Cycles biogéochimiques Flashcards
Qu’est-ce qu’est un cycle biogéochimique?
Circulation des éléments d’un milieu à l’autre et d’une forme à l’autre, influencée par des processus biologiques, chimiques et géologiques.
Quels éléments font partie des molécules complexes essentielles à la vie? (5)
Carbone, Azote, Phosphore, Fer et Soufre
Où se retrouve la majorité du carbone?
Dans la lithosphère
Surtout les roches calciques
Nommer les 3 réservoirs importants de carbone
Lithosphère
Atmosphère
Océans
Qu’est-ce qu’est la fixation du carbone?
Incorporation du CO2 dans les molécules organiques par les organismes autotrophes (producteurs primaires).
Qu’est-ce qu’est la respiration aérobie?
Production de CO2 suite à la consommation de molécules organiques par les hétérotrophes (consommateurs).
Quels sont les 2 types de vivants qui vont faire de la respiration aérobie et produire du CO2?
Consommateurs
Décomposeurs
Qu’est-ce qu’est la minéralisation?
Dégradation complète d’un substrat en molécules inorganiques
Quels organismes peuvent faire la méthanogénèse?
Archées anaérobies obligatoires
Formule de la méthanogénèse
Matière organique –> CH4
Quels sont les 3 types de méthanogénèse?
- Autotrophe (Fixation du CO2 à l’aide de H2 )
4H2 + CO2 -> CH4 + 2H2O + énergie via force proton motrice (environ 1 ATP) - Substrat : Méthanol
4 CH3OH -> 3 CH4 + CO2 + 2H2O + énergie via force proton motrice (environ 4 ATP) - Substrat : Acétate
Acétate- + H+ -> CO2 + CH4 + énergie via force proton motrice (peu)
Exemples de niches où la méthanogénèse peut se produire
Marais, zones humides, décharges, rumen
Qu’est-ce qu’est la méthanotrophie?
Utilisation du méthane comme source de carbone et d’énergie par les méthanotrophes
Formule de la méthanotrophie
CH4 –> CO2
Quels sont les 2 types de microorganismes pouvant faire de la méthanotrophie?
Bactéries aérobies strictes
Bactéries anaérobies
Quelles sont les deux voies méthanotrophiques?
Oxydation du méthane par l’oxygène
CH4 + O2 –> CH3OH à HCHO –> HCOOH –> CO2 + H2O
Oxydation anaérobie du méthane (AOM)
CH4 + SO4 2- + H+ –> CO2 + HS- + 2 H2O
Peu énergétique, archées en consortium avec les bactéries. Dans les fonds marins.
Quelle enzyme est importante dans la méthanotrophie par oxydation avec oxygène?
Méthane oxygénase
Qu’est-ce qu’est la méthylotrophie?
Utilisation de composés à un carbone (incluant le méthane)
Quelles sont les 2 méthodes de destruction du CO?
Abiotique - Réaction photochimique dans l’atmosphère
Biotique - Avec bactéries méthylotrophes malgré la toxicité
Quels sont les 2 types de réactions possible avec le CO?
Oxydation du CO en CO2 pour la synthèse de molécules organiques (chimioautotrophes)
Réduction du CO en méthane (CH4 ; méthanogènes anaérobies)
Composés récalcitrants chez la plante
Cellulose
Hémicellulose
Lignine
Pourquoi est-ce que la cellulose est difficile à digérer?
Liens bêta 1-4 difficiles à digérer
Pourquoi est-ce que l’hémicellulose est difficile à digérer?
Beaucoup de liens diversifiée (beaucoup d’enzymes différentes nécessaires)
Grosses molécules difficiles à internaliser
Qu’est-ce qu’est le humus?
Compost
Gros réservoir de carbone, produit par polymérisation spontanée des monomères (molécules énormes)
Quel type de microorganismes peut dérader le humus?
Microorganismes autochtones (dégradation lente de composés complexes)
De quoi est composé la lignine?
Phénylpropylène
Si la dégradation de la lignine ne fournit pas d’énergie, pourquoi certains microorganismes la font-elle?
Co-métabolisme
Quels microorganismes peuvent dégrader les composés récalcitrants?
Champignons de pourriture blanche
Actinobactéries
α-proteobactéries
β-protéobactéries
Quels sont les 2 types de dégradation de composés récalcitrants comme les HAP?
Produits ressemblent à ceux qui servent au métabolisme du microorganisme
Co-métabolisme
Décrire les 3 voies de dégradation de composés récalcitrants
- Substrat normal de la voie : minéralisation et énergie produite
- Composé ressemblant `au substrat normal : minéralisation complète
- Composé ne ressemblant pas au substrat normal : dégradation en un produit secondaire qui peut être encore plus toxique
5 facteurs limitant la biodégradation d’un produit récalcitrant
Potentiel génétique de la population microbienne
Toxicité du composé
Biodisponibilité (Accessibilité du contaminant par les microorganismes)
-Dans l’eau (solubilité, contact direct ou utilisation de biosurfactants)
-Dans le sol (contact direct, utilisation de substrat solubilisé)
Structure du contaminant
Facteurs environnementaux
Qu’est-ce qu’est un produit xénobiotique?
Produit fabriqué par l’Homme inconnu à la vie
3 adaptations possibles aux produits xénobiotiques
Accumulation de mutations qui augmentent la capacité à le dégrader
Évolution (mutations) - augmentation de la résistance à la toxicité des produits
Acquisition de gènes pour faire des enzymes - chaîne de dégradation des composés. (transfert latéral, compétence…)
Nommer une enzyme importante pour la dégradation de xénobiotiques
Déhalogénase
Quels types de réaction sont effectuées sur les
molécules xénobiotiques?
Substrat pour de l’énergie (source de carbone) (hydrolyse)
Accepteurs d’électrons (réduction)
Pourquoi est-ce que l’azote est important pour le vivant?
Présence dans les acides aminés, ADN et ARN
Sous quelle forme l’azote est retrouvée dans l’atmosphère?
N2
Formule de la fixation de l’azote
N2 –> NH3 –> NH4 (selon pH)
Où est produite la fixation de l’azote?
Sol
Eau
Rhizosphère (surtout)
Quelle enzyme est utilisée pour la fixation de l’azote? Quelle coenzyme doit l’accompagner?
Nitrogénase oxydase
Accompagnée de fer, molybdène ou vanadium
Vrai ou faux : la fixation de l’azote est très énergétique?
Vrai - 16 ATP consommés
Quelles sont les 4 conditions pour que la fixation de l’azote ait lieu?
- Sans ammonium (Inhibition de la nitrogénase par les ions ammonium)
- Sans oxygène (Inhibition de la nitrogénase et de la transcription des gènes associés par l’oxygène)
- Réaction possible en milieu anaérobie ou très pauvre en oxygène OU
- Réaction possible en présence de mécanismes de protection de la nitrogénase - Besoin d’un cofacteur métallique (molybdène vanadium ou fer)
- Besoin d’énergie
Quelle est la particularité d’un hétérocyste?
Pas de photosynthèse
Ne fait que de la fixation de l’azote
Qu’est-ce qu’est l’assimilation / immobilisation de l’azote?
Processus par lequel l’azote fixé sous forme NH4+ (préférée) ou NH3 est assimilé par les cellules et incorporé dans les molécules organiques (acides aminés, bases azotées, …).