Dichroïsme circulaire Flashcards
Qu’est-ce que la lumière
Quantité d’énergie variable sous forme de longueur d’onde ou de photon.
Onde électromagnétique combinant :
Champ électrique : induit un déplacement linéaire des charges
Champ magnétique : induit une circulation des charges
Que permet de faire la lumière polarisé (ex: lunette)
-Dépend de l’orientation de l’onde, elle sera apte à réfléchir ou non.
-Bloque le reflet du soleil produit par le sol
-Permet de voir des structures invisibles normalement à l’œil due aux reflets.
Quels sont les interactions entre la lumière et les atomes
-Atomes sont faits de particules chargées
-Les charges sont affectées par les champs électriques
-La lumière a un champ électrique
-Donc les atomes sont affectés par la lumière
Comment est crée la lumière polarisé circulaire
Le déplacement d’une des ondes de ¼ de plate permet de créer l’effet circulaire, car plutôt de faire haut/bas, il faut plutôt haut/droite/bas/gauche.
Quels sont les molécules chirales
- Sucre (L ou D) : acides nucléiques
- Acides aminées (L ou D) : 19/20 acides aminées sont chirales (pas la glycine à cause de sa chaîne latérale)
- Certains acides gras
Quels sont les macromolécules chirales
- Protéines : hélices alpha, feuillet bêta et coude (turn)
- ADN : double hélice d’ADN
Qu’est-ce qui permet à la lumière polarisée circulaire et les molécules de ne pas s’annuler
La chiralité
Que permet le dichroïsme circulaire par rapport aux autres techniques (challenge scientifique)
Permet d’obtenir des résultats plus rapides que le Cryo-EM et la cristallographie
Permet d’étudier une protéine dans son environnement naturel
Quels sont les fonctions du dichroïsme circulaire
-Répond rapidement aux questions structurales
-Suivre la dénaturation d’une protéine
-Thermodynamique
-Optimisation
-Validation
Quels sont les avantages
- Rapide et facile
- Sensible
- Renseigne sur les proportions des structures secondaires → et donc des tertiaires s’y les secondaires bougent
- Suivi dans le temps de la structure → fournir des paramètres de dénaturation
- Vérifier si une protéine est en conformation native
Quels sont les limitations
-Mesures extrêmes sensibles et sujette au bruit de fond
Tampon spécialisé à faible absorption
Éliminer les contaminants qui pourraient absorber
-Calibration avec des hélice-α, feuillet-β, « random coil » pur
-Faible range dynamique, protéine entre 0,03 et 0,3 mg/ml
-L’oxygène absorbe les UV lointain et crée de l’ozone (mauvais pour la lecture et l’expérimentateur)
Quels sont les utilisations du CD
- Valider la structure d’une protéine (vs référence)
- Impact de mutations ponctuelles
- Stabilité
Température
pH
Force ionique
Dénaturant : permet de renseigner sur les structures (hélice-α ou feuillet β) - Rôle des cofacteurs
Qu’est-ce qui est regardé et analysé dans un CD
l’ellipticité de la molécule
