cours 4 Flashcards
Comment les mécanismes épigénétiques peuvent t-il influencer les processus métaboliques qui auront un impact sur le vieillissement?
En ‘up-régulant’ des gènes prévenant le vieillissement, ou en ‘down-régulant’ des gènes causant un vieillissement prématuré. Donc si j’empêche l’expression de gènes pouvant limiter la présence de ROS, exemple je méthyle des histones où sont ces gènes, je favorise la présence de ROS qui vont causer des mutations.
Comment on mesure la présence d’une modification post-traductionnelle dans le génome?
- ChIP-Seq
- Séquençage au bisulfite pour un seul locus
- MeDIP (anticorps reconnait ADN méthylé, moins précis que ChIP, moins précis moins il y a de méthylation)
Comment fonctionne le séquençage au bisulfite?
Converti C non méthyler en U, donc on compare ce qui est modifier et qui est différent du génome de référence (donc si devenu U, n’était PAS méthylé)
Quelle technique à la meilleure résolution, ChIP ou MeDIP?
- ChIP-Seq !
- MeDIP, moins précis que ChIP, moins précis moins il y a de méthylation comme reconnait une région
Que signifie l’hypersensibilité de l’ADN?
Gène / Région qui n’a pas de nucléosome
Comment peut-on évaluer les régions hypersensibles d’un génome?
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin). La troposase TN5 trouve les bris dans l’ADN et va ajouter un transposon. Donc on fragmente le génome entre les nucléosomes et on y m’est l’étiquette (le transposon) de part et d’autre du nucléosome. Les zones sans lecture (donc qu’on ne retrouve pas) sont des régions dans les nucléosomes.
ADN qu’on retrouve dans les mommy correspond à quelles régions du génome?
Parties protégées par les nucléosomes
Pourquoi Daphnia magna est un bon organsime modèle pour étudier l’épigénétique?
- Reproduction parthénogénétique (clone de la mère)
- Court cycle de vie
- Génome séquencé
- Plasticité phémotypique
- Réagit fortement à l’environnement
Dans quelles types de conditions la Daphni favorise la parthénogénèse?
Conditions favorables, sinon reproduction asexuée
Quand est-ce que la Daphni fait des oeufs haploides et quand fait-elle des oeufs diploides?
Haploide : reproduction sexuée, le male féconde l’oeuf après
Diploide : parthéogénèse
À quel pourcentage correspondent les SNPs au niveau de la variabilité génétique?
90%
Comment le développement embryonnaire pour influencer la ressemblance entre des jumeaux?
Plus sont séparés tôt dans le développement, plus vont être différent
Qu’est-ce qui est plus élévé, le taux de divergence épigénétique ou le taux de divergence génétique?
Épigénétique de deux fois
Qui a un plus grand taux de divergence épigénétique, Sapiens ou Thaliana?
Thaliana
Est-ce que les variations épigénétique nous renseigne sur les variations phénotypiques?
Ja
