijk transcriptie en translatie.

Question 11

Wat is de functie van tRNA?

Answer 11

Brengt een bepaald aminozuur naar een groeiende polypeptideketen.

Question 12

Wat is de functie rRNA?

Answer 12

Een speciaal RNA molecuul dat belangrijk is voor de eiwitsynthese. Heeft als functie het katalyseren van van de reactie die de eiwitketen verlengd.

Question 13

Wat is transcriptie?

Answer 13

Een stuk DNA wordt overgeschreven tot mRNA.

Question 14

Wat is translatie?

Answer 14

Het mRNA wordt vertaald naar een keten van aminozuren.

Question 15

Welke eiwitten worden gebruikt bij de in vivo replicatie?

Answer 15

Helicase, DNA-polymerase, primase, ligase

Question 16

Wat is de functie van helicase?

Answer 16

Opent de DNA streng door het verbreken van waterstofbruggen.

Question 17

Wat doet DNA-polymerase?

Answer 17

Vormt het nieuwe DNA van 5’ naar 3’ door nucleotiden op complementair te plakken op de te kopieren streng.

Question 18

Wat doet primase?

Answer 18

Is het startblok voor de RNA primer.

Question 19

Wat doet een RNA primer?

Answer 19

Maakt circa 15-20 basenparen lang en dient als bindingsplaats voor DNA polymerase om het kopieren te starten. Vormt Okazaki fragmenten.

Question 20

Wat doet ligase?

Answer 20

Verbindt de Okazaki fragmenten aan elkaar met covalente bindingen.

Question 21

Wat is een ORI?

Answer 21

De plek waar de replicatiebubbel begon, waar de onderdelen worden verzameld om DNA replicatie te starten?

Question 22

Wat zijn de drie stappen van de PCR?

Answer 22

Denaturatie, aanhechting en verlenging.

Question 23

Wat gebeurt er bij denaturatie en op welke temperatuur wordt dit gedaan?

Answer 23

De dubbele streng DNA splitst zich door het verwarmen van het monster tot circa 90-95 graden C. De waterstofbruggen die de complementaire nucleotiden bij elkaar houden verbreken door de hitte.

Question 24

Wat gebeurt er bij aanhechting en op welke temperatuur wordt dit gedaan?

Answer 24

Bij aanhechting wordt de temperatuur verlaagd naar ongeveer 50-56 graden C. De DNA primers hechten zich aan de gescheiden DNA streng op de plek dat moet worden gerepliceerd.

Question 25

Wat gebeurt er bij verlenging en op welke temperatuur wordt dit gedaan?

Answer 25

De temperatuur wordt verhoogd naar 72 graden C. TAQ polymerase verlengt het DNA waarbij losse nucleotides worden gebruikt.

Question 26

Wat zijn de stappen van de eiwitsynthese?

Answer 26

Transcriptie en translatie.

Question 27

Welke enzymen zijn betrokken bij de eiwitsynthese?

Answer 27

RNA-polymerase

Question 28

Hoe werkt een type 2 restrictie enzym?

Answer 28

Deze knipt op een bepaalde plek binnen de palindroomstructuur.

Question 29

Maak de palindroomstructuur af: 5’-ATACGTAAT-3’

Answer 29

3’-TAGCATTA-5’

Question 30

Een restrictie-enzym knipt na de eerste T (5’-ATACGTAAT-3’ / 3’-TAGCATTA-5’)
Krijg je hier een blunt end of een sticky end?

Answer 30

Een sticky end.

Question 31

Wat is steractiviteit?

Answer 31

Door niet optimale omstandigheden verliest het restrictie-enzym zijn specifiteit voor de palindroom sequentie, hierdoor wordt er op meerdere plekken in het DNA geknipt.

Question 32

Wat is het doel van gel-elektroforese?

Answer 32

Is een scheidingstechniek die moleculen onder invloed van een elektrisch veld laat bewegen in gel. Negatief geladen moleculen bewegen zich naar beneden, waar de positieve pool (anode) zich bevindt. Hoe groter de moleculen, hoe trager ze zullen bewegen (migreren); hoe kleiner de moleculen, hoe sneller ze zullen bewegen.

Question 33

Wat is het stappenplan van Sanger sequencen?

Answer 33

DNA wordt vermeerderd dmv PCR, dubbelstrengs DNA wordt gedenatureerd door temperatuursverhoging, op 1 van de 2 enkelstrengs DNA bindt een primer aan het begin van het te sequencen stuk (speciaal ontwikkelde primer), de primer gebonden strengen worden verdeeld over 4 epjes, hieraan wordt DNA polymerase en nucleotiden ATCG toegevoegd, per epje wordt er een bijzondere nucleotide A, C, G of T toegevoegd, DNA Polymerase bindt en verlengt primers in ieder epje tot ze per toeval een bijzondere A, C, T of G tegenkomt, hierdoor ontstaan bijzondere DNA strengen die eindigen op een bijzondere nucleotide, door gele elektroforese worden de strengen op lengte gescheiden, gel wordt afgelezen en aan de hand van het patroon dat ontstaat kan de volgorde van ACTG’s in de strengen worden bepaald.

Question 34

Waarom ontstaan er Okazaki fragmenten op de lagging streng tijdens DNA replicatie?

Answer 34

DNA polymerase kan alleen van 3’ naar 5’ over het DNA lopen. Dit betekent dat 1 streng zonder probleem kan blijven worden gekopieerd (leading streng). De andere streng niet (lagging streng), deze loopt achter en moet iedere keer 500-600 bp kopieren, Okazaki fragmenten worden gemaakt.