Cytogénétique Flashcards
Qui suis-je: Classement des chrx selon un ordre établi par entente internationale
Caryotype
Que permet le caryotype?
Analyser la structure des chrx et comparer 2 homologues
L’humain possède cmb de chrx? D’autosome? De gonosome?
46 chrx
22 paire d’autosome
1 paire de gonosme (XX ou XY)
Comment établit-on le caryotype?
1) On compte le nb de chrx
2) Analyse basée sur:
- Taille des chrx
- Forme
- Marquage particulier propre aux chrx (coloration)
V ou F: les chrx sont classé du plus petit au plus grand
F: du plus grand au plus petit (1 à 22)
Par quoi est déterminée la forme?
Position du centromère
V ou F: La forme et le marquage sont constants pour une paire de chrx donnée, mais peuvent varier entre les paires de chrx
V
pour le marquage il variera forcément entre deux paires différentes
Associer le bon type de forme à sa définition:
1) Métacentrique
2) Submétacentrique
3) Acrocentrique
a) Le centromère est à l’extrémité, présence d’un petit bras très court
b) La position du centromère entraine deux bras asymétriques
c) Centromère plutôt au centre, deux bras symétriques
1) avec c)
2) avec b)
3) avec a)
La majorité des chrx sont de quelle forme
Submétacentrique
Quelles sont les 5 paires de chrx acrocentriques
13, 14, 15, 21 et 22
Quel symbole est associé au petit bras du chrx? et au grand bras?
Petit bras: p
Grand bras: q
Qui suis-je: Séquence répétitive d’ADN qui a un rôle important sur les divisions répétitives et la stabilisation des chrx
Télomère
Quel type de marquage utilise t-on?
Bandes GTG, obtenu après traitement à la trypsine ou coloration Giemsa
V ou F: Je peux obtenir les chrx des neurones
F: Les neurones sont des ç en G0, hors il faut que la ç se divise pour que je puisse observer ses chrx -> ils sont étudiés en métaphase de la mitose.
On peut étudier les chrx en mitose dans plusieurs ç. Certaines de ces ç peuvent être étudiées spontanément, lesquelles? D’autres doivent être stimulées, lesquelles?
Spontanément: Fibroblastes, amniocytes et ç tumorales
Par stimulation: Lymphocytes T sanguins par stimulation au pha
Une médecin génétique souhaite obtenir les chrx d’un jeune bébé. Comment peut-elle s’y prendre?
1) Culture çR
2) Arrêt du cycle çR en métaphase par ajout d’un inhibiteur du fuseau mitotique (Colcemid)
3) Traitement hypotonique de la ç (provoque la lyse çR)
4) Récolte des chrx
Quelle est la différence entre la formule chromosomique et la constituion chromosomique?
La formule chromosomique c’est la composition en chrx d’une ç donnée, tandisque la composition est donnée pour l’ensemble des ç d’une personne
Quels éléments constituent la formule chromosomique?
- Nb total de chrx dans la ç
- Les gonosomes
- L’indication de l’anomalie chromosomique s’il y a lieu (peut être de nb, taille, forme, pattern)
Sarah a une formule chromosomique de 46XX. As t-elle une anomalie chromosomique?
Non
Will a une formule chromosomique de 47XY, +13. As t-il une anomalie chromosomique?
Oui, il a un chrx en trop à la paire 13 (trisomie 13, anomalie du nombre)
Qu’est-ce qu’une constitution chromosomique normale chez la femme?
46, XX
V ou F: Pour déterminer la constitution chromosomique de quelqu’un il faut faire l’analyse de l’ensemble de ses cellules
F: un minimum de 10 ç différentes
La même médecin décide de faire l’analyse de 10 ç différentes du bébé. Elle se rend compte que toutes les ç analysées sont 45, X. Que peut-on dire de la constitution chromosomique de ce bébé?
Homogène anormale
Si la médecin avait plutôt retrouver 2 types ou plus de ç chez ce bébé que pourrait-on dire?
Il possède une constitution chromosomique mosaïque
V ou F: Dans le mosaïcisme, l’anomalie chromosomique est retrouvée dans des types çR qui viennent de zygote différent.
F: toute la lignée çR anormale viendra du mm zygote
Quelle est la cause du mosaïcisme
Anomalies dans la ségrégation mitotique des chrx
V ou F: Une anomalie chromosomique est une modification de l’ensemble de chrx
F: touche seulement l’euchromatine des chrx, mais touche plusieurs gènes (visible au microscope)
Comment appelle t-on une anomalie qui touche l’hétérochromatine? Quel effet cela a t-il sur le phénotype de la personne?
Variant chromosomique
Aucun effet sur le phénotype
V ou F: Une anomalie qui touche la qté d’euchromatine dans le génome entraîne un effet sur le phénotype?
V
Quels sont les deux grands types d’anomalies chromosomiques
De nombre: polyploïdie et aneuploïdie
De structure
Qui suis-je: Adition d’un ou plusieurs complément haploïde
ex: triploïdie 69, XXX (3n)
Polyploïdie
Combien de chrx j’ai dans une ç tétraploïde
23x4= 92 chrx (XXXX)
Qui suis-je: Touche une seule paire d’homologue dont le nb est augmenté ou diminué
ex: trisomie 47, XX, +21 (3 chrx 21)
Aneuploïdie
Comment appelle t-on les trois scénarios de triploïdie suivants:
a) Un spermatozoïde (23 chrx) fertilise un ovocyte (46 chrx)
b) Un spermatozoïde (46 chrx) fertilise un ovocyte (23 chrx)
c) Deux spermatozoïdes (23 chrx chaque) fertilise un ovocyte (23 chrx)
a) Digyny
b) Diandry
c) Diandry
Quelle est la cause la plus fréquente (80%) d’une triploïdie? Quels effets cela a t-il sur l’embryon et la placenta?
Diandrie; dispermie (2 spermatozoïde pour un ovule)
- Retard de croissance important
- Kystes du placenta
- Peu viable
Quels effets ont une dyginie?
- Retard de croissance important
- Placenta hypotrophique
- Syndactylies 2-3 (doigts collés)
De quoi résulte une aneuploïdie?
Erreur dans la répartition des chrx lors de la division çR
Homogène: en méiose
Mosaïque: non dysjonction en mitose
Quelle est la seule monosomie viable?
Monosomie du chromosome X
Nommer un facteur de risque des aneuploïdie
âge maternel avancé (+35)
Que se passe t-il s’il y a non-dysjonction en méiose 1?
Deux chromosomes homologue d’un parent restent dans la mm gamète
*Type le plus fréquent
Que se passe t-il s’il y a non-dysjonction en méiose 2?
Deux chromatides soeurs d’un chrx restent dans la mm gamète
*Type le plus fréquent pour trisomie 18
V ou F: >90% des trisomies origine de la méiose maternelle
V
V ou F: L’effet de l’âge maternel est présent pour les erreurs en méiose 1 seulement, beaucoup moins pour méiose 2
F; les deux
Classez les erreurs suivantes selon si elles sont des facteurs de risques pour la non-dysjonction en MI ou MII, à tout âge ou chez la femme plus âgée
Donnez une explication de pourquoi ça risque cette non-dysjonction
a) Recombinaison péricentromérique (proche du centromère)
b) Absence de recombinaison
c) Recombinaison en position télomérique
a) MII, Âge avancé: interfère avec la cohésion normale des chromatides soeurs
b) MI, Tous âges: le bivalent ségrégerait de façon plus ou moins indépendante
c) “
Qui suis-je: Modification dans la forme des chrx presque toujours due à des cassures
Anomalie de structure
V ou F: Les pts de cassures peuvent être multiples sur un chrx et ont tendance à se recoller entre eux
V
Quels sont les trois scénarios possible suite à une cassure?
a) Le fragment peut se perdre
b) Le fragment peut se recoller exactement comme il était avant
c) Le fragment peut se recoller différemment
Comment appelle t-on le cas où une seule cassure survient? Deux cassures?
1: Délétion terminale des ç-filles (fragment acentrique ne se recolle pas et est perdu lors des divisions cellulaire, les ç-filles conservent le chrx cassé avec centromère)
2: Délétion interstitielle (perte du fragment acentrique entre les deux cassures et fusion des 2 bouts)
Si les 2 cassures affectent le mm bras chromosomique et qu’il n’y a pas perte du segment, qu’est-ce que ça entraine?
Segment chromosomique se recolle à l’envers= inversion paracentrique
- Position du centromère ne change pas
- Le patron de bandes change
Si les 2 cassures affectent chacun des bras chromosomiques et est par et d’autre du centromère, qu’est-ce que ça entraine?
Le segment chromosomique peut se recoller à l’envers= inversion péricentrique
-Change la position du centromère
Si les 2 cassures affectent 2 chrx différents et qu’il y a échange du matériel chromosomique, qu’est-ce que ça entraine?
Recollage des segments qui implique une translocation
Types:
Réciproque ou robertsonienne
Équilibrée ou déséquilibrée
Synonyme de chrx transloqué
Chrx dérivé
V ou F: Les translocations réciproques équilibrées…
a) Ne font pas varier le nb de chrx
b) Se font entre des chrx homologues
c) S’accompagnent d’une perte de matériel chromosomique et donc un effet sur le phénotype
d) présente un risque de ségrégation non-équilibrée lors des divisions méiotique, mais un risque moindre de phénotype anormal chez les descendants, fausse couche et infertilité
a) V
b) F: non-homologues
c) F (donc aucun effet sur le phénotype)
d) F un risque accru
Les gamètes d’un porteur d’une translocation réciproque équilibrée peuvent contenir quoi? (indice: 3 scénarios possible)
- 2 chrx normaux
- 2 chrx transloqués mais équilibrés (phénotype normal comme le parent)
- 1 chrx transloqué et 1 chrx normal = ségrégation non-équilibrée -> porteur non-équilibré car produira zygote avec monosomie et trisomie partielle combinées
Si la mère est t(16;21)(q13;q22.3) que puis-je déduire de cette information?
Elle a une translocation réciproque équilibrée aux chrx 16 et 21 qui se situe sur les bras long a/n 13 et 22.3 respectivement
si cette mère à une fille avec un papa “normal” et que cette fille a un phénotype anormal, quel pourrait être sa composition chromosomique
46, XX der(21) t(16;21)(q13;q22.3) avec trisomie partielle 16q et monosomie partielle 21q
V ou F: Les translocations robertsonienne…
a) Survient après cassure et recollement a/n des centromères de n’importe quel chromosome
b) comporte une fusion centrique des 2 chrx
c) Fait varier le nb de chrx
d) S’accompagne d’une perte de matériel
e) entraine un effet sur le phénotype chez le porteur
f) présente un risque de ségrégation non-équilibrée lors des divisions méiotique, donc un risque accru de phénotype anormal chez les descendants, fausse couche et infertilité
a) F, seulement les chromosomes acrocentriques 13, 14, 15, 21 et 22
b) V
c) V , passe de 46 à 45
d) V, les petits bras courts des 2 chrx acrocentriques qui sont constitués d’hétérochromatine
e) F, aucun effet car hétéchromatine
f) V
La translocation robertsonienne non-équilibrée pourrait être en cause dans quelle pathologie à l’étude
Trisomie 21 (2,5% des cas)
À part la translocation réciproque et robertsonienne, nommez d’autres anomalies de structure
Duplication Insertion Chrx dicentrique Chrx en anneau Isochromosome
Quelles sont les deux techniques de cytogénétique moléculaire utilisées pour détecter des anomalies chromosomiques?
hydratation in situ en fluorescence FISH
Hybridation génomique comparative sur micropuce CGH
Sur quoi se fait les FISH?
- Chrx en métaphase
- Noyaux interphasiques de ç fixées
- Frottis
- Empreinte
- Section de tx
Comment fonctionne un FISH?
Appariement d’une sonde, i.e. séquence d’ADN connue d’acides nucléiques, marquée d’une molécule fluorescente à une ou des séquences complémentaire d’ADN qu’on souhaite analyser
Associez les caractéristiques suivantes au bon processus d’hybridation: dénaturation ou renaturation
a) les liaisons d’hydrogène sont rompues
b) formation de liens H entre bases complémentaires
c) appariements des liens simples brins
d) liaisons hydrogènes rompues
e) rend l’ADN simple brin
a) dénaturation
b) renaturation
c) renaturation
d) dénaturation
e) dénaturation
Que permet le FISH?
D’analyser une résolution de moins de 10 Mb au microscope. En d’autres mots, la sonde FISH qui ne fait que 100-150 Kb permet la détection d’anomalies chromosomiques inframicroscopique.
Quels sont les différents types de sondes?
1) Sondes à séquence répétitive: sondes centromériques ou télomériques
2) Sondes à séquence unique: séquence une région spécifique du génome où l’ADN n’est pas répétitif
Pour quelle raison pourrait-on vouloir utiliser une sonde à séquence unique?
Diagnostic des syndromes de microdélétion, microduplication
Comment choisie t-on la bonne sonde à utiliser?
On se base sur les informations cliniques, selon ce que l’on cherche à identifier chez le patient
V ou F: On recommande souvent aux patients qui ont un caryotype anormal de passer un FISH pour confirmer leur diagnostic avec plus de précision
F: on utilise le FISH pour détecter des anomalies invisibles au microscope DONC ces patients présentent un caryotype normal
Qu’est-ce qu’un microremaniement
- Syndrome associé à une microdélétion chromosomique récurrente
- Syndrome associé à une microduplication chromosomique récurrente
- Remaniement crytpique de d’autres régions
4 exemples classiques de microdélétion chromosomiques et leur région chromosomique anormale
Syndrome de DiGeorge del(22) sur q
Syndrome de William del(7) sur q
Syndrome de Prader-Willi del(15) sur q
Syndrome d’Angelman del (15) sur q
Qui suis-je: Séquences répétées similaires à l’extérieur de la région fréquemment délété
Microdélétion récurrente
Quels mécanismes peuvent expliquer une microdélétion récurrente?
- Recombinaison homologue non allélique durant la méiose
- Recombinaison non homologue durant la méiose
V ou F: On peut diagnostiquer cytogénétiquement (FISH) un enfant atteint de Prader-Willi
V: mais seulement s’il s’agit d’une microdélétion
V ou F: Il est impossible de différencier un enfant qui a le Prader-Willi à un enfant qui a le syndrome d’Angelman au FISH
V
Quel serait le réciproque du syndrome d’Angelman del(15q11.13)?
Le syndrome de duplication dup(15q11.13)
Entre le syndrôme de délétion et de duplication, lequel à…
a) Phénotype plus distinctif et sévère?
b) Plus de chance de se faire détecter cliniquement?
Les deux= syndrôme de délétion
DÉLÉTION TOUJOURS MOINS BIEN SUPPORTÉ QUE DUPLICATION
Un jeune patient se présente avec dup(15q11.13). Quels sont ses caractéristiques?
- Peu de malformation
- Autisme + déficience intellectuelle
- Convulsions
V ou F: L’hybridation in situ en interphase, c’est-à-dire sans culture cellulaire est impossible
F: Elle s’avère indispensable pour détecter des anomalies de nb ou de structure dans certains cas
- Index mitotique peu élevé
- Résultat rapide nécessaire
- Diagnostique d’une mosaïque/clone faible pour une aneuploïdie ou pour une anomalie clonale précise
V ou F: Tout type de sonde peut être utilisé en FISH interphasique
F: Pas les peintures et sondes télomériques
Quel est l’avantage des FISH interphasiques?
Comme on a pas besoin de mitose, l’échantillon peut être traité immédiatement et être analysé plus rapidement
Qui suis-je: Comparaison d’ADN d’un patient avec un ADN contrôle qui s’effectue avec l’hybridation de ces ADN marqués en fluo (patient et contrôle) sur un support d’ADN, le tout évalué par ordinateur
hybridation génomique comparative sur micropuce
Que permet l’hybridation génomique comparative sur micropuce
Déceler surplus (duplication) ou perte (délétion) de séquences dans l’ADN d’un patient par rapport à un ADN de référence
L’ADN du patient est-il habituellement coloré et rouge ou vert? Et l’ADN de référence?
Patient= vert Contrôle= rouge
L’hybridation génomique sur micropuce peut se faire sur 2 types de micropuces.. quels sont-ils?
Soit sur BAC (anciennement, taille d’une FISH, résultat moins précis) ou sur oligonucléotides avec ou sans SNps (60 pb, plus utilisé de nos jours car plus précis et rapide)
Qu’est-ce qu’un SNP?
Single nucleotide polymorphism, polymorphisme qui fait en sorte que deux humains auront une différence dans leur gène sans toutefois être malade car les deux chromosomes ne diffère que par un nucléotide ou paire de base
Qui suis-je: Variations fréquentes dans le génome normal (5-13%), souvent rare, la pluspart non pathologique et de 1kb à 1Mb
Variant du nombre de copie (CNV)
Expliquer ce que cela veut dire si à l’analyse du cnv j,ai…
a) Une surreprésentation des copies du patient par rapport au contrôle
b) Une sous-représentation des copies du patient par rapport au contrôle
a) Le patient présente une duplication car gain de copie
b) Le patient présente une délétion car perte de copie
Est-il normal qu’un patient ait dans son génome des allèles AA, AB et BB? Devrait-il seulement avoir AA et BB?
Oui c’est normal
S’Il a seulement
Quels sont les avantages de faire un micropuce cgh?
- Pose diagnostique chez 25% plus de sujets car analyse chromosomique plus fine
- Meilleure sensibilité à la duplication que FISH
- Ne nécessite pas cellules en division ni savoir où cibler dans le génome au préalable
V ou F: Depuis 2010 l’analyse cytogénétique sur micropuce est le test le plus recommandé lorsqu’on recherche un déséquilibre chromosomique chez patient, mais il faut d’abord faire un caryotype
F: ne nécessite mm plus de caryotype en premier
Quels sont les désavantages/limites FISH?
- Pas de détection des remaniements équilibrés
- On ne voit pas organisation cytogénétique du remaniement détecté
- Limite p/r détection des mosaïques
- Polymorphisme est fréquent et souvent sans conséquence sur génome
- Risque de trouver une pathologie sans qu’on la cherchait
Comment peut-on savoir si une délétion ou duplication est pathogénique?
- Taille du remaniement: + gros= +important
- est-il survenu de novo?(parents peuvent avoir phénotype plus léger ou non pénétrance)
- Types de gènes impliqués et lien avec le phénotype (CRITÈRE LE PLUS IMPORTANT)
- Remaniement a t-il déjà été décrit dans la littérature?
- Est-ce une région connue comme polymorphique?
Si chez un enfant je trouve une délétion et une duplication sur deux chrx différents que puis-je soupçonner?
trisomie et monosomie partielle
V ou F: L e prélèvement des parents peut etre nécessaire à l’interprétation des anomalies trouvée chez patient grâce à l’analyse de micropuce
V
J’ai un patient présentant un autisme, un retard mental et des malformations cardiaques. Quel test je devrais lui faire subir?
CGH sur micropuce
puis confirmation des remaniement par caryotype ou FISH
J’ai un patient qui a subi une translocation je pense. Quel test je devrais utiliser pour détecter?
Caryotype
J’ai un patient présentant un phénotype clair du syndrome de Williams. Quel test je lui fais passer?
FISH sonde spécifique
J’ai un couple ayant des fausses couches à répétions et de l’infertilité. Quel test je leur fait passer?
Caryotype
Une femme cherche du mosaïcisme. Quel test je lui fais passer?
Caryotype
