Cours 3 - Spectrométrie de masse 2 Flashcards
Quel est le rôle principal de la phosphorylation des protéines ?
Elle joue un rôle important dans la signalisation cellulaire.
Quels résidus d’acides aminés peuvent être phosphorylés ?
Les résidus contenant un groupement hydroxyle : sérine, thréonine, tyrosine.
Quelles enzymes régulent respectivement l’addition et l’hydrolyse du groupement phosphate ?
Protéine kinase (addition) et protéine phosphatase (hydrolyse).
Quelle proportion des protéines sont phosphorylées durant leur cycle de vie ?
Environ un tiers.
Combien de gènes du génome humain codent pour des kinases ?
518 gènes, soit environ 5 %.
Quelle est la répartition des phosphorylations sur Ser/Thr et Tyr ?
> 99 % sur Ser/Thr et < 1 % sur Tyr.
Quelle proportion des séquences protéiques est représentée par des phosphopeptides ?
Moins de 5 %.
Quelles sont les deux méthodes principales d’enrichissement en phosphopeptides pour la spectrométrie de masse ?
Utilisation d’anticorps et TiO₂.
Comment fonctionnent les méthodes d’enrichissement avec des anticorps ?
Ajout d’anticorps avec métal, digestion trypsique, méthylation pour minimiser les interactions des acides aminés acides, suivi d’une chromatographie d’affinité avec métal immobilisé (IMAC).
Comment fonctionnent les méthodes d’enrichissement avec TiO₂ ?
Digestion trypsique, ajout de TiO₂, enrichissement des peptides monophosphorylés (> 80 %), sans nécessiter de méthylation.
Que permet d’identifier le séquençage peptidique et phosphopeptidique par MS ?
L’identification protéique et les sites de modification respectivement.
Quelle est la masse caractéristique de la perte d’un groupement phosphate (H₃PO₄) en spectrométrie de masse ?
98 Da.
Quels fragments sont caractéristiques après la perte de H₃PO₄ d’un acide aminé phosphorylé ?
Sérine déshydratée (69 Da) ou thréonine déshydratée (83 Da).
Quelle est la spécificité d’action des kinases ?
Elles reconnaissent des séquences consensus spécifiques chez leurs substrats.
Pourquoi la spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) réduit-elle les faux positifs par rapport à l’empreinte de masse ?
Elle fournit des informations supplémentaires sur la fragmentation des ions, augmentant la spécificité.
Quels sont les différents ions fragments peptidiques observés en activation par collision ?
Ions b, y et a.
Comment les protéines séparées par SDS-PAGE peuvent-elles être identifiées malgré la présence de plusieurs protéines par bande ?
Par digestion enzymatique et spectrométrie de masse.
Quelle énergie est utilisée pour l’impact électronique ?
70 eV.
Quels types d’ions sont générés par l’impact électronique ?
Ions moléculaires radicalaires (M⁺.) et fragments (F⁺) positifs.
Quelle caractéristique thermique doivent avoir les molécules analysées en impact électronique ?
Elles doivent être volatiles et thermiquement stables.
Vrai ou faux : L’impact électronique est effectué sous vide.
Vrai.
Comment les ions sont-ils formés en ESI ?
Par nébulisation d’ions en solution sous champ électrique.
Quelle est la pression requise pour l’ionisation en ESI ?
Pression atmosphérique.
Qu’est-ce qu’une explosion coulombique en ESI ?
La fission d’une micro-gouttelette lorsque le champ électrostatique dépasse la tension de surface.
Comment détermine-t-on la charge des ions en ESI ?
Par l’espacement entre deux pics isotopiques adjacents.
De quoi est constitué un analyseur quadripolaire ?
Deux paires d’électrodes métalliques.
Quelle combinaison de voltage est appliquée aux électrodes d’un quadripôle ?
Un voltage direct (DC) et un voltage alternatif (RF).
Quel est le rôle du voltage RF dans le quadripôle ?
Stabiliser ou déstabiliser la trajectoire des ions en fonction de leur m/z.
Comment peut-on transmettre des ions de masses plus élevées avec un quadripôle ?
En augmentant l’amplitude du voltage RF tout en maintenant le rapport RF/DC constant.
Comment les analytes sont-ils séparés en LC-MS ?
Selon leur polarité grâce à une phase mobile liquide et une phase stationnaire hydrophobe.
Comment les analytes sont-ils séparés en GC-MS ?
Selon leur point d’ébullition et leur affinité avec un film non volatil.
Vrai ou faux : Le patron isotopique dépend de la composition élémentaire d’un ion.
Vrai.
Vrai ou faux : Le patron isotopique dépend de la technique d’ionisation.
Faux.
Vrai ou faux : Le pic monoisotopique est toujours le plus abondant parmi l’enveloppe isotopique.
Faux, exemple C₆₀ et C₁₂₀.
Vrai ou faux : Le pic monoisotopique correspond à l’ion ayant la plus petite valeur m/z.
Vrai.
Vrai ou faux : La distribution isotopique dépend de la charge de l’ion.
Faux.
Vrai ou faux : La charge d’un ion peut être déterminée par la distance entre deux pics isotopiques.
Vrai.
Comment les ions précurseurs sont-ils sélectionnés dans un instrument TOF-TOF ?
Par leur temps de parcours synchronisé via une paire d’électrodes.
Quel est l’impact d’une collision entre un ion précurseur et un gaz neutre ?
Une augmentation d’énergie interne favorisant la fragmentation.
Quels types de modifications post-traductionnelles peuvent être identifiées par spectrométrie de masse ?
Méthylation, acétylation, formylation, sulfatation.
Comment la spectrométrie de masse identifie-t-elle les modifications post-traductionnelles ?
En mesurant les modifications de masse.
Que comprend le spectre d’impact électronique (EI) à 70 eV ?
Plusieurs ions fragments permettant une analyse structurale.
Quelle est l’énergie moyenne de liaison la plus élevée entre C-H et C-C en impact électronique ?
C-H.
Que permet l’apparition d’ions multiplement chargés en ESI ?
D’analyser des molécules de grande masse.
Quelle propriété des isotopes a été fixée lors de la formation de la Terre ?
L’abondance isotopique.
Que permet une bande de transmission étroite dans un quadripôle ?
De sélectionner des ions ayant un m/z spécifique.
Comment les ions faibles en m/z sont-ils filtrés dans le plan y-z d’un quadripôle ?
Par l’effet du voltage RF qui les déstabilise.
Comment les ions élevés en m/z sont-ils stabilisés dans le plan x-z d’un quadripôle ?
Par leur grande inertie.
Quelle est la longueur d’une transmission ionique stabilisée dans un quadripôle ?
Étroitement centrée sur un m/z.
Quelle méthode est utilisée pour identifier les protéines de masse élevée par couplage LC-MS ?
Séparation selon la polarité.
Pourquoi la tension de surface est-elle importante dans une explosion coulombique en ESI ?
Elle doit être surpassée par le champ électrostatique.
Comment détermine-t-on la charge d’un ion multiplement chargé en ESI ?
Par l’espacement isotopique dans le spectre de masse.
Quelle est la pression utilisée en GC-MS ?
Sous vide.
Pourquoi la fragmentation est-elle importante en spectrométrie de masse ?
Elle permet d’identifier la structure des molécules.
