Cours 6 : les ARN non codants Flashcards
Qu’est-ce qu’un ARNnc?
Molécule d’ARN FONCTIONNELLE qui est transcrite, mais PAS TRADUITE EN PROT
Quels sont les types d’ARNnc dont nous avons parlé? (5)
- ARNr
- ARNt
- snRNA
- miRNA
- lncRNA
Les ARNnc sont impliqués dans diverses…?
pathologies, notamment le cancer
En général, quels sont les rôle des ARNnc? (5)
- réguler expression du gène au niv transcriptionnel, post-transcriptionnel et lors de l’épissage
- formation d’hétérochromatine
- modif d’histones
- ciblage de la méthylation
- silençage des gènes
Les mécanismes épigénétiques ont un rôle IMP dans quoi?
L’établissement et le maintien des types cellulaires (différentiation)
Comment sont classifiés les ARNnc? (2 catégories)
- lncRNA : plus de 200 nucléotides
- sncRNA : moins de 200 nucléotides
Sachant la déf des lncRNA et des sncRNA, les ARNt, ARNr et snRNA sont-ils de long ou short?
Short
RNA interference (iRNA) jouent un rôle IMP dans…?
défense des cells contre les séqs nucléotidiques parasites : virus et transposons
iRNA est un processus biologique dans lequel…?
des mols d’ARN inhibent l’expression ou la traduction des gènes, en neutralisant les mols d’ARNm ciblées
iRNA est utilisée en quoi? (en raison de sa fct)
recherche et approches thérapeutiques
Caractéristiques des miRNA/microARN (nmbr de nucléotides, ciblage des gènes humains, fun fact concernant diversité)
- 22
- ciblent 60% des gènes humains
- la plupart sont conservés entre espèces et ont fcts IMP
Fct des miRNA
inhibent expression génique en ciblant ARNm
Comment fctionnent les miRNA?
via l’appariement de bases avec séq complémentaires au sein de mols d’ARNm cibles
Comment sont silencées les mols d’ARNm ciblées par miRNA? (3 processus)
- clivage du brin d’ARNm en 2
- déstabilisation de l’ARNm par raccourcissement de sa queue poly-A
- réduction de l’efficacité de traduction de l’ARNm en prots
Les gènes des miRNA sont généralement transcrits par…? Sinon, à l’occasion, par…?
Généralement : ARN pol II
Sinon : ARN pol III
Pour la biogenèse des miRNA…
Les miRNA font partie d’un __________ contenant _________. Ces premiers s’appellent des “__________”, dans lesquels il peut y avoir de ____ à _____ “________”. Le transcrit est, d’abord, ________, _________ et ________ (comme un ARN normal)
- transcrit précurseur
- plsrs miRNA
- pri-miRNA
- 1
- 6
- pré-miRNA
- coiffé
- polyadénylé
- épissé
Pour la biogenèse des miRNA…
Chaque pré-miRNA a une structure en ________ composée d’environ _________.
- tige-boucle (épingle à cheveux)
- 70-80 nucléotides
Pour la biogenèse des miRNA…
La maturation des miRNA se fait dans _______. Dans celui-ci, le pri-miRNA est reconnu par une prot nucléaire appelée ________ chez les vertébrés et _____ chez les invertébrés. _______ et _________ forment le complexe “__________”. L’activité enzymatique de _________ découpe les ________ à partir du ________. Drosha va donc libérer les ______, qui auront donc 2 __________ à son extrémité ______.
- le noyau
- DGCR8
- Pasha
- Pasha
- l’enzyme Drosha
- microprocesseur
- Drosha
- pré-miARN
- pri-miARN
- pré-miARN
- nucléotides non appariés
- 3’
Y a-t-il des gènes miRNA qui peuvent se retrouver dans introns? Donc des pré-miRNA peuvent être découpés directement à partir d’introns et être processés par complexe du microprocesseur?
Oui : 40%
Et oui, mais pas processés par complexe.
Qu’est-ce qui clive le “branchpoint”?
La “debranching enzyme”
Nom spécial donné aux pré-miARN provenant d’introns.
Mitrons
Les pré-miRNA sont appelés ainsi, car ils proviennent du _____ ou d’_______. Ils possèdent des groupes ______ en 3’ et _________ en 5’.
- microprocesseurs
- d’introns
- OH
- phosphate
Lors de la biogenèse de miRNA…
Pour sortir du noyau, les pré-miRNA sont exportés par _______, qui reconnaît les ____________. Ce transport vers le cytoplasme est dépendant du ___________.
- exportine-5
- 2 nucléotides laissés à l’extrémité 3’ par Drosha
- GTP lié à la prot RAN (RAN-GTGP)
Lors de la biogenèse de miRNA…
Dans le cytoplasme, l’épingle à cheveux est processé par ______. C’est une __________ qui interagit avec les _____________ et coupe ____________. Ceci donne un duplex ____________ d’environ __________.
- Dicer
- endoribonucléase
- extrémités 5’ et 3’ de l’épingle à cheveux
- la boucle reliant les bras
- miARN:miARN*
- 22 nucléotides de longueur
miRNA est nommé…?
miRNA* est nommé…?
- brin guide
- brin passager
Lors de la biogenèse de miRNA…
Après le passage de Dicer, ce n’est que le brin ________ qui est incorporé au __________. Dans ce complexe, le _______ et sa ___________ interagissent. Dans ce complexe, se trouve aussi __________, ainsi que de nombreuses _________.
- guide
- complexe de silencing induit par l’RNA : RISC
- miRNA
- cible d’ARNm
- Argonaute (Ago)
- prots associées
Rôle de Ago.
Jouent rôle centrale dans fct de RISC : lient miRNA mature et le guide pour une interaction avec ARNm cible
Quels sont les 2 types d’appariements de miRNA et ARNm?
- étendu (parfait)
- pas extensif (imparfait, partiel)
Que se passe-t-il quand l’appariement est dit “étendu”?
Slicing : mRNA cible est clivé par Ago2, puis dégradé
Certains argonautes clivent directement les mRNA cibles?
Oui : ex. Ago2
Que se passe-t-il quand l’appariement est dit “extensif”?
Argonaute ne slice pas : traduction est inhibée car mRNA = déstabilisé. ARNm sera ensuite dégradé par P-bodies (processing bodies)
Les P-bodies sont des structs ________ contenant l’enzyme __________ (qui enlève __________), ainsi que des enzymes de ___________.
- dynamiques
- Dcp1 (decaping enzyme)
- coiffe 5’
- dégradation des ARNm
À part le slicing ou déstabilisation, quels sont les 3 autres moyens d’inhiber l’ARNm par miRNA
- inhibition de l’initiation de la traduction de l’ARNm par miRNA complémentaire
- accélération de la déadénylation par les miRNA partiellement complémentaires, entraînant dégradation précoce des ARNm
- modification d’histones et méthylation de l’ADN des sites promoteurs
Pathologie dans laquelle il y a des interactions entre miRNA et p53.
Cancer du sein : miRNA peuvent réguler ou être régulés par p53
Est-ce que tous les miRNA sont intracellu?
Majorité, mais pas tous : certains = “miRNA circulant”, qui sont extracellu, notament dans fluides biologiques (ou sites de culture)
Les lncRNA sont exprimés plus _________ que les gènes ______. Leur expression est remarquablement _______ dans certains ________. Ils sont aussi généralement enrichis dans ________. Finalement, il montrent une plus faible ______________ que les miRNA.
- faiblement
- codants pour des prots
- spécifique
- tissus
- le nx
- conservation de séq
Les lncRNA sont transcrits, maturés et traduits comme les ARNm codant pour prot?
PAS TRADUITS, CAR ONT ÉPISSAGE (AVEC SPLICING), MAIS NE SE LIENT PAS À UN RIBOSOME
Comment les lncRNA sont-ils nommés/définis? Quelles sont les 4 sortes?
Selon leur position relative aux gènes codants situés à leur proximité :
- lncRNA intergénique
- … antisens
- … introniques
- … divergents
Déf de lncRNA intergénique.
Localisé dans rég non-annotée du génome
Déf de lncRNA antisens
Transcrit dans direction opposée d’un gène codant, et dont séq chevauche totalement ou en partie le gène codant associé
Déf de lncRNA intronique
contenus dans un intron d’un gène codant
Déf de lncRNA divergent
transcrits de façon divergente au promoteur d’un gène codant
Les lncRNA peuvent contrôler ___________. Ceux-ci peuvent être _____ ou l’action peut se faire ________. Ce contrôle peut avoir un impact _____________ sur __________, c’est-à-dire qu’il peut y avoir une _________ ou une ___________.
- l’expression des gènes
- voisins (en cis, action locale)
- indépendamment de la localisation de leurs gènes cibles (en trans, action dist)
- nég ou positif
- l’expression des gènes cibles
- répression
- activation
Nomme les 5 sous-rôles des lncRNA (le général étant la régulation de l’expression des gènes codants)
1) dirigent des modificateurs de la chromatine vers des gènes cibles spécifiques
2) déplacent des régulateurs de l’expression des séq régulatrices de l’expression
3) entrent en compétition avec miRNA et protègent donc ARNm de dégradation : FCT ÉPONGE
4) modulent des événements d’épissage et interfèrent avec la traduction
5) promeuvent l’association des séqs amplificatrices et promotrices pour initier la transcription
