Défense

Question 1

Quel type de cellule peut initier une réponse contre les pathogènes chez la plante

Answer 1

toutes les cellules

Question 2

caractéristiques d’un bon système immunitaire

Answer 2

• haute spécificité
• tolérance / reconnaissance soi vs non-soi
• mémoire immunitaire

Question 3

Première ligne de défense chez les plantes

Answer 3

déposition de callose dans la paroi cellulaire (empêche le pathogène de sortir de la cellule infectée / le ralentit)

Question 4

Décrire généralement la différence entre PTI / ETI

Answer 4

PTI: non spécifique, reconnait les éliciteurs des pathogènes non adaptés
ETI: spécifique, reconnait les molécules effectrices produites par les microorganismes

Question 5

donnez exemples de substrats reconnus par les PRR

Answer 5

chitine (champignons pathogènes)
flagelline bactérienne
Ef-Tu (facteur d’élongation traduction procaryote)
LPS (bactérie gram-)
peptidoglycan

Question 6

Quels sont les récepteurs de l’immunité par PTI

Answer 6

PRR (pattern recognition receptors)

Question 7

décrire les 2 classes de PRR

Answer 7

• RKs (récepteurs kinases transmembranaires)
  —-> environ 610 chez arabidopsis
• RLP (récepteur like protein, sans domaine intracellulaire)
  —-> 54 membres chez adabidopsis

Question 8

que reconnaissent les PRR

Answer 8

les éliciteurs

Question 9

Quel domaine permet aux PRR de lier leur substrats

Answer 9

LRR (leucine rich repeat)
chez environ 200 membres RKs

Question 10

comment fonctionne l’activation des PRR

Answer 10

par transphosphorylation suite à la dimérisation

Question 11

Comment fonctionne l’activation de FLS2

Answer 11

FLS2 lie flagelline 22, qui intéragit ensuite avec BAK1 (forme hétérodimères), transphosphorylation permet:
- accumulation des ROS
- activation des canaux ioniques
- activation des voies MAPK
- modifications transcriptionnelles

Question 12

phénotype bak1

Answer 12

insensible à l’ajout exogène de flg22 –> diminution marquée de la production de ROS

Question 13

c’est quoi un mutant T-DNA

Answer 13

insertion aléatoire d’ADN dans le gène en question, peut former un kockout ou knockdown dépendant de l’endroit de l’insertion

Question 14

décrire le phénotype d’une plante ou il y a des niveaux de ROS augmenté

Answer 14

blanchiment + diminution de la croissance

Question 15

Si je voulais savoir quel protéine lie directement flg22, quel genre d’essai je ferais

Answer 15

immunoprécipitation d’une protéine et je regarde si l’autre est présente quand j’ajoute le ligand.
peut aussi faire un mutant knockout d’une protéine et voir si l’intéraction se produit toujours (avec ligand radioactif)
peut faire un pulldown chez WT et mutant perte de fonction chez une protéine

Question 16

Quel genre d’essai je peux faire pour trouver à quel partie de la protéine se lie un ligand

Answer 16

mutagénèse dirigée

Question 17

C’est quoi MBP

Answer 17

substrat phosphorylable universel des MAPK

Question 18

Comment je fais pour vérifier quel MAPK s’active suite à la liaison d’un ligand avec son récepteur

Answer 18

mutants récepteur non fonctionnel et sauvetage phénotype en ajoutant un plasmide exprimant le gène non fonctionnel du mutant tout en regardant quelle MAPK s’active par essai kinase
peut aussi vérifier que c’est bien la MAPK active qui est vu par ajout de MKP1 (phosphatase spécifique à MPK1)

Question 19

phénotype de mpk4

Answer 19

réponse immunitaire intensifiée: pas de croissance + accumulation de ROS

Question 20

Décrire les composantes de la voie PTI activée par la flagelline 22

Answer 20

Ligand: flg22
Récepteur: FLS2
corécepteur: BAK1
MAPKKK: MEKK1
MAPKK: MKK4/5
MAPK: MPK3/6
FT: WRKY22, WRKY29
réponse: mort cellulaire programmée, augmentation de la résistance aux bactéries, transmission signaux hormonaux aux autres plantes, expression des gènes de résistance R

Question 21

phénotype mkk1/2

Answer 21

identique à MPK4: Plantes naines, accumulation de H2O2

Question 22

Comment fonctionne BiFC

Answer 22

complémentation d’un fluorochrome quand 2 prot viennent à intéragir entre-elles

Question 23

Quelle est la cible des molécule effectrices

Answer 23

La voie PTI (majoritairement)

Question 24

Comment les pathogènes délivrent les molécules effectrices

Answer 24

VIA T3SS

Question 25

De quelle manière agissent les effecteurs

Answer 25

Bloquer:
- formation du complexe du récepteur
- Désactivation ou protein turnover du récepteur
- les MAPKs
- Les facteurs de transcription
- l’ARNpol II

Question 26

Nommez 2 effecteurs de Pseudomonas syringae

Answer 26

AvrPto
AvrPtoB

Question 27

Quelle est la cible de AvrPto

Answer 27

lie directement complexe FLS2-BAK1 (le cible pour la dégradation)

Question 28

Quelle enzyme fait partie de l’effecteur AvrPtoB

Answer 28

E3 ligase

Question 29

De quelle classe fait partie des récepteurs de l’ETI

Answer 29

récepteurs intracellulaires NB-LRR (nucléotide binding et leucine rich repeat)

Question 30

3 stratégies de récepteurs de l’ETI et description de chacune

Answer 30

1. interaction directe
   -> récepteur interagit directement avec l’effecteur, haut polymorphisme (si mut de l’effecteur, c’est tout le récepteur qui doit muter)
2. guard / decoy
   -> intéraction effecteur avec une protéine accessoire qui change de conformation suite à la liaison, permettant la liaison avec le récepteur NB-LRR
3. bait
   ->Intéraction entre une protéine accessoire et l’effecteur, le complexe prot-effecteur est ensuite reconnu par le récepteur NB-LRR

Question 31

Décrire l’ETI déclenchée par AvrPto

Answer 31

• kinase : Pto
• récepteur NB-LRR : Pfr