Détection des micro-organismes

Question 1

Définition phénotypage?

Answer 1

Classification/identification des micro-organisme
-Microscopie (échantillons frais) ou coloration
-Leur aspect
-Observation de leur comportement

Question 2

But de la coloration?

Answer 2

Révéler la présence du microbe en déshydratant

Question 3

Qu’est-ce que la coloration acido-alcoolo-résistante?

Answer 3

-Micro-organismes résistent à la décoloration par une mixture acide et alcool
-Révèle la bactérie de la tubercule
–>Alcool détruit la cellule –> colorant entre dans la cellule

Question 4

Qu’est-ce que la colorotation de Gram?

Answer 4

-La plus utilisée
-Coloration différentielle –> permet de séparer les bactéries en deux groupes (gram + et gram -)

Question 5

Paramètres possibles lors d’identification par culture en conditions spécifiques?

Answer 5

-Source de carbone
-Source d’énergie
-Produits de fermentation
-Températures optimales de croissance
-Croissance en milieu avec oxygène ou sans (aérobie ou anaérobie)

Question 6

Facteurs de croissance des bactéries?

Answer 6

-Acides aminés
-Vitamines
-Purine, pyrimidines

Question 7

Identifications par culture: origines des échantillons?

Answer 7

-Liquide céphalo-rachidien
-Échantillons cutanés
-Lavages broncho-alvéolaires
-Ongles
-Crachats

Question 8

Qu’est-ce qu’on détecte sur les échantillons des milieux de culture?

Answer 8

-Bactéries
-Mycobactéries
-Mycoses

Question 9

Comment on détecte la présence de bactéries dans le sang?

Answer 9

-Par hémocultures (culture de sang) dans des incubateurs

Question 10

Qu’est-ce qu’un test de diffusion?

Answer 10

-Test la susceptibilité aux antibiotiques
-Surtout qualitatif
-Pour savoir quel antibio. on va donner (comme avec les antibiogrammes)

Question 11

Qu’est-ce qu’un test de dilution?

Answer 11

-Test de susceptibilité aux antibiotiques
-En milieu liquide

Question 12

Qu’est-ce qu’un système API? (analytical profile de l’index

Answer 12

-Test de conditions de culture spécifique, de produits de croissance, aérobie ou non, présence d’enzyme.

Question 13

Exemple d’Algorithme pour l’identification/classification des bactéries?

Answer 13

1. Coloration gram
2. Microscope (forme)
3. Faire pousser avec oxygène
4. Microscope (grappe)
5. Gènes
6. Espèces

Question 14

Comment on utilise l’ADN/l’ARN en diagnostic?

Answer 14

-Amplification des régions spécifiques de l’ADN
-Détermination de la séquence (après amplification) –> identification plus précise

Question 15

Étapes de la PCR (un cycle)

Answer 15

1. Dénaturation
2. Hybridation
3. Polymérisation
   = 2copies d’ADN deux brins
   2e cycle: 4 copies d’ADN deux brins
   Total de 45 cycles, réponse autour de 30 cycles
   *3e amorce qui va venir s’hybrider au centre

Question 16

Qu’est-ce qu’un test PCR

Answer 16

Une réaction de polymérisation en chaîne

Question 17

Comment peuvent être les fragments d’ADN résultant de la réaction?

Answer 17

-Directement visualisés
-Séquencés
-Clonés

Question 18

Rôle de la 3e amorce?

Answer 18

Fluorescer quand elle est fixé sur le produit de PCR

Question 19

Matrice de test PCR?

Answer 19

Il faut que la matrice de départ soit de l’ADN –> convertir l’ARN en ADN –> transcription inverse = RTPCR

Question 20

Qu’est-ce que la charge virale?

Answer 20

Plus elle est élevée, moins le pronostique pour le patient est favorable.

Question 21

Qu’est-ce wue la qPCR

Answer 21

PCR quantitative

Question 22

Qu’est-ce que l’analyse par séquençage (phylogénétique)?

Answer 22

-Arbre
-Point = différents variants
-Taille des branches –> proportionnelle au nombre de mutation qui sépare les variants

Question 23

Bénéfice principal de faire du séquençage?

Answer 23

Observer la résistance aux antibiotiques

Question 24

Qu’est-ce qu’une analyse longitudinale?

Answer 24

Une analyse génétique d’une épidémie qui s’étend sur une longue période

Question 25

Utilisation de l’identification génomique?

Answer 25

-Pour les tests PCR et qPCR seulement –> éventuellement pour le dépistage, mais pas encore

Question 26

Qu’est-ce que la nature antigénique d’une protéine?

Answer 26

Les anticorps sont généralement dirigés contre des protéines de micro-organisme

Question 27

Méthodes de détection par protéine (antigènes/anticorps)

Answer 27

-Western blotting
-ELISA
-Tests de détection rapide
-Par immunofluorescence

Question 28

Étapes du test ELISA?

Answer 28

-Tu prends l’échantillon là où il y a le virus (selle, salive…)
-Lavage pour avoir les bons antigènes
-Ajoute sérum patient (contient les anticorps)
-Lavage –> pour avoir seulement les anticorps du patient qui se sont liés à l’antigène
-Ajout anticorps secondaires (produit en labo)
-Lavage –> pour avoir seulement les anticorps secondaires qui se sont attachés aux autres
-Ajout d’un substrat

= sandwich anticorps-antigènes-anticorps-…
=si la personne n’a jamais été infecté –> elle n’aura pas les anticorps –> son test sera négatif

Question 29

Qu’est-ce qu’un IGM?

Answer 29

-Premier anticorps
-Dans le sang
-Si positif –> tu es infecté maintenant

Question 30

Où on retrouve les IGG?

Answer 30

Sans et foetus
Plus facile de démontrer les infections qui se sont faites il y a longtemps
-Si positif –> tu as déjà été infecté (peut-être lorsqu’il y a longtemps, si IGM -)

Question 31

Où retrouve-t-on les IGA?

Answer 31

Voies respiratoires et digestives

Question 32

Où retrouve-t-on les IGE?

Answer 32

-Muqueuse

Question 33

À quoi servait les tests de détection rapide?

Answer 33

Détecter le paludisme

Question 34

Comment fonctionne les tests rapides de la malaria?

Answer 34

-Échantillon de sang de patient est lysé (hémolyse –> ajout de détergent qui sépare les protéines) –> libère les antigènes de plasmodium
-Bandelette couverte d’anticorps-plasmodium est trempée dans le sang hémolysé
-Bandelette est ensuite trempée dans une solution de liposomes

Question 35

Comment fonctionne les nouveaux tests rapides?

Answer 35

-Échantillons d’origines diverses
-Des anticorps contre le pathogène sont immobilisés sur une membrane
-Anticorps secondaires diffusent –> si l’antigène est présent ils vont se concentrer à un endroit –> apparition ligne colorée
-Si pas d’antigène –> l’anticorps contrôle se lie à l’antigène

*Nécessite un échantillon lysé
*anticorps se déplace en même temps que l’antigène sur la bandelette –> va interargir avec si l’antigène est présent

Question 36

Pourquoi on veut faire des dépistages plus précoces du VIH/SIDA?

Answer 36

-Contagion très élevée dans les débuts
-Pronostic plus favorable
-Limiter la formation de réservoir

–> Dépister le VIH-1 et VIH-2 dans la même réaction

Question 37

Comment on a amélioré les tests de dépistages du VIH?

Answer 37

Avant: seulement IgG –> seulement détecté après quelques semaines
Maintenant: antigène et anticorps –> IgG et IgM (IgM apparraissent plus tôt que IgG)