Diagnostic moléculaire Flashcards
V ou f: PLus il y a de ponts H à briser, plus ça prendra de la chaleur pour briser la liaison
V
Combien y a t-il de lien H entre G-C
3
Combien y a t-il de lien H entre A-T
2
Le codon d’initiation correspond à quoi? et le codon stop?
Initiation: 5’UTR
Codon stop: 3’UTR
Les introns sont-ils traduits
Non
Les variations dans la séquence génétique peuvent être de deux types différents. Quels sont-ils?
Variabilité non-pathologique: la divergence de séquence d’ADN en comparaison à la séquence de référence n’est pas associée à une pathologie
Variabilité pathologique:Changement permanent et transmissible de la séquence d’adn cause un phénotype pathologique
Lorsqu’on compare le génome d’un individu au génome de référence, combien de variation peut-on trouver?
5-6 M
Combien de ces mutations génétiques surviennent de novo (absentes chez parents)?
70
Pourquoi la pluspart de ces variations n’ont pas d’Impact phénotypique (n’affectent pas l’expression du gène)?
- Surviennent dans régions non-codantes
- Sont des polymorphismes férquents
- Touchent un gène s’exprimant à l’état récessif
Nommer les causes externes et internes des variations génétiques
Externes:
Radiations, UV, chimiques
Internes:
Dépurination, Déamination, Radicaux libres, Erreurs de la polymérase (proof-reading échoue), Erreurs de réplication/recombinaisons, Méthylation, îlots CpG
Qui suis-je: Dinucléotides CG qui représente un endroit de prédilection pour les mutations
Ilot CpG
Quelle mutation survient souvent dans les ilots CpG
CG-> TG donc le c devient un T
Cette mutation est 20x plus fréquent que les autres
Associer les régions de génome suivant à la bonne variation:
cgttaagtactatatatatatatacggatsgatg
cgtaatc au lieu de cttaatc
microsatellite
snp
Quels sont les types de petits réarrangements causant variation génétique pathologique
- Substitutions: transitions, transversion
- Insertions: mutations dynamiques
- Délétions
Quels sont les types de petits réarrangements causant variation génétique pathologique?
Et les grand réarrangements?
petits
- Substitutions: transitions, transversion
- Insertions: mutations dynamiques
- Délétions
grand
- Insertions
- Délétions
- Équilibrés
Quelles sont les conséquences des variations génétiques?
- Homologue: change un codon pour un autre codant pour le mm acide aminé (sans répercussion pathologique, sauf quand survient à endroit du gène qui va interférer avec épissage et expression du gène ex: site conscensus d’épissage)
- Faux-sens: Change le codon pour celui codant pour un autre acide aminé (plus difficiles, car certains causent des pathologies et d’autres pas du tout)
- Non-sens: change un codon pour codon stop (protéine plus courte, pathologique sauf si arrive dans la fin des acides aminés de la protine)
- Altère le cadre de lecture: insertion/délétion qui n’est pas un multiple de 3 qui entraine une modification du cadre de lecture (change en aval la lecture et introduit trop tot un codon stop, pathologique)
Quels sont les éléments à considérer si j’ai un patient faux-sens et je veux savoir si sa variation est pathologique ou non?
- Fréquents dans la population? (si oui= peut etre bénin)
- Conservation (si très conservé dans plusieurs organismes models= portion du génome que le génome tolère pas bien qu’il soit changé=potentiellement capable d’être pathologique MAIS si peu conservé= pas la cause des symptômes)
- Impact sur ARNm et épissage?
- Quel est impact sur la protéine codé par ce gène
- Fonction du gène
- Gène est-il récessif ou dominant
Quels sont les éléments à considérer si j’ai un patient faux-sens et je veux savoir si sa variation est pathologique ou non?
- Fréquents dans la population? (si oui= peut etre bénin)
- Conservation (si très conservé dans plusieurs organismes models= portion du génome qui ne tolère pas la variation=potentiellement capable d’être pathologique MAIS si peu conservé= pas la cause des symptômes)
- Impact sur ARNm et épissage?
- Quel est impact sur la protéine codé par ce gène
- Fonction du gène
- Gène est-il récessif ou dominant
Associer la définition à si c’est dominant ou récessif:
a) phénotype exprimé à l’état hétérozygote
b) phénotype exprimé seulement à l’état homozygote
a) dominant
b) récessif
Un individu ayant une prémutation au X fragile est-il a risque d’avoir un enfant qui a le X fragile?
Oui, car la zone prémuté permet une expansion de la mutation qui atteindrait la zone de mutation complète
V ou F: Un individu n’ayant pas de zone prémuté pour Huntington peut-il avaoir un enfant atteint de cette maladie?
Non
V ou F: Le Steinart, le X fragile et le Huntington sont des maladies associées à des très grandes expansions de mutations complètes
F: Le steinart, X fragile et Friedrich sont associées à de très grandes expansions, car gènes plus situés dans introns etc. tandisque Huntington à une très courte expansion
Comment se transmet la maladie de Friedrich
Autosomique récessif
Comment se transmet la maladie de Friedrich
Autosomique récessif (personne atteinte=2 allèles très grands et individu porteur=1 seul allèle très grand l’autre taille normale)
V ou F: ADN est hydrosoluble
V
Quel est le désavantage de la méthode phénol-chromophorme
Toxique, peu automatisable
Cmt fonctionne la technique phénol-chloroforme
ADN est chargé (-) et donc est hydrosoluble et restera en phase aqueuse, tandisque les protéines et autres molécules de la ç sont chargés neutre et resteront en phase organique. On les sépare ainsi.
Quel sont les avantages de la technique sels chaotropiques
Non-toxique, automatisable
Quel sont les avantages de la technique sels chaotropiques (contrairement aux désavantages du phénol-chlorophorme)
Non-toxique, automatisable
Quelles sont les deux manières pour évaluer l’efficacité de l’isolation de l’ADN?
- Densité optique:
2. Teintures intercalantes:
Qui suis-je: Séquence de nucléotides complémentaire à une portion de l,ADN du patient qu’on construit et qui est marquée (fluorescence, radioactivité)
Sonde
Quelle est l’utilité d’une sonde?
Si la sonde est complémentaire à la séquence sauvage (normal) ou mutée on peut détecter la présence de cette séquence par fluorescence (on peut choisir différentes couleurs pour détecter différentes séquences)
Quel est le critère pour que l’hybridation de sonde fonctionne bien?
Doit etre 100% complémentaire à la séquence
Quel est le but de l’électrophorèse capillaire?
On veut séparer les molécules d’ADN selon leur taille en les faisant migrer à travers gel (souvent gel d’agarose)
V ou F: Plus le fragment est petit plus il migrera sur une longue distance
V
Qu’est-ce que le test de buvardage Southern?
Technique qui combine électrophorèse sur un gel de l’ADN génomique fragmenté à l’hybridation par une snde marquée complémentaire à l’ADN cible
Quelles sont les 5 étapes de buvardage Southern
- Digestion de l’ADN génomique pour faire petits fragments
- Électrophorèse capillaire avec courant électrique
- Transfert des fragments d’ADN sur membrane
- Hybridation (ex: avec sonde marquée à la radioactivité)
- Détection par audiographie
Que permet le buvardage Southern
Permet de qualifier les grandes expansions (mutation dynamiques)
Quelles sont les composantes qu’on a besoin pour faire une PCR?
ADN du patient Amorces Polymérase Nucléotides Tampon (ions, magnésium) Autres additifs si nécessaires
Quelle est la polymérase la plus utilisée pour PCR?
Taq polymérase
V ou F: La taq polymérase n’a pas de taux d’errreur
F; elles ont toutes un taux d’erreur taq=8x10-6
Certaines polymérase ont toutefois un plus petit taux d’erreur que d’autres (ex; pol a)
Quelles sont les étapes de la PCR?
1-Dénaturation (chauffé)
2-Hybridation (refroidit)
3-Dénaturation (rechauffe)
4-Extension etc
V ou F: La pcr fait quadrupler la qté d’ADN à chaque cycle
F: doubler
On trouve le nb de molécules d’ADN produits par 2^n où n=nb de cycles
Que permet la PCR migration
Détecter insertions et délétions
Que comporte une PCR-digestion?
Digestion de produit de PCR par une enzyme de restriction qui reconnait une séquence spécifique
Eco R1 est une enzyme de restriction qui coupe où
Dra 1 coupe où
Si on change le design, l’enzyme peut-elle encore couper?
G_AATTC
TTT_AAA
Non!!
Que permet de trouver PCR-digestion?
Un site de restriction créé ou aboli par la mutation qu’on cherche
Cmt fonctionne le test allèle specific primer extension?
Amorces de PCR sont marquées à la fluorescence
S’il y a un mismatch en 3’ il n’y aura pas d’extansion de l’amorce si non on pourra voir la fluorescence
Qu’est que le test de séquençage Sanger?
Une amplification de PCR
Quelles sont les application du séquençage Sanger
- Gènes avec grand nb de mutations dispersées au travers du gène
- Méthode de choix pour substitutions
- Bonne méthode pour petites insertions ou délétions
Ne détecte pas grandes anomalies de dosage
Quelles sont les application du séquençage Sanger
- Gènes avec grand nb de mutations dispersées au travers du gène
- Méthode de choix pour substitutions
- Bonne méthode pour petites insertions ou délétions
Ne détecte pas grandes anomalies de dosage
