Cours 6 - Rég Transcription Eucaryote Flashcards
Quelle est la différence entre site de liaison régulateur et séquences régulatrices
Site de liaison régulateur = individuel
Séquences régulatrice = pls site régulateur ensemble (ex enhancer)
Quel structure secondaire fait intervenir les actions à distances
Les boucles d’ADN
Quels sont les éléments qui font en sorte que la régulation génique est semblable chez tous les eucaryotes
Machinerie transcriptionnelle élaborée
Nucléosome
Modificateurs
Quels sont les deux domaines d’un activateur
Domaine de liaison à l’ADN (DLA)
Domaine d’activation (DA)
Quel est l’effet si un domaine d’activation est greffé au domaine de liaison d’un répresseur
Devient un d’activateur, mais sur les sites de liaisons d’un répresseur
Structure de la majorité des régulateurs bactériens
Motif HCH
Insère hélice a dans grand sillon
Structure des régulateurs bactérien
Dimère
Motif HCH
Insère hélice a dans grand sillon
Autre hélice créer contact avec squelette et stabilise
Protéine à homéodomaine (eucaryote)
Type HCH
Homéodomaine = 60 a.a. Très conservés dicte si activateur ou répresseur
Domaine en doigt à zinc
Plus commun
30 a.a. (2 feuillets b et hélice a) : 2 cystéine + 2 histidine qui cordonne liaison atome de zinc (essentiel)
Fermeture à glissière de leucine
Surfaces de dimérisation et liaison à ADN
2 prot qui dimérise
Région dimérisation: leucine séparées par intervalles de 7 résidus (leucines vont se lié)
Région liaison à ADN: charge + pour lier ADN -
Homo ou hétérodimère
Structure de type coiled-coil
Hélice-boucle-hélice
Dimère
2 hélices
Hélice de reconnaissance (région basique pour liaison à ADN) 12 pb inversées répétées
Hélice a plus courte: région dimérisation
Région conservé boîte E
Quelles sont les régions activatrices plus fortes et moins forte
Comme des aimants
+ forte = région activatrices acides ex: GAL4
- forte (- universelle_ = région riches en glutamine (ex Sp1) et régions riches en proline (ex CTF1)
Avec quelles composantes l’activateur GAL4 intéragit-il (3)
Médiateur
SAGA (activité acétyl, intéragit avec machinerie, contient TAF remplace TFIID)
TFIID
Fonctionnement GAL4
Pas de galactose = DA masquer par Gal80 (protéine masquante)
Avec galactose = induit expression de Gal3 -> modifie complexe GAL4-Gal80 -> DA devient accessible -> recrute SAGA -> recrute TBP à boîte TATA -> transcription
Avec quel élément de la machinerie l’activateur intéragit-il
Intéraction avec médiateur et TFIID (souvent)
Modificateurs et facteur d’initiation/élongation
Acetyltransferase des histones (HAT)
Activateur recrute HAT -> acétyl queues de histones -> décompacte chromatine (gènes accessibles)
+ création sites de liaison de prot bromodomaine -> liaison à TFIID (bromodomaine) aide initiation
SWI/SNF complexe modificateur de chromatine
Activateur recrute SWI/SNF -> dessère ADN des histones -> accès à gènes
Promoteur Hsp70 (drosophile)
Activé par choc thermique + controlé par activateurs GAF-1 et HSF
Avant choc: Pol phospho sur Ser5 complexée avec DSIF et NELF et GAF-1 -> arrêt
Après choc: Trimérisation de HSF -> recrute prot kinase P-TEFB sur arrêt -> phosphoryle Ser2 et DSIF et NELF décrochent -> libère enzyme de arrêt
Isolateur et isolateur + cohésine
Protéine qui lient isolateur bloquent communication entre enhancer et promoteur
Ajout cohésine : formation de boucles rapproche enhancer et promoteur voulu et empêche action sur autres
Locus LCR
LRC: centre de contrôle du locus contrôle pls gènes
Enhancers, isolateur, propriété de promoteur
Amplification selon distance avec LCR
Locus = groupe d’élément + qui contrôle pls gènes en même temps
Action synergique dans l’intégration du signal
Effet de 2 activateurs agissant ensemble est + grand que somme des deux
Liaison coopérative
4 types de liaison coopérative
- Via intéraction directe entre 2 protéines
- Recrutement d’une 3ème prot par les deux autres
- Liaison prot A aide liaison prot B avec modificateur (découvre site B)
- Liaison prot A aide liaison prot B sans modificateur (A déstabilise nucléosome)
Contrôle du gène HO (levure)
HO exprime dans cellules mères à certaine moment du cycle
Swi5 (mère spécifique): se lie loin ->recrute HAT + enzymes de remodelage -> permet liaison SBF -> active transcription
Enhanceosome de l’interfero-B humain
Gène activé sous infection virale
Avant: courbure dans enhanceosome (NF-kB, IRF et Jun/ATF)
Infection: HMGA1 se rend sur enhanceosome ->redresse enhancer -> activateurs se lient et prennent tt la place -> poussent HGMA1
Contrôle combinatoire
Eucaryotes contrôle combi plus vaste
Un même activateur peut -être impliqué dans régulation de pls gènes
Signal commun entre gènes
Régulation faites par une combinaison d’activateurs
Quels sont les mécanisme des répresseurs eucaryotes
- Mécanisme de compétition: chevauche site activation
- Mécanisme d’inhibition: domaine répression agit sur DA et l’inhibe
- Mécanisme de répression directe: Domaine répresseur agit avec protéines (médiateur)
- Mécanisme de répression indirecte: Répresseur recrute histone désacétylase, enlève acétyl et bromodomaine, resserre ADN autour nucléosome
Répression de Gal1
En présence de glucose, Mig1 se lie sur site (réprime transcription Gal1) -> recrute Tup1 (complexe de répression) -> recrute histone désacétylase ou intéragit avec machinerie
Voie de transduction du signal STAT
Activation récepteur kinase Jak par ligand
-> Dimérisation
-> Kinase phosphoryle domaine intra de l’autre
-> Site phospho reconnu par STAT
-> Phospho de STAT
-> STAT se dimérise et va agit sur expression des gènes
Quels sont les 3 scénarios quant au contrôle des régulateurs
- Régulateur maintenu dans cytoplasme par protéine inhibitrice ou memb cellulaire
- Régulateur dans confo où signal nécessaire à son import nucléaire dissimulé
- Région activatrice démasquée (- probable)
Inhibition de NF-kB par IkB
Dimère NF-kB maintenu inactif dans cytoplasme par IkB
Signalisation par récepteur active kinase IKK
Phosphoryle IkB et marque (voie ubiquitine) pour dégradation par protéosome
Libère NF-kB
Recrutement par fragment
+ rare
Domaines sur différents polypeptide et sont recruté ensemble pour faire activateur complet
Récepteur des glucocorticoïdes
Absence de ligand: GR maintenu à la membrane par prot Hsp
Liaison du liagand: libère GR peut devenir GRE répresseur (lié a histone désacétylase) ou GRE activateur (GR lié à histone acétylase)
