Cours 3 Flashcards

1
Q

Pourquoi certains phages produisent-ils des concatémères?

A

Ils contournent ainsi le problème lié à l’utilisation d’un génome d’ADN linéaire. Puisque les polymérases ADN nécessitent l’utilisation d’une amorce possédant une extrémité 3’-OH, dans un concatémères de plusieurs dizaines de génomes, sele les deux génomes des extrémités seront non fonctionnels.

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2
Q

Comment est formé le concatémère in the first place chez T4?

A

Par recombinaison homologues des segments copiés du génome originalement injecté dans la bactéries par l’ADN polymérase T4 et ligase

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3
Q

Quel mécanisme d’encapsidation fait le phage T4 & T7, qu’on ils de différent?

A

Les deux utilise le mécanisme d’encapsidation à tête plein.

T4: clivée au hasard

T7: les extrémités du génomes sont reconnus et clivés spécifiquement, avec des répétitions cohésives

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4
Q

Comment se distingue le phage Mu de T4 et de T7, entre autres?

A

par l’intégration de son génome au génome bactérien et son analogie avec les transposons bactériens.

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5
Q

D’où le phage Mu tient-il sont nom et pourquoi?

A

De mutateur, car il entraine des mutations fréquente chez la bactérie qu’il infecte car il s’intègre au génome bactérien par un mécanisme de transposition.

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6
Q

Comment les virus à ADN bicaténaire linéaire contournent-ils le problème lié à l’utilisation d’une polymérase ADN devant créer une amorce, perdant ainsi un fragment du génome à chaque réplication?

A

T4 et T7 créés des concatémères et Mu s’intègre au génome bactérien, apportant avec lui une partie du génome bactérien, ce qui protège les extrémités de son propre génome.

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7
Q

Comment le phage λ est-il en mesure de se circulariser, et ce même à l’extérieur d’une cellule hôte?

A

Grâce à ces extrémités cohésives de 12 nucléotides.

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8
Q

Quelle enzyme bactérienne permet de fermé la circularisation du phage λ?

A

La ligase bactérienne, sans quoi, il n’est pas fermé complètement.

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9
Q

Une fois circuclarisé, comment se réplique le phage λ pour l’encapsidation?

A

Via une bulle de réplication et une origine de réplication dans un premier temps, puis par le modèle du cercle roulant.

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10
Q

Les inoviridae sont des phages dit:

A

filamenteux

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11
Q

Quelles bactéries les inoviridae infectent-elles seulement?

A

Celles porteuses d’un plasmide Fertilité qui peuvent produire un pilus de conjugaison

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12
Q

Qu’est-ce que la forme réplicative chez les inoviridae?

A

La forme bicaténaire de l’ADN monocaténaire circulaire génomique

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13
Q

Quel mécanisme de réplication utilisent les inoviridae?

A

Le mécanisme à cercle roulant

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14
Q

Quel brin, positif ou négatif, est le brin génomique, le brin encapsidé chez inoviridae?

A

POSITIF

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15
Q

Puisqu’il n’y a pas de lyse cellulaire lors de la sortie des phages chez les inoviridae, peut-on observer des plages de lyse et si oui, quelle morphologie ont les plages de lyse sur gélose?

A

Strictement parler, non, il n’y a pas de plage de lyse, cependant, en pratique, des plages sont obsverées puisque l’infection ralentit la croissance bactérienne produisant ainsi des zones de croissance plus lente apparaissant comme des plages troubles.

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16
Q

Quels sont les 2 phages vu dans la famille des leviviridae?

A

MS2 et f2

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17
Q

Quels sont les 2 phages vu dans les Inoviridae?

A

M13 et fd

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18
Q

Quelles sont les trois protéines codées par l’ARN monocaténaire positif des leviviridae et dans leur ordre de synthèse?

A

1) Capside
2) Réplicase
3) Protéine de maturation

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19
Q

Quel processus de régulation est utilisé par les leviviridae?

A

La régulation par la traduction via les structures secondaires de l’ARN génomique positif injecté dans la bactérie.

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20
Q

Quel famille de bactériophage vu en classe a une enveloppe lipidique?

A

Cystoviridae

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21
Q

Comment le phage Φ6 entre-t-il dans sa bactérie hôte, Pseudomonas sp.?

A

Par fusion de la capside virale

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22
Q

Comment l’ARN positif du phage Φ6, qui est une phage ARN bicaténaire linéaire segmenté (3 segments), se retrouve-t-il dans le cytoplasme de Pseudomonas sp?

A

La transcriptase virale INCLUT dans la capside virale transcrit un nouveau brin depuis le brin matrice (négatif) ce qui a pour effet de physiquement pousser l’ancien brin positif hors de la capside qui est maintenant poreuse après son entrée par fusion.

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23
Q

Quels sont les trois types principaux de bactériophages?

A

1) Les bactériophages dits virulent vont toujours lyser la cellule batérienne dans une infection productive qui génère de nouveaux virus infetieux.
2) Les phages filamenteux, eux, sont une exception et ne lysent pas la cellule bactérienne lors de l’infection productive. L’infection est considéré comme chronique.
3) Le groupe des bactériophages dits tempérés peuvent établir un équilibre avec la bactérie hôte; un phénomène appelé lysogénie.

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24
Q

Qu’est-ce que la lysogénie?

A

Le phénomène par lequel un bactéiophage ayant infecté une bactérie ne se multiplie pas immédiatement; le génome viral sera cependant retenu dans chaque bactérie-fille lors de la division bactérienne.

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25
Q

Quels facteurs peuvent induire un cycle lytique chez un bactérie lysogène?

A

Les rayons UV, certains agents chimiques, l’appauvrissement du milieu de culture, etc.

26
Q

Quelle apparence ont les plages de lyse des bactéries infectées par un bactériophage tempéré dont la production du cycle lytique s’est produit chez une partie seulement des bactéries?

A

Elles sont troubles. À ne pas confondre avec les plages trouvles retrouvées chez les phages filamenteux qui, eux, ne lysent JAMAIS les bactéries, mais ralentissent la multiplication de toutes les bactéries au sein de la plage qui apparaît donc trouble elle aussi.

27
Q

Pourquoi certains phages virulents, lytiques, produisent des plages claires, mais avec un halo plus ou moins trouvle et des limites mal définies?

A

Ceci est dû à l’infection par plus d’une particule infectieuse, mais non simultanément, ce qui augmente le temps requis pour l’infection par le phénomène d’interférence virale.

28
Q

Quelle autre raison pourrait-il y avoir un halo apparaissant en périphérie de plages claires?

A

Lors de la synthèse de grandes quantités d’enxymes codées par le bactériophage et lytiques pour la bactérie hôte (lysozyme); la relâche et la diffusion de ces enzymes dans la gélose peut entraîner la lyse de cellules bactériennes non infectées en périphérie de la plage.

29
Q

Comment les virus peuvent-ils communiquer entre-eux?

A

Lorsqu’une bactérie est infectée par certains phages tempérés, ceux-ci codent un peptide qui sera libéré par la bactérie et capté par les bactéries voisines.
Lorsque la concentration du peptide dans le milieu extracellulaire est faible, reflétant le petit nombre de bactéries infectées, le bactériophage continuera à se propager dans la population bactérienne en lysant les bactéries. Lorsque la concentration du peptide augmente, indiquant qu’une bonne partie des bactéries sont déjà infectées, cette forte concentration favorisera graduellement la lysogénisation des bactéries. Ceci évitent aux virus d’épuiser la population bactérienne, il s’agit aussi indirectement d’un mécanisme d’interférence homologue.

30
Q

Qu’est-ce que la transduction?

A

le phénomène par lequel un bactériophage peut transporter avec lui des gènes bactériens et ainsi permettre l’acquisition d’un nouveau phénotype par la bactérie infectée.

31
Q

Quels sont les deux grands types de transductions?

A

1) la transduction généralisée
2) la transduction spécialisée

32
Q

Qu’est-ce que la transduction généralisée:

A

observée chez certains bactériophages dont le signal de reconnaissance du génome viral est fortement dégénéré et qui s’encapside par un mécanisme tête pleine. Lors de l’encapsidation du génome il peut y avoir reconnaissance non spécifique de fragments d’ADN bactérien de longueur compatible.

Le phage ainsi assemblé pourra infecter une nouvelle bactérie et transmettre le matériel génétique qui pourra s’incorporer par recombinaison au chromosome de la bactérie.

33
Q

Qu’est-ce que la transduction soécialisée, ou restreinte?

A

efectuée par certains phages tempérés dont le meilleur exemple est lambda. L’ADN de ce phage s’intégrant de manière spécifique à un endroit donné du chromosome bactérien, les gènes voisins pourront éventuellement être transférés dans le cas d’une excision non précise du génome viral lors de l’induction du cycle lytique.

Dans ce cas, on me peut donc avoir que transmission d’un nombre restreint de gènes, flanquant le site habituel d’intégration du génome phagique au chromosome bactérien.

34
Q

Qu’est-ce que la conversion phagique?

A

transport d’un gène dont l’origine est inconnue, mais qui, comme dans le cas de la transduction, ne joue pas de rôle dans le cycle de multiplication du phage.

De plus, ces gènes ont une composition nucléotidique (le % de G-C) qui les différencie généralement des gènes du phage lui-même.

La conversion phagique entraîne l’expression d’un nouveau phénotype par l’expression de ce nouveau gène transporté par le phage, mais qui ne joue aucun rôle pour la multiplication de celui-ci.

35
Q

Exemples de conversion phagique:

A

les toxines de plusieurs bactéries comme le botulisme, la diphtérie, streptocoque groupe A (mangeuse de chair)

36
Q

Comment la génome phagique peut-il avoir contribuer àu génome bactérien?

A

Le phénomène de résistance aux bactériophages par le mécanisme d’intégration de courtes séquences dans la région CRISPR du génome bactérien

37
Q

Comment les phages à ADN LINÉAIRE font-ils pour contourner le problème d’amorce causant la perte d’une extrémité du génome?

A

1) formation d’un concatémère (cercle roulant, recombinaison homologue)
2) intégration au génome bactérien
3) en se circularisant

38
Q

Le phage Lambda a-t-il besoin d’être dans une cellule bactérienne afin de se circulariser?

A

Non! Il peut être dans un tube à température de la pièce! MAIS, le cercle sera incomplet, il a besoin d’être dans une cellule afin que l’enzyme ligase lie les deux extrémités ensemble.

39
Q

Qu’implique de dire qu’un brin d’ARN génomique viral est positif ou négatif?

A

Un brin ARN positif: est un brin codant comme l’ARNm qui peut être traduit directement, though le brin ARN génomique sert rarement, mais parfois, à être traduit directement en protéine.

Un brin ARN négatif: est un brin matrice, comme le brin matrice de l’ADN, qui doit être transcrit en brin positif, et dans ce cas pareil à un ARNm, qui peut alors être traduit par la machinerie cellulaire.

40
Q

Qu’est-ce qu’implique un génome à ARN au lieu d’un génome à ADN pour la régulation? (2)

A

1) Il ne pourra être répliqué ou transcrit par la bactérie car celle-ci n’a pas la machinerie pour faire ces actions sur de l’ARN. Donc le virus doit coder cette machinerie spécifique
2) Il ne peut pas y avoir de régulation au niveau transcriptionnel par rapport à quel gène sera exprimé plus précocement puisque c’est déjà un ARN et sa transcription est généralement straigthforward. TBC!!!

41
Q

Qu’est-ce qu’un ARN polycistronique?

A

Qui contient plusieurs cistron, plusieurs gènes différents.

42
Q

Quel autre nom peut être donné au brin complémentaire du génome ARN viral?

A

Le brin antigénome

43
Q

Qu’est-ce que la Réplicase?

A

Une enzyme polymérase ARN dépendante de l’ARN

44
Q

Que veut dire qu’une polymérase est dépendante de l’ADN ou l’ARN?

A

Quelle dépend de l’un ou l’autre pour servir de matrice

45
Q

Pourquoi la réplicase virale est-elle dépendante de l’ARN?

A

Car elle synthétise les brins complémentaire à partir d’une matrice ARN

46
Q

Quelle enzyme transcrit l’ARN bicaténaire des cystoviridae dans leur capside poreuse afin de déplacer l’ancien brins positif dans le cytoplasme de la bactérie?

A

La transcriptase, une ARN polymérase dépendante de l’ARN.

47
Q

Pourquoi les phages à ARN doivent-ils transporter ou coder leur propre transcriptase et réplicase, pourquoi ne pas utilisé celles des bactéries?

A

Car les bactéries ne contiennent pas de transcription ou réplicase qui transcrit ou réplique l’ARN!! Seulement pour l’ADN.

48
Q

Le type de plage de lyse informe sur le type de virus, que nous informe des plages de lyse clair?

A

que le virus est strictement lytique car aucune bactérie ne survie.

49
Q

Le type de plage de lyse informe sur le type de virus, que nous informe des plages de lyse trouble?

A

1) une infection par un phage filamenteux

ou

2) un virus lysogène

50
Q

Le type de plage de lyse informe sur le type de virus, que nous informe des plages de lyse avec un halo?

A

1) phénomène de l’interférence virale qui fait en sorte que la lyse n’est pas synchronisé entre toutes les bactéries dans une même plages de lyse.

ou

2) virus fortement cytolytique qui produisent du lysozyme qui va détruire la paroi bactérienne et diffusé dans le milieu extérieur et lyser des bactéries non infectées.

51
Q

Comment le quorum sensing bactérien joue-t-il un rôle dans le cycle lytique ou lysogénique des bactériophages?

A

Le QS, les peptides des bactéries, sont reconnus par une protéine du phage et sa joue sur l’induction ou non du cycle lytique.

52
Q

Pourquoi le phage lambda est-il très utile en clonage moléculaire?

A

Car les gènes impliqués dans la lysogénie peuvent etre éliminés, puisqu’ils sont non essentiel à la réplication du phage durant un cycle lytique, et peuvent donc être remplacés par des séquences exogènes qui seront propagées avec l’ADN phagique.

53
Q

Deux types de vecteurs lambda?

A

1) Les vecteurs de substitutions: un grand fragment de l’ADN du phage est éliminé et remplacé par le matériel génétique exogène.
2) Les vecteurs d’insertions: on ajoute plutôt du matériel génétique en excès. Compte tenu de la grosseur des capsides, il en résulte que la quantité d’ADN pouvant être accomodée est plus limitée.

54
Q

Comment les deux principales méthodes de criblage permettent-elles d’identifier les clones?

A

1) par leur homologie ;a une séquence nucléotidique connue
2) par la production d’une protéine contre laquelle on dispose d’un anticorps.

55
Q

Le génome phage T7 code une polymérase ARN très fortement active, dépendante de l’ADN et très spécifique pour la reconnaissance de quel promoteur?

A

Le promoteur viral TARDIF.

56
Q

Quels sont les deux manières que le promoteur T7 TARDIF a été exploité?

A

1) Transcription in vitro
2) Vecteurs d’expression

57
Q

Comment est fait la transcription in vitro utilisant le promoteur TARDIF T7?

A

L’addition in vitro de la polymérase purifiée permet la transcription d’un gène placé en aval de la courte séquence du promoteur introduit dans un plasmide. La transcription se termine généralement à la fin de l’ADN par coupure du plasmide à laide d’une enxyme de restriction appropriée.

58
Q

Comment est utilisé le promoteur TARDIF T7 en lien avec les vecteurs d’expression?

A

L’utiliser pour l’expression in vivo de protéines en grande quantité à partir du gène cloné correspondant. (exemple, avec le promoteur lac)

59
Q

Quelles sont les enzymes du phage T4 les plus utilisées en clonage génique?

A

la polymérase ADN, une kinase et la ligase.

60
Q

Qu’est-ce que le phage display/librairie d’épitope?

A

L’identification d’un peptide “consensus” en fusionnant de courtes séquences d’a.a. à une protéine de surface d’un capside phagique. Après adsorbtion, élution et multiplication, il est possible de comparer la séquence nucléotidique de la région du génome viral contenant l’insertion codant le peptide d’intérêt qui intéragit avec la protéine à l’étude. Ceci permet d’établir des librairie d’épitopes.

61
Q

Quels sont les avantages de la thérapie par les phages?

A
  • Spécifique
  • Se multiplient
  • Évoluent
  • Actifs sur biofilm
62
Q

Quels sont les désavantages de la thérapie par les phages?

A
  • Spécifique: 1 phage pour 1 bactérie
  • Antigénique/immunogéniques: ils pourraient n’être utilisable qu’une seule fois avant que le système immunitaire reconnaissent les protéines et les attaquent.
  • Relâche d’endotoxine possible: par la lyse bactérienne