Cytogénétique pt 2 Flashcards
L’hybridation génomique comparative (CGH) ou l’hybridation génomique sur micropuce permet la comparaison de quoi avec quoi?
Comparaison de l’ADN d’un patient avec un ADN contrôle
Qu’est ce qu’un ADN de contrôle
ADN d’un individu normal avec 46 chromosomes en 2 copies, et ce, dans tous les segments de chromosome
Comment se fait la comparaison grâce au CGH?
Cette comparaison s’effectue grâce à l’hybridation des ADN du patient et du contrôle (témoin) en fluorescence
On fait la préparation chromosomique contrôle sur quoi?
sur une lame cytogénétique
Où met on les fragments de l’ADN génomique que l’on veut étudier
sur une micropuce
Le CGH se base-t-il sur les mêmes principes d’hybridation de la FISH, si oui quels sont ils?
Oui, dénaturation et renaturation
L’intensité de la fluorescence hybridée sur un segment donné contrôle vs patient est
évaluée par quoi?
un ordinateur
L’hybridation génomique comparative (CGH) sur micropuce fait l’hybridation de quoi?
Hybridation sur des séquences d’ADN fractionnées (sondes) qui représentent tout le
génome
Que permet le CGH (il permet de déceler/identifier quoi)?
Permet de comparer l’ADN d’un patient à un
ADN de référence et de déceler des:
- Surplus de séquences par rapport à l’ADN de
référence: duplication de la séquence pour le
patient
- Pertes de séquences par rapport à l’ADN de
référence: délétion pour le patient
Quels sont les différents types de micropuce
- BACs
- Oligonucléotides
Quel type de micropuce utilisons nous le plus aujourd’hui?
Oligonucléotides
Qu’est ce que le type de micropuce BACs
- Sondes de la taille d’une sonde de FISH
Comment est la résolution de l’analyse d’une micropuce BACs
Résolution de l’analyse moins grande
Comment est la résolution de l’analyse d’une micropuce à oligonucléotides
Meilleure résolution vs BACs
Les sondes oligonucléotides permettent d’évaluer des fragments d’ADN de combien de pb?
fragments d’ADN de env 60pb
Quand on fait une analyse par des oligonucléotides, celles-ci peuvent inclure (ou non) une considération des (1)
SNPs
Qu’est ce qu’un SNP
single nucleotide polymorphism: la façon par laquelle 2 humains peuvent être différent à un endroit dans un gène dans que ce soit pathologique –> on parle de SNP lorsque c’est le polymorphisme le plus commun du génome humain
Le SNP est un segment (1) où les 2 chromosome ne diffèrent que par (2) ou (3)
1: d’ADN
2: 1 nucléotide
3: paire de base
La micropuce à oligonucléotides donne des résultats…? et est une technique…?
techniquement plus fiable et technique plus rapide
La micropuce à oligonucléotides permet la détection des (1) du (2) de copie
1: variants
2: nombre
(CNV)
Que veut dire CNV
copy number variation
Pour être capté la taille de c’est variantes du nombre de copies doivent d’être au moins de…
≥ 1Kb ad quelques Mb
Le CGH avec oligonucléotides permet la détection des (1)
déséquilibres
Qu’est ce qu’un déséquilibre pour un CCH? (que peuvent être ces déséquilibre (3))
Autre que 2 chromosomes = déséquilibre pour CGH, donc…
- délétion (perte de matériel génétique)
- duplication
- triplication (surplus de matériel)
Est ce que automatiquement si on identifie un déséquilibre sur un chromosome cela veut dire que c’est anormal?
Non, on peut avoir un polymorphisme du nombre de copies (tt comme un polymorphisme d’un endroit précis sur un gène)
Les variations de nombres de copies (CNV) sont elles des variations fréquentes dans le génome normal?
Oui, elle sont présentes dans 5-13 % du génome normal
On connait la présence de (1) CNVs décrits sur (2) gènes
1: 11 700
2: 1000
La majorité des CNVs sont rares ou fréquentes?
rares
La plupart des CNVs sont pathologiques ou non pathologiques?
La plupart non pathogénique, à distinguer de ceux qui entraînent un phénotype (pathogéniques)
Quel est le but de l’analyse de micropuce?
Détection de CNV pathogénique expliquant le phénotype du patient (trouver l’endroit où il y a un déséquilibre de l’info génétique et dét. si c’est ce qui rend le patient malade (si c’est significatif)
Quels sont les 5 avantages de l’hybridation génomique sur micropuce
- Permet de raffiner l’analyse chromosomique à une résolution de quelques
dizaines de kb - Meilleure sensibilité pour détection de duplication
- Allie (unie) la précision de FISH et l’approche d’évaluation globale du génome du
caryotype - Ne nécessite pas de savoir où cibler dans le génome au préalable
- Ne nécessite pas de cellules en division (extraction d’ADN)
Pourquoi le fait de pouvoir raffiner l’analyse chromosomique à une résolution de quelques dizaines de kb est un avantage pour le CGH?
Car cela permet de poser un diagnostic chez un plus grand nombre de
sujets (env. 25%)
L’analyse cytogénétique par micropuce (hybridation génomique sur micropuce,
aCGH) est (1) en première ligne (2) le caryotype
1: recommandée
2: SANS
On recommande l’utilisation du CGH pour l’investigation des sujets avec quel type de maladies?
- Retard intellectuel, retard de développement
- Désordres du spectre de l’autisme
- Malformations congénitales, dysmorphies
Quand on recommande de faire un CGH c’est qu’on recherche quoi?
un déséquilibre chromosomique chez le patient
Le syndrome du cri du chat est-il une maladie que l’on peut trouver grâce à un CGH?
Oui, le CGH va identifier une perte au niveau du chromosome 5
Le syndrome de microdélétion 1p36 est-il une maladie que l’on peut trouver grâce à un CGH?
Oui
Quels sont les principaux symptômes du syndrome de microdélétion 1p36
- Retard mental modéré à sévère - Dysmorphies - Cardiopathie cardiomyopathie - Difficultés alimentaires - Convulsions
Est ce que l’holoprosencéphalie isolée chez un foetus est-il une maladie que l’on peut trouver grâce à un CGH? Pourquoi.
Oui, délétion d’environ
250 kb
La délétion dans la maladie de l’holoprosencéphalie implique-t-elle un gène important si oui pourquoi est il important ?
Oui le gène, SIX3 et une insuffisance (Haploinsuffisance) entraine une holoprosencéphalie
Quels sont les 5 limites de l’hybridation génomique sur micropuce
- Ne permet pas de détecter les remaniements équilibrés
- Ne permet pas de “voir” l’organisation cytogénétique du remaniement détecté
- Limite quant à la détection des mosaïques (pour les détecter, il faut avoir minimalement 20% de mosaicisme)
- On peut se tromper avec un polymorphismes sans conséquence du génome et parfois qui n’a jamais été vus en laboratoire
- Risque de trouver une anomalie pathogénique non reliée et non demandée (gènes cancer, gènes à
révélation tardive, porteurs…)
Exemples de remaniements équilibrés pas capté par un CGH
translocations robertsonienne, translocation réciproque équilibrée, inversions…
Pour déterminer la pathogénicité d’une délétion ou d’une duplication, il y a quelques critères sur lesquels on peut se baser, quels sont ils? (5)
- Taille du remaniement
- Survenu de novo
- Type de gènes impliqués et lien avec le phénotype (le plus fort)
- Remaniement déjà décrit avec phénotype semblable dans la littérature ou les
bases de données
Comment la taille du remaniement nous indique de la pathogénicité d’un déséquilibre ?
Plus c’est gros, plus de chance que bcp de gènes sont affectés, plus c’est inquiétant)
En quoi la présence de novo peut influencer si on pense que le déséquilibre est pathogénique ou pas?
Certains parents peuvent avoir un phénotype plus léger (expressivité) ou non exprimé (non pénétrance) –> puisque l’on remarque le déséquilibre chez l’enfant mais pas (ou peu) chez les parents cela peut vouloir dire qu’il s’est aggravé
Comment se fier sur la littérature peut aider un médecin à déterminer la pathogénicité d’un déséquilibre
car il peut découvrir, entre-autres, que c’est une région connue comme polymorphique
Utilisation en première ligne de la CGH sur micropuce pour les patients avec… (3)
- Retard mental, retard de développement
- Autisme
- Malformations (incluant fœtus)
Souvent on peut vouloir faire une (1) ou une (2) du CGH avec (3), (4) ou méthodes moléculaires
1: confirmation
2: validation
3: caryotype
4: FISH
On déconseille le CGH pour…
- Rechercher des remaniements équilibrés (ex translocation) car non détectables par cette méthode
- Si phénotype clair d’anomalie chromosomique précise (ex trisomie 21: caryotype; S de Williams: FISH sonde spécifique)
On suggère caryotype pour… (3)
- Recherche de remaniements chromosomiques équilibrés (couples avec avortements spontanés répétés, infertilité.
histoire familiale d’un tel remaniement…) - Recherche de mosaïcisme
- Phénotype clinique clair d’une anomalie chromosomique détectable par caryotype (ex Trisomie 21)
