DNA Flashcards
welke 4 eiwitten zijn er nodig bij transscriptie?
helicase, primase, RNA-polymerase, ligase
een DNA-groep bestaat uit…
een fosfaatgroep, een monosacharide en een stikstofbase (enkel- of dubbelrings)
wat is een nucleosoom?
Een aantal histonen (eiwitten) met DNA eromheen gewikkeld, zodat het DNA compacter is.
wat doet helicase? (replicatie)
verbreekt waterstofbruggen tussen DNA kettingen, trekt open, om daar te kunnen starten met de replicatie (vaak bij AT koppels, want die hebben minder waterstofbruggen)
wat doet primase? (replicatie)
plaatst primer, zodat DNA-polymerase kan koppelen aan de ouderstreng
wat doet DNA-polymerase? (replicatie)
Koppelt deoxyribonucleotiden uit het kernplasma aan de bijpassende base van de ouderstreng en repliceert zo het DNA. Wanneer gerepliceerde fragmenten bij elkaar komen, verwijdert polymerase de primer en vervangt deze door deoxyribonucleotiden.
wat doet ligase?
Plakt de losse stukken gerepliceerde streng aan elkaar
dubbelringbase bindt altijd aan…
enkelringbase
welke stikstofbases zijn er?
adenine (A), cytosine (C), guanine (G), thymine (T)
hoeveel waterstofbruggen heeft de A-T binding
2
hoeveel waterstofbruggen heeft de C-G binding
3
aan welk eind zit de fosfaatgroep?
het 5’ eind
aan welk eind zit het lege C-atoom?
het 3’ eind
het DNA kan zich alleen verlengen aan het …. eind
het 3’ eind
waar bindt de fosfaatgroep van het DNA aan het volgende DNA-stuk?
aan het 3e C-atoom van de volgende deoxyribose
mtDNA codeert voor….
oxidatieve fosforylering en aminotransport t.b.v. eiwitsynthese
wat is een genoom?
de volledige genetische samenstelling van een organisme, levende cel of virus. Het genoom bestaat uit een zeer lange sequentie van nucleotiden.
wat is de DNA-sequentie?
de volgorde waarin nucleotiden in een DNA-molecuul zijn gerangschikt. Doordat deze verschillen kunnen ribosomen verschillende eiwitten maken.
wat zijn de stappen van DNA naar eiwit?
transscriptie, capping en poly-A-staart, splicing, transport uit kern,translatie
wat gebeurt er tijdens de transscriptie?
RNA-polymerase koppelt aan de template streng–> de template/mal streng wordt aflezen –> pre-mRNA ontstaat
wat gebeurt er tijdens splicing?
niet-coderend DNA (introns) worden weggeknipt door een spliceosoom (eiwit) en het coderend DNA (extrons) worden aan elkaar geplakt. Zo ontstaat er uit pre-mRNA –> mRNA en kan het worden afgelezen voor de eiwitsynthese (genxpressie)
wat gebeurt er tijdens capping?
een gemodificeerde guanine nucleotide (niet-coderend DNA) wordt toegevoegt aan het 5’ eind (fosfaatgroep), zodat bij het afknippen er geen genetische info verloren gaat
wat is de functie van de fosfaatgroep aan het DNA?
Als de fosfaatgroep wordt afgeknipt, levert dit energie op waarbij het DNA aan andere stukken DNA kan binden
wat zijn introns?
stukjes niet-coderend DNA die bij splicing worden weggeknipt
wat is het verschil in bouw tussen RNA en DNA?
RNA bevat ribose i.p.v. Desoxyribose (DNA), dus je hebt bij RNA ipv 1 OH groep, 2 OH groepen. In plaats van T (thymine), gebruikt RNA U (uracil). Dus in plaats van AT koppelingen zal je AU koppelingen krijgen.
in welke richting beweegt polymerase en wordt er dus afgelezen? (bij zowel replicatie als transscriptie)
bij zowel DNA-replicatie as transscriptie: van het 3’ naar het 5’ eind, richting het 5’ eind
in welke richting groeit de kopie bij transscriptie?
van het 5’ naar het 3’ eind , richting het 3’ eind
bij de transscriptie bindt de RNA-polymerase aan een…
promotor
bij DNA-replicatie bindt de polymerase aan een…
primer
….lezen het mRNA af voor de eiwitsynthese
ribosomen
wat zijn de 3 stopcodons?
UAG, UAA, UGA
wat is een ribosoom?
complex van eiwitten en ribosomaal RNA dat m.b.v. mRNA en t(translator)RNA eiwitten kan vormen.
wat is een anticodon?
een reeks van drie nucleotiden die zich bevindt op het tRNA (transport RNA)
en is complementair aan een codon op het mRNA (messenger RNA)
wat doet het t(transport)RNA?
verplaatst aminozuren naar ribosomen. Bindt aan mRNA met anticodon.
elk tRNA-molecuul draagt een specifiek aminozuur dat correspondeert met het codon dat complementair is met het anticodon
-het tRNA herkent het mRNA door de complementaire interactie tussen het anticodon op het tRNA en het codon op het mRNA.
wat zijn de stappen van transscriptie?
de 2 DNA strengen worden uit elkaar getrokken,
RNA-polymerase koppelt aan de mal/template streng
RNA-polymerase leest mal af –>
er worden de complementaire nucleotiden aan gekoppelt,
de pre-mRNA streng is gelijk aan de coderende streng met de originele DNA sequentie (behalve T=U)
wat is genexpressie?
Genexpressie is het tot uitdrukking brengen van bepaalde genen in het fenotype. Als een gen uit het DNA wordt omgezet naar RNA en vervolgens wordt vertaald naar een aminozuursequentie waaruit een eiwit ontstaat, komt een gen tot uiting
Welke verbindingen worden verbroken tijdens de eerste stap van PCR?
waterstofbruggen tussen de 2 DNA-ketens, met behulp van temperatuurverhoging
wat is het verschil tussen een prokaryoot en een eukaryoot?
prokaryoot: bacterien/organisme
>heeft GEEN celkern
>DNA bevindt zich in het cytoplasma
eukaryoot: dieren/planten/schimmels
>heeft wel een celkern
>DNA bevindt zich in de celkern
wat zijn structuurgenen? (prokaryoot)
genen die coderen voor samenwerkende eiwitten, ze liggen bij elkaar in de buurt op het DNA
wat is een operator? (prokaryoot)
de aan/uitschakelaar van een gen
>een repressor kan aan een operator binden om dit te blokkeren
wat is een promotor? (prokaryoot)
een bindingsplaats voor RNA-polymerase
wat is een operon? (prokaryoot)
één operator en één promotor samen, regelen de werking van groei structuurgenen.
wat is een activator? (prokaryoot)
eiwit dat de promotor kan activeren
wat is een repressor? (prokaryoot)
eiwit dat dat de operator kan blokkeren
om genexpressie te laten plaatsvinden…
- de repressor moet NIET binden aan de operator
- de activator moet WEL binden aan de promotor
wat zijn transcriptiefactoren? (eukaryoot)
eiwitten die betrokken zijn bij het in gang zetten van de transcriptie (kunnen zowel activators als repressors zijn)
wat is een activator? (eukaryoot)
eiwit dat de transcriptie kan activeren
wat is een repressor? (eukaryoot)
eiwit dat de transcriptie kan blokkeren
wat is enhancer-DNA? (eukaryoot)
stuk DNA waar een activator aan bindt
>kan ook de transcriptie versnellen
wat is silencer-DNA? (eukaryoot)
stuk DNA waar een repressor aan bindt
>kan ook de transcriptie vertragen
wanneer is een gen afleesbaar?
als het uitgeklapt is (uitgevouwen, ontwikkeld)
wanneer is een gen niet afleesbaar?
als het ingeklapt is door bijv. om histonen te wikkelen of m.b.v. methylering
wat is/hoe werkt methylering?
methylering is het koppelen van een methylgroep aan de cytosinebase (C-base) in het DNA.
In een promotor (dus ook TATA-box) blokkeert methylering de koppeling voor transcriptiefactoren (deze eiwitten kunnen niet meer binden). Hierdoor kan er geen transcriptie plaatsvinden, waardoor de genexpressie wordt uitgeschakeld.
3 RNA moleculen die translatie/transcriptie voorkomen:
RNA-interferentie (RNAi): genregulatie door translatie te voorkomen, genexpressie dus voorkomen. Hiervoor vindt transcriptie eerst WEL plaats.
Micro-RNA (miRNA): kleine RNA-moleculen die onderdeel zijn van RNAi. Kan mRNA afbreken of blokkeren. Afkomstig van het mens zelf (enkelstrengs).
Small-interfering RNA (siRNA): kleine RNA-moleculen die onderdeel zijn van RNAi. Kan mRNA afbreken of blokkeren. Afkomstig van een virus dsRNA (dubbelstrengs).
wat zijn totipotente cellen? (embryonale cellen)
bevruchte eicellen die zich kunnen ontwikkelen tot elk celtype, zowel cellen van het organisme als van de placenta
wat zijn pluripotente cellen? (embryonale cellen)
cellen die zich kunnen ontwikkelen tot elk celtype van het organisme, maar niet tot cellen van de placenta (zoals placentaweefsel)
wat zijn multipotente cellen? (embryonale cellen)
Stamcellen die zich kunnen ontwikkelen tot een beperkt aantal celtypen, specifiek voor bepaalde weefsels of kiembladen.
wat is apoptose en wanneer vindt het plaats?
=het proces van geprogrammeerde celdood, waarbij een cel zichzelf op een gecontroleerde manier vernietigt. Dit gebeurt wanneer de cel niet meer goed functioneert, beschadigd is of overbodig wordt.
hoe werkt celdifferentiatie?
stamcellen differencieren o.i.v. transcriptiefactoren. Werkt als een soort infectie
hoe werkt eiwitketenvorming bij de translatie?
Het ribosoom verschuift langs het mRNA, en telkens als een nieuw tRNA met een aminozuur aan het mRNA bindt, wordt een peptidebinding gevormd tussen het vorige aminozuur en het nieuwe aminozuur.
komt DNA of RNA voor in het cytoplasma?
RNA
kun je DNA of RNA aantreffen in de celkern?
zowel DNA als RNA
DNA/RNA is dubbelstrengs
DNA
DNA/RNA is enkelstrengs
RNA
wat wordt er afgelezen bij DNA-replicatie?
de leidende en de volgende streng
wat wordt er afgelezen bij transscriptie?
de template streng van het DNA
wat wordt er afgelezen bij de translatie?
het mRNA
waar begint/eindigt de replicatie?
bij het replicatie startpunt, de hele streng wordt gerepliceerd
waar begint/eindigt de transscriptie?
bij een promotor, er wordt gekopieerd tot een eindsignaal
waar begint/eindigt de translatie?
bij het startcodon tot een stopcodon
